View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16693_low_1 (Length: 1328)

Name: NF16693_low_1
Description: NF16693
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16693_low_1
NF16693_low_1
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (2-1309)||(9593409-9594720)
chr4 (2-1309)||(9581628-9582924)
chr4 (2-1309)||(9587323-9588619)
chr4 (164-1309)||(9568319-9569473)
chr4 (2-1309)||(9602205-9603523)
chr4 (492-1309)||(9573466-9574276)
chr4 (293-1194)||(54295006-54295919)
chr4 (1-102)||(9606089-9606190)
chr4 (13-179)||(9569616-9569780)
chr4 (376-542)||(37897848-37898014)
chr4 (623-754)||(37895654-37895785)
chr4 (516-595)||(37895831-37895910)
chr4 (1183-1309)||(37894951-37895075)
chr4 (1239-1309)||(54295952-54296022)
[»] chr6 (48 HSPs)
chr6 (109-740)||(29131013-29131643)
chr6 (241-739)||(29012544-29013036)
chr6 (90-595)||(29145146-29145651)
chr6 (250-595)||(29152012-29152357)
chr6 (116-476)||(32740480-32740823)
chr6 (293-739)||(34281624-34282070)
chr6 (250-588)||(32744743-32745081)
chr6 (341-700)||(29299820-29300182)
chr6 (250-499)||(29124094-29124343)
chr6 (250-499)||(32960616-32960865)
chr6 (246-593)||(34258133-34258480)
chr6 (293-595)||(34278373-34278675)
chr6 (1176-1309)||(29152911-29153044)
chr6 (992-1306)||(29144384-29144701)
chr6 (1129-1303)||(25320089-25320263)
chr6 (1129-1303)||(26149782-26149956)
chr6 (1151-1309)||(34279321-34279479)
chr6 (1188-1309)||(29123241-29123362)
chr6 (1188-1309)||(32745702-32745823)
chr6 (421-595)||(23218649-23218823)
chr6 (250-500)||(29137227-29137477)
chr6 (1149-1311)||(29299162-29299324)
chr6 (1149-1303)||(32973437-32973591)
chr6 (1181-1309)||(29130414-29130542)
chr6 (1230-1309)||(29149753-29149832)
chr6 (623-739)||(25319549-25319666)
chr6 (623-739)||(26149242-26149359)
chr6 (623-739)||(32961001-32961117)
chr6 (1239-1306)||(23216866-23216933)
chr6 (989-1073)||(23216613-23216697)
chr6 (623-731)||(29123817-29123925)
chr6 (623-739)||(32745134-32745250)
chr6 (1200-1291)||(29136409-29136500)
chr6 (1178-1309)||(34281060-34281191)
chr6 (516-588)||(29123978-29124050)
chr6 (1176-1288)||(34259087-34259199)
chr6 (676-739)||(23223686-23223749)
chr6 (684-739)||(34258565-34258620)
chr6 (1203-1309)||(21379301-21379407)
chr6 (545-595)||(25528986-25529036)
chr6 (275-328)||(19697377-19697430)
chr6 (545-594)||(26090886-26090935)
chr6 (412-499)||(25520027-25520113)
chr6 (545-588)||(29137133-29137176)
chr6 (987-1022)||(29152742-29152777)
chr6 (554-593)||(32960923-32960962)
chr6 (992-1038)||(29012257-29012303)
chr6 (986-1035)||(29130682-29130731)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (92-595)||(42446188-42446690)
chr7 (623-754)||(42446011-42446142)
chr7 (936-1309)||(42445421-42445794)
chr7 (250-595)||(7793670-7794015)
chr7 (993-1037)||(7793208-7793252)
chr7 (1183-1270)||(7792972-7793059)
[»] scaffold0134 (3 HSPs)
scaffold0134 (179-754)||(16037-16615)
scaffold0134 (1183-1306)||(17092-17215)
scaffold0134 (989-1111)||(16895-17017)
[»] scaffold0613 (1 HSPs)
scaffold0613 (311-593)||(49-331)
[»] scaffold0054 (4 HSPs)
scaffold0054 (150-739)||(33250-33833)
scaffold0054 (150-739)||(39601-40184)
scaffold0054 (1183-1303)||(34301-34421)
scaffold0054 (1183-1303)||(40658-40778)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1194-1310)||(13280276-13280392)
chr2 (1261-1308)||(7436173-7436220)
chr2 (309-439)||(7488694-7488824)
chr2 (410-463)||(7429022-7429075)
chr2 (1261-1306)||(7524999-7525044)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1186-1254)||(26531542-26531610)
chr8 (1193-1273)||(31135828-31135908)
chr8 (1194-1303)||(27183093-27183202)
chr8 (1194-1284)||(27231083-27231173)
[»] scaffold0129 (4 HSPs)
scaffold0129 (374-434)||(10486-10546)
scaffold0129 (1207-1306)||(9578-9677)
scaffold0129 (369-468)||(33551-33650)
scaffold0129 (682-739)||(10184-10241)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (368-492)||(32642902-32643026)
chr5 (368-432)||(42413999-42414063)
chr5 (1201-1303)||(9763500-9763602)
chr5 (1187-1301)||(27174313-27174427)
chr5 (368-433)||(39724570-39724635)
chr5 (1187-1309)||(42782281-42782403)
chr5 (372-433)||(15807722-15807783)
chr5 (1240-1309)||(37512015-37512084)
chr5 (1234-1311)||(42777106-42777183)
chr5 (178-211)||(43323021-43323054)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (370-434)||(5162455-5162519)
chr3 (1223-1306)||(9704353-9704436)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (368-439)||(368801-368872)
chr1 (1200-1275)||(40399716-40399791)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1309
Target Start/End: Original strand, 9593409 - 9594720
Alignment:
Q  2 cagatgagccaaaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggcccgctacagattcaatcaatctccgaga-ttctaattgacaaga 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | || ||| |||||||||||    
T  9593409 cagatgagcaaaaaacaaaaccacataagcatgagcaacaatacaaggataatgacccgctaccgattcaagcaatctcagggaattccaattgacaaga 9593508  T
Q  101 cacttcgcatacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatg 200  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9593509 cactttgcatacaaggtaatattccaatcaccacgatcattttgctcctggtgaaaacaaggaaaataactaattacttattcctccaattggaagaatg 9593608  T
Q  201 ttttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttat 300  Q
    |||||||||||||| | |||||| |||||| | ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  9593609 ttttccttgtatattaatatccgatcaatagaattcacttttttgcaagcaagcttcacaatcgtttgagtatttaaatcaagacaaactagttctttat 9593708  T
Q  301 cttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctt 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| | ||||||||  ||| ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  9593709 cttctctgatgaagaatatttctcctttcgtacccactccgatgggacgctcaatgaaagacaacggtccgacaatgaagaaattggtccacgattcctt 9593808  T
Q  401 tataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccac 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  9593809 tataccgtattcacccaaaattgatatctgaaaattagttgtctctttatgatatgagatcaatgcaaaggacccatttaacaccaccaagtttatccac 9593908  T
Q  501 aatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctcca 600  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9593909 aatgcgtgaagatcgaaacaatcatccaagtatgagggaatgggtgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctcca 9594008  T
Q  601 gggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtc---aacatc 697  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |   |||||     
T  9594009 aggtatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacgtgccaatgaacaaggcatgccaaaaacatt 9594108  T
Q  698 aagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtctccgtagccagcatgttcaccactaagagatacataa 797  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||| || ||| |||    
T  9594109 aagtatcctccacgagttagttcttaagctatatatcacccaaattgggtctaaagacatatctccatagccatcatgttcacccctaatagttacgtaa 9594208  T
Q  798 caaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatcatgtatagtaagaaaatgctcaacatttgggataccag 897  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||  ||| |||||||||||||||||| |||   |    
T  9594209 catatgaccttagagtcatttctaagattgtcgtaaccaaatccatgaagataatatctatcatttatgctaacaaaatgctcaacatttggaataaacg 9594308  T
Q  898 actcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatatatgatcatgatggagaca 997  Q
    ||||||||||| ||| |||||||   |||| | |||| ||  | || || |||||||||||||||| | | || ||  |   || ||| |||| ||||||    
T  9594309 actcaactaacacatacggagtg---ggaacgagcttgatcacgtgtgtagatgggttccacaatacagtgtttccataataataatcttgatagagaca 9594405  T
Q  998 aagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaa---attgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttctcaaaccct 1094  Q
    || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |    
T  9594406 aaatgtcccattaatactaccaaaaccaaaaatacgaaattttttgaaacggtttgcatatggatttgagaaatctaatttaacattgttctcaaacctt 9594505  T
Q  1095 acaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataaga 1194  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9594506 tcaccagaaatagaatagaaaacgtctttaccaagttcgaaatcctttagaagcagagatcccccgtcgtaataaggacatcggtgagaattagataaga 9594605  T
Q  1195 gatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaattt 1294  Q
    |||| ||||||||||||||||||||   || | ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  9594606 gattgttgcggaacatgttcatgaagtgatcgttttcacataagagagaccatgctttgcgaacacattcaaatcgcttaaaagatttaataggtaattt 9594705  T
Q  1295 agatagaatggagaa 1309  Q
    |||||||||||||||    
T  9594706 agatagaatggagaa 9594720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1309
Target Start/End: Original strand, 9581628 - 9582924
Alignment:
Q  2 cagatgagccaaaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggcccgctacagattcaatcaatctccgagattctaattgacaagac 101  Q
    |||||||||||||| |||||  ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| | ||||| |  |||| ||||||||||||    
T  9581628 cagatgagccaaaa-cagaaccacagaatcatcagcgacgatacaaggacaatggcctgctaccgattcaagcgatctctggaattcaaattgacaagac 9581726  T
Q  102 acttcgcatacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgt 201  Q
    |||| | ||| || |||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||         |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9581727 actttgtatataaggtaatatcccaatcaccacaatcattttactcctggt---------aaaaataactaattacttattcctccaattggaagaatgt 9581817  T
Q  202 tttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatc 301  Q
    || ||||||| || |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9581818 tt-ccttgtacattactatccgatcaatagaattcacttctttgtaagcaagctccacaatcatttgagtacttaaatcaagacaaactagttctttatc 9581916  T
Q  302 ttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactccttt 401  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9581917 ttgtctgatgacgaatatttctcctttcgttcccactccaataggacgctcaatgcaagacaacggtccaaccatgaagagtttggtccatgactccttt 9582016  T
Q  402 ataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccaca 501  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9582017 ataccgtattcacccaaaattgatatgtgaaaatttgtcgtctcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccatttaacaccgccaagtttatccaca 9582116  T
Q  502 atgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccag 601  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  9582117 aggtgtgaagattgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaattcctcattgctcaagtaaaatgataccacacatggtccctccag 9582216  T
Q  602 ggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatg---tcaacatca 698  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||     |||||||    
T  9582217 ggtatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacgtgccaatgaacaaggcatgctagaaacatca 9582316  T
Q  699 agtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtctccgtagccagcatgttcaccactaagagatacataac 798  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||  ||| || ||| | ||    
T  9582317 agtatcctccacgagttagttcttaagctatatatcacccaaattgggtctaaagacatacatccatagccagcgtgttcacccgtaatagttacgtgac 9582416  T
Q  799 aaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatcatgtatagtaagaaaatgctcaacatttgggataccaga 898  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| | |||||| |   |||   ||    
T  9582417 agatgaccttatagtcatttctaagattgtcgtagccaaatccatgaagataatacgtatcatgtatgctaacaaaatccacaacatcttcaatagacga 9582516  T
Q  899 ctcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatatatgatcatgatggagacaa 998  Q
    |||||||||||||| | || ||   |||| | |||| |||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||  |   || ||| |||| |||||||    
T  9582517 ctcaactaactcatcctgactg---ggaacgagcttgattgcatgtgccgatgggttccacaatagagttttgccataataataatcttgatagagacaa 9582613  T
Q  999 agtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttctcaaaccctacac 1098  Q
    | ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |  ||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||    
T  9582614 aatgtgccattaatactaccaaagccaaaaatacgaaatttgaaacggtctgcatatgcatttgagaaatctaattgaactttgttctcaaacctttcac 9582713  T
Q  1099 cagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatt 1198  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  9582714 cagaaatagaatagaaaacgtctttaccaagttcgaaatcccttaggagcagagatcccccatcgtaataaggacattggtgagaattagataaaagatt 9582813  T
Q  1199 tttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagat 1298  Q
     |||  |||||||||||||||   | || |||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  9582814 cttgtagaacatgttcatgaagtgagggttttcagataagagagaccatgctttgcgaatgcattcaaaccgtttaatggatttaaaaggcaatttggat 9582913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1309
Target Start/End: Original strand, 9587323 - 9588619
Alignment:
Q  2 cagatgagccaaaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggcccgctacagattcaatcaatctccgagattctaattgacaagac 101  Q
    |||||||||||||| |||||  ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| | ||||| |  |||| ||||||||||||    
T  9587323 cagatgagccaaaa-cagaaccacagaatcatcagcgacgatacaaggacaatggcctgctaccgattcaagcgatctctggaattcaaattgacaagac 9587421  T
Q  102 acttcgcatacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgt 201  Q
    |||| | ||| || |||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||         |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9587422 actttgtatataaggtaatatcccaatcaccacaatcattttactcctggt---------aaaaataactaattacttattcctccaattggaagaatgt 9587512  T
Q  202 tttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatc 301  Q
    || ||||||| || |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9587513 tt-ccttgtacattactatccgatcaatagaattcacttctttgtaagcaagctccacaatcatttgagtacttaaatcaagacaaactagttctttatc 9587611  T
Q  302 ttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactccttt 401  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9587612 ttgtctgatgacgaatatttctcctttcgttcccactccaataggacgctcaatgcaagacaacggtccaaccatgaagagtttggtccatgactccttt 9587711  T
Q  402 ataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccaca 501  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9587712 ataccgtattcacccaaaattgatatgtgaaaatttgtcgtctcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccatttaacaccgccaagtttatccaca 9587811  T
Q  502 atgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccag 601  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  9587812 aggtgtgaagattgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaattcctcattgctcaagtaaaatgataccacacatggtccctccag 9587911  T
Q  602 ggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatg---tcaacatca 698  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||     |||||||    
T  9587912 ggtatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacgtgccaatgaacaaggcatgctagaaacatca 9588011  T
Q  699 agtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtctccgtagccagcatgttcaccactaagagatacataac 798  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||  ||| || ||| | ||    
T  9588012 agtatcctccacgagttagttcttaagctatatatcacccaaattgggtctaaagacatacatccatagccagcgtgttcacccgtaatagttacgtgac 9588111  T
Q  799 aaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatcatgtatagtaagaaaatgctcaacatttgggataccaga 898  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| | |||||| |   |||   ||    
T  9588112 agatgaccttatagtcatttctaagattgtcgtagccaaatccatgaagataatacgtatcatgtatgctaacaaaatccacaacatcttcaatagacga 9588211  T
Q  899 ctcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatatatgatcatgatggagacaa 998  Q
    |||||||||||||| | || ||   |||| | |||| |||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||  |   || ||| |||| |||||||    
T  9588212 ctcaactaactcatcctgactg---ggaacgagcttgattgcatgtgccgatgggttccacaatagagttttgccataataataatcttgatagagacaa 9588308  T
Q  999 agtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttctcaaaccctacac 1098  Q
    | ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |  ||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||    
T  9588309 aatgtgccattaatactaccaaagccaaaaatacgaaatttgaaacggtctgcatatgcatttgagaaatctaattgaactttgttctcaaacctttcac 9588408  T
Q  1099 cagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatt 1198  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  9588409 cagaaatagaatagaaaacgtctttaccaagttcgaaatcccttaggagcagagatcccccatcgtaataaggacattggtgagaattagataaaagatt 9588508  T
Q  1199 tttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagat 1298  Q
     |||  |||||||||||||||   | || |||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  9588509 cttgtagaacatgttcatgaagtgagggttttcagataagagagaccatgctttgcgaatgcattcaaaccgtttaatggatttaaaaggcaatttggat 9588608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 164 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 9569473 - 9568319
Alignment:
Q  164 aaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgttttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatc 263  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9569473 aaataactaattacttattcctccaattggaagaatattttccttgtatattactatcctatcaatagaattcacttctttgtaaacaagctccacaatc 9569374  T
Q  264 gtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagaca 363  Q
     |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9569373 atttgagtacttaaatcaatacaaactagctctttatcttttctgatgacgaatatttctccttttgtccccactccgataggacgctcaatgcaagaca 9569274  T
Q  364 acactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaa 463  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9569273 acggtccaacaaggaagagtttggtccacgattccttaatgccatattcacccaaaatcgatatgtgaaaattagtcgtctcttcatgatatgagatcaa 9569174  T
Q  464 tgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctca 563  Q
     ||||||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||||||||||   ||||    
T  9569173 cgcaatggccccgtttaacaccaccaagtttatccacaatgcttgaacatcgaaacaatcatccaagtatgagggaacgggtgttatgaagaatttctca 9569074  T
Q  564 ttgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgt 663  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |   ||| ||  ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9569073 ttgctcaagtaaaatgataccaaacatggtccatcctgactatcttcttcttcttcacacaaccaatgacacacaccattcatgtagacttgagtgccgt 9568974  T
Q  664 caatacatgccaaagaaaaaggcatgtc---aacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtc 760  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||    
T  9568973 caatacatgccaaagaataaggcatgtcaaaaacatcaagtatcctccacgagttagttcttaagctatatatcttccagaacgggtctaaagtcatatc 9568874  T
Q  761 tccgtagccagcatgttcaccactaagagatacataacaaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatca 860  Q
     ||||| ||||| || |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9568873 accgtaaccagcgtgctcacccataatagatacataacaaatgacattatagtcatttctaagttcatcgtaaccaaatccatgaagataagatgtatca 9568774  T
Q  861 tgtatagtaagaaaatgctcaacatttggg---ataccagactcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttcc 957  Q
    | |||| ||  |||||  ||||||| |  |   |||   ||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||||||||    
T  9568773 tctatactatcaaaatcttcaacatcttcgtcaatagacgactcaactaactcatatggagtggggggaatgagcttgattgcatgtgtagatgggttcc 9568674  T
Q  958 acaatataattttgcc-ccatatatgatcatgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatg 1056  Q
    |||||| | |||||||   ||| || ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  9568673 acaatagagttttgccattata-atcatcttgatggagacaaagtgtgccattaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgaaacggtttgcaaatg 9568575  T
Q  1057 gatttgagaaatctaatataattttgttctcaaaccctacaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgc 1156  Q
    |||||| ||||||||||   | |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  9568574 gatttgtgaaatctaattgtactttgttctcaaacctttcaccataaatagaatagaaaacttctttaccaagttctaaatcctttagaagaagagatgc 9568475  T
Q  1157 cccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataa---aagagaccatgatttg 1253  Q
     ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||   | || ||||||||||    ||||||||||||||     
T  9568474 tccatcgtaataaggatatctgtgagaattagataaaagattcttgtagaacatgttcatgaagtgagggttttcagataagatcagagaccatgattta 9568375  T
Q  1254 cgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  9568374 cgaacgcattcaaatcgcttaatagatttaaaaggcaatttggatagaatagagaa 9568319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1309
Target Start/End: Original strand, 9602205 - 9603523
Alignment:
Q  2 cagatgagccaaaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggcccgctacagattcaatcaatctccgagattctaattgacaagac 101  Q
    ||||||||||||||||| ||  | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||| | ||| ||||||||||||    
T  9602205 cagatgagccaaaaacaaaaccatatatgcatcagcgacgatacaaggataatggcccgctaccgatttaagaaatctccggggttccaattgacaagac 9602304  T
Q  102 acttcgcatacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgc-------tccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattgga 194  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||  |  ||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  9602305 actttgcatacaaggtaatatcccaatcactgcaatcattttgcattttgctcctggtgaaaacaagaaaaataactaattacttattcctccgattgga 9602404  T
Q  195 agaatgttttccttgtatatgactatccggtc-------aatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataa 287  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| || ||       |||| | |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  9602405 agaatgttttccttgtatattagtattcgatcgacgatcaatagaattcacttctttgtaagaaagctccacaaccgattgagtacttaaatcaagacaa 9602504  T
Q  288 actagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttgg 387  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| | || || |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||||    
T  9602505 actacttctttatcttctctgatgacaaatatttctcctttcatcccaaccccgataggacgctcaatgcaagacaacgatccaacattaaagagtttgg 9602604  T
Q  388 tccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagc 487  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  |    
T  9602605 tccacgactcctttataccgtattcacccaaaattgatatttgaaaattattcgtctctttatgatatgagatcaatgaaacggacccatttaacaccac 9602704  T
Q  488 caagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaa 587  Q
    |||||||||||||||||        | |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  9602705 caagtttatccacaatg------ctttgaaacaatcatctaagtacgagggtatgggtgttatgaagaatacctcattgctcaagtaaaatgataccaac 9602798  T
Q  588 catggtccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggca 687  Q
    |||  ||| ||  |   ||| ||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||| ||||||    
T  9602799 catcttccatcttgactatcttcatcttcttcccacaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgactgccgtcaataagtgccaaggaataaggca 9602898  T
Q  688 tgtcaacatcaagtatcc---tccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtctccgtagccagcatgttcaccact 784  Q
    |||||| |  ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||| | ||| |||| ||| |||| |||  |    
T  9602899 tgtcaaaaataagtatccttttccacgagttagttcttaagctatatttcacccaaattgggtctaaagacatatgtccatagctagcgtgttgacccgt 9602998  T
Q  785 aagagatacataacaaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatcatgtatagtaagaaaatgctcaaca 884  Q
    || || ||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||  ||| ||||| || ||||    
T  9602999 aatagttatgtaacatatgacattataatcatttctaaggtcgtcgtaaccaaatccatgaagataagacgtatgaattatgctaacaaaatccttaaca 9603098  T
Q  885 tttgggataccagactcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatatatgat 984  Q
    | |   | |   ||||||||||||| || || ||||   |||| | |||| ||| | || || |||||||||||||||| | | ||||   |   || |     
T  9603099 tcttcaacagacgactcaactaacttatccgtagtg---ggaacgagcttgatttcctgtgtagatgggttccacaatacagtattgcaataataataag 9603195  T
Q  985 catgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttg---catatggatttgagaaatctaatataatttt 1081  Q
    | |||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||   |||||| ||||| |||||||| | ||| |||    
T  9603196 cttgatagagacaaaatgtcccattaatactaccaaaaccaaaaatacgaaatttaaaacggtttgcatcatatgaatttgggaaatctattttaacttt 9603295  T
Q  1082 gttctcaaaccctacaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtga 1181  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  9603296 gttctcaaacctttcaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagtttgaaatcccttaggaggagagatgtcccgtcgtaataaggacatcgatga 9603395  T
Q  1182 gaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatt 1281  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||  ||||||| |||||| || | |||||||| |||||||||| ||| | ||  |||||||||||||||| |||||    
T  9603396 gaattaaataagagattgttgcagaatgtgttcataaaactacggttctcagataagagagaccatggtttacaaaagcattcaaatcgcttaaaagatt 9603495  T
Q  1282 taagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9603496 taagaggcaatttggatagaatggagaa 9603523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 492 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 9574276 - 9573466
Alignment:
Q  492 tttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatg 591  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9574276 tttatccacaatgcttgaacatcgaaactatcatctaagtatgagggtatgggtgttatgaagaattcctcattgctcaagtaaaatgataccaaacatg 9574177  T
Q  592 gtccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtc 691  Q
     ||  ||  |   ||| ||| ||||||||  | | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  9574176 ctcgatcttgactatcttcaccttcttcacactatcaatgacacacaccatccatgcaaacttgagtgccgtcaatacctgccaacgaataaggcatgtc 9574077  T
Q  692 aa---catcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtctccgtagccagcatgttcaccactaaga 788  Q
    ||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||  |||||||  | | |    
T  9574076 aaaaacatcaagtatcctccacgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatatttccgtagctagcgcgttcacccttgata 9573977  T
Q  789 gatacataacaaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatca--tgtatagtaagaaaatgctcaacatt 886  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||  ||||| |  | ||||  || |||||| ||| ||||    
T  9573976 gatacataacaaaagacataatagtcatttctaagattgtcataaccaaatccatgaagataagccgtataatctatataccaaaaaaatgttcaccatt 9573877  T
Q  887 tgggataccagactcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatatatgatca 986  Q
    |||||||  | ||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||   |||| |||||||||||| ||| | |||||||  |   |  | |     
T  9573876 tgggata-gaaacttaactaactcacatggagtgggaggaatgagcttgattgtgagggtggatgggttccacgatagagttttgccataataaccacct 9573778  T
Q  987 tgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttct 1086  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||  | | |||| |||    
T  9573777 tgatggagacaaaatgtgccattaatactaccaaaaccaaaaatacgaaacttgaaacggtttgcatgtggatttgagaaatctaactttaatttgatct 9573678  T
Q  1087 caaaccctacaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaa-taaggacatcggtgagaat 1185  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||            
T  9573677 caaacctttcaccataaatagaatagaaaacgtctttaccaagttcaaaatcctttaggagcaaagatgccccatcgtaattaaggacatcg-------- 9573586  T
Q  1186 tagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaag 1285  Q
        ||||||||| ||||  ||||||||| | ||   |||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  9573585 ----taagagattgttgcaaaacatgttcttaaagtgatggttttcaattaacagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaaaagatttaat 9573490  T
Q  1286 aggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  9573489 aggcaatttggatagaatggagaa 9573466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 293 - 1194
Target Start/End: Original strand, 54295006 - 54295919
Alignment:
Q  293 ttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccac 392  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| || ||| | || |||||||||||| |||||||  ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  54295006 ttctttatcttttcttacgaagaatatttcccccttcgtccccactccgataggatgctcaacataagacaacggtccaacaatgaaaagtttggtccac 54295105  T
Q  393 gactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagt 492  Q
    || ||  | | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  || ||||||     
T  54295106 gattctatcacaccgaattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtggactcttcatgatatgagatcaatgcaatgcacccatttagtaccgccaagg 54295205  T
Q  493 ttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatgg 592  Q
    ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54295206 ttatccacaatgcttgaacatcaaaacaatcatctaagtttgaggatatgggtgttatgaaaaacatctcattgctcaagtaaaatgataccaaacatgg 54295305  T
Q  593 tccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaataca------tgccaaagaaaaaggc 686  Q
    ||| | |||   ||| |||    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| || |      || ||||||| |||||    
T  54295306 tccatgcagattatcttcatgcacttcacacaaccaatgacacacaccatccatgtagactttggagccctcactatatgggattgacaaagaataaggc 54295405  T
Q  687 atgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaagacatgtctccgtagccagcatgttcaccactaa 786  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||| | |||| | |||| ||  ||    
T  54295406 atgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaaggagtctaaagacataactccgtggtcagcgtattcaacatcaa 54295505  T
Q  787 gagatacataacaaatgacattatagtcatttctaaggtcatcgtaaccaaatccatgaagataaaacgtatcatgtatagtaagaaaatgctcaaca-- 884  Q
     | |||||||||||||||  |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||  |||| | |||||   |||  ||| ||||| |||||||      
T  54295506 tacatacataacaaatgagcttatagtcatttataagttcgtcgtaaccaaatccatgattataatatgtatctattatcctaacaaaatcctcaacatt 54295605  T
Q  885 ----tttgggataccagactcaactaactcattcggagtgggaggaatgggctttattgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatata 980  Q
        |||| ||||   |||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  | ||| ||||| |||||||||| | |||||||  |   |    
T  54295606 tgagtttgagatagacgactcaataaactcatttggagtgggaggaatgagcttgattgtgttggtagatggattccacaatacagttttgccataataa 54295705  T
Q  981 tgatcatgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattt 1080  Q
    | ||| | ||||||||||| | | |||| || |||||||||||||| ||||  |||||   |  |||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||    
T  54295706 tcatcctcatggagacaaattatgccattaacactaccaaaaccaagaataacaaaatcacaatggtttgcaaatggatttgggaaatctaatttaactt 54295805  T
Q  1081 tgttctcaaaccctacaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtg 1180  Q
    | || | ||||| | ||||| |||| ||||||||| ||| || ||| | |||||||||| |||| || | ||| |  || | |||||||| | | |||||    
T  54295806 tattttgaaacctttcaccaaaaatggaatagaaatcgtttttaccgaattcaaaatcccttagaagtaaagaagatccgttgtaataagaaaagcggtg 54295905  T
Q  1181 agaattagataaga 1194  Q
    ||||||| ||||||    
T  54295906 agaattaaataaga 54295919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 9606089 - 9606190
Alignment:
Q  1 acagatgagccaaaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggcccgctacagattcaatcaatctccgagattctaattgacaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9606089 acagatgagccaaaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggctcgctaccgattcaagcaatctccgagattctaattgacaaga 9606188  T
Q  101 ca 102  Q
    ||    
T  9606189 ca 9606190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 9569780 - 9569616
Alignment:
Q  13 aaaacagaaggacataagcatcagcaacgatacaaggataatggcccgctacagattcaatcaatctccgagattctaattgacaagacacttcgcatac 112  Q
    |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||  |||||  |  |||||||||||| ||||||    
T  9569780 aaaacagaaccacataagcatcagcgacgatacaaggataatggcccgctaccgattaaagcaatctccaggattccta--gacaagacactttgcatac 9569683  T
Q  113 aatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatactt 179  Q
    || |||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9569682 aaggtaatatcccaatcaccacaatcattttgctcctcgtgaaaacaagaaaaataactaattactt 9569616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 376 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 37898014 - 37897848
Alignment:
Q  376 tgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggaccc 475  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  37898014 tgaagagtttggtccacgattccttcataccaagttcgcccaaaactgatacgtgaaaagtagtcgtctcttcatgatatgagaacaatgcaatggactc 37897915  T
Q  476 attaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatg 542  Q
    ||  ||||| ||||||||||||||||| |  | || ||| |||||||| || |||| ||||||||||    
T  37897914 atataacaccgccaagtttatccacaaagctttaacatcaaaacaatcgtccaagtctgagggtatg 37897848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 623 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 37895785 - 37895654
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttctt 722  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| ||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||    
T  37895785 caaccaatgacacacttcatccatatagacttgggtgccctccttacattccaaagaataaggcatgtcaacatcaagtttcctccacgaattacttctt 37895686  T
Q  723 aagctatatatctcccagaatgggtctaaaga 754  Q
    | |||||| | |||||| || | |||||||||    
T  37895685 aggctataaacctcccataaggagtctaaaga 37895654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 516 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 37895910 - 37895831
Alignment:
Q  516 aaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtcc 595  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  37895910 aaacagtcatctaagtctgagggtatgggtgttacgaagaacacctcattgctcaggtaaaatgataccaaacatggtcc 37895831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1183 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 37895075 - 37894951
Alignment:
Q  1183 aattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagattt 1282  Q
    |||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||  |||| ||| | | ||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  37895075 aattagataagaaattgttacggagcatgttcatgaaatgatggttttgaaacaaaaga--ccatgattagtgaacacattcaaatcgcttcaaagattt 37894978  T
Q  1283 aagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
     ||||| | ||| ||||||||||||||    
T  37894977 gagagggagtttggatagaatggagaa 37894951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1239 - 1309
Target Start/End: Original strand, 54295952 - 54296022
Alignment:
Q  1239 agagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  54295952 agagaccatgatctacgaacgcattcaaatcgtttaaaagatttaagaggcagttttgataaaatggagaa 54296022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 48)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 109 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 29131643 - 29131013
Alignment:
Q  109 atacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgttttcctt 208  Q
    |||||| |||||| ||||||| || |||||||||| ||||  ||||||||| ||| || |||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  29131643 atacaaggtaatagcccaatgaccgcaatcattttcctcccagtgaaaacaggaagaa-aactacttacttgttcctccaattggaagaatgttatcctt 29131545  T
Q  209 gtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctg 308  Q
    |||||| | ||||||   | ||     |||| |||||||| ||||| || ||||  |||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||     
T  29131544 gtatattattatccgactagtatgacccactcctttgtaaccaagccccgcaattctttgcgtacttaaatcaagccaaactagttcttcatcttttctt 29131445  T
Q  309 atgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccat 408  Q
    | ||||||||||||||||||  | || ||||| |||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||  ||||||||||| || ||||| |||     
T  29131444 aggaagaatatttctccttttgtccccactccaataggacgctcaacgccagacaatggtccaacaatgaagatcttggtccacgattcttttatgccaa 29131345  T
Q  409 attcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtg 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||   |   |     
T  29131344 attcacccaaaattgatatgtgaaaagtagttgtgccttcatgatatgacatcaatgcaatggacacattcaacactgccaagtttatccaattttcttt 29131245  T
Q  509 aagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccagggaatca 608  Q
    || ||| ||||||||||||| || ||||||||||  |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||     |    ||     
T  29131244 aacatcaaaacaatcatctacgtctgagggtatgggtgttgtgacgaacacttcattgctcaagtaaaatgataccaaacatggtccaatgggattttct 29131145  T
Q  609 tcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctcc 708  Q
    |||  || ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||  || ||||  | || ||| ||||||||||||||||||||   ||||    
T  29131144 tcatgtttttcacacaaccaatgacacacaccatccatatagacttgggttcctgcattacagtctaacgaataaggcatgtcaacatcaagttctctcc 29131045  T
Q  709 atgagttagttcttaagctatatatctcccag 740  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  29131044 atgagttactttttgagctatatatctcccag 29131013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 241 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 29013036 - 29012544
Alignment:
Q  241 ctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactcc 340  Q
    |||| ||| ||| |||| ||||| |||| ||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  29013036 ctttataaccaacctcctcaatcatttgggtactcaaatcaagccaaactagttcttcatcttttctgatgaagaatatttctcctttcgtccccactcc 29012937  T
Q  341 gataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtc 440  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||  | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  29012936 gataggacgcttaacgcaagacaacggtccaacaatgaagagtttggtccatgattccttcacaccgaaatcccccaaaattgatatgtgaaaattagtc 29012837  T
Q  441 gtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggta 540  Q
    || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||    |  |||  | ||||| ||||  | ||| ||||    
T  29012836 gtctctttatgatatgagaccaatgcaatggacccatttaataccgccaagtttaaccacaatgctaaatcatcagaccaatcctctacttctgacggta 29012737  T
Q  541 tgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacacc 640  Q
     |  |||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||      ||    | ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  29012736 agggtgttgtgaagaacccctcattgctaaagtaaaatgataccaaacatgattcctc------attgctatcttcttcagacaaccaatgacacactcc 29012643  T
Q  641 atccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||| ||||   |||||   |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29012642 atccatgtagacttgggtgccgtcaatacagtccaaagaatacggcatgtcaacataaagttctctccacatgttacttcttaggctatatatctccca 29012544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 90 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 29145651 - 29145146
Alignment:
Q  90 aattgacaagacacttcgcatacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaa 189  Q
    |||||||||  || || ||||| ||||||||||| |||   |||||||||| |  |||  ||||| ||||||||||| || ||  |||||  ||||||||    
T  29145651 aattgacaaaccagtttgcataaaatgtaatatctcaacaaccacaatcatatacctcttggtgataacaagaaaaacaattagctacttgctcctccaa 29145552  T
Q  190 ttggaagaatgttttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaac 289  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | ||| ||   |  |||   |    |||| ||| |||| ||| ||||| |||| ||||||| |||||   | ||    
T  29145551 ttggaagaatgtattccttgtatattattattcgagtagaacaacccctagctttataaccaagttcctcaatcttttgggtacttagatcaaaccagac 29145452  T
Q  290 tagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtc 389  Q
    || |||||  ||||||||    ||||||||||| |||||  | || |||||||||||| ||| || |||||| |    ||||| ||| ||||||||||||    
T  29145451 taattcttcgtcttttctttgaaagaatatttccccttttatcccaactccgataggatgcttaatgcaagatagtggtccaagaataaagagtttggtc 29145352  T
Q  390 cacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagcca 489  Q
    || || ||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||| |  |||| | ||| ||||    
T  29145351 catgattccttcatacctaatccacccaaaattgatatgtgaaaattagtagtttgttcatgatatgagatcaatgcaatgaaatcatttatcactgcca 29145252  T
Q  490 agtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaaca 589  Q
     ||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||    
T  29145251 ggtttatccacaatgcttcaacatcgaaacaatcatctaagtctgagggtatgggtgttactaagaacacctcactactcaagtaaaatgacaccaaaca 29145152  T
Q  590 tggtcc 595  Q
    ||||||    
T  29145151 tggtcc 29145146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 250 - 595
Target Start/End: Original strand, 29152012 - 29152357
Alignment:
Q  250 caagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacg 349  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| | |||||   || ||| ||||||||||||||| || ||||||||||| || || || || ||||||||||||||    
T  29152012 caagctcctcaatcatttgagtactcagatcaaaccaagctacttctttatcttttcttataaagaatatttccccatttttccccactccgataggacg 29152111  T
Q  350 ctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttca 449  Q
    ||||||| ||| ||||  |||||| |||||||||||| ||||||| ||  | | |||   || ||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||    
T  29152112 ctcaacgtaaggcaacggtccaaccatgaagagtttgatccacgattctctgaaaccgagttgacccaaaattgatacacgaaaagtagtcgtctcttca 29152211  T
Q  450 tgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgtta 549  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||  | || ||| ||||| ||||||| || || | |||||  ||||     
T  29152212 ttatatgagatcaatgctatggacccatttaacacacccaagtttatccactttgctttaacatcaaaacagtcatctacgtctgggagtatgggtgttg 29152311  T
Q  550 tgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtcc 595  Q
    ||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29152312 tgagggacacttcattgctcaagtaaaatgataccaaacatggtcc 29152357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 116 - 476
Target Start/End: Original strand, 32740480 - 32740823
Alignment:
Q  116 gtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgttttccttgtatatg 215  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| || |||| ||||||     
T  32740480 gtaatatcccaatgaccgaaatcattttcctcccagtgaaaacaagaaaaaaaactaattacttgttcctccaatttgaagaatattatcctcgtatatt 32740579  T
Q  216 actatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaaga 315  Q
    | ||||||             |||     |||| |||||||| ||||| |||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  32740580 attatccg-------------acta----gtaaccaagctccgcaatcctttgtgtacataaatcaagccaaactagttcttcatcttttcttaggaaga 32740662  T
Q  316 atatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacc 415  Q
    |||||||||||||| | || ||||| |||||||| | ||| | ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||    
T  32740663 atatttctcctttcgtccccactccaataggacgttgaacaccagacaatggtccaacaatgaagagtttggtccacgattcctttatgccgaattcacc 32740762  T
Q  416 caaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggaccca 476  Q
    ||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  32740763 caaaattgatacgagaaaagtagttgtgtcttcatgatgtgagatcaaggcaatgaaccca 32740823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 293 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 34282070 - 34281624
Alignment:
Q  293 ttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccac 392  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | || ||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||| || ||||||||| |||||    
T  34282070 ttctttatcttttcttatgaagaatatttccccctttgtccccactccgataggacgctcaacgtaaggcaacggtccaaccataaagagtttgatccac 34281971  T
Q  393 gactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagt 492  Q
    || || || | |||   || ||||||||||||||   ||||| || | || |||| | |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||  ||||||    
T  34281970 gattctttgaaaccgagttgacccaaaattgatacacgaaaagtacttgtctctttacgatatgagatcaatgctatgtacccatttaacaccaccaagt 34281871  T
Q  493 ttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatgg 592  Q
    || |||||  ||  | || ||| ||||||||||||| || || |||||||  |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34281870 ttttccactttgctttaacatcaaaacaatcatctacgtctgggggtatggctgttgtgaaggacacttcattgctcaagtaaaatgataccaaacatgg 34281771  T
Q  593 tccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtca 692  Q
    |||     |   ||| | |  || ||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||||  ||| |||| | |||||||||    
T  34281770 tccaatgggattatctttatgtttttcacacaaccaatgacacacaccgtccatgtagatttgggtgccttcagtacagtccacagaagacggcatgtca 34281671  T
Q  693 acatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    |||||||||   ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||    
T  34281670 acatcaagttctctccacgagttactccttaggctatatatctccca 34281624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 250 - 588
Target Start/End: Original strand, 32744743 - 32745081
Alignment:
Q  250 caagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacg 349  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||| |||||||   || | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| || ||  |||| ||||| ||||| ||    
T  32744743 caagctcctcaatcatttgggtactcaaatcaaaccaagccagttcttcatcgtttcttatgaagaatatttccccctttgtacccactccaataggccg 32744842  T
Q  350 ctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttca 449  Q
     |||||||||| |||   ||||| | ||||||| |||||||| || || || ||||||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||    
T  32744843 atcaacgcaaggcaatggtccaatagtgaagagattggtccatgattctttcataccaatctcacccataattgatatgtgaaaagtagtcgtcttttca 32744942  T
Q  450 tgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgtta 549  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    || | || ||| ||| |||||||||  | |||||||| |  |||||    
T  32744943 taatatgagatcaatgcaatggacccatttaacaccgccaagtttctccaattggtttcaacatcaaaagaatcatctacatctgagggtacgggtgtta 32745042  T
Q  550 tgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaac 588  Q
    |||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||    
T  32745043 tgaagaacccttctttgctcaagtaaaacgataccaaac 32745081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 341 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 29300182 - 29299820
Alignment:
Q  341 gataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtc 440  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29300182 gataggacgctggacgcaagccaacggtccaacattgaagagattggtccacgattcctttatactgagctcacccaaaattgatatgtgaaaagtagtc 29300083  T
Q  441 gtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggta 540  Q
    || | ||  ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    || ||| ||||||||||||  ||  ||||  |    
T  29300082 gtctttttttgaaatgagatcaaggcaatggacccatttaacacagccaagtttatccactttgctccaacatcaaaacaatcatcttcgtccgaggaaa 29299983  T
Q  541 tgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccagggaa---tcatcaacttcttcagccaaccaatgacacac 637  Q
    |   |||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |  ||  |   |  ||| ||| ||||  ||||||||| |||||    
T  29299982 taggtgttataaggaacacctcattgctcaagtaaaatgacaccaaacatggtccagcggggctatgtttttcatctttttcacacaaccaatggcacac 29299883  T
Q  638 accatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaag 700  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||| |||   |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  29299882 tccatccatgtagacttgggtgccctcagtacgatcagaagaataaggcatgtcaacatcaag 29299820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 250 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 29124343 - 29124094
Alignment:
Q  250 caagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacg 349  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||| |||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||    
T  29124343 caagctcctcaatcatttgggtactcaaatcaaaccaagctagttctttatcttttctaatgaagaatatttcccccttcatacccactccaataggacg 29124244  T
Q  350 ctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttca 449  Q
     ||||| |||| |||   ||| | | ||||||| |||||||| || ||||| |||||    ||||||| ||||||||| |||||| ||||| | | ||||    
T  29124243 atcaacacaaggcaatggtcccatagtgaagagcttggtccatgattccttcataccgatctcacccagaattgatatctgaaaagtagtcttcttttca 29124144  T
Q  450 tgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatcca 499  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  29124143 tgatatgagaacaatgcaatggtcccatttaacactgccaagtttctcca 29124094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 250 - 499
Target Start/End: Original strand, 32960616 - 32960865
Alignment:
Q  250 caagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacg 349  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||  |||||||   |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||    
T  32960616 caagcttcacaatcatttgggtacccaaatcaaacaaaactaattcttcatcttttcttatgaagaatatttcccccttcttccccactcccataggacg 32960715  T
Q  350 ctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttca 449  Q
    |||||| |||| |||   || |||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||   |||| ||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  32960716 ctcaacacaaggcaatggtctaacaataaagagtttgatccaagattccttcataccgatttcatccaaaattgatacatgaaaagtagtcgtctcttca 32960815  T
Q  450 tgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatcca 499  Q
       | ||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  32960816 atgtgtgagaacaatgcaatggacccatttagcaccgccaagtttatcca 32960865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 246 - 593
Target Start/End: Original strand, 34258133 - 34258480
Alignment:
Q  246 taagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgatag 345  Q
    |||||||||||| |||||||||| || || |||| ||   || |||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||  | || | ||| || |    
T  34258133 taagcaagctcctcaatcgtttgggtgctcaaattaaaccaagctagttttttatcttttcttatgaagaatatttccccctttgtccccattccaatgg 34258232  T
Q  346 gacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtc 445  Q
    |   || ||||||||||| |  ||||| || ||||||||| ||||| || || || |  || | |||   ||||||||||||||||||| | || || |     
T  34258233 ggtacttaacgcaagacatcgatccaataacgaagagttttgtccatgattctttcacgccgtgttcgttcaaaattgatatgtgaaaagttgtagtttt 34258332  T
Q  446 ttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtat 545  Q
    ||||| ||||||||  || |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||  ||  | || ||| ||||||||||| | ||||||||||||   |    
T  34258333 ttcattatatgagagtaaggcaatgaacccatttaacaccgccaagtttatccactttgctttaacatcaaaacaatcatcaacgtatgagggtattggt 34258432  T
Q  546 gttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggt 593  Q
    ||| |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  34258433 gttttgaagaacacatcattgcttaagtcaaatgataccaaacatggt 34258480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 293 - 595
Target Start/End: Original strand, 34278373 - 34278675
Alignment:
Q  293 ttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccac 392  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||  || ||  | || ||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||| |||||||||||| ||||     
T  34278373 ttctttatcttttattatgaagaatattttcccctttgtccccactccgataggacgctcaacgtaaggcaacggtccaaccatgaagagtttgatccaa 34278472  T
Q  393 gactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagt 492  Q
    || || || | |||   || ||||||||| ||||   ||||| ||||| | |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||    
T  34278473 gattctttgaaaccgagttgacccaaaatcgatacacgaaaagtagtcatctctttatgatatgtgatcaatgctatggacccatttaacaccaccaagt 34278572  T
Q  493 ttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatgg 592  Q
    ||||||||  || |  |  ||| |||||||||||||  |  | ||| |||  |||| ||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34278573 ttatccactttgcgctatcatcaaaacaatcatctacttccgggggaatgggtgttgtgaaggacgcttcattgctcaagtaaaatgataccaaacaagg 34278672  T
Q  593 tcc 595  Q
    |||    
T  34278673 tcc 34278675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1176 - 1309
Target Start/End: Original strand, 29152911 - 29153044
Alignment:
Q  1176 cggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaa 1275  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||   |||  |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  |||| |    
T  29152911 cggtgagaattggataagaaattattgcggaacatgttcatgaagtgatgtttttcagataggagggaccatgatttgcgaacacattcaaaatgcttga 29153010  T
Q  1276 tagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
     |||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  29153011 aagatttaagaggcaattttgagagaatggagaa 29153044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 992 - 1306
Target Start/End: Complemental strand, 29144701 - 29144384
Alignment:
Q  992 gagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttctcaaac 1091  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| | ||||||||| | |  || |||||||||    
T  29144701 gagacaaagtataccattaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtataggtttgcgaatggatttaaaaaatctaatttcaccttattctcaaac 29144602  T
Q  1092 cctacaccagaaatagaatagaaaacgtcttgacca---agttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattag 1188  Q
    |   |||| |||| |||||| ||| | |||| |  |    |||||     || ||  || |||||||| || |||||||||||||  |  ||  ||||||    
T  29144601 ctctcacccgaaagagaataaaaaccatcttcataatagggttcattcaactgtaagagtagagatgctccgtcgtaataaggaccacaatgcaaattag 29144502  T
Q  1189 ataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagagg 1288  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||  |     |||| |||| ||| |||| ||||| ||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  29144501 ataagaaattgttgcggaacatgttcatgaaatgagtatcttcaaataagagataccaagatttacgaacgcatccaaatcgcttcaaagatttaagagg 29144402  T
Q  1289 caatttagatagaatgga 1306  Q
    |||||| |||||||||||    
T  29144401 caatttcgatagaatgga 29144384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1129 - 1303
Target Start/End: Original strand, 25320089 - 25320263
Alignment:
Q  1129 gttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggt 1228  Q
    |||||| | ||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||| || |||| |||  |||||||||||||| ||||   |||| |    
T  25320089 gttcaataacctttaggaggagagatgcaccatcgtaataagaacaacagtgagaattggaaaagaaattcgtgcggaacatgttcttgaagtgatggtt 25320188  T
Q  1229 ttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaat 1303  Q
     ||| |||| || ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  25320189 ctcaaataagagggaccatgattttcgaatacattgaaatcgcttaaaagatttaagcggcaactttgatagaat 25320263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1129 - 1303
Target Start/End: Original strand, 26149782 - 26149956
Alignment:
Q  1129 gttcaaaatcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggt 1228  Q
    |||||| | ||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||| || |||| |||  |||||||||||||| ||||   |||| |    
T  26149782 gttcaataacctttaggaggagagatgcaccatcgtaataagaacaacagtgagaattggaaaagaaattcgtgcggaacatgttcttgaagtgatggtt 26149881  T
Q  1229 ttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaat 1303  Q
     ||| |||| || ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  26149882 ctcaaataagagggaccatgattttcgaatacattgaaatcgcttaaaagatttaagcggcaactttgatagaat 26149956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 1151 - 1309
Target Start/End: Original strand, 34279321 - 34279479
Alignment:
Q  1151 agatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgat 1250  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||||||   |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  34279321 agatgctccatcataataagaacaacgatgagaattagataccaaatccttgtggaacatgttcatgaagtgatgattttcagataaaagataccatgat 34279420  T
Q  1251 ttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    || | |||||||||||| | ||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  34279421 ttacaaacacattcaaaactcttgaaagatttaagaggtaattttgaaagaatggagaa 34279479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1188 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 29123362 - 29123241
Alignment:
Q  1188 gataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagag 1287  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |     |||||| || ||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||| |||||||||||    
T  29123362 gataagaaattgttgcggaacatgttcatgaaatgagtatcttcagacaagagagaccatgatttgcgaacggattcaactcgtttaaaagatttaagag 29123263  T
Q  1288 gcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  29123262 gcaattttgatagaatggagaa 29123241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1188 - 1309
Target Start/End: Original strand, 32745702 - 32745823
Alignment:
Q  1188 gataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagag 1287  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||  |    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32745702 gataagaaattgttgcgaaacatgttcatgaaatgagtattttcagataagagagaccatgatttgcgaacgcattcaaatcgtttaaaagatttaagag 32745801  T
Q  1288 gcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    | | ||| ||||| ||||||||    
T  32745802 gtagttttgataggatggagaa 32745823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 421 - 595
Target Start/End: Original strand, 23218649 - 23218823
Alignment:
Q  421 ttgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaaca 520  Q
    ||||||| |||||| ||||| | | ||||||||| ||||||| ||||||  || |||| |||   ||||||||||||||| |||  |  | ||| ||| |    
T  23218649 ttgatatatgaaaagtagtcatttgttcatgataagagatcattgcaattcactcatttaaccgtgccaagtttatccacgatgcttccacatcaaaaga 23218748  T
Q  521 atcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtcc 595  Q
    ||||||||||| |||  |||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  23218749 atcatctaagtttgaaagtatgggtgttactaagaacacctcattgctcaagtaaaatgacaccaaacatggtcc 23218823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 250 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 29137477 - 29137227
Alignment:
Q  250 caagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacg 349  Q
    |||||||| | ||| |||| |||||||||||||   || |||||||||||||||||||  | ||| ||||||| || ||  | || ||||| | ||||||    
T  29137477 caagctcctcgatcatttgggtacttaaatcaaaccaagctagttctttatcttttcttgtaaaggatatttccccctttgtccccactccaaaaggacg 29137378  T
Q  350 ctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttca 449  Q
    |||||| |||| |||   || |||  |||||||  ||||||| |  ||||| ||||||  |||||||||||| ||||  |||||| ||| | | | ||||    
T  29137377 ctcaacacaaggcaatggtctaactgtgaagagcctggtccatgtttccttcataccaacttcacccaaaatagatacatgaaaagtagccatcttttca 29137278  T
Q  450 tgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccac 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||| |||||  ||||||||||||||    
T  29137277 tgatatgatatcaatgcaatggacaaatttaacaccaccaagtttatccac 29137227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1149 - 1311
Target Start/End: Complemental strand, 29299324 - 29299162
Alignment:
Q  1149 agagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatg 1248  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||  ||| ||||||| ||||||| |||  |||  |||||| |||||||    ||  ||||| | || ||||||||||    
T  29299324 agagatgctccatcgtagtaagaacgacggagagaattggataagaaattgctgcaaaacatggtcatgaagtcctgattttcaaacaagagagaccatg 29299225  T
Q  1249 atttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaaag 1311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  29299224 atttgcgaacacattcaaaacgcttaaaagatttaagaggcaactttgagagaatggaaaaag 29299162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1149 - 1303
Target Start/End: Original strand, 32973437 - 32973591
Alignment:
Q  1149 agagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatg 1248  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||  ||  ||||||||||||| | ||| |||| |||||  |||| |||    ||| |||||||||| ||||||||||    
T  32973437 agagatgctccattgtaataagaaccacgaagagaattagataataaattgttgcagaacactttcacgaagtgttggttttcagataagagagaccatg 32973536  T
Q  1249 atttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaat 1303  Q
    |||| | |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  32973537 atttacaaacacattcaaaacgcttgaaagatttaagaggcaattttgatagaat 32973591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 1181 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 29130542 - 29130414
Alignment:
Q  1181 agaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaa---actatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaata 1277  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||   |||||   ||||| | || |||||||||||||| |||||  ||||||||||||| | |    
T  29130542 agaattagataagagactgttgtggaacatgttcatgaacaaactat---tttcatacaagagagaccatgatttacgaacggattcaaatcgcttgaaa 29130446  T
Q  1278 gatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  29130445 gatttaagaggcaactttgagagaatggagaa 29130414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 1230 - 1309
Target Start/End: Original strand, 29149753 - 29149832
Alignment:
Q  1230 tcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  29149753 tcagacaagagagaccatgatttgcgaacgcattcaaatcagttaaaagatttaagaggcaattttgagagaatggagaa 29149832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 623 - 739
Target Start/End: Original strand, 25319549 - 25319666
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatg-ccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttct 721  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||   || ||||| | ||||| |||| ||||||| | |||||||||||| ||||    
T  25319549 caaccaatgacacactccatccatgtagactcgggtgccctcagtacaactcccaagaagacggcatctcaatatcaagttttctccatgagttacttct 25319648  T
Q  722 taagctatatatctccca 739  Q
    || |||||||||||||||    
T  25319649 taggctatatatctccca 25319666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 623 - 739
Target Start/End: Original strand, 26149242 - 26149359
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatg-ccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttct 721  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||   || ||||| | ||||| |||| ||||||| | |||||||||||| ||||    
T  26149242 caaccaatgacacactccatccatgtagactcgggtgccctcagtacaactcccaagaagacggcatctcaatatcaagttttctccatgagttacttct 26149341  T
Q  722 taagctatatatctccca 739  Q
    || |||||||||||||||    
T  26149342 taggctatatatctccca 26149359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 623 - 739
Target Start/End: Original strand, 32961001 - 32961117
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttctt 722  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||    |||   ||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  32961001 caaccaatgacacacaccatccatgtagagatgggtgccctcggaccattttaaagaaggtggcatgtcaacatcaagtttcctccacgagttacttctt 32961100  T
Q  723 aagctatatatctccca 739  Q
    | |||||||||||||||    
T  32961101 acgctatatatctccca 32961117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1239 - 1306
Target Start/End: Original strand, 23216866 - 23216933
Alignment:
Q  1239 agagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatgga 1306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| || || |||||||||||    
T  23216866 agagaccatgatttgcgaacacattcaaatctcttcaaagatttaagaggtaacttcgatagaatgga 23216933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 989 - 1073
Target Start/End: Original strand, 23216613 - 23216697
Alignment:
Q  989 atggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaat 1073  Q
    ||||||||||||| | |||| || ||||||||  ||||||||  |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23216613 atggagacaaagtatgccattaacactaccaaccccaaaaatttgaaaattgaattggtttgcatatggatttgagaaatctaat 23216697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 623 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 29123925 - 29123817
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttctt 722  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||  ||    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  29123925 caaccaatgacacactccatccatgtagacatggttgccctctgtagtgtccaaagaaggcggcatgtcaacatcaagtatcctccaagagttacttctt 29123826  T
Q  723 aagctatat 731  Q
    | |||||||    
T  29123825 aggctatat 29123817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 623 - 739
Target Start/End: Original strand, 32745134 - 32745250
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttctt 722  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||  |     ||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  32745134 caaccaatgacacactccatccatgtagacatggttgccctccgtggtgtccaaagaaggcggcatgtcaacatcaagtttcctccaggagttacttctt 32745233  T
Q  723 aagctatatatctccca 739  Q
    | |||||||||||||||    
T  32745234 aggctatatatctccca 32745250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1200 - 1291
Target Start/End: Complemental strand, 29136500 - 29136409
Alignment:
Q  1200 ttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaa 1291  Q
    |||||||||||||||||||||| |    ||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||||||  ||||| | |||||||||||||||    
T  29136500 ttgcggaacatgttcatgaaacgagtattttcaaataagagagaccatgatttgcaaacgcattcaatacgcttgaaagatttaagaggcaa 29136409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 34281191 - 34281060
Alignment:
Q  1178 gtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaata 1277  Q
    ||||||||| ||||||| |||   ||||||||||| ||||||   |||| ||| | |||||   |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| | |    
T  34281191 gtgagaattggataagaaattgcagcggaacatgtccatgaagtgatggtttttacataaagtggaccatgatttgcgaagacactcaaaacgcttgaaa 34281092  T
Q  1278 gatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  34281091 gatttaagaggcaattttgagagaatagagaa 34281060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 516 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 29124050 - 29123978
Alignment:
Q  516 aaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaac 588  Q
    |||||| ||||||  | ||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  29124050 aaacaaacatctacatctgagggtatgggtgttatgaagaacacttcgttgctcaagtaaaacgataccaaac 29123978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1176 - 1288
Target Start/End: Original strand, 34259087 - 34259199
Alignment:
Q  1176 cggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaa 1275  Q
    |||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |  |  ||   |||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |    
T  34259087 cggtgagagttagatatgaaattgttgcggaacatgttcatgaaacgagtgtcttgtaataagagagaccatgatttacgaacgcatccaaatcgcttta 34259186  T
Q  1276 tagatttaagagg 1288  Q
     ||| ||||||||    
T  34259187 aagacttaagagg 34259199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 676 - 739
Target Start/End: Original strand, 23223686 - 23223749
Alignment:
Q  676 aagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||||||||||    
T  23223686 aagaaaatggcatgtcaacgtcaagtttcctccacgagttaattgttaggctatatatctccca 23223749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 684 - 739
Target Start/End: Original strand, 34258565 - 34258620
Alignment:
Q  684 ggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  34258565 ggcatgtcaaaatcaagtttcttccatgaattacttcttaagctatatatctccca 34258620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 1203 - 1309
Target Start/End: Original strand, 21379301 - 21379407
Alignment:
Q  1203 cggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaa 1302  Q
    |||| |||||||||||||  |  | ||||| |||| |||||||||||||| || || ||| |||||||||| | |||||||||||| || || |||||||    
T  21379301 cggaccatgttcatgaaataagtgttttcaaataagagagaccatgatttacggacgcatccaaatcgcttcaaagatttaagaggtaacttcgatagaa 21379400  T
Q  1303 tggagaa 1309  Q
    | |||||    
T  21379401 tagagaa 21379407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 545 - 595
Target Start/End: Original strand, 25528986 - 25529036
Alignment:
Q  545 tgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtcc 595  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  25528986 tgttaggacgaacacctcattgctcaagttaaatgataccaaacatggtcc 25529036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 328
Target Start/End: Original strand, 19697377 - 19697430
Alignment:
Q  275 taaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctccttt 328  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  19697377 taaatcaagacaaactagttcttcattctttctaatgaagaatatttctccttt 19697430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 545 - 594
Target Start/End: Original strand, 26090886 - 26090935
Alignment:
Q  545 tgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtc 594  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  26090886 tgttataaagaacacctcattgctcaagttaaatgataccagacatggtc 26090935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 412 - 499
Target Start/End: Original strand, 25520027 - 25520113
Alignment:
Q  412 cacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatcca 499  Q
    |||| |||||||||||||||||| || || | | |||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||    
T  25520027 cacctaaaattgatatgtgaaaa-taatcatattttcatgatgtgagatcaacgcaatggacctatttaacaccaccaattttatcca 25520113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 545 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 29137176 - 29137133
Alignment:
Q  545 tgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaac 588  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  29137176 tgttatgaagaacacttcactgctcaagtaaaacgataccaaac 29137133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 987 - 1022
Target Start/End: Original strand, 29152742 - 29152777
Alignment:
Q  987 tgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaa 1022  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29152742 tgatggagacaaagtgtaccattaatactaccaaaa 29152777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 554 - 593
Target Start/End: Original strand, 32960923 - 32960962
Alignment:
Q  554 gaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggt 593  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  32960923 gaacacctcattgctcaaataaaatgataccaaacatggt 32960962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 992 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 29012303 - 29012257
Alignment:
Q  992 gagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaat 1038  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29012303 gagacaaagtgtgccgttaatactaccaaaaccaaaaatacggaaat 29012257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 986 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 29130731 - 29130682
Alignment:
Q  986 atgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaa 1035  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  29130731 atgatggagacaaaatgtgccattaatactaccgaaaccaaagatacgaa 29130682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 3e-70; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 92 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 42446690 - 42446188
Alignment:
Q  92 ttgacaagacacttcgcatacaatgtaatatcccaatggccacaatcattttgctccaggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaatt 191  Q
    ||||||||  |||| | |||||| |||||||| |||   |||||||||| |  |||  ||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||    
T  42446690 ttgacaagggactttgtatacaaggtaatatctcaagaaccacaatcatatacctcttggtgaaaacaagaaaaacaattaattaattattcctccaatt 42446591  T
Q  192 ggaagaatgttttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaacta 291  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || |||  || ||     | || |||| ||| ||||| || ||||| | |  ||||||||||||||  || |||    
T  42446590 ggaagaatgttttccttgtatattattacccgagcagtaggaccccctcctttataaccaagcccctcaatcatcttggtacttaaatcaagccaagcta 42446491  T
Q  292 gttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtcca 391  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  42446490 gttctccatcttttctaatgaagaatatttctcctttcatccccacttcgataggacgctcaacacaatgcaacggtccaacaatgacgagtttggtcca 42446391  T
Q  392 cgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaag 491  Q
     || ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||  || ||| | ||||||| |||||||||| ||||||||| | || |||||| |||||    
T  42446390 tgattccttgatagcaagttcacccaaaattgatatgtgaaaa-aagccgtcttttcatgaaatgagatcaaggcaatggactcgtttaacacaaccaag 42446292  T
Q  492 tttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatg 591  Q
    ||||||||| ||     || || ||||||| ||||||||| |||||||||   |||  ||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  42446291 tttatccacgattctccaacatagaaacaaccatctaagtctgagggtataggtgtggtgaagaatacatcattgctcaagtcaaatgataccaaacatg 42446192  T
Q  592 gtcc 595  Q
    ||||    
T  42446191 gtcc 42446188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 623 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 42446142 - 42446011
Alignment:
Q  623 caaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttctt 722  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||    
T  42446142 caaccaatgacacactccatccatgtagacttgggtgccctcaatacattccaaagaataaggcatgtcaacatcaagtttcctccacgggttacttctt 42446043  T
Q  723 aagctatatatctcccagaatgggtctaaaga 754  Q
    |  |||||||||||||| || | |||||||||    
T  42446042 agactatatatctcccataaggagtctaaaga 42446011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 936 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 42445794 - 42445421
Alignment:
Q  936 attgcatgggtcgatgggttccacaatataattttgccccatatatgatcatgatggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaa 1035  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||  |  ||| ||  | ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42445794 attgcttgggtagatggattccacaatacaattttgccataattatcatattcatggagacagagtgtgccattaatactaccaaaaccaaaaatacgaa 42445695  T
Q  1036 aattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttctcaaaccctacaccagaaatagaatagaaaacgtcttgaccaagttcaaa 1135  Q
    |||   | || | |||| ||||||||||| |||||||| | |  || ||||| ||||    |||||||| | |||| ||||| || |||    ||||| |    
T  42445694 aatcaaatggatgtgcagatggatttgagtaatctaatttgaccttattctcgaacctctgaccagaaagaaaatataaaacttcctgatggggttcata 42445595  T
Q  1136 atcctttagtagcagagatgccccatcgtaataaggacatcggtgagaattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagat 1235  Q
    | ||||||| |  |||||||     || ||||||| |||    ||  ||||||| |||| ||| |  ||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  42445594 aacctttaggattagagatgattggtcataataagaacaagaatgcaaattagaaaagaaattatctcggaacatgttcatgaaatgatggttttcagat 42445495  T
Q  1236 aaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    || ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  42445494 aagagagaccacaatttacgaacacattcaaatcgcttaaaagatttaagaggtaattttgatataatggagaa 42445421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 250 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 7794015 - 7793670
Alignment:
Q  250 caagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacg 349  Q
    |||||||  ||||| |||| ||||||| |||||   | |||| |||| | ||||||||   |||||||||||| |||||| | || ||||| ||||||||    
T  7794015 caagctcttcaatcatttgggtacttagatcaaacaatactaattctctgtcttttctttggaagaatatttcccctttcgtccccactccaataggacg 7793916  T
Q  350 ctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttca 449  Q
    ||| | | |||| ||   ||||| |||||||||||| ||||||||  |||| | |||  ||| | ||||||| | ||| || |||||| | ||  |||||    
T  7793915 ctcgatgaaagaaaatggtccaataatgaagagtttagtccacgatcccttcacaccgaatttatccaaaatggctatatggaaattattagtcacttca 7793816  T
Q  450 tgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgtta 549  Q
    ||| ||| |||||| | |||| | ||||| |||||  |||| ||||||||| | |  | ||  |  ||||||||||||   | ||| |||||   |||||    
T  7793815 tgaaatgtgatcaaggaaatgtagccatttaacaccaccaaatttatccacgaagctttaaatttaaaacaatcatcttcatctgaaggtataggtgtta 7793716  T
Q  550 tgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtcc 595  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  7793715 tgaagaacgcctcattgctcaagtaaaaagatagcaaacatagtcc 7793670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 993 - 1037
Target Start/End: Complemental strand, 7793252 - 7793208
Alignment:
Q  993 agacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaa 1037  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7793252 agacaaagtataccattaatactaccaaaaccgaaaatacgaaaa 7793208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1183 - 1270
Target Start/End: Complemental strand, 7793059 - 7792972
Alignment:
Q  1183 aattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcg 1270  Q
    ||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||  |||| |||||  ||| |  ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  7793059 aattacataagaaattttcccggaacatgttcatgaaatgatggttttcaagtaagactgaccatgatatgcgaacacattgaaatcg 7792972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 109; Significance: 3e-54; HSPs: 3)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 179 - 754
Target Start/End: Original strand, 16037 - 16615
Alignment:
Q  179 tattcctccaattggaagaatgttttccttgtatatgactatccggtcaatacagttcacttctttgtaagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaa 278  Q
    ||||||||||  || |||||||||| |||||||||| | ||||||  ||  ||| | | || |||| ||| |||| ||| ||||| |||||||| | | |    
T  16037 tattcctccatctgtaagaatgtttaccttgtatattattatccgagcacaacaatcccctgctttataaccaagttcctcaatcatttgagtattaaga 16136  T
Q  279 tcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatga 378  Q
    ||||   || ||| ||||| ||| |||||   |||||||| ||| |||||  | || ||||||||||||| |  ||||||||||||   ||||| | |||    
T  16137 tcaaaccaagctaattcttcatcctttctttggaagaataattccccttttgtccccactccgataggacacctaacgcaagacaatggtccaatagtga 16236  T
Q  379 agagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccatt 478  Q
    |||| ||| |||| || |||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  16237 agagattgatccatgattccttcttaccaatttcacccaaaattgatatgtgaaaagtagtccttggttcatgataagagatcaatgcaatgcactcatt 16336  T
Q  479 aaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaag 578  Q
     |||   ||||||||||||||  |||  | || ||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  16337 taaccgtgccaagtttatccatgatgcttcaacatcaaaacaatcatctaagtttgagggtatgggtgttattaagaacacctcattgctcaagtaaaat 16436  T
Q  579 gataccaaacatggtccctccagggaa---tcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccatgtagacttgagtgccgtcaatacatgcca 675  Q
    || |||||||||| |||  |  ||  |   || ||  ||| ||||  |||||||||||| |   |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||        
T  16437 gacaccaaacatgctccagcggggttatcttcctcgtctttttcacacaaccaatgacagatttcatctatgtagacttgggtgccctcattacattttg 16536  T
Q  676 aagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctcccagaatgggtctaaaga 754  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||| || ||| ||||||||||||||| || || ||||||||    
T  16537 aagaaaatggcatgtcaacgtcaagtttcctccacgagttacttgttaggctatatatctcccataaaggttctaaaga 16615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1183 - 1306
Target Start/End: Original strand, 17092 - 17215
Alignment:
Q  1183 aattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtt-tcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatt 1281  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||| || |  || |||  ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||    
T  17092 aattagataagaaattattgcgaaacttgttcatgaaa-taagaattatcaattaagagagaccatgatttgcaaacgcattcaaatctcttcaaagatt 17190  T
Q  1282 taagaggcaatttagatagaatgga 1306  Q
    |||||||||| || |||||||||||    
T  17191 taagaggcaactttgatagaatgga 17215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 989 - 1111
Target Start/End: Original strand, 16895 - 17017
Alignment:
Q  989 atggagacaaagtgtaccatcaatactaccaaaaccaaaaatacgaaaattgtaggggtttgcatatggatttgagaaatctaatataattttgttctca 1088  Q
    ||||||||||||| | ||||  | |||| |||  ||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| | |  || ||||||    
T  16895 atggagacaaagtatgccatttacactatcaaccccaaaaatttgaaaattgaattggtttgcatatggatttgagaaatctaatttgaccttattctca 16994  T
Q  1089 aaccctacaccagaaatagaata 1111  Q
    ||||   ||||||||| ||||||    
T  16995 aacctctcaccagaaagagaata 17017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0613 (Bit Score: 91; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0613
Description:

Target: scaffold0613; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 311 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 331 - 49
Alignment:
Q  311 gaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatat 410  Q
    |||||||| ||| ||||| || || ||||||||||||  |||||||||||||||   ||||| | ||||| | |||||||| || || ||  | |||  |    
T  331 gaagaataattccccttttttccccactccgataggaaactcaacgcaagacaatggtccaatagtgaagtgattggtccatgattcattctttccaatt 232  T
Q  411 tcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaa 510  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |   | ||||||| ||||||||||||||| || |||| |||   ||||||||||||||  |||  | ||    
T  231 tcacccaaaattgatatgtgaaaagtagtccttggtacatgataagagatcaatgcaatgcactcatttaaccatgccaagtttatccaggatgcttcaa 132  T
Q  511 gatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatgttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggt 593  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  131 catcaaaacaatcatctaagtttgagggtatgggtgttattaagaacacctcattgctcaagtaaaatgacaccaaacatggt 49  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 74; Significance: 3e-33; HSPs: 4)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 150 - 739
Target Start/End: Original strand, 33250 - 33833
Alignment:
Q  150 ggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgttttccttgtata-tgactatccg-gtcaatacagttcactt-ctttgt 246  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  |||  |  | ||| |||| |    
T  33250 ggtgaaaacatgaaaaataattaattacttattccttcaatggcaagaatgttttccttgtatagtga-tatccgagt--ataaggaccccttgctttat 33346  T
Q  247 aagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgatagg 346  Q
    || |||||||  |||||  ||| ||||||| |||||   || ||| ||| |||||||| ||   |||||| ||||| |||||| | || |||| ||||||    
T  33347 aaccaagctcttcaatcacttgggtacttagatcaaaccaagctaattcattatctttcctttggaagaaaatttcccctttcgtccccactctgatagg 33446  T
Q  347 acgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtct 446  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||   |||||||||||||| ||||| |||| |||| || ||     
T  33447 acgctcaacgcaagacaacggtccaacagtgaagagtttggtccacgattccttaatgccgagttcacccaaaattgctatgtcaaaagtagtagtctcc 33546  T
Q  447 tcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatg 546  Q
      |||| | | |||||| | |||||| ||||| || |   |||| |||||| |  | |  | ||  |  ||||| ||||||   |  |||||||||  ||    
T  33547 cgatgaaacgcgatcaaggaaatggaaccatttaataacaccaaatttatcgatgaagctttaaatttaaaacagtcatcttcatccgagggtatgggtg 33646  T
Q  547 ttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccat 646  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |  ||| ||  ||    ||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  33647 ttatacagaacacctcatttctcaagtaaaatgatactaaacatggtccagcaggggtat--tc----tcttcacacaaccaatgacacactccatccat 33740  T
Q  647 gtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    ||||||||| || || || |||||     ||||| | |||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  33741 gtagacttgggttccctctatacagtaagaagaagatggcatgtcaatatcaagtttcctccacgagttacttcttaggctatatatctccca 33833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 150 - 739
Target Start/End: Original strand, 39601 - 40184
Alignment:
Q  150 ggtgaaaacaagaaaaataactaaatacttattcctccaattggaagaatgttttccttgtata-tgactatccg-gtcaatacagttcactt-ctttgt 246  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  |||  |  | ||| |||| |    
T  39601 ggtgaaaacaagaaaaataattaattacttattccttcaattacaagaatgttttccttgtatagtga-tatccgagt--ataaggaccccttgctttat 39697  T
Q  247 aagcaagctccacaatcgtttgagtacttaaatcaagataaactagttctttatcttttctgatgaagaatatttctcctttcttacctactccgatagg 346  Q
    || |||||||  |||||  ||| ||||||| |||||   || ||| ||| |||||||||||   |||||| ||||| |||||  | || |||||||||||    
T  39698 aaccaagctcttcaatcacttgggtacttagatcaaaccaagctaattcattatcttttctttggaagaaaatttccccttttgtccccactccgatagg 39797  T
Q  347 acgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtct 446  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||| || ||   |||||||||||||| |||||||||| |||| || ||     
T  39798 acgctcaacgcaagacaacggtccaacagtaaagagtttgatccacgattccttaatgccgagttcacccaaaattgctatgtgaaaagtagtagtctcc 39897  T
Q  447 tcatgatatgagatcaatgcaatggacccattaaacacagccaagtttatccacaatgtgtgaagatcgaaacaatcatctaagtatgagggtatgtatg 546  Q
      |||| | |   |||| | |||||||||||| ||||   |||| ||||||    | |  | ||  |  ||||||||||||   |  |||||||||  ||    
T  39898 cgatgaaacgcagtcaaggaaatggacccatttaacaacaccaaatttatctttgaagctttaaatttaaaacaatcatcttcatccgagggtatgggtg 39997  T
Q  547 ttatgaagaacacctcattgctcaagtaaaaggataccaaacatggtccctccagggaatcatcaacttcttcagccaaccaatgacacacaccatccat 646  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |  ||| ||  ||    ||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  39998 ttatacagaacacctcatttctcaagtaaaatgatactaaacatggtccagcaggggtat--tc----tcttcacacaaccaatgacacactccatccat 40091  T
Q  647 gtagacttgagtgccgtcaatacatgccaaagaaaaaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    ||||||||| || || || |||||     ||||| | |||||||||| ||||||| | ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  40092 gtagacttgggttccctctatacagtaagaagaagatggcatgtcaatatcaagttttctccacgagttacttcttaggctatatatctccca 40184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1183 - 1303
Target Start/End: Original strand, 34301 - 34421
Alignment:
Q  1183 aattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagattt 1282  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |   ||| ||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||  |||||| || | ||||||    
T  34301 aattacataagaaatttttgcggatcatgttcatgagatgttggttttcaaataagagtgaccatgatttacgaacgcatcgaaatcggttcaaagattt 34400  T
Q  1283 aagaggcaatttagatagaat 1303  Q
    |||||| | ||| ||||||||    
T  34401 aagagggagtttggatagaat 34421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 1183 - 1303
Target Start/End: Original strand, 40658 - 40778
Alignment:
Q  1183 aattagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagattt 1282  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |   ||| ||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||  |||||| || | |||||     
T  40658 aattacataagaaatttttgcggatcatgttcatgagatgttggttttcaaataagagtgaccatgatttacgaacgcatcgaaatcggttcaaagattg 40757  T
Q  1283 aagaggcaatttagatagaat 1303  Q
    |||||| | ||| ||||||||    
T  40758 aagagggagtttggatagaat 40778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 5e-16; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1194 - 1310
Target Start/End: Complemental strand, 13280392 - 13280276
Alignment:
Q  1194 agatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatt 1293  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || |||| |  ||||| ||| | ||    
T  13280392 agattgttgcggaacatgttcatgaaaatagggttttcaaataaatgagaccatgatttgcgaacacaagcaaagcgtttaagatgtttaatagggagtt 13280293  T
Q  1294 tagatagaatggagaaa 1310  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  13280292 tagagagaatagagaaa 13280276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1261 - 1308
Target Start/End: Original strand, 7436173 - 7436220
Alignment:
Q  1261 attcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggaga 1308  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  7436173 attcaaatcgcttcaaagatttaagaggcaaatttgatagaatggaga 7436220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 439
Target Start/End: Original strand, 7488694 - 7488824
Alignment:
Q  309 atgaagaatatttctcctttcttacctactccgataggacgctcaacgcaagacaacactccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccat 408  Q
    |||||||| || || || ||||| ||| ||| |||||||||  |||| ||||||||   ||||||| |||| |||||  |||| || || || | ||||     
T  7488694 atgaagaaaatatccccattcttccctcctctgataggacgtgcaacacaagacaatggtccaacattgaaaagttttttccatgattctttcacaccaa 7488793  T
Q  409 attcacccaaaattgatatgtgaaaattagt 439  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7488794 tttcacccaaaattgatatgtgaaaagtagt 7488824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 410 - 463
Target Start/End: Original strand, 7429022 - 7429075
Alignment:
Q  410 ttcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaa 463  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||| |||||    
T  7429022 ttcacccaaaactgatatgtgaaaagtagtcttctcttcataatatgaaatcaa 7429075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1261 - 1306
Target Start/End: Original strand, 7524999 - 7525044
Alignment:
Q  1261 attcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatgga 1306  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7524999 attcaaatcgctgcaaagatttaagaggcaattttgatagaatgga 7525044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1186 - 1254
Target Start/End: Complemental strand, 26531610 - 26531542
Alignment:
Q  1186 tagataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgc 1254  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  26531610 tagatatgaaatttttgcggaacatattcataaaactagggttttcaaataaaagagaccatgatttgc 26531542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1193 - 1273
Target Start/End: Original strand, 31135828 - 31135908
Alignment:
Q  1193 gagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgctt 1273  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||    
T  31135828 gagattgttgcggaacatgttcataaaaatagggttttcaaataaaagagaccatggtttgcatacacatgcaaatcgctt 31135908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1194 - 1303
Target Start/End: Complemental strand, 27183202 - 27183093
Alignment:
Q  1194 agatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatt 1293  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||| || || ||| | ||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||| | |||||||| ||| | ||    
T  27183202 agattgttgcggaacaagttgatgaaattagggttttgaaataaaagagaccatgatttggaaacacaagtaaatcgcttgagagatttaatagggagtt 27183103  T
Q  1294 tagatagaat 1303  Q
    |||| |||||    
T  27183102 tagagagaat 27183093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1194 - 1284
Target Start/End: Original strand, 27231083 - 27231173
Alignment:
Q  1194 agatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaa 1284  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||| || || ||| | ||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||| | ||||||||    
T  27231083 agattgttgcggaacaagttgatgaaattagggttttgaaataaaagagaccatgatttggaaacacaagtaaatcgcttgagagatttaa 27231173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 4)
Name: scaffold0129
Description:

Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 10546 - 10486
Alignment:
Q  374 aatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaa 434  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  10546 aatgaagagtttagtccaagactccttcacaccaacttcacccaaaattgatatgtgaaaa 10486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1207 - 1306
Target Start/End: Complemental strand, 9677 - 9578
Alignment:
Q  1207 acatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatgga 1306  Q
    |||||||||||||| || || ||||| ||||  |||||||||||||  | |||||   |||||| || | |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9677 acatgttcatgaaattagggttttcaaataagcgagaccatgatttatgtacacaactaaatcgtttcaaagatttaagaggcaatttggagagaatgga 9578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 369 - 468
Target Start/End: Original strand, 33551 - 33650
Alignment:
Q  369 ccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgcaa 468  Q
    |||| ||| |||||||| ||||| |||||||| | ||||  |||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||| |||  | ||||||||||||||    
T  33551 ccaataataaagagtttagtccaagactccttcacaccaagttcacccaaaatagaaatgtgaaaagtagtcatttctacatagtttgagatcaatgcaa 33650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 682 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 10241 - 10184
Alignment:
Q  682 aaggcatgtcaacatcaagtatcctccatgagttagttcttaagctatatatctccca 739  Q
    ||||||| || | ||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  10241 aaggcatatccaaatcaagtttcctccaagagttacttcttaagctgtatatctccca 10184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 32643026 - 32642902
Alignment:
Q  368 tccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagtcgtgtcttcatgatatgagatcaatgca 467  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||| | |    |||||| |||||||||||||| |||| ||| | | | ||| ||||||| |||||| |||    
T  32643026 tccaacaatgaagagtttgatccatgattccttcacagttaattcactcaaaattgatatgttaaaagtagccatttgttcttgatatgtgatcaacgca 32642927  T
Q  468 atggacccattaaacacagccaagt 492  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  32642926 atggatccatttaacaccgccaagt 32642902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 42414063 - 42413999
Alignment:
Q  368 tccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaa 432  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  42414063 tccaacaataaagagtttagtccatgactcctttacaccaaattcgcccaaaattgaaatgtgaa 42413999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 1201 - 1303
Target Start/End: Complemental strand, 9763602 - 9763500
Alignment:
Q  1201 tgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatag 1300  Q
    |||| ||||||||||| ||| || || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||   |||  |||||| |||||||| ||| | |||||| ||    
T  9763602 tgcgaaacatgttcataaaaatagggttttcaaacaaaagagaccatgatttgcgaacacaagaaaaatgcttaacagatttaacaggaagtttagagag 9763503  T
Q  1301 aat 1303  Q
    |||    
T  9763502 aat 9763500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 1187 - 1301
Target Start/End: Original strand, 27174313 - 27174427
Alignment:
Q  1187 agataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaaga 1286  Q
    |||||||| ||| || |||| |||||||||||||  | |  ||||| ||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||| | |||||| |||    
T  27174313 agataagaaattgttacggaccatgttcatgaaaagaggattttcaaataaaagtgatcatgatttgcgtacgcatccaaatcgcttcaaagatttcaga 27174412  T
Q  1287 ggcaatttagataga 1301  Q
    || ||||| ||||||    
T  27174413 ggtaattttgataga 27174427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 433
Target Start/End: Original strand, 39724570 - 39724635
Alignment:
Q  368 tccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaa 433  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||    
T  39724570 tccaacaatgaagagtttagtccatgattcttttataccgagttcccccaaaattgatatgtgaaa 39724635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1187 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 42782403 - 42782281
Alignment:
Q  1187 agataagagatttttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaaga 1286  Q
    ||||||||||||  | |||| |||||||||||||  | |  ||||| ||| ||| ||||||||||| || || ||| |||||||||| | ||||||||      
T  42782403 agataagagattggtacggaccatgttcatgaaaaaaggattttcaaatagaagtgaccatgatttacgtacgcatccaaatcgcttcaaagatttaatc 42782304  T
Q  1287 ggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    || ||||| |||||||| |||||    
T  42782303 ggtaattttgatagaattgagaa 42782281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 372 - 433
Target Start/End: Original strand, 15807722 - 15807783
Alignment:
Q  372 acaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaa 433  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| || |  |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  15807722 acaataaagagtttggtccatgactctttgaacccaacttcacccaaaattgatatgtgaaa 15807783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1240 - 1309
Target Start/End: Complemental strand, 37512084 - 37512015
Alignment:
Q  1240 gagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaa 1309  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||| || | |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  37512084 gagaccatgatttgcatacatattcaaatcgtttcaaagatttgagaggcagttttgataaaatggagaa 37512015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1234 - 1311
Target Start/End: Complemental strand, 42777183 - 42777106
Alignment:
Q  1234 ataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatggagaaag 1311  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||  | ||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||    
T  42777183 ataagagagaccatgatttgcacacacattcaaatcgtttggttgatttaataggtaattttgagagaatagagaaag 42777106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 178 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 43323054 - 43323021
Alignment:
Q  178 ttattcctccaattggaagaatgttttccttgta 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43323054 ttattcctccaattggaagcatgttttccttgta 43323021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000008; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 370 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 5162519 - 5162455
Alignment:
Q  370 caacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaa 434  Q
    ||||| ||||||||||| |||| || ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5162519 caacagtgaagagtttgatccatgattccttcacaccaacttcacccaaaattgatatgtgaaaa 5162455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1223 - 1306
Target Start/End: Complemental strand, 9704436 - 9704353
Alignment:
Q  1223 atgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaatagatttaagaggcaatttagatagaatgga 1306  Q
    |||| ||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  |||||| || | |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  9704436 atggttttcaaataaaagtgtccatgatttacgaacacatctaaatcgttttaaagatttcagaggtaattttgatagaatgga 9704353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 368872 - 368801
Alignment:
Q  368 tccaacaatgaagagtttggtccacgactcctttataccatattcacccaaaattgatatgtgaaaattagt 439  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||||  |||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  368872 tccaacaatgaagagtttgatccatgattccttcacaccaatttcaccaagaattgatatgtgaaaagtagt 368801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1200 - 1275
Target Start/End: Original strand, 40399716 - 40399791
Alignment:
Q  1200 ttgcggaacatgttcatgaaactatgggtttcagataaaagagaccatgatttgcgaacacattcaaatcgcttaa 1275  Q
    |||||| |||||||||||||| || || ||||  ||||||||| |||||||||| |||||||   |||||||||||    
T  40399716 ttgcggtacatgttcatgaaattagggttttcgaataaaagagtccatgatttgtgaacacaagaaaatcgcttaa 40399791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University