View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16702_low_35 (Length: 359)

Name: NF16702_low_35
Description: NF16702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16702_low_35
NF16702_low_35
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-349)||(39490846-39491194)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-349)||(12747843-12748191)
chr1 (1-349)||(12758833-12759181)
chr1 (3-333)||(37022086-37022416)
chr1 (5-333)||(37023181-37023508)
chr1 (2-344)||(24685636-24685966)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-349)||(4697391-4697739)
chr5 (1-344)||(4972004-4972346)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-349)||(3411495-3411843)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (5-349)||(22190810-22191154)
chr6 (5-267)||(20141767-20142029)
chr6 (302-345)||(20141719-20141762)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-349)||(6886226-6886574)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-345)||(8097887-8098225)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 39490846 - 39491194
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490846 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 39490945  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490946 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 39491045  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39491046 cccttctccactcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 39491145  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39491146 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 39491194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 12748191 - 12747843
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748191 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 12748092  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748091 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 12747992  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12747991 cccttctccactcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactttgtagcat 12747892  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12747891 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 12747843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 12759181 - 12758833
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12759181 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 12759082  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12759081 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 12758982  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12758981 cccttctccactcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactttgtagcat 12758882  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12758881 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 12758833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 3 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 37022416 - 37022086
Alignment:
Q  3 tccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttcca 102  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| | ||||||    
T  37022416 tccaatacttatcaaatgtttccttcatacttccagccatgttttgaatcaaaagatcttcatttgtcaaataagatcttataagacactctagcttcca 37022317  T
Q  103 tatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcc 202  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  37022316 tatttctccaaagtacaaatttgatggaggatatgaagagtcgcatatcaagtttgtaatattgtaaaatggcttcaaaatatcacacattgtttcagcc 37022217  T
Q  203 cttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcatta 302  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||||     
T  37022216 cttctccactcatcacttgtaggacaacacttaaaatttgaattgcgcaaacttaagctataaaaagcacgacgataattaatcgcactctgaagcattc 37022117  T
Q  303 taaaagtggaattccatcgagtaacacaatc 333  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37022116 taaaagtggagttccatctagtaacacaatc 37022086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 333
Target Start/End: Original strand, 37023181 - 37023508
Alignment:
Q  5 caatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttccata 104  Q
    ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  37023181 caatatttgtcaaatttttccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagat-ttataaggcactctatcttccata 37023279  T
Q  105 tttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagccct 204  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  37023280 tttcaccgaagtacaaatttgatgtaggaaatgaagaaccagatatcaagtttgtaatattgtaaaatggcttcaaaatatcacacattgtttcagccct 37023379  T
Q  205 tctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattata 304  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| ||  ||||  || |||||| |  |||||||||    
T  37023380 tctccactcatcacttgtaggacaaaacttaaaatttgaatcatgcaaacttaagctataaaaggcatgataataattaatcgcactatcaagcattata 37023479  T
Q  305 aaagtggaattccatcgagtaacacaatc 333  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37023480 aaagtggagttccatctagtaacacaatc 37023508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 24685636 - 24685966
Alignment:
Q  2 ctccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttcc 101  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||  |||||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  24685636 ctccaatacttatcaaatttatccttcatacttccagccacgttttgaatcaaaatatattcacttgtcaaatatgatcttataagacactctatcttcc 24685735  T
Q  102 atatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagc 201  Q
    ||||||  |||||||||| ||            |||||||| | |||||||||||||||||| || | |||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  24685736 atattttgccaaagtacaaat------------atgaagagtcggatatcaagtttgtaatattgtagaatgacttcaaaatatcacacattgtttcagc 24685823  T
Q  202 ccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcatt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||| ||||||    
T  24685824 ccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcgcgcaaacttaagctataaaaggcacgacgatgaataatcgcactctgaagcatt 24685923  T
Q  302 ataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatc 344  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  24685924 aaaaaagtggaattccttcgagtaacacaatctgatctcaatc 24685966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 4697391 - 4697739
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697391 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcagataagatcttatgaggcactcaatcttc 4697490  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697491 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 4697590  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697591 cccttctccactcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 4697690  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4697691 tatataagtggaattccatcgggtaacacaatctaatctcaatcctatg 4697739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 4972004 - 4972346
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4972004 actccaatacttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttaaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttc 4972103  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4972104 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagtcggatatcaagtttataatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattgtttcag 4972203  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
     ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4972204 -ccttctcaactcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaaggcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 4972302  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatc 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4972303 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatc 4972346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 3411495 - 3411843
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3411495 actccaatacttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 3411594  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3411595 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 3411694  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3411695 cccttctccactcttcacttgtaggacaacgcttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 3411794  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3411795 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 3411843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 349
Target Start/End: Original strand, 22190810 - 22191154
Alignment:
Q  5 caatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttccata 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22190810 caatacttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccata 22190909  T
Q  105 tttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagccct 204  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22190910 tttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagccct 22191009  T
Q  205 tctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattata 304  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22191010 tctccactcttcacttgtaggacaacgcttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattata 22191109  T
Q  305 aaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22191110 aaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 22191154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 5 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 20142029 - 20141767
Alignment:
Q  5 caatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttccata 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20142029 caatacttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccata 20141930  T
Q  105 tttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagccct 204  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20141929 tttcaccaaaatacagatttgatgtaggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatggtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattgtttcagccct 20141830  T
Q  205 tctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaa 267  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20141829 tctccactcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaa 20141767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 20141762 - 20141719
Alignment:
Q  302 ataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcc 345  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20141762 ataaaagttgaattccatcgagtatcacaatctaatctcaatcc 20141719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 6886226 - 6886574
Alignment:
Q  1 actccaatacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6886226 actccaatacttatcaaatttcaccttcatactttcagccatcttttgaatcaaaagatcttcacttctcaaataagatcttatgaggcactcaatcttc 6886325  T
Q  101 catatttcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6886326 catatttcaccaaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcag 6886425  T
Q  201 cccttctccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6886426 cccttctccactcctcacttgtaggacaacatttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcat 6886525  T
Q  301 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6886526 tataaaagtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatg 6886574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 7 - 345
Target Start/End: Original strand, 8097887 - 8098225
Alignment:
Q  7 atacttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgttaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatt 106  Q
    |||||| ||||||||  |||||||| ||  |||||| |||||||| || | ||| |||||| | |||||||||||||  |  ||||| ||||||||||||    
T  8097887 atacttgtcaaatttttccttcatagttctagccatgttttgaatcaacaaatcctcacttatcaaataagatcttacaatacactctatcttccatatt 8097986  T
Q  107 tcaccaaagtacatatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttc 206  Q
    || ||||| |||| |||||||| |||||| |||||    ||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8097987 tctccaaaatacaaatttgatgcaggataagaagacggggatatcaagcttgtgatattgtaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcaacccttc 8098086  T
Q  207 tccactcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattataaa 306  Q
    | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||    
T  8098087 ttcactcatcacttgtaggacaacacttaaaattgaaatcgcaaaaacttaagctataaaaagcacgacgataattaatcgcactctgaagcattataaa 8098186  T
Q  307 agtggaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcc 345  Q
    |||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  8098187 agtggagtttcatctagtaacacaatccaatcttaatcc 8098225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University