View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16706_low_2 (Length: 647)

Name: NF16706_low_2
Description: NF16706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16706_low_2
NF16706_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-630)||(30385783-30386400)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 30386400 - 30385783
Alignment:
Q  1 atattaatgacaaaattttgtcctttggattttagnnnnnnnngtattgatctatgtgtatattcgaaggtttatagaaagattatcattttagttctat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30386400 atattaatgataaaattttgtc-tttggattttagaaaaaaa-gtattgatctatgtgtatattcaaagtattatagaaagattatcattttagttcaat 30386303  T
Q  101 atgaaggtgatattttccttgcaacttatgatcttagtctactacatacatacatgagactaagaagttttttcnnnnnnnnctttgaaatgaaagatat 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||    
T  30386302 atgaagctgatattttccttgcaacttatgatcttagtctactacat--------gagactaagaagttttttcaaagaa--ctttgaaatgaaagatat 30386213  T
Q  201 gagtgagacaattaatggtgatgtaatataaatattttgtaatagagcacaatggttgttatatttgtctcataaagcaatatcgataaagtgtttgaga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30386212 gagtgagacaattaatggtgatgtaatataaatattttgtaatagggcacaatggttgttatatttgtctcataaagcaatatcgataaagtgtttgaga 30386113  T
Q  301 gattaagaaaacatctcaagttccaataagaaaggagacaaatttagccttatgcactgttcaaagaatgaattggaacaaaatagttgaatgttcagat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||| ||    
T  30386112 gattaagaaaacatctcaagttccaataagaaaggagacaaatttagtcctatgcactgttcaaagaatgatttggaacaaaatgattgaatattcaaat 30386013  T
Q  401 ttaaaattttctggttgttgatacaggaaagtgaacatttagttatgtgtatcttttcgttagggttgatataatggaagagtgtgaaacagtatgctat 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30386012 ttaaatttttctggttgttgatacaggaaagtgaacatttagttatgtgtatcttttcgttagggttgatataatggaagagtgtgaaacagtatgctat 30385913  T
Q  501 cgttggatctacaatgaatgctgaatttgtgggatgctttgaggccacactttagacaaattgactgggaaacttcatttcagaactttgattagtcgac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30385912 cgttggatctacaatgaatgctgaatttgtgggatgctttgaggccacactttagacaaattgactgggaaacttcatttcagaactttgactagtcgac 30385813  T
Q  601 attattgccatgtcgctgaaaacttattat 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30385812 attattgccatgtcgctgaaaacttattat 30385783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University