View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16733_low_1 (Length: 721)

Name: NF16733_low_1
Description: NF16733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16733_low_1
NF16733_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-705)||(43410524-43411247)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 43411247 - 43410524
Alignment:
Q  9 gagtgagatgaacaaaatagtttatgtaatcacgaagactacatg-----------tttggtatgatgctttgttaactaaaactctaattaaacaatat 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  43411247 gagtgagatgaacaaaatagtttatgtaatcacaaagactacatgagaagtaacagtttggtatgatgctttgttaactaaaactctaattaaacaacaa 43411148  T
Q  98 gatgtgtaattaacaaaataaagccgcagaatctaacttaacgagtaattaaatgaaaagcagtaaaggtatatgagctaacattgatgttatgtttgct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43411147 gatgtgtaattaacaaaataaagccgcagaatctaacttaacgagtaattaaatgaaaagcagtaaaggtatatgagctaacattgatgttatgtttgct 43411048  T
Q  198 tgggaatttggatgctatacaatatacagacagaca------------caacacattcagatga---gaagttgtaagctagctag----gaggatggac 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    ||||||||||    
T  43411047 tgggaatttggatgctatacaatatacagacagacagacagacagacacaacacattcagatgatcagaagttgtaagctagctagctaggaggatggac 43410948  T
Q  279 tgctgctgctgctgttgcggaaagtgtttggaagattgagaggggaagcttgaaaaagagagagtctaatggtacgtgtgtgagatgatgtgtgcaagtc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410947 tgctgctgctgctgttgcggaaagtgtttggaagattgagaggggaagcttgaaaaagagagagtctaatggtacgtgtgtgagatgatgtgtgcaagtc 43410848  T
Q  379 tttacattcttcaagatcagcatcacatgataacacaacccattctccttcatcatccaaatattttagaaccaagttgttcatatctgttaggttaaat 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410847 tttacattcttcaagatcagcatcacatgataacacaacccattctccttcatcatccaaatattttagaaccaagttgttcatatctgttaggttaaat 43410748  T
Q  479 cgccttgcaatctcaagctgcaaatctctaaatccccacattgcttgcaagctaaacctgattttttcatccgcgaaagttgccttcactctgaaagcac 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410747 cgccttgcaatctcaagctgcaaatctctaaatccccacattgcttgcaagctaaacctgattttttcatccgcgaaagttgccttcactctgaaagcac 43410648  T
Q  579 ccctttctaggagtgttgatgatgaagaattgttgttgttccaggccacagttggtcttggaggtaggatttgattattgttgttgttgaaatgtagcag 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  43410647 ccctttctaggagtgttgatgatgaagaattgttgttgttccaggccacagttggtcttggaggtaggatttgattattgtt---gttgaaatgtagcag 43410551  T
Q  679 taattgcttagtatcaagatcctcctg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  43410550 taattgcttagtatcaagatcctcctg 43410524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University