View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16739_high_1 (Length: 733)

Name: NF16739_high_1
Description: NF16739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16739_high_1
NF16739_high_1
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (18-722)||(2350111-2350815)
chr2 (34-726)||(2292918-2293610)
chr2 (34-726)||(2309249-2309941)
chr2 (38-726)||(2326092-2326774)
chr2 (38-726)||(2320238-2320920)
chr2 (18-725)||(2329808-2330509)
chr2 (18-705)||(2302558-2303239)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (66-299)||(41126540-41126773)
chr8 (417-500)||(41126345-41126428)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 2350815 - 2350111
Alignment:
Q  18 atacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350815 atacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcgctctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaac 2350716  T
Q  118 ttcaacaactcttcccattgtttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtccttt 217  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350715 ttcaacaactcttcccatcgtttgcaaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtccttt 2350616  T
Q  218 gtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350615 gtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataac 2350516  T
Q  318 tttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatctta 417  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350515 tttaatataatcagctgtttccaattcggatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatctta 2350416  T
Q  418 gatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350415 gatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattt 2350316  T
Q  518 tggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350315 tggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 2350216  T
Q  618 gtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatactt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350215 gtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatactt 2350116  T
Q  718 gtgat 722  Q
    |||||    
T  2350115 gtgat 2350111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 34 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 2293610 - 2292918
Alignment:
Q  34 ttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttccc 133  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||    
T  2293610 ttaatattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctccc 2293511  T
Q  134 attgtttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatc 233  Q
    |||| || || ||||||||||  |||||||| |||||||| || | | |||||||| ||  || | | |||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  2293510 attggttacgcaacaaaatccttgtaactttcggccagaagttcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttgtacacgctcaatatc 2293411  T
Q  234 actgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagct 333  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| | |    
T  2293410 actgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgtt 2293311  T
Q  334 ggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatct 433  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||    
T  2293310 agttccgattctgatgcagttttgagacgattgatgagagtgcgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatct 2293211  T
Q  434 cagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattttggcggtgggaagagc 533  Q
    | ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||  |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |  |||||||  || ||||||||    
T  2293210 cggaagcaaggttacgacgaagggtacgccatgttgggccataataagcggtgttgatgttgtgttggttgctggacaacattttggaagtaggaagagc 2293111  T
Q  534 tctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcggtaactgattttgaga 633  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||  ||| ||| | || |    
T  2293110 tgtagggcgatcagagaagatggatgagttttgaacgagaacatggtgggccagagtatggtcgttaatgaaaatggaaggtcgagaaccgatatggaca 2293011  T
Q  634 gtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatacttgtgatgatg 726  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||| ||||| || |||   |||||||||||    
T  2293010 gtgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggagattgatttttggagcaattggaagtttgtgatgatg 2292918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 34 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 2309941 - 2309249
Alignment:
Q  34 ttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttccc 133  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||    
T  2309941 ttaacattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctccc 2309842  T
Q  134 attgtttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatc 233  Q
    |||| || ||  |||||||||  |||||||| ||||||||||| | | |||||||| ||  || | | |||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  2309841 attggttacgcgacaaaatccttgtaactttcggccagaaattcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttgtacacgctcaatatc 2309742  T
Q  234 actgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagct 333  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| | |    
T  2309741 actgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgtt 2309642  T
Q  334 ggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatct 433  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  | ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||    
T  2309641 ggttccgattctgatgcagttttgagacggttgatgagagtgcgtaagacccacttctgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatct 2309542  T
Q  434 cagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattttggcggtgggaagagc 533  Q
    |  |||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |  |||||||  || ||||||||    
T  2309541 cgaaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggtgttgatgttgtgttggttgctggacaacattttggaagtaggaagagc 2309442  T
Q  534 tctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcggtaactgattttgaga 633  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||  |||||||||||||||| |  ||| ||| | || |    
T  2309441 tgtagggcgatcagagattatggctgagttttgaacgagaacatggtgagccagagcatggtcgttgatgaaaatggaaggttgagaaccgatatggaca 2309342  T
Q  634 gtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatacttgtgatgatg 726  Q
     ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||| ||||| || |||   |||||||||||    
T  2309341 atgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggagattgatttttggagcaattggaagtttgtgatgatg 2309249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 38 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 2326774 - 2326092
Alignment:
Q  38 cattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttcccattg 137  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | || ||| ||||||| || ||||||||    
T  2326774 cattgttcaatttagtctccttaacttgcttcctccctcttatcagcggaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattg 2326675  T
Q  138 tttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactg 237  Q
    ||| || ||||||||||  | |||||||||||||||||  | |||||||||| || ||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |     
T  2326674 tttacgcaacaaaatccatgcaacttttggccagaaatgcagtatattgaatctgctaaccttcaacaaaagtgtcctttgtacacgctcaatatcatta 2326575  T
Q  238 attttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagctggtt 337  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| ||| |||||| |  |       
T  2326574 attttttcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtag--- 2326478  T
Q  338 ccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcaga 437  Q
       |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2326477 ---attctgatgcaattttgagacggttgatgagagtgtgtagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttggatggatgaagcatctcaga 2326381  T
Q  438 agcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattttggcggtgggaagagctcta 537  Q
     || ||||| |||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||| ||||    ||||||| ||| ||    
T  2326380 ggcgaggttacgacggagggtacaccatgttgggccataaaaagcggcgctgatgttgtgctggttgctagatatgagtttgtgactgggaagtgcttta 2326281  T
Q  538 gggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtga 637  Q
    || ||||| |||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||| | | | ||| || ||| |||    
T  2326280 ggacgatcggagaagagagatgaattttgaacgagggcgtggtgggccagagcacggtcggagatgtaaatggaaggtctggagccgatattaagattga 2326181  T
Q  638 tgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatacttgtgatgatg 726  Q
    |||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  2326180 tgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggaaaatgattttcggagccattgtatgcttgtgatgatg 2326092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 38 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 2320920 - 2320238
Alignment:
Q  38 cattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttcccattg 137  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||| |    
T  2320920 cattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcg 2320821  T
Q  138 tttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactg 237  Q
     || || ||||||||||  ||| |||| ||||| ||||| | |||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320820 gttacgcaacaaaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactg 2320721  T
Q  238 attttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagctggtt 337  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||    ||||| |  |  ||  ||||| ||||       |    
T  2320720 attttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaatagaatcc------t 2320627  T
Q  338 ccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcaga 437  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||    
T  2320626 cagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcgga 2320527  T
Q  438 agcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattttggcggtgggaagagctcta 537  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||  || |||||||||       
T  2320526 agcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagtaggaagagctacg 2320427  T
Q  538 gggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtga 637  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||| | || |||||    
T  2320426 gggcgatccgagaagatggctgagttttgaacgagaacatggtgagccagagcatggtcgttgatgaaaatggaaggtcgagaaccgatatggacagtga 2320327  T
Q  638 tgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatacttgtgatgatg 726  Q
    |||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||| ||||| || |||   |||||||||||    
T  2320326 tgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggagattgatttttggagcaattggaagtttgtgatgatg 2320238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 2330509 - 2329808
Alignment:
Q  18 atacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaac 117  Q
    ||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||    
T  2330509 atacgaaacaacagtattaatattgttcaatctactctccttaacatgcttcctcgctcttatcagcggaagcagaacatcttcttgatctttaagcaac 2330410  T
Q  118 ttcaacaactcttcccattgtttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtccttt 217  Q
    |||  |||||| |||||| |||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||||| | |||||| ||| || ||| | |||||||||| |||||||    
T  2330409 ttcgccaactcatcccatcgtttacgcaacaaaatccttgtaactttcggccagaaattcagtatattaaatctgctaaaattcaacagaatcgtccttt 2330310  T
Q  218 gtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataac 317  Q
    ||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||    ||||| |  |  ||    
T  2330309 gtacacgctcaatatcgttaattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgac 2330210  T
Q  318 tttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatctta 417  Q
      ||| | ||||       || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||    
T  2330209 cgtaacagaatcc------tcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtctgcagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatctta 2330116  T
Q  418 gatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattt 517  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||    
T  2330115 gatggatgaagcatctcggaggcgaggttacgacggagagtacgccatgttggtccataaaaagcggagctgatattgtgctggttgctggacatgagtt 2330016  T
Q  518 tggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 617  Q
    ||   |||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  2330015 tgttagtgggaagtgctttaggacgatcagagaagacggaggagttttgaacgagagcgtggtgggccagagcacggtcggcgatgaaaatggaaggtcg 2329916  T
Q  618 gtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccataggatactt 717  Q
      ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||  || || ||| ||| ||||||||| || ||||   |||||||||| |||||| |||| |||    
T  2329915 agaaccgatattaagattgatgataggaccatgtttggcatgaagagttctgagaaaaggttcaagctgggcgaatgattttcgaagccattggatgctt 2329816  T
Q  718 gtgatgat 725  Q
    ||||||||    
T  2329815 gtgatgat 2329808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 2303239 - 2302558
Alignment:
Q  18 atacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaac 117  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||  |||||    
T  2303239 atacgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgtttcctcgctcttatcagcggaagtagaacatcctcttgatccttaagtaac 2303140  T
Q  118 ttcaacaactcttcccattgtttgcgaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtccttt 217  Q
    ||||| ||||| | |||| | || || ||||||||||  |||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||   | | | |||| ||||||| |||    
T  2303139 ttcaaaaactccttccatcggttacgcaacaaaatccttgtaactttcggccagaaattcagtatattgaatctgccgatatttaacataattgtcattt 2303040  T
Q  218 gtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataac 317  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||    ||| | |  | |||    
T  2303039 gcacacgctcaatatcactgatattctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaagctaaacatagcataacgaaagggagaaacaac 2302940  T
Q  318 tttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatctta 417  Q
      | | | |||| || | ||||||| |||      |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| || ||||||||||| |||||| | ||     
T  2302939 cgtgacagaatctgcagattccgatgcgg------ttttgagacggttgatgagagtgtgtaacacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttg 2302846  T
Q  418 gatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgattt 517  Q
    || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  2302845 gaaggatgaagtatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaaccggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattt 2302746  T
Q  518 tggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatggaaggtcg 617  Q
    |||  || |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  2302745 tggaagtaggaaaagctttagggcgatcagagtagatgtctgagttttgaacgagaacatggtgggccagagcatggtcatcgatgaaaatggaaggtcg 2302646  T
Q  618 gtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagc 705  Q
      ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  2302645 agaaccgatgtggagagtgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggaggatggttttcggagc 2302558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 66 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 41126773 - 41126540
Alignment:
Q  66 cttcctcactctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttcccattgtttgcgaaacaaaatccgagtaactttt 165  Q
    ||||||| |||| || |||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| || || ||||||||||| |||||     
T  41126773 cttcctcgctcttattagcggaagtagaacatcttcttgatcttttcgcaacttcaacaattcctcccatcgtttacggaataaaatccgagtcactttg 41126674  T
Q  166 ggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaa 265  Q
    ||  ||| ||| |  || ||||||||||| | ||  | ||||| || |||||||||| | || || || |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  41126673 ggaaagatattcaaaatgttgaatttgttgagacctatcagaagtgccctttgtacaagttcgatgtcgctgattttatcatcattaactcgttcaccaa 41126574  T
Q  266 aacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcata 299  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||    
T  41126573 aacacataaaaacgagtaagcaaaacattgcata 41126540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 417 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 41126428 - 41126345
Alignment:
Q  417 agatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttg 500  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| |||| ||||||||| || |||||| |||| | | ||||| |||||||    
T  41126428 agatgggtgaagcatctcagcggcaaggttacgacgtagggtacgccatgtagctccataagaagcagtgttgatggtgtgttg 41126345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University