View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16702_high_5 (Length: 590)

Name: NF16702_high_5
Description: NF16702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16702_high_5
NF16702_high_5
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (54-496)||(9431488-9431931)
chr3 (61-486)||(9410479-9410918)
chr3 (105-493)||(9419178-9419569)
chr3 (58-316)||(9400831-9401083)
chr3 (46-308)||(9452854-9453112)
chr3 (117-326)||(9411889-9412099)
chr3 (314-493)||(9400627-9400808)
chr3 (127-207)||(9346457-9346537)
chr3 (127-207)||(9355867-9355947)
chr3 (104-171)||(9369002-9369069)
chr3 (232-299)||(9368910-9368977)
chr3 (46-101)||(9355952-9356008)
chr3 (46-99)||(9346544-9346598)
chr3 (523-582)||(9410361-9410420)
chr3 (527-576)||(9400482-9400531)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (46-303)||(10063919-10064172)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (60-99)||(18583959-18583998)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 54 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 9431931 - 9431488
Alignment:
Q  54 ttcctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactagctgctaaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgat 153  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||     || |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  9431931 ttccttcaaggggttggttcacaacaggctaagagtgattgactagaa---aaagggtgtcctgaactcagacgatgcttaattagaagcaatgtttcat 9431835  T
Q  154 ttata-taaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatttgttcgttgttaatcaaaatttttatggtggtgttatacttgcat 252  Q
    || || ||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  9431834 ttttaataaagtagattgaaaactgctctttatgtactttgctagtatctttatttgttcgttgttattcaaaatttgt-tggtggtgttaaacttgcat 9431736  T
Q  253 tattttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccattaga--tacccttatcagttttaatctgatatgt--gtct 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||| |  ||||    
T  9431735 tattttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccattagagatacacttatcagttataatctgatatattcgtct 9431636  T
Q  349 tttggtctaacaagagtaatctagataagctgtatagagtatagacagctttgaaaactgagaaggctgttatttcagcttgtttcaggggatgattaga 448  Q
    ||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9431635 tttggtctaactagagtatgctagctaagctgtatagagtatagacagcttttcaatctgagaatgctgtgatttcagcttgtttcaggggctgattaga 9431536  T
Q  449 gcatccacagtccgtctccactgttgtgcgcgtgttctcctgtttgag 496  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||    
T  9431535 gcatcctcagtccgtctccacttctgtgcaagtgttctcctgtttgag 9431488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 61 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 9410918 - 9410479
Alignment:
Q  61 aaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactagctgctaaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttatata 160  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||   |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9410918 aaggggttgttttacaacagactaagagtgattaactagct---aaggagtgtccagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttatata 9410822  T
Q  161 aagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatttgttcgttgttaatcaaaatttttatggtggtgttatacttgca----ttatt 256  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    |||||    
T  9410821 aagaagattgaaaacagatctttatgtactctgctatgatctttatgtgtacgttgttattcaaaa-tttgatggtggtgttatacttgcattatttatt 9410723  T
Q  257 ttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccatt--agatacccttatcagttttaatctg--atatgtgtcttttg 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  9410722 ttagaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatcctttagagatactgttatcagttataatctgctatatgtgtcttttg 9410623  T
Q  353 gtctaacaagagtaatctagataagctgtatagagtatagacagctttgaaaactgagaaggctgttatttcagc----------ttgtttcaggggatg 442  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||          |||||||||||| ||    
T  9410622 gtctaactagagtaagctagctaagctgtatagagtatagacagctttgcaaactgagaatgctgtgatttcagctagttgggagttgtttcaggggctg 9410523  T
Q  443 attagagcatccacagtccgtctccactgttgtgcgcgtgttct 486  Q
    ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  9410522 atttgagcatccgcagtccgtctccgctgttgtgcacgtgttct 9410479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 105 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 9419569 - 9419178
Alignment:
Q  105 aaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttatataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatcttt 204  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  9419569 aaggggtgtccagaactcagaatatgcttaattagaagcaatgtttgatttatataaagaaaattgaaaacagatacctatgtactctgctagaatcttt 9419470  T
Q  205 atttgttcgttgttaatcaaaatttttatggtggtgttatacttgcattattttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaactta 304  Q
    |||| | | |||||| | ||||||   || |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9419469 atttctacattgttattgaaaattcg-atagtggagttagacttgcattattttagaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaactta 9419371  T
Q  305 tgatccattaga--tacccttatcagttttaatctga--tatgtgtcttttggtctaacaagagtaatctagataagctgtatagagtatagacagcttt 400  Q
    ||||| ||||||  |||||||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||| || | ||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  9419370 tgatcgattagagatacccttatctgttataatctgaaatatgtgtcgtttggtctaactagagtaagcttgctaagctgcatagaatatatacagcttt 9419271  T
Q  401 gaaaactgagaaggctgttatttcagcttgtttcaggggatgattagagcatccacagtccgtctccactgttgtgcgcgtgttctcctgttt 493  Q
    | |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9419270 gcaaactgagaaagttgtgatttcagcttgtttcaggggctgattagagcatccgcagtccgtctccactgttgtgcgcctgttctcctgttt 9419178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 58 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 9401083 - 9400831
Alignment:
Q  58 tgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactagctgctaaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttat 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9401083 tgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgattaactagct---aaggagtgtccagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttat 9400987  T
Q  158 ataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatttgttcgttgttaatcaaaatttttatggtggtgttatacttgcattattt 257  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9400986 ataaagaagattgaaaacagatctttatgtactctgctagaatctt--tgtgtacgttgttattcaaaa-tttgatggtggtgttatacttgcattattt 9400890  T
Q  258 tcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccattaga 316  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9400889 ttgaaggattaaagctcgtagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccattaga 9400831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 46 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9453112 - 9452854
Alignment:
Q  46 gcagaacatt-cctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactagctgctaaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagca 144  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9453112 gcagaacatttcctgcaaggggttggtgtacaacaggctaagagtgattgactagca---aaggggtgtccagaactcagaagatgcgtaattagaagca 9453016  T
Q  145 atgtttgatttatataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatttgttcgttgttaatcaaaatttttatggtggtgttat 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    || |||||||||    
T  9453015 atgtttgatttatataaagaagattgaaaactgctctttatgtactctgctaaaatctttatttgttcgttgttattcaaaatt----tgatggtgttat 9452920  T
Q  245 acttgcattattttcgaagtattaaagc--tcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgat 308  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452919 acttgcattatttttgaagtattaaagctatcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgat 9452854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 117 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9412099 - 9411889
Alignment:
Q  117 gaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttatataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatttgttcgttg 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  9412099 gaactcagaagatgcttagttagaagcaatgtttgatttatagaaagaaaattgaaaacagatctctatgtactctgctagaatctttatttctccgttg 9412000  T
Q  217 ttaatcaaaatttttatggtggtgttatacttgcattattttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccatt--a 314  Q
    ||| | |||| ||  || |||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  9411999 ttattgaaaa-ttcgatagtggagttagacttgcattattttataagtattaaagctcatatacatgcgtatatttgttatgaacttatgatccattaga 9411901  T
Q  315 gatacccttatc 326  Q
    ||||||||||||    
T  9411900 gatacccttatc 9411889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 314 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 9400808 - 9400627
Alignment:
Q  314 agatacccttatcagttttaatctga--tatgtgtcttttggtctaacaagagtaatctagataagctgtatagagtatagacagctttgaaaactgaga 411  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  9400808 agataccattatctgttataatctgaaatatgtgtcgtttggtctaactagagtaagcttgctaagctgtatagaatatatacagctttgcaaactgaga 9400709  T
Q  412 aggctgttatttcagcttgtttcaggggatgattagagcatccacagtccgtctccactgttgtgcgcgtgttctcctgttt 493  Q
    | | | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9400708 aagttttgatttcagcttgtttcaggggctgattagagcatccgcagtccgtctccactgttgtgcgcctgttctcctgttt 9400627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 127 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9346537 - 9346457
Alignment:
Q  127 gatgcttaattagaagcaatgtttgatttatataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  9346537 gatgcttaattagaagcaatgtttgatatatataaagaagattgaaaacttctctttgtgtactctactagaatctttatt 9346457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 127 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9355947 - 9355867
Alignment:
Q  127 gatgcttaattagaagcaatgtttgatttatataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  9355947 gatgcttaattagaagcaatgtttgatatatataaagaagattgaaaacttctctttgtgtactctactagaatctttatt 9355867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 104 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 9369069 - 9369002
Alignment:
Q  104 taaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagcaatgtttgatttatataaagaagattga 171  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  9369069 taaggggtgtccagaactcagaagatgcttaattagaagcaaagttcgatttatataaagaagattga 9369002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 232 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 9368977 - 9368910
Alignment:
Q  232 atggtggtgttatacttgcattattttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatga 299  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9368977 atggtggagttagacttgtattattttaaaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatga 9368910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 46 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 9356008 - 9355952
Alignment:
Q  46 gcagaacatt-cctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactagct 101  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9356008 gcagaacatttcctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgattgactagct 9355952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 9346598 - 9346544
Alignment:
Q  46 gcagaacatt-cctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactag 99  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9346598 gcagaacatttcctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgattgactag 9346544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 523 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 9410420 - 9410361
Alignment:
Q  523 tttttatgcacagtttggtattgctgttagtgtttgcttaggctttatctttttcatttc 582  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9410420 tttttatgcacagtttggtgttactgttaccgtttgctttggctttatctttttcatttc 9410361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 527 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 9400531 - 9400482
Alignment:
Q  527 tatgcacagtttggtattgctgttagtgtttgcttaggctttatcttttt 576  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  9400531 tatgcacagtttggtgtcgctgttagcgtttgctttagctttatcttttt 9400482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 10064172 - 10063919
Alignment:
Q  46 gcagaacatt-cctgcaaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactagctgctaaggggtgtctagaactcagaagatgcttaattagaagca 144  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||   || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10064172 gcagaacatttcctgcaaggagttggtttacagcaggataagagtgattgactagct---aaagggtgtccagaactcacaagatgcttaattagaagca 10064076  T
Q  145 atgtttgatttatataaagaagattgagaacagctctttatgtactctgctagaatctttatttgttcgttgttaatcaaaatttttatggtggtgttat 244  Q
    |  |||||||| |||| | || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| || |||| ||||     
T  10064075 acatttgatttttatataaaa-attggaaacagctctttatgtaccctgctagaatctttatttgttcgttattattcaaaa-tttgattgtggagttag 10063978  T
Q  245 acttgcattattttcgaagtattaaagctcatagacatgcgtatatttgttatgaactt 303  Q
    ||||||||| |||| || | ||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  10063977 acttgcattgttttagatgcattgaagctcacaaacatacgtatatttgttatgaactt 10063919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 99
Target Start/End: Original strand, 18583959 - 18583998
Alignment:
Q  60 caaggggttggtttacaacaggctaagagtgatttactag 99  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18583959 caaggagttggtttacaacaggctaagagtgattgactag 18583998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University