View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16722_low_2 (Length: 654)

Name: NF16722_low_2
Description: NF16722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16722_low_2
NF16722_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-635)||(5800364-5800990)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 635
Target Start/End: Original strand, 5800364 - 5800990
Alignment:
Q  10 tgagatgaaccattcaagaatattcttccaggaactctatgcaaccccatttccacaccggaatcacgtttatgtgtataggatgaaaatgaaggagatt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5800364 tgagatgaaccattcaagaatattcttccaggaactctatgcaaccccatttccacgcccgaatcacgtttatgtgtataggatgaaaatgaaggagatt 5800463  T
Q  110 cataataataatttgtatcagtagaaggagctaaagaagctcctgagatgcacaatcccatcgatcccgacacgacaatgaacacaacaataacacacac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5800464 cataataataatttgtatcagtagaaggagctaaagaagctcctgagatgcacaatcccatcgatcccgacacgacaatgaacacaacaataacacacac 5800563  T
Q  210 aactcaattcaaatcaatgacattttttcatatggataatgannnnnnn-aaagattttcatacggataatgataaggtataatattttccagaaatagt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5800564 aactcaattcaaatcaatgacattttttcatatggataatgattttttttaaagattttcatacggataatgataaggtataatattttccagaaatagt 5800663  T
Q  309 aacaacaataaccgtctatcaaaaatagcnnnnnnnttcaactgaatatatgatatggatatatttttaatttgataagaagttaagcatatatgattgc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5800664 aacaacaataaccgtctatcaaaaatagcaaaaaaattcaactgaatatatgatatggatatatttttaatttgataagaagttaagcatatgtgattgc 5800763  T
Q  409 acaagtggcacttcacatacactacatcacacaccaaacaaagagatagagaaaggaattcgtcaaaaactttcagttgtttttgtttacaaccaatggt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5800764 acaagtggcacttcacatacactacatcacacaccaaacaaagagatagagaaaggaattcgtcaaaaactttcagttgtttttgtttacaaccaatggt 5800863  T
Q  509 taattgataggtagatagataatccattccaattcaccctcttatctctcacattcacacctacttacctataattacgccaaatccaattatctttcta 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5800864 taattgataggtagatagataatccattccaattcaccttcttatctctcacattcacacctacttacctataattacgccaaatccaattatctttcta 5800963  T
Q  609 atatatgataagcattcatgatctatg 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  5800964 atatatgataagcattcatgatctatg 5800990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University