View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16714_low_12 (Length: 497)
Name: NF16714_low_12
Description: NF16714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16714_low_12 |
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| [»] scaffold0459 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0366 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0459 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0459
Description:
Target: scaffold0459; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Original strand, 2473 - 2925
Alignment:
| Q |
14 |
aagaattacaatgcaaagaaacaaaggaatagcctcatgcatgacaaccagggcaaactgtagaaagaatgatctccacacaaaacatctcaagcaatta |
113 |
Q |
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| T |
2473 |
aagaattacaatgcaaagaaacaaacgaatagcctcatgcatgacaaccagggcagactgtagaaagaatgatctccacacaaaacatctcaagcaatta |
2572 |
T |
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| Q |
114 |
tgacagacctgaaatctgtccagaataaactgcgacatatcagaaatgtatcgctactttggacagcagaaaacacagtcaaataaaccccaaactagca |
213 |
Q |
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| T |
2573 |
tgacagacctgaaatctgtccagaataaactgcgacatatcagaaatgtatcgctactttggacagcagaaaacacagtcaaataaaccccaaactagca |
2672 |
T |
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| Q |
214 |
cttggattcaagcatcattgagatattttatgttataatcaagactattcaatttctcctgctcagccaacttacgtgtaccctaaatggtctgttatga |
313 |
Q |
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| T |
2673 |
cttggattcaagcatcattgagatattttatgttataatcaagactattcaatttctcctgctcagccaacttacgtgtaccctaaatggtctgttatga |
2772 |
T |
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| Q |
314 |
aatagttttccatttcttgctttccaaatactcaaaacacaagcattctatttgaaaacgacccaatgaattgatctagatgtgccaaccaatcccttta |
413 |
Q |
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| T |
2773 |
aatagttttccatttcttgctttccaaatactcaaaacacaagcattctatttgaaaacgacccaatgaattgatctagatgtgccaaccaatcccttta |
2872 |
T |
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| Q |
414 |
aaaaagcagtagatatgttgagttgagtcacctgcaaattgaatagcaaacac |
466 |
Q |
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| T |
2873 |
aaaaagcagtagatatgttgagttgagtcacctgcaaattgaatagcaaacac |
2925 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 44372379 - 44371927
Alignment:
| Q |
14 |
aagaattacaatgcaaagaaacaaaggaatagcctcatgcatgacaaccagggcaaactgtagaaagaatgatctccacacaaaacatctcaagcaatta |
113 |
Q |
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| T |
44372379 |
aagaattacaatgcaaagaaacaaacgaatagcctcatgcatgacaaccagggcagactgtagaaagaatgatctccacacaaaacatctcaagcaatta |
44372280 |
T |
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| Q |
114 |
tgacagacctgaaatctgtccagaataaactgcgacatatcagaaatgtatcgctactttggacagcagaaaacacagtcaaataaaccccaaactagca |
213 |
Q |
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| T |
44372279 |
tgacagacctgaaatctgtccagaataaactgcgacatatcagaaatgtatcgctactttggacagcagaaaacacagtcaaataaaccccaaactagca |
44372180 |
T |
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| Q |
214 |
cttggattcaagcatcattgagatattttatgttataatcaagactattcaatttctcctgctcagccaacttacgtgtaccctaaatggtctgttatga |
313 |
Q |
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| T |
44372179 |
cttgtattcaagcatcattgagatattttatgttataatcaagactattcaatttctcctgctcagccaacttacgtgtaccctaaatggtctgttatga |
44372080 |
T |
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| Q |
314 |
aatagttttccatttcttgctttccaaatactcaaaacacaagcattctatttgaaaacgacccaatgaattgatctagatgtgccaaccaatcccttta |
413 |
Q |
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| T |
44372079 |
aatagttttccatttcttgctttccaaatactcaaaacacaagcattctatttgaaaatgacccaatgaattgatctagatttgccaaccaatcccttta |
44371980 |
T |
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| Q |
414 |
aaaaagcagtagatatgttgagttgagtcacctgcaaattgaatagcaaacac |
466 |
Q |
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| T |
44371979 |
aaaaagcagtagatatgttgagttgagtcacctgcaaattgaatagcaaacac |
44371927 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0366 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0366
Description:
Target: scaffold0366; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Original strand, 2473 - 2925
Alignment:
| Q |
14 |
aagaattacaatgcaaagaaacaaaggaatagcctcatgcatgacaaccagggcaaactgtagaaagaatgatctccacacaaaacatctcaagcaatta |
113 |
Q |
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2473 |
aagaattacaatgcaaagaaacaaacgaatagcctcatgcatgacaaccagggcagactgtagaaagaatgatctccacacaaaacatctcaagcaatta |
2572 |
T |
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| Q |
114 |
tgacagacctgaaatctgtccagaataaactgcgacatatcagaaatgtatcgctactttggacagcagaaaacacagtcaaataaaccccaaactagca |
213 |
Q |
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| T |
2573 |
tgacagacctgaaatctgtccagaataaactgcgacaaatcagaaatgtatcgctactttggacagcagaaaacacagtcaaataaaccccaaactagca |
2672 |
T |
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| Q |
214 |
cttggattcaagcatcattgagatattttatgttataatcaagactattcaatttctcctgctcagccaacttacgtgtaccctaaatggtctgttatga |
313 |
Q |
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2673 |
cttgcattcaagcatcattgagatattttatgttataatcaagactattcaatttctcctgctcagccaacttacgtgtaccctaaatggtctgttatga |
2772 |
T |
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| Q |
314 |
aatagttttccatttcttgctttccaaatactcaaaacacaagcattctatttgaaaacgacccaatgaattgatctagatgtgccaaccaatcccttta |
413 |
Q |
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2773 |
aatagttttccatttcttgctttccaaatactcaaaacacaagcattctatttgaaaatgacccaatgaattgatctagatctgccaaccaatcccttta |
2872 |
T |
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| Q |
414 |
aaaaagcagtagatatgttgagttgagtcacctgcaaattgaatagcaaacac |
466 |
Q |
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| T |
2873 |
aaaaagcagtagatatgttgagttgagtcacctgcaaattgaatagcaaacac |
2925 |
T |
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