View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16696_high_3 (Length: 524)
Name: NF16696_high_3
Description: NF16696
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16696_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 12931040 - 12930587
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12931040 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa---tgaa |
12930944 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930943 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
12930844 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930843 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
12930744 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
12930743 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
12930644 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttcattgatgaagcttgtattttctttgagcttcggataattttcttc |
511 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
12930643 |
cacttctgcttcaatactgaagcttgtattttctttgagcttcggatgattttcttc |
12930587 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 12935786 - 12935333
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12935786 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa---tgaa |
12935690 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935689 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
12935590 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935589 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
12935490 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
12935489 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
12935390 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttcattgatgaagcttgtattttctttgagcttcggataattttcttc |
511 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
12935389 |
cacttctgcttcaatactgaagcttgtattttctttgagcttcggatgattttcttc |
12935333 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 273
Target Start/End: Original strand, 26504945 - 26505063
Alignment:
| Q |
153 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatatt |
252 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| || ||| ||||||| | ||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26504945 |
aacatcaatatttaacgtg-aataccgtctaataacaaggcaaaac-cacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatatt |
26505042 |
T |
|
| Q |
253 |
ctctccactctcttacacaca |
273 |
Q |
| |
|
|| || |||||||| |||||| |
|
|
| T |
26505043 |
ctttcaactctctttcacaca |
26505063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 15589060 - 15588948
Alignment:
| Q |
151 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaata |
250 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||| ||| || |||||||||| | |
|
|
| T |
15589060 |
tgaacatcaatatttattttgaaaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaaca |
15588961 |
T |
|
| Q |
251 |
ttctctccactct |
263 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |
|
|
| T |
15588960 |
ttttctccactct |
15588948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 34907504 - 34907051
Alignment:
| Q |
54 |
gtgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttga |
153 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
34907504 |
gtgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa---tga |
34907408 |
T |
|
| Q |
154 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattc |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907407 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattc |
34907308 |
T |
|
| Q |
254 |
tctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
353 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907307 |
tctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
34907208 |
T |
|
| Q |
354 |
gatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattt |
453 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
34907207 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattt |
34907108 |
T |
|
| Q |
454 |
tcacttctgcttcattgatgaagcttgtattttctttgagcttcggataattttctt |
510 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
34907107 |
tcacttctgcttcaatactgaagcttgtattttctttgagcttcggatgattttctt |
34907051 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 14179056 - 14178641
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
14179056 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaa--tgaa |
14178959 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178958 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
14178859 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178858 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
14178759 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
14178758 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
14178659 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttcattgat |
472 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178658 |
cacttctgcttcattgat |
14178641 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 14174302 - 14173887
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
14174302 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataaaaaaaa--tgaa |
14174205 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174204 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
14174105 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174104 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
14174005 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
14174004 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaaactttgtatttt |
14173905 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttcattgat |
472 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14173904 |
cacttctgcttcattgat |
14173887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 466
Target Start/End: Original strand, 28611568 - 28611977
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28611568 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaa--tgaa |
28611665 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611666 |
caccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
28611765 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611766 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
28611865 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28611866 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
28611965 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
28611966 |
cacttctgcttc |
28611977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 466
Target Start/End: Original strand, 28606806 - 28607215
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |
|
|
| T |
28606806 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatt--aa |
28606903 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28606904 |
caccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
28607003 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607004 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
28607103 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28607104 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
28607203 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
28607204 |
cacttctgcttc |
28607215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 55 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 44161949 - 44161543
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
44161949 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaa--tgaa |
44161852 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |
|
|
| T |
44161851 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tct |
44161754 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161753 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
44161654 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgt-attt |
453 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
44161653 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattattcctctcacacacctct--acacacagaagctttgtgtttt |
44161556 |
T |
|
| Q |
454 |
tcacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
44161555 |
tcacttctgcttc |
44161543 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 55 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 11104829 - 11104382
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
11104829 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcgataaaaa-----tgaa |
11104735 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104734 |
caccaatatttaacatagaaaatcctctaatatcgagggtaaac-cacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattct |
11104636 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104635 |
ctccactctcttacacaca-aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagag |
11104537 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||| |
|
|
| T |
11104536 |
atgatatccacccggtgtatttttcctacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttcta--cacatagaagctttgta-ttt |
11104440 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttcattgatgaagc-ttgtattttctttgagcttcggataattttcttc |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||| |
|
|
| T |
11104439 |
gacttctgcttcaatgttgaagctttgtattttctttgagctttggttgattttcttc |
11104382 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 360
Target Start/End: Original strand, 48826702 - 48827000
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
48826702 |
tgttgggatcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaa----gaa |
48826795 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826796 |
caccaatatttaacgtggaaaatcctctaataccgagggaaaaatcacgggacaa-ctccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
48826894 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826895 |
cttcgctctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
48826994 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 172 - 333
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726446
Alignment:
| Q |
172 |
gaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacaca |
271 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| || | ||||||||||||| |||||||| | |
|
|
| T |
24726288 |
gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctcttaccga |
24726387 |
T |
|
| Q |
272 |
cacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatttta |
333 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
24726388 |
cac--gagatacactatattgttttccgtgagacc-actcctattcaaatgttattatttta |
24726446 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 82 - 257
Target Start/End: Original strand, 48708086 - 48708256
Alignment:
| Q |
82 |
tgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctc |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||||| ||| ||||| || || ||||||||||||| || ||||| || |
|
|
| T |
48708086 |
tgtaaattaaaattccaaaatataaaagaaattgaatcttacaacgcagtggtggcgataaaa-----ttaaataccaatatttaacatgaaaaactcta |
48708180 |
T |
|
| Q |
182 |
taataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctc |
257 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||| |||| |||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48708181 |
taatactaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctctc |
48708256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 467
Target Start/End: Original strand, 37040426 - 37040836
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37040426 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaa--tgaa |
37040523 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
37040524 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatatttt |
37040623 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040624 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
37040723 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
37040724 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
37040823 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttca |
467 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
37040824 |
cacttctgcttca |
37040836 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 55 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 15290594 - 15290195
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa-gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttga |
153 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
15290594 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgataaaaaaaa--tga |
15290497 |
T |
|
| Q |
154 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattc |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290496 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatattacaatattc |
15290397 |
T |
|
| Q |
254 |
tctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
353 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290396 |
tctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgaatgctattattt--cagcacctagaagttataga |
15290300 |
T |
|
| Q |
354 |
gatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaag---ttttgta |
450 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
15290299 |
gatgatacccacccggtgtattttt-ccacactttctggatttagtcaacactctat------tctcacacacttct--acacacagaagcttttttgta |
15290209 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 55 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 12099361 - 12098915
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||| |||| |
|
|
| T |
12099361 |
tgttgggctcgacgagtttaacgcgagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcgataaaaa-----tgaa |
12099267 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12099266 |
aagcaatattttacgtgaaaaaccctctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattct |
12099167 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
12099166 |
ctccactctcttacacgcacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagag |
12099067 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtatttt |
454 |
Q |
| |
|
||||||| ||| | || |||||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |||||| ||| |
|
|
| T |
12099066 |
atgatactcactcaatctatttt--cgaga--ctctgaatttactcaacactctatttttcctttcacatacttct--acacacaaaaactttgtagttt |
12098973 |
T |
|
| Q |
455 |
cacttctgcttcattgatgaagc-ttgtattttctttgagcttcggataattttcttc |
511 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
12098972 |
cacttctacttcaatacccgagctttgtattttctttgagcttcggattattttcttc |
12098915 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 208 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12081928
Alignment:
| Q |
208 |
aaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacct |
307 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12082227 |
aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctcttacacggaaaagagatacaatatagtgtttctaatgagactc |
12082129 |
T |
|
| Q |
308 |
acttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactc |
407 |
Q |
| |
|
|| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
12082128 |
gctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatatttttccc-ctttttctggatttacccaacactc |
12082030 |
T |
|
| Q |
408 |
tatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttcattgatgaagc-ttgtattttctttgagcttcggataattt |
506 |
Q |
| |
|
|| ||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
12082029 |
taattttctgatcacacacttctacaca---aaaaactttgtatcttcacttatgcttcaatactaaagctttgtattttctttgagctttggataattt |
12081933 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 217 - 295
Target Start/End: Original strand, 2757370 - 2757448
Alignment:
| Q |
217 |
aaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgttt |
295 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2757370 |
aaaatattccactatatttaaaaatattgcactattctctccactctctttcacactcaagagatacaatatagtgttt |
2757448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 406 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 15302960 - 15302900
Alignment:
| Q |
406 |
tctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
15302960 |
tctatttttgctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcaattctgcttc |
15302900 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 55 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 12084751 - 12084666
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgat |
140 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
12084751 |
tgttgggctcaacgagcttaacacgagggtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagcgat |
12084666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 55 - 466
Target Start/End: Original strand, 29106878 - 29107282
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
29106878 |
tgttgggatcgaggagcttaatgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcgttaaaaa-----tgaa |
29106972 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29106973 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
29107072 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
29107073 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaag |
29107171 |
T |
|
| Q |
355 |
atgata-cccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattt |
453 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29107172 |
atgataccccacccaatgtatttttcccacactctctggatttactcaaca--ctattttttctctcacacacttctacatacagagaagctttgtattt |
29107269 |
T |
|
| Q |
454 |
tcacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
29107270 |
ccacttctgcttc |
29107282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 55 - 466
Target Start/End: Original strand, 42910993 - 42911399
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||| |
|
|
| T |
42910993 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacgataaaaa-----tgaa |
42911087 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911088 |
caccaatatttaacatggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattct |
42911186 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42911187 |
ctccactctctcacacacacaaaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagag |
42911286 |
T |
|
| Q |
355 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgt-attt |
453 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
42911287 |
atgatacccacccagtgtattttttccacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacacacagaagctttgtgtttt |
42911386 |
T |
|
| Q |
454 |
tcacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
42911387 |
tcacttctgcttc |
42911399 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 135
Target Start/End: Original strand, 38994699 - 38994779
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggta |
135 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38994699 |
tgttgggcttgacgatcttaatgctagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggta |
38994779 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 242
Target Start/End: Original strand, 38997230 - 38997320
Alignment:
| Q |
152 |
gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaata |
242 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
38997230 |
gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaatatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata |
38997320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 55 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 8539548 - 8539139
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttgaa |
154 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
8539548 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaacaataaaaaa----tgaa |
8539453 |
T |
|
| Q |
155 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
254 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
8539452 |
catcaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattat |
8539353 |
T |
|
| Q |
255 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatat---agtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
351 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
8539352 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatattatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttata |
8539254 |
T |
|
| Q |
352 |
gagatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtat |
451 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8539253 |
gagatgatacccatccgatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtat |
8539154 |
T |
|
| Q |
452 |
tttcacttctgcttc |
466 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
8539153 |
tttcacttctgcttc |
8539139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 277 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302118
Alignment:
| Q |
277 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgatgtattt |
376 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt |
51302207 |
T |
|
| Q |
377 |
ttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagttttgtattttcacttctgctt |
465 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
51302206 |
tatccacactctctggatttactcaatactctatttttcctcacacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttatgctt |
51302118 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 51303019 - 51302937
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
137 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51303019 |
tgttgggatcgacgagcttaatgcaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
51302937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 51302344 - 51302304
Alignment:
| Q |
151 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
191 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302344 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
51302304 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 242
Target Start/End: Original strand, 2100199 - 2100379
Alignment:
| Q |
55 |
tgttgggctcgacgagcttaacgttagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattgga-tcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnnttga |
153 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | ||||||| || || || ||| |||| |
|
|
| T |
2100199 |
tgttgggctcgacgagcttaacacaagtgtaaattaaaattccaaaattcataagagatttgaattttgcagcacaacgataatgataaaa-----ttga |
2100293 |
T |
|
| Q |
154 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaata |
242 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2100294 |
acatcaatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaaa---cggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
2100379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 283
Target Start/End: Original strand, 2100726 - 2100771
Alignment:
| Q |
238 |
gaatattacaatattctctccactctcttacacacacaagagatac |
283 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
2100726 |
gaatattacaatattctctccactctcttacatacacaagagatac |
2100771 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University