View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16735_low_11 (Length: 564)

Name: NF16735_low_11
Description: NF16735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16735_low_11
NF16735_low_11
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (5-546)||(30038886-30039427)
chr2 (5-546)||(30108364-30108905)
chr2 (5-546)||(30233024-30233565)
chr2 (5-546)||(30079674-30080215)
chr2 (5-546)||(30021268-30021809)
chr2 (5-546)||(30135080-30135621)
chr2 (5-498)||(30120382-30120875)
chr2 (1-546)||(30250198-30250743)
chr2 (5-260)||(30056024-30056279)
chr2 (56-546)||(30277798-30278288)
chr2 (6-546)||(30788542-30789082)
chr2 (6-527)||(30066503-30067024)
chr2 (210-546)||(30169473-30169809)
chr2 (198-523)||(30222036-30222361)
chr2 (6-546)||(30185942-30186488)
chr2 (198-546)||(30090555-30090904)
chr2 (198-546)||(30127160-30127509)
chr2 (255-527)||(30010008-30010280)
chr2 (198-318)||(30028104-30028224)
chr2 (198-318)||(30101103-30101223)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (429-546)||(30271857-30271972)
chr1 (194-377)||(30271999-30272181)
chr1 (56-168)||(30272207-30272319)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 546
Target Start/End: Original strand, 30038886 - 30039427
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30038886 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30038985  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30038986 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatactaaaattggtccagtgtagcggtaatccagtc 30039085  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30039086 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattaaaactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 30039185  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30039186 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30039285  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30039286 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 30039385  T
Q  505 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30039386 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 30039427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 546
Target Start/End: Original strand, 30108364 - 30108905
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30108364 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30108463  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30108464 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatactaaaattggtccagtgtagcggtaatccagtc 30108563  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30108564 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattaaaactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 30108663  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30108664 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30108763  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30108764 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 30108863  T
Q  505 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30108864 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 30108905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 546
Target Start/End: Original strand, 30233024 - 30233565
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30233024 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30233123  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30233124 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatactaaaattggtccagtgtagcggtaatccagtc 30233223  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30233224 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattaaaactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 30233323  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30233324 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30233423  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30233424 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 30233523  T
Q  505 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30233524 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 30233565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30080215 - 30079674
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30080215 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30080116  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  30080115 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaaagtgtaaataagcccaacccccaataacatacaaaaagtggtccagtgtagaggtaatccagtc 30080016  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30080015 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 30079916  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079915 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30079816  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079815 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 30079716  T
Q  505 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079715 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 30079674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30021809 - 30021268
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30021809 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30021710  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  30021709 ttgaatctgattcttgcatctgcaaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatactaaaagtggtccagtgtagaggtaatccagtc 30021610  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30021609 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 30021510  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30021509 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30021410  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30021409 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 30021310  T
Q  505 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30021309 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcccatctcac 30021268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 546
Target Start/End: Original strand, 30135080 - 30135621
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30135080 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30135179  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  30135180 ttgaatctgattcttgcatctgcaaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatactaaaagtggtccagtgtagaggtaatccagtc 30135279  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30135280 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttattcaacccttc 30135379  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30135380 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30135479  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30135480 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaa 30135579  T
Q  505 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30135580 gtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcccatctcac 30135621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 498
Target Start/End: Original strand, 30120382 - 30120875
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120382 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30120481  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  30120482 ttgaatctgattcttgcatctgcaaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatactaaaagtggtccagtgtagaggtaatccagtc 30120581  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120582 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttc 30120681  T
Q  305 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120682 ttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaacca 30120781  T
Q  405 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcct 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120782 gcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcct 30120875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30250743 - 30250198
Alignment:
Q  1 atgaaattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  30250743 atgaaattgatttagccacatctcttacaacatcgtgaagtctaacccgatcaatttcggactcaagtaacaacgaagaggccttcaggtcgtttattaa 30250644  T
Q  101 tctgttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatcc 200  Q
    | ||| |||||||||||||||||| | |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |||||| |||||  ||||||     
T  30250643 tttgtagaatctgattcttgcatccgtcaatgtgtgatagtgtctaaataagcccaaccccaaataatataaaaacatcgatccaatgtagatgtaatct 30250544  T
Q  201 agtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacc 300  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30250543 agtccaaaggaaccaatgaacaagaatagcaacttcagttcctcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaatc 30250444  T
Q  301 cttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaa 400  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||| |  ||| ||||||||||||||||    || |||||||||||||| ||    
T  30250443 cttcttgatcaaatctttctaattcatttaaggcatccttccaagcagagacattctttctcctcaaagcctttgctactgtaactatcaaaaggggtaa 30250344  T
Q  401 accagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcc 500  Q
    ||||||||||||||| || || ||||  ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  30250343 accagcacaacattttgccacttttactgcaatgggctttatattgaattcttgaacaacatcacctgtcattttcacaaacaatttccaactatcgtcc 30250244  T
Q  501 tcaagtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30250243 tcatgtaaaacttcaagtctaaattctttctgagtgcccatctcac 30250198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 5 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 30056279 - 30056024
Alignment:
Q  5 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30056279 aattgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctg 30056180  T
Q  105 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30056179 ttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattggtccagtgtagcggtaatccagtc 30056080  T
Q  205 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaatta 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30056079 caaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaatta 30056024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 56 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30278288 - 30277798
Alignment:
Q  56 ttcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctgttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagccc 155  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||| |||| || ||| |||| || |||||||     
T  30278288 ttcagactcaagtaacaatgaagaggccttgagatcatttattaatttgtagcatctgtttcttgcatctgtcaatgtgcgagcatgtttatataagcca 30278189  T
Q  156 aacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaac 255  Q
    || |||||  |||||  ||| | |  |||||||| |   |  |  | |||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||    
T  30278188 aatccccatgaacatgaaaatagttctccagtgtggacatcgtttactccagatgaaccaatgaataagaatagcaattttagttcctcattctctaaac 30278089  T
Q  256 aattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttg 355  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  30278088 aattataactcaattcaagagtagagtaaactttcttatgcaacccttcttcatcaaatctctctaattcatttaaggcatccttccaagcagagacatg 30277989  T
Q  356 ttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaaccagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtga 455  Q
    ||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||   |||||||| |||||||||||||| |||    
T  30277988 ttttttcctcaaagcctttgccactgtaactatcaaaaggggcaaaccagaacaacatttggccactttttctgcaattggctttatattgaattcttga 30277889  T
Q  456 acaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaagtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30277888 acaacatcacctgccattttctcaaataatttccaactatcatcctcaaataaaacttcaagtctaaattctttttgagtgccaatctcac 30277798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 6 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30789082 - 30788542
Alignment:
Q  6 attgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctgt 105  Q
    ||||||||||||| |||| | |||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||| || || || |||| |||| |||    
T  30789082 attgatttagccacatctttaacaacatcatgaattctaacccgttccaattcagactcaattaacagtgaagatgctttgagatcgtttaataatttgt 30788983  T
Q  106 tgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtcc 205  Q
     | ||||| |||| ||||||| |||| || |||| | |||| |||||||| ||||||||||||||| ||| | |  | |||||| | ||| ||| || ||    
T  30788982 agtatctggttctcgcatctgtcaatgtgggagagtttctatataagcccgacccccaataacataaaaatagttctgcagtgtggaggtgatctaggcc 30788883  T
Q  206 aaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttct 305  Q
    ||| |||||||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| | || |||||| | |||||||||||||||||||    
T  30788882 aaatgaaccaatgaataagaacagtgactttagttcatcactttctaagcaattataactcaattctaaagcagagtagattttcttatgcaacccttct 30788783  T
Q  306 tgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaaccag 405  Q
    | ||||||||| | ||| |||||||| |     ||||||| | ||| || ||||||||||||||| ||||||   |  || |||| ||||||||||||||    
T  30788782 ttatcaaatctatttaactcatttaatgtgcttttccaatcatagaatttttttttcctcaaagcttttgccactgcaacaatcagaaggggcaaaccag 30788683  T
Q  406 cacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaag 505  Q
    |||||||  |||| || | ||  ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  30788682 cacaacaaatggccacttctactgcaattggtttaatattaaaatcttgaacaacatcacctgccattttctcaaataatttccaactatcttcctcaag 30788583  T
Q  506 taaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30788582 taaaacttcaagtctaaattctttttgagtgccaatctcac 30788542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 30067024 - 30066503
Alignment:
Q  6 attgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctgt 105  Q
    |||||||| |||| |||||| |||  ||||||||||||||   | |||  ||||||||||||||||| |||  | ||||| ||||||||||||||| ||     
T  30067024 attgatttggccacatctctaacaacatcatgaattctaattagttcagcttcagactcaagtaacagtgagcaagcctttaggtcatttattaatttgc 30066925  T
Q  106 tgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtcc 205  Q
     | ||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| | |  ||| | |  ||| |||| | ||||||| |||||    
T  30066924 agtatctggttcttgcatctgtcaatgtgtgagagtgtctatataagcccatcccccaatagcttgaaaacagttctccggtgtggaggtaatctagtcc 30066825  T
Q  206 aaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttct 305  Q
    ||| ||||| || |||||||| ||  |||| || || ||||| ||||  ||||||||||||||||||| || ||| || | ||||||||||| |||||||    
T  30066824 aaacgaacctatgaataagaacagtgactttagctcatcactttctaggcaattataactcaattccaaagcagaatatattttcttatgcagcccttct 30066725  T
Q  306 tgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaaccag 405  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| |     ||||||| | ||| || ||| ||||||||||||||||||  ||| || |||||||| || |||||||    
T  30066724 tgatcaaatctctctaactcatttaacgtgcttttccaatcaaagatttttttcttcctcaaagcctttgccacagtaacaatcaaaagcggaaaaccag 30066625  T
Q  406 cacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaag 505  Q
    |||||| | |||| || | ||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||      
T  30066624 cacaacgtctggccacttctactgcaattggttttatattgaaatcttgaacaacatcacctgccattttcttaaacaattgccaactatcctcctcatt 30066525  T
Q  506 taaaacttcaagtctaaattct 527  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  30066524 taaaacttcaagtctaaattct 30066503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 210 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30169809 - 30169473
Alignment:
Q  210 gaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttcttgat 309  Q
    |||||||| ||||| || ||  ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30169809 gaaccaatgaataaaaagagtgacttcaggtcatcactttctaaacaattataactcaattccaaggtagagtaaactttcttatgcaagccttcttgat 30169710  T
Q  310 caaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaaccagcaca 409  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||   | |||||| ||||||||||| |||   || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30169709 caaatctctctaattgatttaaggcatccttccaagaagaggaatctttttttctcaaagccttcgccactgtaactatcaaaaggggcaacccagcaca 30169610  T
Q  410 acatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaagtaaa 509  Q
    |||  | || || | ||  |||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |   |||||    
T  30169609 acaccttgccacttctactgcaattggctttatatttaattcatgaacaatatcacctgccattttctcaaacaatttccaactatcctcttgttgtaaa 30169510  T
Q  510 acttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  30169509 acttcaagtctaaattctttttgaatgcccatctcac 30169473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 198 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 30222361 - 30222036
Alignment:
Q  198 tccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgca 297  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||  ||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  30222361 tccagtccaaatgaaccaattaaaaggaagagtgacttcaggtcatccctttctaaacaattataactcaattccaaggtagagtagactttcttatgca 30222262  T
Q  298 acccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaagggg 397  Q
    | |||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||| |||||||   ||| ||| |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||    
T  30222261 aaccttgttgatcaaatctctccaattggtttaaggcattcttccaagcggaggcttctttttttctcaaagccttcgccacagtaactatcaaaagagg 30222162  T
Q  398 caaaccagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcc 497  Q
     || || ||||||||| |||| || | || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  30222161 taacccggcacaacatctggccacttctaccgcaattggctttatattaaattcatgaacaatatcacctgccattttctcaaacaatttccaactatcc 30222062  T
Q  498 tcctcaagtaaaacttcaagtctaaa 523  Q
    |||| | | ||||| |||||||||||    
T  30222061 tcctgatgcaaaacatcaagtctaaa 30222036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 546
Target Start/End: Original strand, 30185942 - 30186488
Alignment:
Q  6 attgatttagccatatctcttacataatcatgaattctaacccgatcaaattcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctgt 105  Q
    ||||||||||||| |  ||| |||  |||||||||||||| ||  ||   |||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  30185942 attgatttagccacagatctaacaacatcatgaattctaatccactcggtttcagactcaagtagcagtgaagaggcctttaggtcatttattaatttgt 30186041  T
Q  106 tgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagcccaacccccaataacatacaaaaattgatccagtgtagcggtaatccagtcc 205  Q
     | || ||  |||||| | || |||| || | |||||| |  |||||| ||| ||||||||| ||  ||| | |  |||||||| | ||| ||| | |||    
T  30186042 agtatttggatcttgcttgtgtcaatgtgcgggaatgtttgtataagcacaatccccaataatatgaaaatagttctccagtgtggaggtgatctactcc 30186141  T
Q  206 aaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttctt------atgcaac 299  Q
    ||| |||||||| |||||||| |   |||||||||| ||||| ||||   ||||||||||||| |||| |||||| |  | | ||||      ||||| |    
T  30186142 aaacgaaccaatgaataagaacaatgacttcagttcatcactttctaggaaattataactcaactccaaagtagaattgattctcttgtcgttatgcagc 30186241  T
Q  300 ccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggca 399  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |  |  | ||||| | |||  | |||||||||||||||||| ||   ||| || |||||||||||||    
T  30186242 ccttcttgatcaaatctctctaaatcatttaatgtgttttgccaatcaaagatcttttttttcctcaaagccttagcaacagtaacaatcaaaaggggca 30186341  T
Q  400 aaccagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctc 499  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||  |  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30186342 aacctgcacaacgtttggccacctccactgcaattggctttatattgaattcttgaacaacatcacctgccattttctcaaacaatttccaactatcctc 30186441  T
Q  500 ctcaagtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    |||| | ||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  30186442 ctcatgcaaagcttcaagtctgaattctttctgagtgcccatctcac 30186488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 198 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30090904 - 30090555
Alignment:
Q  198 tccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgca 297  Q
    |||| |||||| |||||||| || | ||| ||  ||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  30090904 tccaatccaaatgaaccaatgaaaaggaagagtgacttcaggtcatccctttctaaacaattataactcaattccaaggtagagtagactttcttatgca 30090805  T
Q  298 acccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagactt-gttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggg 396  Q
    | |||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||   ||| |||  |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |    
T  30090804 aaccttgttgatcaaatctctccaattggtttaaggcatccttccaagcggaggcttcttttttttctcaaagccttcgccacagtaactatcaaaagag 30090705  T
Q  397 gcaaaccagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatc 496  Q
    | ||  | ||||||||| |||| || | || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  30090704 gtaactcggcacaacatctggccacttctaccgcaattggctttatattaaattcatgaacaatatcacctgccattttctcaaacaatttccaactatc 30090605  T
Q  497 ctcctcaagtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||| | | ||||| |||| ||||||| |||| ||| ||  ||||||||    
T  30090604 ctcctgatgcaaaacatcaattctaaatgctttctgaatgttcatctcac 30090555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 198 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30127509 - 30127160
Alignment:
Q  198 tccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgca 297  Q
    |||| |||||| |||||||| || | ||| ||  ||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  30127509 tccaatccaaatgaaccaatgaaaaggaagagtgacttcaggtcatccctttctaaacaattataactcaattccaaggtagagtagactttcttatgca 30127410  T
Q  298 acccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagactt-gttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggg 396  Q
    | |||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||   ||| |||  |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |    
T  30127409 aaccttgttgatcaaatctctccaattggtttaaggcatccttccaagcggaggcttcttttttttctcaaagccttcgccacagtaactatcaaaagag 30127310  T
Q  397 gcaaaccagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatc 496  Q
    | ||  | ||||||||| |||| || | || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  30127309 gtaactcggcacaacatctggccacttctaccgcaattggctttatattaaattcatgaacaatatcacctgccattttctcaaacaatttccaactatc 30127210  T
Q  497 ctcctcaagtaaaacttcaagtctaaattctttttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||| | | ||||| |||| ||||||| |||| ||| ||  ||||||||    
T  30127209 ctcctgatgcaaaacatcaattctaaatgctttctgaatgttcatctcac 30127160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 255 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 30010280 - 30010008
Alignment:
Q  255 caattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgcaacccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagactt 354  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| || | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| |     ||||||| | ||| ||    
T  30010280 caattataactcaattccaaagcagaatatattttcttatgcagcccttcttgatcaaatctctctaactcatttaatgtgcttttccaatcaaagattt 30010181  T
Q  355 gttttttcctcaaagcctttgccgtagtgactatcaaaaggggcaaaccagcacaacatttggcaacctttatcgcaattggttttatattgaattcgtg 454  Q
     ||| ||||| ||||||||||||  ||| || |||||||| || || |||||||||| | |||| || ||||   ||||||||||||||||||| || ||    
T  30010180 ttttcttcctaaaagcctttgccacagtaacaatcaaaagcggaaatccagcacaacgtctggccacttttactacaattggttttatattgaaatcttg 30010081  T
Q  455 aacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaagtaaaacttcaagtctaaattct 527  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  30010080 aacaacatcacctgccattttcttaaacaattgccaactatcctcctcatttaaaacttcaagtctaaattct 30010008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 198 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 30028224 - 30028104
Alignment:
Q  198 tccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgca 297  Q
    ||||||||||| |||| ||| || | ||| ||  ||||||| || || || ||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  30028224 tccagtccaaatgaacaaatgaaaaggaagagtgacttcaggtcatccctttctaaacaattataactcagttccaaggtagagtagactttcatatgca 30028125  T
Q  298 acccttcttgatcaaatctct 318  Q
    | |||| ||||||||||||||    
T  30028124 aaccttgttgatcaaatctct 30028104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 198 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 30101223 - 30101103
Alignment:
Q  198 tccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttcttatgca 297  Q
    ||||||||||| |||| ||| || | ||| ||  ||||||| || || || ||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  30101223 tccagtccaaatgaacaaatgaaaaggaagagtgacttcaggtcatccctttctaaacaattataactcagttccaaggtagagtagactttcatatgca 30101124  T
Q  298 acccttcttgatcaaatctct 318  Q
    | |||| ||||||||||||||    
T  30101123 aaccttgttgatcaaatctct 30101103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 429 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 30271972 - 30271857
Alignment:
Q  429 gcaattggttttatattgaattcgtgaacaacatcacctgccatcttctcaaacaatttccagctatcctcctcaagtaaaacttcaagtctaaattctt 528  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||  |||||||    
T  30271972 gcaattggttttatattgaaatcttgaacaacatcacctgccattttctcaaacaatttccaactatcttgctcatgtaaaatttcaagtc--aattctt 30271875  T
Q  529 tttgagtgcgcatctcac 546  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  30271874 tttgagtgcccatctcac 30271857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 194 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 30272181 - 30271999
Alignment:
Q  194 gtaatccagtccaaaggaaccaattaataagaatagcaacttcagttcttcactctctaaacaattataactcaattccagagtagagtaaactttctta 293  Q
    |||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||  |||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||    
T  30272181 gtaatctagaccaaacgaaccaatgaataagaagagtgactttagctcgtcactttctaagcaattataactcaattccaaagtagaatagattttctta 30272082  T
Q  294 tgcaacccttcttgatcaaatctctgtaattcatttaaggcatccttccaattagagacttgttttttcctcaaagcctttgcc 377  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| || | |   ||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||    
T  30272081 tgcaaccctttttgatcaaatctctctaactcattcaatgtacttttccaatcaaaga-tttttttttcctcaaagactttgcc 30271999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30272319 - 30272207
Alignment:
Q  56 ttcagactcaagtaacaatgaagatgccttaaggtcatttattaatctgttgaatctgattcttgcatctgccaatttgtgagaatgtctaaataagccc 155  Q
    |||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||  ||| | |||||  ||||||||||| |||| ||||||  ||||||  |||||||    
T  30272319 ttcagagtcaagtaacagcgaagaggccttaaggtcgcttattaacttgtagtatctggctcttgcatctgtcaatgtgtgagcgtgtctatctaagccc 30272220  T
Q  156 aacccccaataac 168  Q
    ||| |||||||||    
T  30272219 aacgcccaataac 30272207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University