View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16714_high_10 (Length: 498)

Name: NF16714_high_10
Description: NF16714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16714_high_10
NF16714_high_10
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-479)||(40820473-40820937)
chr4 (149-413)||(40825207-40825472)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (16-479)||(20292909-20293368)
chr7 (25-479)||(20169377-20169827)
chr7 (125-479)||(20272206-20272561)
chr7 (244-479)||(20300263-20300497)
chr7 (318-476)||(20090388-20090545)
chr7 (261-440)||(20302353-20302531)
chr7 (125-479)||(20277950-20278305)
chr7 (274-479)||(20230205-20230409)
chr7 (149-479)||(20242028-20242359)
chr7 (125-479)||(20282528-20282884)
chr7 (43-219)||(20064097-20064268)
chr7 (156-458)||(20287673-20287979)
chr7 (362-479)||(20262861-20262977)
chr7 (90-322)||(20262607-20262836)
chr7 (126-219)||(20230055-20230148)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (90-124)||(134796-134830)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 40820937 - 40820473
Alignment:
Q  16 attatactttacaaaatgatgaggagattttgatctatcatctaacatcacaaggaaaattatatgaaacgcgatgggatgatgagaagaaagaaatgaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820937 attatactttacaaaatgatgaggagattttgatctatcacctaacatcacaaggaaaattagatgaaacgcgatgggatgatgagaagaaagaaatgaa 40820838  T
Q  116 agtgacatgacatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagct 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40820837 agtgacatgacatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttattgagctcgccaatatgtagct 40820738  T
Q  216 gttttcgaggatttgtacccagaaac--agaagaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcag 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40820737 gttttagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaaggatcag 40820638  T
Q  314 caataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40820637 caataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagaatttgcagaaggtgtagc-tgttacaccagacatatg 40820539  T
Q  414 cagaagcttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820538 cagaagcttatgtctgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 40820473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 40825472 - 40825207
Alignment:
Q  149 tgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgaggatttgtacccagaaacagaa--g 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| | |||  |  || ||||| || |||||  ||||||||| |||||| |||| |   |    
T  40825472 tgtgacgtttatggtatatgtggggcattttcaagctgtagttcattgaagttaccgatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacagg 40825373  T
Q  247 aatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtt 346  Q
    | |||| || ||| || ||||| ||| |||||||||  ||||||| |||| |||||| || | |||  ||||| || || |||||||||||| |||||||    
T  40825372 agtggaatagacacaactggacaggtgggtgtgttagaaggacacttttgcagtgtgaaaaggtcaataataagacaacaagtacaaaggaagatgggtt 40825273  T
Q  347 tttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatg 413  Q
    ||||||||||||   |||| ||||| | ||||||||| || ||  |||  |||||||||||||||||    
T  40825272 tttgaaattgcagatggttaaagttcctgattttgcacaaagttcagc-agttacaccagacatatg 40825207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 16 - 479
Target Start/End: Original strand, 20292909 - 20293368
Alignment:
Q  16 attatactttacaaaatgatgaggagattttgatctatcatctaacatcacaaggaaaattatatgaaacgcgatgggatgatgagaagaaagaaatgaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20292909 attatactttacaaaatgatgatgagtttttgatctatcagctgacttcacaaggaaaattagatgaaacgcggtgggatgatgagaagaaagaaatgaa 20293008  T
Q  116 agtgacatgacatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagct 215  Q
    |||||||||     ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||    
T  20293009 agtgacatg-----gacaacccgagaatcagagtgtgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagct 20293103  T
Q  216 gttttcgaggatttgtacccagaaaca--gaagaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcag 313  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||     
T  20293104 gtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaa 20293203  T
Q  314 caataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatg 413  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  20293204 caataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagc-tgttacaccagaaatatg 20293302  T
Q  414 cagaagcttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293303 cagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 20293368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 20169827 - 20169377
Alignment:
Q  25 tacaaaatgatgaggagattttgatctatcatctaacatcacaaggaaaattatatgaaacgcgatgggatgatgagaagaaagaaatgaaagtgacatg 124  Q
    ||||||||||||| ||  |||| |||||| | ||||  ||| ||||| ||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||   |||    
T  20169827 tacaaaatgatgatgaattttttatctataacctaaattcaaaaggagaattagaagaaacggggtgggatgatgagaagaaagaagtgcaagttctatg 20169728  T
Q  125 acatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgag 224  Q
         |||||| || |||||| ||||||||||||| |   ||||||  ||||||||||| |||| || | ||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  20169727 -----gacaagtcgggaatcaaagtgtgatgtttacgacttatgtggggcatttgcaagttgtaattcattgagctcaccaacatgtagctgtttgagag 20169633  T
Q  225 gatttgtacccagaaaca--gaagaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaac 322  Q
    | |||| |||||||||||  ||| |||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||   |||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||    
T  20169632 ggtttgaacccagaaacatagaacaatggaatatacataactggaccggtgggtgtgttcgaaggacacctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaac 20169533  T
Q  323 cacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagctt 422  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||   | || ||||| |||||||||| |||||| | |  ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  20169532 cacaagtacaaaggaagatgggtttttgaaactacaaatgattaaagttccagattttgctgaaggt-ttgactgttacatcagacatatgcagaagcct 20169434  T
Q  423 atgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    ||| ||| | |||||||| ||| |||| ||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  20169433 atgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatgatgggattggttgtat 20169377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 125 - 479
Target Start/End: Original strand, 20272206 - 20272561
Alignment:
Q  125 acatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgag 224  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |  || ||| |||||||| |||||| |   ||    
T  20272206 acatggacaagccgagattcagagtgtgatgtttatggtatatgtggcgcatttgcaatctgtagttcatcgacctcaccaatatgcagctgtctgaaag 20272305  T
Q  225 gatttgtacccagaaacagaag--aatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaac 322  Q
    |||||| ||| | ||| | | |  ||||||  ||| | || ||| | ||| ||||||||| || |||||||||| |||| | |||| ||  |||||||||    
T  20272306 gatttgaacctaaaaatatacgtgaatggaaaataaacaactggtctggtgggtgtgttaggaagacacctttgcagtgcgaaagggtccacaataaaac 20272405  T
Q  323 cacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagctt 422  Q
    ||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||  || || ||||| |||||||||| |||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||| |    
T  20272406 cacaagtacaaaggaagatgggattttgaaactacagacgattaaagttccagattttgctgaaggtttaa-tcgttacacctgacatatgcagaagcct 20272504  T
Q  423 atgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    ||| ||| | |||||||| ||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  20272505 atgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatgatgggattggctgtat 20272561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 244 - 479
Target Start/End: Original strand, 20300263 - 20300497
Alignment:
Q  244 aagaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgg 343  Q
    ||||||||| || | | |||||||| ||| ||||||| | ||||||| ||||  |||||  |||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  20300263 aagaatggaatagaaacaattggactggtgggtgtgtcaggaggacagcttttcagtgttaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgg 20300362  T
Q  344 gtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagcttatgtttgcacaattgctcctg 443  Q
     ||||||| ||||||   |||| ||||| | || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||    
T  20300363 atttttgatattgcagatggttaaagttcctgaatttgcagaaggtgtagc-tgttgcaccagacatatgcagaagcttatgcttgtagaattgctcatg 20300461  T
Q  444 cgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  20300462 cgttgcgaattctcatgatgctggaattggttgtat 20300497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 318 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 20090545 - 20090388
Alignment:
Q  318 aaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcaga 417  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |   |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||     
T  20090545 aaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagct-gttgcaccagaaatatgcagc 20090447  T
Q  418 agcttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctg 476  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||| |||||||||    
T  20090446 agcttatgtttgcataattgctcctgcgttgcgtattgtcacgacactgagattggctg 20090388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 261 - 440
Target Start/End: Original strand, 20302353 - 20302531
Alignment:
Q  261 aattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatg 360  Q
    ||||||||  || ||||||||| ||| | | ||||| |||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||      
T  20302353 aattggactagtgggtgtgttaggagaagatctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaagaagatgggtttttgaaattgcaga 20302452  T
Q  361 cggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagcttatgtttgcacaattgctc 440  Q
     |||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  20302453 tggttaaagttcccgattttgcagaaggtgtagc-tgttacaccagatatatgcagaagcttatgcttggagaattgctc 20302531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 125 - 479
Target Start/End: Original strand, 20277950 - 20278305
Alignment:
Q  125 acatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgag 224  Q
    ||||||||||||| ||| |   ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||  ||| |||||||||| |||| |  |||    
T  20277950 acatggacaagccaagacttggagtgtgatgtttacggtatatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgttctcaccaatatgtatctgtctgagag 20278049  T
Q  225 gatttgtacccagaaac--agaagaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaac 322  Q
    |||||| ||| ||||||  | ||||||||| |  |||||| ||||| ||| ||||||||| ||| ||  ||||| ||||| | |||   | |||||||||    
T  20278050 gatttgaacctagaaacatacaagaatggaatggacataactggaccggtgggtgtgttaggagaaccactttgcagtgtagtagggataacaataaaac 20278149  T
Q  323 cacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagctt 422  Q
    |||  | | ||||||| ||| |||||||||||| ||  ||||  ||||  ||| |||||| |||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |    
T  20278150 cacacggagaaaggaagatgcgtttttgaaattacagacggtgaaagtaccagcttttgctgaagctttagc-tgttacaccagacatttgcagaagcct 20278248  T
Q  423 atgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    ||| ||| | ||||| || ||| |||| ||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  20278249 atgcttggagaattgttcttgccttgcatattcccatgattccgtgattggctgtat 20278305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 274 - 479
Target Start/End: Original strand, 20230205 - 20230409
Alignment:
Q  274 ggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttc 373  Q
    ||||||||| | ||| ||| ||| |||||  ||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| | |||||||||||| | ||   |||| ||||| |    
T  20230205 ggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcggcaataaaaccacaggtagaaaggaagacgggtttttgaaactacagatggttaaagttcc 20230304  T
Q  374 agattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagcttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattgg 473  Q
    ||||||||| |||||| |||   |  ||||| |||| |||||||| |||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  20230305 agattttgctgaaggtttagaaggg-acacctgacagatgcagaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgcgtattctcatgatgatgggattgg 20230403  T
Q  474 ctgtat 479  Q
    ||||||    
T  20230404 ctgtat 20230409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 149 - 479
Target Start/End: Original strand, 20242028 - 20242359
Alignment:
Q  149 tgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgaggatttgtacccagaaacagaag-- 246  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||  ||| ||||||||| || | ||||||| ||| | || || |||||   |||||||| ||||||||| |   |      
T  20242028 tgtgatgtttatggtctatgtggagattttacaagctgtaattcattgagctcaccagtttgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtg 20242127  T
Q  247 aatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtt 346  Q
    ||||||||| | | || ||||| ||  ||||||||| |  || |||||||  ||||  |||| ||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  20242128 aatggagtagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcagagacctttgctgtgtaaaagggtcaccaataaaaccacaagtagaaaggaagatgggtt 20242227  T
Q  347 tttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagcttatgtttgcacaattgctcctgcgt 446  Q
    | ||||| | ||   |||| ||||| |||||||||| |||||| ||||  |||||||| |||| |||||||| |||||||||  | |||||||| || ||    
T  20242228 tctgaaactacagatggttaaagttccagattttgctgaaggtttagca-gttacacctgacacatgcagaatcttatgtttagagaattgctcttgtgt 20242326  T
Q  447 tgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    ||||||||||||| ||  || ||||||||||||    
T  20242327 tgcgtattctcatcatgatgtgattggctgtat 20242359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 125 - 479
Target Start/End: Original strand, 20282528 - 20282884
Alignment:
Q  125 acatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagct--gttttcg 222  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| || | ||  ||| |||||||||| ||  || |  |    
T  20282528 acatggagaagccaagactcagagtgtgatgcttatggtatatgtggggcatttgcaagctgtaattcattggtctcaccaatatgtatctctgtctgag 20282627  T
Q  223 aggatttgtacccagaaacaga--agaatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtgg-aaggatcagcaataa 319  Q
    |||||||| ||| ||||||| |  |||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| || |||||| ||||||| |||| | | ||||||    
T  20282628 aggatttgaacctagaaacatacaagaatggaatatacataactggaccggtgggtgtgttaggagaacccctttgcagtgtggcaaggctaa-caataa 20282726  T
Q  320 aaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaag 419  Q
    ||||||    | ||||||| |||  ||||| ||| | ||   |||  ||||  | | |||||| |||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20282727 aaccacacagagaaaggaatatgc-tttttcaaactacagatggtgaaagtaccggcttttgctgaagctttagct-gttacaccagacatttgcagaag 20282824  T
Q  420 cttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtat 479  Q
    | |||| ||| | ||||| || ||| |||| ||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  20282825 cctatgcttggagaattgttcttgccttgcatattcccatgattccgtgattggctgtat 20282884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20064268 - 20064097
Alignment:
Q  43 ttttgatctatcatctaacatcacaaggaaaattatatgaaacgcgatgggatgatgagaagaaagaaatgaaagtgacatgacatggacaagccgagaa 142  Q
    ||||||||||| | || |  ||||||||||||||| | ||||||   ||| |||||||| |||||||| || |||     | |||||||| |||||| ||    
T  20064268 ttttgatctataagcttaattcacaaggaaaattagaagaaacgtcttggaatgatgaggagaaagaagtgcaag-----ttacatggactagccgaaaa 20064174  T
Q  143 tcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttt 219  Q
    ||| |||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||| | ||| | | |||||||| ||||||||    
T  20064173 tcagagtgtgatgtatatggtacatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgaacacaccaatatgcagctgttt 20064097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 156 - 458
Target Start/End: Original strand, 20287673 - 20287979
Alignment:
Q  156 tttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgaggatttgtacccagaaacagaa--gaatggag 253  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| | |||  |  |||||||| || |||||  ||||||||| |||||| |||| |   || ||||     
T  20287673 tttatggtatatgtggggcattcgcaagctgtagttcattgaagttaccaatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacaggagtggaa 20287772  T
Q  254 tatacataattggacgggtcggtgtgttacgaggacacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaag---gaaaatgggtttttg 350  Q
    || ||| || ||||| ||| |||||||||  |||| || |||| |||||| |||| |||  ||||| ||||| |||||||||   ||| |||| ||||||    
T  20287773 tagacacaactggactggtgggtgtgttagaaggatacttttgcagtgtgaaagggtcaataataacaccacaagtacaaagaaggaagatggatttttg 20287872  T
Q  351 aaattgcatgcggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagcttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcg 450  Q
    |||||| |   |||| ||||| | ||||||||| |||||  |||   |||||||||||||||| ||||||  ||| ||  | |||||||| ||| ||||     
T  20287873 aaattgaagatggttaaagttcctgattttgcacaaggttcagc-acttacaccagacatatgtagaagccgatgcttagagaattgctcttgcattgca 20287971  T
Q  451 tattctca 458  Q
    ||||||||    
T  20287972 tattctca 20287979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 362 - 479
Target Start/End: Original strand, 20262861 - 20262977
Alignment:
Q  362 ggttgaagtttcagattttgcagaaggtgtagcttgttacaccagacatatgcagaagcttatgtttgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatga 461  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||| ||||  ||| |||| |||| ||||| || |||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  20262861 ggttaaagttccagattttgctgaaggtttagca-gttgcacctgacaaatgcaaaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgcgtattctcatca 20262959  T
Q  462 ttctgggattggctgtat 479  Q
    |  || ||||||||||||    
T  20262960 tgatgtgattggctgtat 20262977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 322
Target Start/End: Original strand, 20262607 - 20262836
Alignment:
Q  90 tgggatgatgagaagaaagaaatgaaagtgacatgacatggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtag 189  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||     || ||||| | |  || | ||||||||||||||| | |||| || |||| |||||||||     
T  20262607 tgggatgataagaataaagaaatgaaagtgacatg-----gaaaagccaaaacacagaatgtgatgtttatggtctctgtggagaatttacaagctgtaa 20262701  T
Q  190 tttaatgagctcgccaatatgtagctgttttcgaggatttgtacccagaaacagaag--aatggagtatacataattggacgggtcggtgtgttacgagg 287  Q
    || | ||||||| ||  |||| || |||||   |||||||| ||||||||| |   |  ||||||||| | | || ||||| ||  ||||||||| | ||    
T  20262702 ttcattgagctcaccggtatgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtgaatggagtagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcgg 20262801  T
Q  288 acacctttggagtgtggaaggatcagcaataaaac 322  Q
    | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  20262802 agacctttgcagtgtgaaaggatcagcaataaaac 20262836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 126 - 219
Target Start/End: Original strand, 20230055 - 20230148
Alignment:
Q  126 catggacaagccgagaatcatagtgtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttaatgagctcgccaatatgtagctgttt 219  Q
    |||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||| || | ||||| ||||||| || ||||||||    
T  20230055 catggaaaagccaatactcagagtgtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgttt 20230148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 90 - 124
Target Start/End: Original strand, 134796 - 134830
Alignment:
Q  90 tgggatgatgagaagaaagaaatgaaagtgacatg 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  134796 tgggatgatgagaagaaagaaacgaaagtgacatg 134830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University