View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16709_high_1 (Length: 791)

Name: NF16709_high_1
Description: NF16709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16709_high_1
NF16709_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-781)||(15197055-15197817)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 15197817 - 15197055
Alignment:
Q  18 gttgttaacattgatatatcttctgtggtcattgatgctatgcagaagaagtaccgagatcgtcctcaattgaagtgtatccatatgatgattaattcat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15197817 gttgttaacattgatatatcttctgtggtcattgatgctatgcagaagaaataccgagatcgtcctcaattgaagtgtatccatatggtgattaattcat 15197718  T
Q  118 gctgtatatgatgtttttaaattgcagttggatcttaatttttcatattatatagagaattgtggtcaaatgcggtttatatcgtgatcacaaagatatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15197717 gctgtatatgatgtttttaaattgcagttggatcttaatttttcatattatatagagaattgtggtcaaatgcggtttatatcgtgatcacgaagatatc 15197618  T
Q  218 aaagtgtatgtttggattcacaatgattttgcaagaatcgcagtagtatttctagtgtgattttggcaaaatctatactttgatgcttcaacaagatcac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15197617 aaagtgtatgtttggattcacaatgattttgcaagaatcacagtagtatttctagtgtgattttggcaaaatctatacttcgatgcttcaacaagatcac 15197518  T
Q  318 agctagtgtgatcttgccaaacgaaccaccaaacttaacatgtacaaaaataattatatttcggtccatgttgcgggtgaacacctctttttaaaacctt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15197517 agctagtgtgatcttgccaaacgaaccaccaaactaaacatgtacaaaaataattatatttcggttcatgttgcgggtgaacacctctttttaaaacctt 15197418  T
Q  418 tgttgtgtataaatatattgtttttcattttcacactactacatttgttatcagaaaaagtatgcattattttccaatacttcatgttatagaatcataa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15197417 tgttgtgtataaatatattgtttttcattttcacactactacatttgttatcagaaaaagtatgcattattttccaatactccatgttatagaatcataa 15197318  T
Q  518 atataattttgatgaagtggtgatattgagggtgaaacatccttaataattatacagatttgaaaatggatgtcagagacatgagtgcttttgcatcaga 617  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15197317 ataaaattttgatgaagtggtgatattgagggtgaaacatccttaataattatacagatttgaaaatggatgtcagagacatgagtgcttttgcatcaga 15197218  T
Q  618 gacttttggttctgttattgacaaaggtgtgcttcccattgattcatagatttatttttgaataaataatataattagattacctgttgaacaacgaatc 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15197217 gacttttggttctgttattgacaaaggtgtgcttcccattgattcatagatttatttttgaataaa-aatataattagattacctgttgaacaacgaatc 15197119  T
Q  718 attctgatattgtttaattttgtttttcaggaactcttgattctatcttggtgagtgatgatgt 781  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15197118 attctgatattgtttaattttgtttttcaggaactcttgattctatcttggtgagtgatgatgt 15197055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University