View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16697_low_1 (Length: 1039)

Name: NF16697_low_1
Description: NF16697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16697_low_1
NF16697_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-1039)||(30370116-30371144)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 994; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 994; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1039
Target Start/End: Complemental strand, 30371144 - 30370116
Alignment:
Q  6 gacatcatcagttgttgcacctctccctttaagcaaacttgcattcatcccaataaactcactcaattgttcactagtcatatcaacttcaccataacat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30371144 gacatcatcagttgttgcacctctccctttaagcaaacttgcattcatcccaataaactcactcaattgttcactagtcatatcaacttcaccataacat 30371045  T
Q  106 ctaaaagcattcaaaagcatcttagaaggaacgccgtgcggagaaacacaattaacgcgaatcaaatgaacacctaattcgcacgctgcacttctcatta 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30371044 ctaaaagcattcaaaagcatctcagaaggaacgccgtgcggagaaacacaattaacgcgaatcaaatgaacacctaattcgcacgccgcacttctcatta 30370945  T
Q  206 atccatccatagctgattttgacattgtatagccatgtgaagcaaatccacctatagttgcagctgcacttgaagtacaaataattgatcctcctttttt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370944 atccatccatagctgattttgacattgtatagccatgtgaagcaaatccacctatagttgcagctgcacttgaagtacaaataattgatcctcctttttt 30370845  T
Q  306 acctttgatcattgcttttgcagcatgtttgattccatggattgttccaaagagattgattgaaagtaaatgagttagtttttccatgtcaagtgttgtt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370844 acctttgatcattgcttttgcagcatgtttgattccatggattgttccaaagagattgattgaaagtaaatgagttagtttttccatgtcaagtgttgtt 30370745  T
Q  406 atgcttcttccttcatagcctgcaattacgggcgttagaaccaaaccaatgatccgatgaacctaaatatccaaaattcaaaacaaaccattccattaca 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370744 atgcttcttccttcatagcctgcaattacgggcgttagaaccaaaccaatgatccgatgaacctaaatatccaaaattcaaaacaaaccattccattaca 30370645  T
Q  506 cccacctgcaattcctgcattgttgaacattatgtctaattggcctttccatgatattgaaaggttaattgctgattcaatgtcagattctttggacaca 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30370644 cccacctgcaattcctgcattgttgaacattatgtctaattggcctttccatgatattgaaaggttaattgccgattcaatgtcagattctttggacaca 30370545  T
Q  606 tcacagtgtatgtagagaccatcaattgattcagcaaccttggtgccttcttcatctagaacatcagcaatgatgacatgtgctccattttctgcaaata 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370544 tcacagtgtatgtagagaccatcaattgattcagcaaccttggtgccttcttcatctagaacatcagcaatgatgacatgtgctccattttctgcaaata 30370445  T
Q  706 attttgctgttgcagcaccaattcctcttgcaccacctgttataactgctaccttacctagtagccttaaaaacatatcaaaaggaaagaaatttaatat 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30370444 attttgctgttgcagcaccaattcctcttgcaccacctgttataactgctaccttacctagtagccttaaaaacatatcaaaagaaaagaaatttaatat 30370345  T
Q  806 catatgatatgataggtaaatgagactatatatcaacaagattactaacctttttggagctaaattttgagattctacattctgaatcatacgaggctcc 905  Q
    |||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370344 catat-----gataggtaaatgagactatatatcaacaagattactaacctttttggagctaaattttgagattctacattctgaatcatacgaggctcc 30370250  T
Q  906 attttagttctattattcaacgataagatggagattattaattgatcaatgaaatgtttatagaactaaataagctataatggtgaagtaatattttgtt 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370249 attttagttctattattcaacgataagatggagattattaattgatcaatgaaatgtttatagaactaaataagctataatggtgaagtaatattttgtt 30370150  T
Q  1006 ctttatgtaaacaataatcatgcattttgtacct 1039  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30370149 ctttatgtaaacaattatcatgcattttgtacct 30370116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University