View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16737_low_1 (Length: 838)

Name: NF16737_low_1
Description: NF16737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16737_low_1
NF16737_low_1
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-642)||(30697989-30698634)
chr1 (1-347)||(30689402-30689748)
chr1 (1-297)||(30656393-30656692)
chr1 (1-297)||(30671554-30671853)
chr1 (645-824)||(30697751-30697934)
chr1 (1-170)||(30718622-30718791)
chr1 (647-824)||(30688549-30688721)
chr1 (1-296)||(30710210-30710517)
chr1 (465-587)||(30689153-30689274)
chr1 (583-648)||(30688768-30688833)
chr1 (531-579)||(30718563-30718611)
chr1 (522-573)||(30671281-30671332)
chr1 (1-35)||(16252066-16252100)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-107)||(56539226-56539332)
chr4 (138-196)||(56539349-56539407)
chr4 (259-305)||(56539407-56539453)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 30698634 - 30697989
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30698634 tagcttatgatcaagctgcattctcaatgagaggtaataatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30698535  T
Q  101 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaagaataa---agcagggaaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |  |||||||||   ||||||||||    
T  30698534 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaaaatgttatcaaaagctacaaagaataataaagcagggaaa 30698435  T
Q  198 caagatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagca 297  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30698434 caagatgaatcagagggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatctcgagcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagca 30698335  T
Q  298 gaaacagcaagttcaaatcatcaagttgttaatttcagtaattttctttcttgatttttgaannnnnnncatcatcgcttaatctgcttagcgtgtttag 397  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30698334 gcaacagcaagttcaaatcatcaggttgttaatttcagtaattttctttcttgatttttgaatttttttcatcatcgcttaatccgcttagcgtgtttag 30698235  T
Q  398 gttttgtgatctttctttttattttcacatgaaacaaaattttattcgtaatttgagctcaaagagtgagtactagtagtagtatccattgaac-aaaaa 496  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30698234 gttttgcgatctttctttttattttcacatgaaacaaaattttattcgtaatttgagctcaaagagtgagtactagtagtagtatccattgaacaaaaaa 30698135  T
Q  497 agaacatgacaagtaccttaatgcaaatagacagtatttagacaaagacatcacatttaggacataaaatgtgccaacacatacccttaaaatggtgata 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30698134 agaacatgacaagtaccttaatgcaaatagacagtatttagacaaagacatcacatttaggacataaaatgtgccaacacatacccttacaatggtgata 30698035  T
Q  597 aactcactactttgatcttccattttgttagggaaaatctgcagat 642  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30698034 aaatcactactttgatcttccattttgttagggaaaatctgcagat 30697989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 30689748 - 30689402
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689748 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggttatgatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30689649  T
Q  101 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaagaataaagcagggaaacaa 200  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689648 ttgcagagaagggtcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaagaataaagcagggaaacaa 30689549  T
Q  201 gatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagcagaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  30689548 gatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctatccatatctgataatcaaagtacaagcagca 30689449  T
Q  301 acagcaagttcaaatcatcaagttgttaatttcagtaattttctttc 347  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689448 acagctagttcaaatcatcaagttgttaatttcagtaattttctttc 30689402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30656692 - 30656393
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30656692 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30656593  T
Q  101 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaaga---ataaagcagggaaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |    
T  30656592 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaagaataataaagcagggaga 30656493  T
Q  198 caagatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagca 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  30656492 caagatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaaactacaagca 30656393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30671853 - 30671554
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671853 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30671754  T
Q  101 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaag---aataaagcagggaaa 197  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||| |  ||||   |||||||||||||||    
T  30671753 ttgcagagaagggtcttcacctgcacttgcactcaaggagagacactgtgaacaaagaaaaatgttatcaaaagctacaaagaataataaagcagggaaa 30671654  T
Q  198 caagatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagca 297  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||| |||||||| ||||||    
T  30671653 caagatcaatcagagggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttttaactatgtcagatcatcaaagtacaagca 30671554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 645 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 30697934 - 30697751
Alignment:
Q  645 caaaaatttatgtggatagacacttcttgtatatcttgagcaactaaactgaattgcgtatcgctctacaaatttaagtactctcactta----agagtt 740  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  30697934 caaaaatttatgtggttagacacttcttgtatatcttgagcaactaaactgaattgcgtatcgctctacaaatttaagtactctcacttacttaagagtt 30697835  T
Q  741 acaagaaatgataaattaaacactatcatttgcaagaaactctcacacaattgatcacacacttgctttcttctcttgctatat 824  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30697834 acaagaaatgataaattaaacactatcatttgcaagaaactctcacacaattgatcacacacttgctttcttctcttgctatat 30697751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 30718791 - 30718622
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30718791 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggttatgatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagcgattcaatatga 30718692  T
Q  101 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatca 170  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30718691 ttgcagagaagggtcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagatgttatca 30718622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 647 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 30688721 - 30688549
Alignment:
Q  647 aaaatttatgtggatagacacttcttgtatatcttgagcaactaaactgaattgcgtatcgctctacaaatttaagtactctcacttaagagttacaaga 746  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30688721 aaaatttatgtgcttagacacttcttgcatatcttgagcaactaacctgaattgcgtatcactctacaaattttagtactctcacttaagagttacaaga 30688622  T
Q  747 aatgataaattaaacactatcatttgcaagaaactctcacacaattgatcacacacttgctttcttctcttgctatat 824  Q
    |||||||    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30688621 aatgata----aaacactatca-ttacaagaaactctcacacaattgatcacacacttgctttcttctcttgctatat 30688549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 30710517 - 30710210
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30710517 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctttcctcaatttttctttcgaaagcgtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30710418  T
Q  101 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagtt---gtta---tcaaaaggtgtaaagaataaagcaggg 194  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||| ||   || |   |||||| ||  ||||  ||||||||||    
T  30710417 ttgcagaaaagggtcttcacctgcacttgcactcaaagagagacactacaaccaaagaaaattaaggtcatcgtcaaaaagtaaaaagggtaaagcaggg 30710318  T
Q  195 aaa---caagatgaatcagaagg---atcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaacaatatctgataatcaaa 288  Q
    |||   |||||   | |||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||    
T  30710317 aaatttcaagaatcagcagagggatcatcaagtgtgttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaagtatgtcagataatcaaa 30710218  T
Q  289 gttcaagc 296  Q
    || |||||    
T  30710217 gtacaagc 30710210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 465 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 30689274 - 30689153
Alignment:
Q  465 gagtactagtagtagtatccattgaacaaaaaagaacatgacaagtaccttaatgcaaatagacagtatttagacaaagacatcacatttaggacataaa 564  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |    
T  30689274 gagtacgagtagtagtattcattgaacatataaaaacatgacaagtaccttaatgcaaatagacagtattaagacaaagacat-acatttaggacataca 30689176  T
Q  565 atgtgccaacacatacccttaaa 587  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  30689175 atgtgccaacacatacccttaaa 30689153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 583 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 30688833 - 30688768
Alignment:
Q  583 ttaaaatggtgataaactcactactttgatcttccattttgttagggaaaatctgcagataccaaa 648  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30688833 ttaaaatggtgttaaactcactactttgatcttccattttgttggggaaaatctgcagataccaaa 30688768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 531 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 30718611 - 30718563
Alignment:
Q  531 tatttagacaaagacatcacatttaggacataaaatgtgccaacacata 579  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  30718611 tattaagacaaagacataacatttaggacatacaatgtgccaatacata 30718563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 522 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 30671332 - 30671281
Alignment:
Q  522 aatagacagtatttagacaaagacatcacatttaggacataaaatgtgccaa 573  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||    
T  30671332 aatagacagtattaagacaaagacatagcatttaggacattcaatgtgccaa 30671281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Complemental strand, 16252100 - 16252066
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggt 35  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16252100 tagcttatgatcaagctgctttttcaatgagaggt 16252066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 56539226 - 56539332
Alignment:
Q  1 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  56539226 tagcttacgatcaagctgcattttcattgagaggtaataatgttgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaaggatatttgcaagagattcaatatga 56539325  T
Q  101 ttgcaga 107  Q
    |||||||    
T  56539326 ttgcaga 56539332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 138 - 196
Target Start/End: Original strand, 56539349 - 56539407
Alignment:
Q  138 gagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaagaataaagcagggaa 196  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  56539349 gagagacactgtgaacaaagaaagatgttatccaaaggtgtaaatagtaaagcagggaa 56539407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 259 - 305
Target Start/End: Original strand, 56539407 - 56539453
Alignment:
Q  259 agcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagcagaaacagc 305  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  56539407 agcaacttctaataatatctgataatcaaagtacatgcagcaacagc 56539453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University