View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16722_low_17 (Length: 309)
Name: NF16722_low_17
Description: NF16722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16722_low_17 |
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| [»] scaffold0224 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0224 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 3)
Name: scaffold0224
Description:
Target: scaffold0224; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 15 - 292
Target Start/End: Original strand, 3071 - 3348
Alignment:
| Q |
15 |
tgaaccatccatccaccattttgtgtcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagaaggagatgcccta |
114 |
Q |
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| T |
3071 |
tgaaccatccatccaccattttgtgtcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaataggaggagatgcccta |
3170 |
T |
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| Q |
115 |
aacctccgagatattttgttctgcgcatcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattatac |
214 |
Q |
| |
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|
| T |
3171 |
aacctccgagatattttgttctgcgcatcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattatac |
3270 |
T |
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| Q |
215 |
catgggtctttgttaaactttatatcattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
292 |
Q |
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| T |
3271 |
catgggtctttgttaaactttatatcattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
3348 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0224; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 40 - 292
Target Start/End: Original strand, 3389 - 3641
Alignment:
| Q |
40 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagaaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
139 |
Q |
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| T |
3389 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaataggaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
3488 |
T |
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| Q |
140 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
239 |
Q |
| |
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|
| T |
3489 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
3588 |
T |
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| Q |
240 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
292 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
3589 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
3641 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0224; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 40 - 292
Target Start/End: Original strand, 3682 - 3934
Alignment:
| Q |
40 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagaaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
139 |
Q |
| |
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| T |
3682 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagcaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
3781 |
T |
|
| Q |
140 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
239 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
3782 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
3881 |
T |
|
| Q |
240 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
292 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
3882 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcatttt |
3934 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 15 - 292
Target Start/End: Original strand, 42899098 - 42899375
Alignment:
| Q |
15 |
tgaaccatccatccaccattttgtgtcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagaaggagatgcccta |
114 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42899098 |
tgaaccatccatccaccattttgtgtcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaataggaggagatgcccta |
42899197 |
T |
|
| Q |
115 |
aacctccgagatattttgttctgcgcatcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattatac |
214 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42899198 |
aacctccgagatattttgttctgcgcatcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattatac |
42899297 |
T |
|
| Q |
215 |
catgggtctttgttaaactttatatcattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
292 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42899298 |
catgggtctttgttaaactttatatcattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
42899375 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 40 - 292
Target Start/End: Original strand, 42899416 - 42899668
Alignment:
| Q |
40 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagaaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
139 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42899416 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaataggaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
42899515 |
T |
|
| Q |
140 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
239 |
Q |
| |
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|
| T |
42899516 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
42899615 |
T |
|
| Q |
240 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
292 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42899616 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
42899668 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 40 - 292
Target Start/End: Original strand, 42899709 - 42899961
Alignment:
| Q |
40 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagaaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
139 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42899709 |
tcgttgaatgcaaacaatagattaaaatcaatgatagagattgcacatgactgttcaatagcaggagatgccctaaacctccgagatattttgttctgcg |
42899808 |
T |
|
| Q |
140 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42899809 |
catcctatcccaatttaccttaagtcttgcgtcaagggtgattcactatcaattaaaatttctaagcaattataccatgggtctttgttaaactttatat |
42899908 |
T |
|
| Q |
240 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcgtttt |
292 |
Q |
| |
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|
|
| T |
42899909 |
cattgagaaatcgcatgatgaagtcatggtggaacgaaagggttatgcatttt |
42899961 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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