View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16727_high_3 (Length: 665)

Name: NF16727_high_3
Description: NF16727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16727_high_3
NF16727_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-647)||(2063126-2063764)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 647
Target Start/End: Original strand, 2063126 - 2063764
Alignment:
Q  14 agatgaacttgccaaatacataagatgaacatctgcgatttcagtacgatc-----ggcagttgtgaccggtttgaaacacatgggaatcagagggtttt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063126 agatgaacttgccaaatacataagatgaacatctgcgatttcagtacgatcagggaggcagttgtgaccagtttgaaacacatgggaatcagagggtttt 2063225  T
Q  109 gtacaaaaatgtctgctgttctttcctatgctcttagtaggcatcgcagcagtagtcaccgatctactgttgtgtaacagacactagcatatgcaaatta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063226 gtacaaaaatgtctgctgttctttcctatgctcttggtaggcatcacagcagtagtcaccgatctactgttgtgtaacagacactagcatatgcaaatta 2063325  T
Q  209 aacggagttctttattccgaaaatagttccttggctaaaattggatatttgtcaatggagatggcagcaactgaagttaaattcatcagttaaagtggcc 308  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063326 aacagagttctttatgccgaaaatagttccttggctaaaattggatatttgtcaatggagatggcagcaactgaagttaaattcatcagttaaagtggcc 2063425  T
Q  309 ttatagaggttgtggcgtgattaacctttgtttttagttggagccatgcataatctagaagatgtgactgaaggtcaatatctctattgggaattttgct 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  2063426 ttatagaggttgtggcgtgattaacctttgtttttagttggagccatgcataatctggaagatgtgactgaagatcaatacctctattgggaattttgct 2063525  T
Q  409 ttttgctgataatttcctaacctggctttatgtctcaggtcaactttcttgtgtactttatttttgccgttggaggagctcagtaaacacttctactgcc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063526 ttttgctgataatttcctaacctggctttatgtctcaggtcaactttcttgtgtactttatttttgccgttggaggagctcagtaaacacttctactgcc 2063625  T
Q  509 atgtgtttccatcacaaaagggtgattaaatcccagtagtatccagatggaccagactgaaggggttgtttaggtgaaatttgttatatcttgtctttca 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063626 atgtgtttccatcacaaaagggtgattagatcccagtagtatccagatggaccagactgaaggggttgtttaggtgaaatttgttatatcttgtctttca 2063725  T
Q  609 ttacttagatgatactgatacatttgccgggtgtccaag 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063726 ttacttagatgatactgatacatttgccgggtgtccaag 2063764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University