View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16728_low_1 (Length: 618)

Name: NF16728_low_1
Description: NF16728
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16728_low_1
NF16728_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-597)||(49352549-49353145)
chr4 (1-597)||(49341173-49341767)
chr4 (132-512)||(19030639-19031019)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-597)||(32783124-32783720)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-597)||(29750941-29751535)
chr7 (1-597)||(29601760-29602353)
chr7 (1-597)||(29743908-29744500)
chr7 (295-331)||(35933788-35933824)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-597)||(35158059-35158652)
chr1 (295-329)||(18124974-18125008)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Original strand, 49352549 - 49353145
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49352549 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 49352648  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49352649 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 49352748  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||    
T  49352749 agatatgaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgtggttttaaattgcatgat 49352848  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49352849 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatactcgagaatgtccttcatctgtcatttc 49352948  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49352949 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggt 49353048  T
Q  501 gtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49353049 gtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 49353145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Original strand, 49341173 - 49341767
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49341173 atttgggatttaccacaaaaagatgacgacattttgtctgctatcaaa--aagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 49341270  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    |||||||||||||| |||||   |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||    
T  49341271 ctctctttgaaaagtactttccatttattaattttgatgttagtgtgctatgggtggcatttggttttcttccaccaccaaacatgggtaaaaccttgga 49341370  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  49341371 agatattagcattcagtttctgtacgaccttcagtctagatcatttattcaagattttgtagactttggtggtggtttttgtggatttaaattgcatgat 49341470  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||     
T  49341471 ttagtgcatgatctctcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcatgatgaaaatatattcgagaatgtccttcatttgtcattta 49341570  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| || ||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  49341571 ttaaaaatgatttgcttggcctaacacgagttcctacaggtctgagaaccatgctatttcccaagggagctaacaatgaagctttcttgaaaacattggc 49341670  T
Q  501 gtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  49341671 gtcaaggttcaaattcttgcgtgttttacggttagctcattctaaatatgagagttttccccgctctatttgaaaattaaaacatttaagatatctc 49341767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 132 - 512
Target Start/End: Original strand, 19030639 - 19031019
Alignment:
Q  132 ttttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttggaagatattaacattcagtttgtgtacgagctt 231  Q
    ||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||  || ||||||||||||| |||||||| |||||||||| || | ||||||    
T  19030639 ttttcatgttcatgtgttatgggaggcacttggttttcttccacaaccaaacagaggtaaaaccttggtagatattagcattcagtttctgcatgagctt 19030738  T
Q  232 cagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgatttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaa 331  Q
      ||| |||||||| |||||| |||||  |||| |||||| || || |||||  ||| | ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  19030739 tggtcaagatcattccttcaagattttgaagacattggtgatgtttgttgttactttaacttgcatgatttagtgcacgatcttgcattgtatgttgcaa 19030838  T
Q  332 gagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttcttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggt 431  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||| ||  |    
T  19030839 aagatgagtttcagttgttgaaatttcataatgaaaatatatcagagaatattcttcatctgtcatttattgaaaatgatttgcttggcaaaacaccaat 19030938  T
Q  432 tcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggtgtcaaggtgcaa 512  Q
    ||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  19030939 tcctactggtctaagaactatcatatttcctaagggagccaacgatgaagctttcttgaacattttggtatcaaggtgcaa 19031019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 32783720 - 32783124
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  32783720 atttggaatttacctcaaaaagaagatgacattttgcctgctatcaaattaagttacgatcagttaccttcttatttaaaacgatgttttacttgcttct 32783621  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    | |||||| ||||| |||||   ||| ||||| |  |||||||  |||| |||| ||  |||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  32783620 ccctctttcaaaaggactttacatttactaatatggatgttaggatgctttgggaggtgcttggtgttcttctgccaccaaacaggggtaaaaccttgga 32783521  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    || || || |||||||||  || | ||||||  ||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  32783520 aggtactagcattcagttactgcaagagctttggtcaagatcatttcttcaagattttgtagactttggtggtggtatttgtacatttaaattgcatgat 32783421  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
    || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  32783420 ttagtgcatgatcttgcagtgtatgttgcaagagatgagtttcaattgattgaatttcataatgaaaatatactcgagaatgtccttcatctgtcattta 32783321  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggt 500  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||  || |||||||| ||| ||||||| || ||||||| || ||||||||||     
T  32783320 ttaaaaatgatttgcttggcgtaacaccagttcctactggtctgagaactatgctatttcctgaggaagccaacgataaagcttttttaaaaactttggc 32783221  T
Q  501 gtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32783220 gtcaaggtgcaaattcttacggcttttacagttagctgattctaaatatgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttgagatatctc 32783124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Original strand, 29750941 - 29751535
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  29750941 atttggaatttaccacaaaaagaagatgatattttgcctgctctcaaattaagttttgatcaattaccctcatatttaaaacgatgttttgcctgcttct 29751040  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    | ||||||| |||  ||||  | |||  ||||| |  ||| | |||||| |||| ||| |||| |||||||||  ||||||  | |||||||||||||||    
T  29751041 ccctctttgtaaaagacttccactttagtaattattctgtcactgtgctttgggaggctcttgattttcttccatcaccaaacaagggtaaaaccttgga 29751140  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    |||| |    | ||| ||| || ||||||| || || ||||| || |||||| ||||    | || ||||  ||   |||||  |||| |||||||||||    
T  29751141 agatgtcggtaatcaatttttgcacgagctacaatcaagatctttccttcaagatttctatgtctctggtaatg---tttgtgtatttaaattgcatgat 29751237  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
    || |||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    ||||||| || ||| ||||||||     
T  29751238 ttagtgcatgatcttgccctatatgttgcaagagatgagtttcaattgctgaaattccataatgaaaatataattaagaatgttctccatttgtcattta 29751337  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaacc-ttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttgg 499  Q
     || ||||||||| ||||| | ||| ||  ||||  | || ||||||||| |   | |||||    | ||||||||||| |||||| ||||| | |||||    
T  29751338 ctacaaatgatttacttggacaaacaccaattcccgcaggactgagaaccatacttttttccattagaagccaacaatgtagcttttttgaacaatttgg 29751437  T
Q  500 tgtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
      |||||||| ||||||||||| ||||| | |||| || |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  29751438 catcaaggtgtaaattcttgcgagttttgcggttaactcattctacatatgagagttttccccgctcaattggtaaattaaaacatttgagatatctc 29751535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 29602353 - 29601760
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  29602353 atttggaatttaccacaaaaagaagatgatattttgcctgctatcaaattaagttttgatcaattaccatcttatttaaaacgatgttttgcctgcttct 29602254  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    | ||||| |||||  ||||  | |||  || || |  ||| | |||||| |||| ||| |||| |||||||||  ||||||  | |||||||||||||||    
T  29602253 ccctcttcgaaaaagacttcaaatttgttacttatactgtcactgtgctttgggaggctcttgattttcttccatcaccaaacaagggtaaaaccttgga 29602154  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    |||| |    | ||| ||| || ||||||| || || ||||| || |||||| ||||    | || ||||  ||   |||||  |||| |||||||||||    
T  29602153 agatgtcggtaatcaatttttgcacgagctacaatcaagatctttccttcaagatttctatgtctctggtaatg---tttgtgtatttaaattgcatgat 29602057  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
    || |||||||||||| |  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    ||||||| || ||| ||||||||     
T  29602056 ttagtgcatgatcttgccctatatgttgccagagatgagtttcaattgctgaaactccataatgaaaatataattaagaatgttctccatttgtcattta 29601957  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggt 500  Q
     || ||||||||| ||||| | ||| ||  ||||  | || ||||||||| |  | |||||    | ||||||||||| |||||| ||||| | |||||     
T  29601956 ctacaaatgatttacttggacaaacaccaattcccgcaggactgagaaccatactttttccattagaagccaacaatgtagcttttttgaacaatttggc 29601857  T
Q  501 gtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| | |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  29601856 atcaaggtgtaaattcttgcgagttttgcggttaactcattctacatatgagagtttgccccgctcaattggtaaattaaaacatttgagatatctc 29601760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Original strand, 29743908 - 29744500
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  29743908 atttggaatttaccacaaaaaaaagatgatattttgcctgctatcaaattaagttttgatcaattaccgtcttatttgaaacgatgttttgcctgcttct 29744007  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    | ||||||| |||  ||||||  |||  ||||  |||||| | |||||| |||| ||| |||| | |||| ||  ||||||  | |||||||||||||||    
T  29744008 ccctctttgtaaaagactttgtatttagtaataatcatgtcactgtgctttgggaggctcttgatcttctcccatcaccaaacaagggtaaaaccttgga 29744107  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    |||| |   || | | ||| || ||||||| || || ||||| || |||||| | ||    | |||||||  ||    |||| ||||| |||||||||||    
T  29744108 agatgtcggcaattaatttttgcacgagctacaatcaagatctttccttcaagacttcgttgtctttggtaatg---cttgtgcatttaaattgcatgat 29744204  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
    || |||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| || ||| ||||||||     
T  29744205 ttagtgcatgatcttgccctatatgttgcaagagattagtttcaattgttaaaattccataatgaaaatataattgagaatgttctccatttgtcattta 29744304  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcc-taagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttgg 499  Q
     || ||||||||||||||| | |||  |  |||| |||||  |||||||| |  | ||||| |||   | ||||||||  |||||||||||| | |||||    
T  29744305 ctacaaatgatttgcttggacaaacatcaattcccactggattgagaaccatactttttccataa--aatccaacaatatagctttcttgaacaatttgg 29744402  T
Q  500 tgtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
      |||||||  ||||||||||| ||||| |||||| || |||||| ||| |||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||  ||||||||    
T  29744403 catcaaggtttaaattcttgcgagttttgcagttaactaattctaaatatgagagtttaccccgctcaattgataaattaaagcatttgcgatatctc 29744500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 295 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 35933824 - 35933788
Alignment:
Q  295 catgatttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaa 331  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  35933824 catgatttggtgcacgatcttgcattgtatgttgcaa 35933788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Original strand, 35158059 - 35158652
Alignment:
Q  1 atttggaatttaccacaaaaagaagatgacattttgcctggtctcaaattaagttatgatcagttaccttcttatttaaaacaatgttttgcttgcttct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||| || |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35158059 atttggaatttaccgcaaaaagacgaggacattttaccagcaatcaaattaagttatgatcaattaccttcttatttaaaacagtgttttgcttgcttct 35158158  T
Q  101 ctctctttgaaaagaactttgatttttctaattttcatgttagtgtgctatgggtggcacttggttttcttccgccaccaagtaggggtaaaaccttgga 200  Q
    | |||||||||||  ||||  ||||    | |||||||   | ||| || |||| |||||||||||||||||   ||||||  | |||| | || ||| |    
T  35158159 ccctctttgaaaaagacttccatttcaacagttttcatacaattgtactctgggaggcacttggttttcttcaatcaccaaacaagggtgacactttgaa 35158258  T
Q  201 agatattaacattcagtttgtgtacgagcttcagtctagatcatttcttcaaaattttagagactttggtggtggtttttgttcatttgaattgcatgat 300  Q
    |||||||  ||   ||||| |  | ||||| | ||| ||||| ||||||||| ||||||  |||| ||||  ||    |||   |||  ||||||| |||    
T  35158259 agatattggcaacaagtttttaaaagagctacggtcaagatcttttcttcaagattttattgactatggttatg---cttgcaaattcaaattgcacgat 35158355  T
Q  301 ttggtgcatgatctttcattgtatgttgcaagagatgagtttcaattgttgaaatttcataatgaaaatatacccgagaatgtccttcatctgtcatttc 400  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  |||| ||| |||||| | || |||| | | ||| ||||||||     
T  35158356 ctagtgcatgaccttgcattgtatgtttcaagagacgagtttcaattgttgaactcccatagtgacaatatatctgaaaatgccttacatttgtcattta 35158455  T
Q  401 ttaaaaatgatttgcttggcctaacgccggttcctactggcctgagaaccttgatatttcctaagggagccaacaatgaagctttcttgaaaactttggt 500  Q
     ||||||| ||||| ||||   ||| ||  |||| |  ||  |||||||| |  | || ||    |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35158456 ctaaaaattatttgtttggaaaaactccacttcccagaggtttgagaaccatacttttcccagtcggagtcaacaacgaagctttcttgaatactttggt 35158555  T
Q  501 gtcaaggtgcaaattcttgcgtgttttacagttacctgattctacatacgagagtttgccccgctctattggcaaattaaaacatttaagatatctc 597  Q
     |||||||||| || |||||| ||||| ||  ||  | |||||  ||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  35158556 atcaaggtgcacatgcttgcgggttttgcaaataaataattctggatatgagagcttgcctagctccattggtaaattaaaacacttgagatatctc 35158652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 295 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 18125008 - 18124974
Alignment:
Q  295 catgatttggtgcatgatctttcattgtatgttgc 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18125008 catgatttggtacatgatctttcattgtatgttgc 18124974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University