View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16695_low_4 (Length: 569)

Name: NF16695_low_4
Description: NF16695
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16695_low_4
NF16695_low_4
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (12-550)||(16989381-16989919)
chr7 (25-551)||(16821140-16821666)
chr7 (25-495)||(16965223-16965681)
chr7 (49-307)||(17005149-17005407)
chr7 (48-426)||(10603967-10604342)
chr7 (25-426)||(16974226-16974624)
chr7 (341-474)||(17005006-17005139)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (25-426)||(35265452-35265850)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (330-426)||(35925048-35925144)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 16989919 - 16989381
Alignment:
Q  12 aagaaaacagttgtatgagaaaggttttacttgaaactcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16989919 aagaaaacagttgtatgagaaaggttttacttgaaactcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaa 16989820  T
Q  112 ggtgttgtcgaaaattcaaacgcgcaagcgaatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgagg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16989819 ggtgttgtcgaaaattcaaacgcgcaagcgaatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgagg 16989720  T
Q  212 ccttcttttcataaaacgataccgcaagagctgaaaaagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggttttgg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16989719 ccttcttttcataaaacgataccgcaagagctgaaaaagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggtttttg 16989620  T
Q  312 gcaacacagcaggtaatacttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16989619 gcaacacagcaggtaatacttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaa 16989520  T
Q  412 gcttcctgggttaagagattgtgtgttgtgtttgaagccggacagttttcataagcaaattctcgagagttgtaaaagttctcagaactcattcaccttt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  16989519 gcttcctgggttaagagattgtgtgctgtgtttgaagccggatagttttcataagcaaattcttgagagttttaaaagttctcagaactcattcatcttg 16989420  T
Q  512 gagaataagcagacactggcgtcgatccatccgtctctt 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16989419 gagaataagcagacactggcgtcgatccatccatctctt 16989381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 25 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 16821666 - 16821140
Alignment:
Q  25 tatgagaaaggttttacttgaaactcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaaggtgttgtcgaaa 124  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||| | |||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  16821666 tatgagaaacgctttacttgaatctcctggtttgttagtgctagatgaaggacacataccgagaaatgaaagaagtcttatttggaaggtattgtcgaaa 16821567  T
Q  125 attcaaacgcgcaagcgaatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgaggccttcttttcata 224  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||| |||||| |||| ||    
T  16821566 attcaaacccgcaagcggatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactgtacaacattttgagcctagtgaagccttcgtttccta 16821467  T
Q  225 aaacgataccgcaagagctgaaaaagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggttttgggcaacacagcagg 324  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||   || ||||||||||||||||| | | ||  |||||| || |  |    
T  16821466 acacgataccgcatgagctgaaaaagttttgcctgaagcaggaatataaaaaagtatctgaagaatggagttgggaagccgattatggcaactcaacctg 16821367  T
Q  325 taatacttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggtta 424  Q
    |||| |||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  16821366 taatccttccgaccataagatcaaacagttaaaattgcttatggatccatttgttcatgttcataaaggtgcgatccttcaaaagaagctccctgggata 16821267  T
Q  425 agagattgtgtgttgtgtttgaagccggacagttttcataagcaaattctcgagagttgtaaaagttctcagaactcattcacctttgagaataagcaga 524  Q
    ||| |||||  | ||  |||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||   | |||||  ||||||| | || | |||||||  ||||| ||    
T  16821266 agaaattgtaagctgactttgaagccggacagtttgcagaagcaaattcttgacagcattcaaagtcgtcagaacgcgttgatctttgagcgtaagctga 16821167  T
Q  525 cactggcgtcgatccatccgtctcttt 551  Q
    || |||| || |||||||||| |||||    
T  16821166 caatggcatcaatccatccgtatcttt 16821140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 16965681 - 16965223
Alignment:
Q  25 tatgagaaaggttttacttgaaactcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaaggtgttgtcgaaa 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||  |||||| | |     
T  16965681 tatgagaaaggttttacttgaagctcctggtttgttggttttcgatgaaggacatacaccgagaagtgaaaaaagtcttctttggaatatgttgttggag 16965582  T
Q  125 attcaaacgcgcaagcgaatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgaggccttcttttcata 224  Q
    || |||||   ||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||  ||| |||||| |||| ||    
T  16965581 atccaaacaaacaaacggattatactttctggaacacctttccagaacaatttcatggaactgtacaacactctgagcttaatgaagccttcatttccta 16965482  T
Q  225 aaacgataccgcaagagctgaaaaagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggttttgggcaacacagcagg 324  Q
    | |||||| | |   |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |  | ||| |||  |||||||||| |||||            | ||    
T  16965481 atacgatatccctcaagctaaaaaacttttgccagaagccgaaacgtaaaaaaacatcgaaaaaatccagttgggaactggttt------------ctgg 16965394  T
Q  325 taatacttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggtta 424  Q
     ||| |||||||  || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  16965393 gaattcttctgataatgagatcaagcagttaaagttgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggtgcgatccttcaaaagaagcttcccgggtta 16965294  T
Q  425 agagattgtgtgttgtgtttgaagccggacagttttcataagcaaattctcgagagttgtaaaagttctca 495  Q
    ||| ||||| |  ||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||   ||||||||||||    
T  16965293 agaaattgtattctgactttgaagccggacagttttcagaagcaaactcttgagagcattaaaagttctca 16965223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 49 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 17005407 - 17005149
Alignment:
Q  49 tcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaaggtgttgtcgaaaattcaaacgcgcaagcgaatcatc 148  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||  ||||||| | || |||||| || ||||||| || ||||||||||||    
T  17005407 tcctggtttgttggtgcttgacgaaggacatacgccaagaaacaaaaaaagtggtatttggcaagttttgtcggaagttcaaacacgaaagcgaatcatc 17005308  T
Q  149 ctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgaggccttcttttcataaaacgataccgcaagagctgaaaa 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| || || ||||||||||    
T  17005307 ctttctggaactcctttccagaacaacttcatggaactatacaacactttgagcttagtgaagccttcttttcctaatacgatgccacacgagctgaaaa 17005208  T
Q  249 agttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggtt 307  Q
     ||||||||||||| |||| | |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  17005207 tgttttgccagaagaaggaccataaaaaagcatctaaagaatggatttgggaaccggtt 17005149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 48 - 426
Target Start/End: Original strand, 10603967 - 10604342
Alignment:
Q  48 ctcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaaggtgttgtcgaaaattcaaacgcgcaagcgaatcat 147  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||  |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||  |||||||||||    
T  10603967 ctcccggtttgttagttctagatgaaggacacacaccaagaaatcaaagaagtcatatttggaaggtgttgtccaagattcaagcgcagaagcgaatcat 10604066  T
Q  148 cctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgaggccttcttttcataaaacgataccgcaagagctgaaa 247  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||| ||| || ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||    
T  10604067 cctttccggaactccattccagaacaatttctgggagctttacagcaccttaagcttagtgaagccttcttttcctaacacgataccgcctgagctaaaa 10604166  T
Q  248 aagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggttttgggcaacacagcaggtaatacttctgacgataagatca 347  Q
    |  |||||||| ||||||| ||   | ||| |  ||||| |  ||||||| ||||| ||||  ||||||||| || |  |  ||||||| ||||||||||    
T  10604167 agtttttgccataagcagggac---ataaatcatctaaaaagcggagttgtgaacctgtttcaggcaacacaacaagagacccttctgatgataagatca 10604263  T
Q  348 agcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggttaag 426  Q
    || || ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||||||    
T  10604264 agaagctgaaaatgctaatggatccctttgtacatgttcacaaaggggcgatccttgaaaataagcttcccgggttaag 10604342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 16974624 - 16974226
Alignment:
Q  25 tatgagaaaggttttacttgaaactcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaaggtgttgtcgaaa 124  Q
    |||| |||||||| ||||| |  ||||||||||| | ||||||||||||||||| || || |||||| |||  |||| ||||||||||||||| |||||     
T  16974624 tatgcgaaaggttctacttaattctcctggtttgatagttctagacgaaggacacacgccaagaaatcaaagaagtcatatttggaaggtgttttcgaag 16974525  T
Q  125 attcaaacgcgcaagcgaatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgaggccttcttttcata 224  Q
     |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||| ||| || ||||||||||  |||||||||| ||    
T  16974524 cttcaaacgcagaagcgtatcatcctttccggaactccattccagaacaacttctgggagctttacagcaccttaagcttggtgaaaccttcttttccta 16974425  T
Q  225 aaacgataccgcaagagctgaaaaagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggttttgggcaacacagcagg 324  Q
    | ||||||||||  ||||| ||||  |||||||| || ||||   |  | ||| |  ||||| | || | ||||||||| || |||  ||||| | || |    
T  16974424 acacgataccgcctgagcttaaaagtttttgccaaaatcagg---gatataaatcatctaaaaagtgcaattgggaaccagtgttgctcaacaaaacaag 16974328  T
Q  325 taatacttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggtta 424  Q
      |  ||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||||    
T  16974327 agacccttctgatgatcagatcaagaagtttaaattgctaatggatccctttgtacatgtgcacaaaggcgcaatccttgaaaataagcttccagggtta 16974228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 341 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 17005139 - 17005006
Alignment:
Q  341 aagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggttaagagattgtgtgttgt 440  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| | |||||| ||     
T  17005139 aagatcaagcagttaaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatccttcaaaagatgcttcccgggttaagaaaatgtgtgctgc 17005040  T
Q  441 gtttgaagccggacagttttcataagcaaattct 474  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  17005039 gtttgatgccggacagctttcacaagaaaattct 17005006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 8e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 426
Target Start/End: Original strand, 35265452 - 35265850
Alignment:
Q  25 tatgagaaaggttttacttgaaactcctggtttgttggttctagacgaaggacatacaccgagaaataaaaatagtcttatttggaaggtgttgtcgaaa 124  Q
    |||| |||||||| ||||| |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  |||| ||||||||||||||| | |||     
T  35265452 tatgcgaaaggttctacttaattctcctgggttgttagttctagacgaaggacacacaccaagaaatcaaagaagtcatatttggaaggtgtttttgaag 35265551  T
Q  125 attcaaacgcgcaagcgaatcatcctttctggaactcctttccagaacaatttcttggaactatacaacactttgagcttggtgaggccttcttttcata 224  Q
     ||||||| |  ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||| ||| || ||||| |||| ||||||||||| ||    
T  35265552 cttcaaacacagaagcgtattatcctttccggaactccattccagaacaatttctgggagctttacagcaccttaagcttagtgaagccttcttttccta 35265651  T
Q  225 aaacgataccgcaagagctgaaaaagttttgccagaagcaggaacgtaaaaaagctcctaaagaatggagttgggaaccggttttgggcaacacagcagg 324  Q
    | || |||||||  ||||| ||||  |||||||| || |||| || |   ||| |  ||||| |||||| ||||||||| |  |||  ||||| | || |    
T  35265652 acacaataccgcctgagctaaaaagtttttgccaaaatcagggactt---aaatcatctaaaaaatggaattgggaaccagcgttgctcaacaaaacaag 35265748  T
Q  325 taatacttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggtta 424  Q
      |  ||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||||    
T  35265749 agacccttctgatgatcagatcaagaagtttaaattgctaatggatccctttgttcatgtgtacaaaggcgctttcctttaaaataagcttcctgggtta 35265848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 330 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 35925144 - 35925048
Alignment:
Q  330 cttctgacgataagatcaagcagttgaaattgcttatggatccctttgttcatgttcacaaaggcgcgatcctacaaaagaagcttcctgggttaag 426  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  35925144 cttctgatgatcagatcaagaagtttaaattgctaatggatccctttgttcatgtggacaaaggcgcggtccttaaaaataagcttcctgggttaag 35925048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University