View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16706_low_5 (Length: 554)

Name: NF16706_low_5
Description: NF16706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16706_low_5
NF16706_low_5
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (17-543)||(35368200-35368713)
chr2 (101-528)||(35374378-35374784)
chr2 (72-371)||(35355899-35356183)
chr2 (113-520)||(35371602-35371983)
chr2 (94-361)||(35343134-35343388)
chr2 (95-409)||(35347807-35348112)
chr2 (93-381)||(35335752-35336021)
chr2 (95-360)||(35346269-35346532)
chr2 (95-221)||(35351474-35351605)
chr2 (93-275)||(35364651-35364830)
chr2 (102-214)||(35341070-35341188)
chr2 (404-543)||(35346066-35346205)
chr2 (402-521)||(35364347-35364469)
chr2 (408-521)||(35335583-35335699)
chr2 (408-522)||(35355694-35355808)
chr2 (408-523)||(35343475-35343590)
chr2 (408-518)||(35348166-35348276)
chr2 (295-361)||(35340922-35340986)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 35368713 - 35368200
Alignment:
Q  17 accaataaatattcatagcaaaatgaatcgaatcgaatcaacttgtcgcgtgttccactttatatgttctatacatccattatatgcatccactcaaaca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368713 accaataaatattcatagcaaaa---at-gaatcgaatcaacttgtcgcgtgttccactttatatgttctatacatccattatatgcatccactcaaaca 35368618  T
Q  117 ttctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgtggctgcacaagattccattaca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||    
T  35368617 ttctattttgtcaatattcttgattctttgctgctatttccaacatttaagctgaattgtaaagacaattgccaatgtggctgcccaatatgccattaca 35368518  T
Q  217 catgcagacattaagaaatatatgctcacacctt-aagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttat 315  Q
    ||||||| ||   ||  ||    |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368517 catgcaggcacgtagccat----gctcattcctttaagcaaacatacacacttcttgtgt-----ggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttat 35368427  T
Q  316 cttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactca--tcaactcacataattacattaccatctcatataactaaaatg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | ||| ||  |||||||||| || ||| ||| ||| | ||||||||||  ||    
T  35368426 cttctagttatatatataacacacaaactctccaatggtaactcaaata-aacacaactcaactcacacaactaccttagcatataatataactaa--tg 35368330  T
Q  414 gcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgcattgaag 513  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35368329 gtattcatttccatggtcattgctctaaactgcaagcagcatgcatatggtgaaggtgaagttgattggtttggttgtacatctgtatcttgtattgaag 35368230  T
Q  514 aagattatcataacgaggatcaagattctt 543  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  35368229 aagattatcataacacggatcatgattctt 35368200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 101 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 35374784 - 35374378
Alignment:
Q  101 tgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgtggctgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  35374784 tgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaat-gtaaagacaattgccaatgtggctgc 35374686  T
Q  201 acaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaaca 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || | ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  35374685 acaagattctattacacatgcaggcactgagg----tatgctcacaccttaagcaaacatacacacttctt-----gtgtggtttgcttgtgttagaaca 35374595  T
Q  301 actccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctca 400  Q
    |||||||||||   |||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  35374594 actccaacaacaactctttttgt--tatatataacacacaaactctccaatcctaactcaaacacagc---tcaactcacacaattacattagcatctca 35374500  T
Q  401 tataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||||||| || ||||  ||||    
T  35374499 tataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaagg------taattggtttgattatacaagtgta 35374406  T
Q  501 tcttgcattgaagaagattatcataacg 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374405 tcttgcattgaagaagattatcataacg 35374378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 72 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 35356183 - 35355899
Alignment:
Q  72 cactttatatgttctatacatccattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctga 171  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35356183 cactttatatgttcta--catccattaa--gcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtaagctga 35356088  T
Q  172 at-tgtaaagacaattgcgaatgtggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttct 270  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35356087 atgtgtaaagacaattgccaatgtggctgcacaagattctattacacatgcaggcactgag----gtatgctcacaccttaagcaaacatacacacttc- 35355993  T
Q  271 tgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactc 370  Q
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35355992 ----ttgtgtggtttacttgtgttagaacaactccaacaac-actctttttgt--tatatataacacacaaactctccaatcctaactcaaacacaactc 35355900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 113 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 35371983 - 35371602
Alignment:
Q  113 aacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgtggctgcacaagattccat 212  Q
    |||||||||||| ||||   |||||||||||| | |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||| ||||    
T  35371983 aacattctatttagtca---ttcttgattctttgttgcttttatcaacgtgtaagctgaattgtaaagagaaatgccaatgatgctgcacaagatcccat 35371887  T
Q  213 tacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaact 312  Q
    |||||||| |  ||   ||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||| ||||||  | || ||||| |||| ||    
T  35371886 tacacatggaagcaaggagccat----gctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgt-----ggtttacttgtggcacaataactc-aaca-ct 35371798  T
Q  313 tatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctcatataactaaaat 412  Q
    |   ||||  |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  35371797 t---ttctcatgttatatataacacacaaactctccaattctaactcaaacacaactca---actcacacaattacgttagcatctcatataactaaaat 35371704  T
Q  413 ggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgcattgaa 512  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||      | ||||||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  35371703 ggcatccattttgatggtcattgctctaaagtgcaagcaacatgtatatggtgaagg------taattggtttgattatacaagtgtatcttgcattgaa 35371610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 94 - 361
Target Start/End: Original strand, 35343134 - 35343388
Alignment:
Q  94 cattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatg 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  35343134 cattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattctttgctgctatttccaacatttaagctgaattgtaaagacaattgccaatg 35343233  T
Q  194 tggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgt 293  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||| ||   || |    | |||||||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||  |||||     
T  35343234 tggctgcccaatatgccattacacatgcaggcacgtagca----aagctcacaccttaagtaaacatacacacttc-----ttgtgtggtttaattgtgg 35343324  T
Q  294 tagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaa 361  Q
    | ||| |||| |||||| || |||||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  35343325 tggaataact-caacaagttctcttctagt--tatatataacaca-aaactctctaatcctaactcaa 35343388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 95 - 409
Target Start/End: Original strand, 35347807 - 35348112
Alignment:
Q  95 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttcca-acgtgtat----gctgaattgtaaagacaattgcg 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||| ||||||||    ||||||||||| ||||||||||     
T  35347807 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgagtctttgcttct-tttccatacgtgtatatatgctgaattgtagagacaattgcc 35347905  T
Q  190 aatgtggctgcacaagattccat--tacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgc 287  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||   ||  ||    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||     |||||||    
T  35347906 aatgtggctgcacaagaccccatattacacatgcaggcacgtagccat----gctcataccttaagcaaacttacacacttcttgtgt-----ggtttgc 35347996  T
Q  288 ttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataatta 387  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| || ||    
T  35347997 ttgtgttagaactactc-aacaacttctcttcttgttata--tataacacacaaactctccaatcctaactcaaacacagc---tcaactcacacaacta 35348090  T
Q  388 cattaccatctcatataactaa 409  Q
    | ||| ||| ||||||||||||    
T  35348091 ccttagcatatcatataactaa 35348112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 93 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 35336021 - 35335752
Alignment:
Q  93 ccattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  35336021 ccattatatgcatccactcaaacattttattttgtcaatattcttgattctttgcttct-tttccaacgtgtaagttgaattgtaaagacaattgccaat 35335923  T
Q  193 gtggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtg 292  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||   ||      |||||||||||||||||||||| |||||||||      || ||||||||||||||    
T  35335922 gtggctacacaagatgccattacacatgcaggcaccgag----ccatgctcacaccttaagcaaacacacacacttc-----ctgcgtggtttgcttgtg 35335832  T
Q  293 ttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactc--atcaactcaca 381  Q
     ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||          || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35335831 ctagaacagct-caacagcttttcttctagttatatat----------aactctccaatcctaactcaaacacaactcaaatcaactcaca 35335752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 95 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 35346532 - 35346269
Alignment:
Q  95 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgt 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  35346532 attatatgcatccactcaaacattctatttggt---tattcttgattctatgctgcattttccaacgtgtaagctgaattgtaaagacaattgccaatgt 35346436  T
Q  195 ggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgtt 294  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||      |||||||||||||||||||||| ||||||  ||  | ||||||||||| |||||| |    
T  35346435 ggctgcacaagatcccattgcacatgcaggcatcgag----ccatgctcacaccttaagcaaacacacacac-act--tcttgtgtggtttacttgtgat 35346343  T
Q  295 ag----aacaactccaacaacttatcttc----tagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactca 360  Q
    ||    |||||||||||||||   |||||    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35346342 agaacaaacaactccaacaacagctcttcttgttagttatatatataacacacaaactctccaatcctaactca 35346269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 95 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 35351605 - 35351474
Alignment:
Q  95 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattctta-----gctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcg 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||      ||||||  |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||     
T  35351605 attatatgcatccactcaaacattcgattttttcaatattcttgattctttaatttgctgcttcttccaacgtgcatgctgacttataaaaacaattgcc 35351506  T
Q  190 aatgtggctgcacaagattccattacacatgc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35351505 aatgtggctgcacaagattccattacacatgc 35351474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 35364830 - 35364651
Alignment:
Q  93 ccattatatgcatccactcaaaca-ttctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaa 191  Q
    |||||||||||||||||| ||| | || ||||||  || ||||||||||||||  || || || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  35364830 ccattatatgcatccactaaaaaaattatattttcccattattcttgattcttttcttcttttcccaacatgtacgctgaattgtaaagacaaatgccaa 35364731  T
Q  192 tgtggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgt 275  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||   ||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364730 tgtggctgcacaagatcccattacacatgcaagcaaggag----ccatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgt 35364651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 102 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 35341188 - 35341070
Alignment:
Q  102 gcatccactcaaacattctattttgtcaatatt----cttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaa--ttgcgaatgtg 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  35341188 gcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtg 35341089  T
Q  196 gctgcacaagattccatta 214  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  35341088 gctgcacaagatcccatta 35341070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 404 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 35346205 - 35346066
Alignment:
Q  404 aactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatct 503  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |   ||||||||  |||||| |||||||||  | | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  35346205 aactaaaatggcatccattttcacggtcattgctccattgtgcaagcagaatgcatgtggtgaaggcaacggtgattggtttggttatacatctgtatct 35346106  T
Q  504 tgcattgaagaagattatcataacgaggatcaagattctt 543  Q
    || |||| |||||||||||  || | ||||||||||||||    
T  35346105 tgtattgtagaagattatcgcaatggggatcaagattctt 35346066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 402 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 35364469 - 35364347
Alignment:
Q  402 ataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatat---ggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctg 498  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||   ||||||||||| | ||||||||| |||| ||| | ||    
T  35364469 ataaccaaaatgacattcatttccacggtcattgctccaaagtgcaagcaatatgcatataatggtgaaggtgacggtgattggttcggttatacgtgtg 35364370  T
Q  499 tatcttgcattgaagaagattat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  35364369 tatcttgcattgaagaagattat 35364347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 408 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 35335699 - 35335583
Alignment:
Q  408 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcat---atggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatctt 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   | |||||||| ||   ||||||||||||||  |||  | ||||||    
T  35335699 aaaatggcatccatttccatggtcattgctccaaagtgcaagcaacatgcatttaacggtgaaggcgactgtgattggtttggttacacaaatatatctt 35335600  T
Q  505 gcattgaagaagattat 521  Q
    |||||||||||||||||    
T  35335599 gcattgaagaagattat 35335583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 408 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 35355808 - 35355694
Alignment:
Q  408 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 507  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| ||| ||| |||||| | |||| ||||| ||||||| | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  35355808 aaaatggcatcaatttctatggccattactccaaagtgcaaggagcatggatatgatgaaggtaatggtgattggtttggttatacatatgtatcttgca 35355709  T
Q  508 ttgaagaagattatc 522  Q
    |||||||||||||||    
T  35355708 ttgaagaagattatc 35355694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 408 - 523
Target Start/End: Original strand, 35343475 - 35343590
Alignment:
Q  408 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 507  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||  || ||| ||| |||| |||| ||||||||||||| | | ||||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  35343475 aaaatggcatccatttctttggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatcttgca 35343574  T
Q  508 ttgaagaagattatca 523  Q
    |||||||| |||||||    
T  35343575 ttgaagaaaattatca 35343590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 408 - 518
Target Start/End: Original strand, 35348166 - 35348276
Alignment:
Q  408 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 507  Q
    |||||||||||||||||  |||  ||| ||| ||| |||||||| |||| |||  |||||||| | | |||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  35348166 aaaatggcatccatttctttggctattactccaaagtgcaagcatcatggatacagtgaaggtaacggtgattggtttggttatacaagtgtatcttgca 35348265  T
Q  508 ttgaagaagat 518  Q
    || ||||||||    
T  35348266 ttaaagaagat 35348276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 295 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 35340986 - 35340922
Alignment:
Q  295 agaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaa 361  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  35340986 agaacaactccaacaagttctcttcttgttatatatat--cacacaaactctccaatactaactcaa 35340922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University