View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16741_low_17 (Length: 489)

Name: NF16741_low_17
Description: NF16741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16741_low_17
NF16741_low_17
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (18-475)||(9364321-9364778)
chr1 (18-475)||(9337462-9337919)
chr1 (18-475)||(9242266-9242723)
chr1 (21-475)||(9300018-9300472)
chr1 (22-472)||(9466464-9466914)
chr1 (18-472)||(9257231-9257689)
chr1 (18-388)||(8926962-8927332)
chr1 (18-472)||(8939304-8939758)
chr1 (54-442)||(8962261-8962649)
chr1 (18-257)||(9125105-9125344)
chr1 (17-271)||(9377846-9378100)
chr1 (21-271)||(9236137-9236387)
chr1 (18-334)||(9437495-9437811)
chr1 (22-247)||(8978931-8979156)
chr1 (21-250)||(9085936-9086165)
chr1 (18-250)||(8861527-8861759)
chr1 (18-334)||(9420412-9420728)
chr1 (18-154)||(9069637-9069773)
chr1 (49-331)||(9495346-9495628)
chr1 (426-475)||(9070045-9070094)
chr1 (180-257)||(9106353-9106430)
chr1 (423-475)||(8861932-8861984)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (18-475)||(1530-1987)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-475)||(15910119-15910576)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-475)||(9171421-9171884)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (48-313)||(27696119-27696384)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9364778 - 9364321
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9364778 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatgtagc 9364679  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  9364678 ctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgatactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatc 9364579  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  9364578 taacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgcctagagcaattttt 9364479  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  9364478 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgaaaaaaagtcatagactaaagcacgac 9364379  T
Q  418 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9364378 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 9364321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9337919 - 9337462
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9337919 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatgtagc 9337820  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  9337819 ctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgacactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatc 9337720  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  9337719 taacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgcctagagcaattttt 9337620  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  9337619 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgaaaaaaagtcatagactaaagcacgac 9337520  T
Q  418 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9337519 gaaaaccatctgcgcagaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 9337462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Original strand, 9242266 - 9242723
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  9242266 cctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatacatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagc 9242365  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  9242366 ctactgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacacatcttggccaaaccaaaatctgtaatttggggaatgaaattgtcatc 9242465  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |    
T  9242466 taacaagacattattaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattggctatacctagagcaattttt 9242565  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||| |    
T  9242566 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgtttggggaagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgggaaaaagtcatagactaaagcacggc 9242665  T
Q  418 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  9242666 gaaatccatccgcgcagtagccaagcaaacgaacgacatttagatgatgaatcttgcc 9242723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9300472 - 9300018
Alignment:
Q  21 ccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagccta 120  Q
    |||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||    
T  9300472 ccaaccatctccagcaacaacatgccataactatatatatcggacttataagagacattcccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatccta 9300373  T
Q  121 acgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctag 220  Q
    | ||||| || ||||| ||||| ||||   ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| |     
T  9300372 atgttcctttggccgcggtcatagatatagtactttgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggttaaattgtcatcgat 9300273  T
Q  221 caagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgttgc 320  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  9300272 caagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactctattccattggctatgcctagagcaatttgttgc 9300173  T
Q  321 aacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgacgaa 420  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||| ||||||| |||    
T  9300172 aacttatcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggagaaatgaatttctgcaacgaaccacttgggaagaagtcatagactagagcacgatgaa 9300073  T
Q  421 aaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    | ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  9300072 atccatcggcacaaaagccaagcaaacggacaacattgagatggtggattttgcc 9300018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 22 - 472
Target Start/End: Original strand, 9466464 - 9466914
Alignment:
Q  22 caaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagcctaa 121  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9466464 caaccatctccaacaacaacataccataactatatatatcagacttatatgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaa 9466563  T
Q  122 cgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctagc 221  Q
    |||||| || || || ||||| || ||  ||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |    
T  9466564 cgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaac 9466663  T
Q  222 aagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgttgca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  9466664 aagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaattccattggctatgcctagagcaatttgttgca 9466763  T
Q  322 acttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgacgaaa 421  Q
     | | ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||| |||        || ||||||||| | ||   |||    
T  9466764 gcgtgtcccatccaagaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctgcaaagaaccacttggaaaaagatcgtagactaaaccgcggtaaaa 9466863  T
Q  422 accatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaatttt 472  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  9466864 tccatcagcgcagaagccaagcaaacggacaacattaagatgatggatttt 9466914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 472
Target Start/End: Original strand, 9257231 - 9257689
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataa----gagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccata 113  Q
    |||||||| |||||||| |  || ||||| || |||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  9257231 cctccaacaatttccaatagcaatataccatagctatatatatcagacttataattaagagacattaccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatg 9257330  T
Q  114 tagcctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgt 213  Q
    || ||||| |||||  | || |||||||| ||||   ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||    
T  9257331 tatcctaatgttcctctcgctgcagtcatagatatagtactttgattttttgagcacatcttagccaaaccaaaatttgtaatttttggggttaaattgt 9257430  T
Q  214 catctagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaat 313  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| |||    
T  9257431 catcgatcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaactttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaat 9257530  T
Q  314 ttgttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagca 413  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||    
T  9257531 ttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatcttcgttgctaggaggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgggaagaagtcatagactagagca 9257630  T
Q  414 cgacgaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaatttt 472  Q
    ||| |||| ||||| || || ||||||||||| || ||  ||||||||||||| |||||    
T  9257631 cgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaagcggacagcattgagatggtggatttt 9257689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8927332 - 8926962
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| || |    
T  8927332 cctccaaccatctctagcaacaacataccgtagctgtatatatcagacttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaac 8927233  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| |||||| | || |||||||| |||||  | || |||||||| || |||| ||| || ||||| || || |  ||||||||| |||||||||||||    
T  8927232 ctaatgttcccctggctgcagtcatcgatacagtgctatgatttttagagcacagcttcgctaaaccgaagtccgatatttttggaatgaaattgtcatc 8927133  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    || ||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||    
T  8927132 taacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaagaattctatgatcacaaccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgcctagagcaatttgt 8927033  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatt 388  Q
    |||||    ||||| ||||||||| |||| |||||||  || | ||||||||| || ||||||||||||||    
T  8927032 tgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgtcgggtgaagaaatgaagttttgcaacgaaccatt 8926962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 8939758 - 8939304
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||| |||| ||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| || |    
T  8939758 cctccaaccatctccagcagcaacataccgtagctgtatatatcagacttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtacc 8939659  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| |||||| | || || ||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |||||| ||||| || ||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  8939658 ctaaagttcccctggctgcggtcattgatactgtactttgatttttggagcacagcttagctaaaccgaagtctgatatttttggaacgaaattgtcatc 8939559  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    ||  || |||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||| |||||||    
T  8939558 taataatacattatgtggattgatatcgaagtgaagaattctatgatcacagccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccaagagcaatttgt 8939459  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgac 417  Q
    |||||    ||||| ||||||||| |||| |||||||  || | ||||||||| || ||||| ||||||||||       |||||| || |||||||||     
T  8939458 tgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgtcaggtgaagaaatgaaattttgcaatgaaccatttgggaaaaagtcataaaccaaagcacgat 8939359  T
Q  418 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaatttt 472  Q
     ||| ||||| || || ||||||||||| || || ||||| | ||| ||||||||    
T  8939358 aaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccggacaacattaacatgatgaatttt 8939304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 54 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 8962649 - 8962261
Alignment:
Q  54 tatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagcctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatac 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||     
T  8962649 tatatatcagatttataagagacattcccaaagtttcgagaaaatacttcaggtgccatgtatcctaatgttcccctagccgcagtcatcgatacaatag 8962550  T
Q  154 tttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtag 253  Q
    ||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| || |||||||| ||||| || ||    
T  8962549 tttgatttttggagcacaacttggctaaaccaaagtctgatatttttggagtaaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattgatatcaaaatgaag 8962450  T
Q  254 aattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttg 353  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    ||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  8962449 aattctttgatcacagccctggtgaagatactcaattccattggcaatgcctagagcaatctgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttg 8962350  T
Q  354 ttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccaag 442  Q
    |  || | ||||||||| || |||||||||||||| |       |||||| || |||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  8962349 tcaggtgaagaaatgaaattttgcaacgaaccattagggaaaaagtcataaaccaaagcacgataaaatccatcagcgcaaaagccaag 8962261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 257
Target Start/End: Original strand, 9125105 - 9125344
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||| || |||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |    
T  9125105 cctccaaccaattccagcaacaacatcccataactataaatatcagacttacgagaaacatttccaaaatttcgtgacaaaacttcaggtgccatatatc 9125204  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    | || |||||  ||||||||||||||||||| | |||   ||| || ||||| |  || || |  ||||| ||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  9125205 ccaaggttcctctagccgcagtcatggatacaacactaacattctttgaacataatttggcgagtccaaagtctgaaatttttggagtgaaggtgtcatc 9125304  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaatt 257  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  9125305 tagcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaatt 9125344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 9378100 - 9377846
Alignment:
Q  17 acctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatag 116  Q
    |||||||||||| || | ||| || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  9378100 acctccaaccatctctagcaacaatattccgtagctataaatatcagacttgtaagaaacatttccgaagtttcttgagaaaacttcaggtgcaatgtag 9378001  T
Q  117 cctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcat 216  Q
    || || |||||  |||| || || || || ||  ||||||||||||||| |||||  ||||| |  ||||| || || ||||| ||| | ||||| ||||    
T  9378000 cccaatgttcctctagctgcggttatagacaccgtactttgatttttgggacacagtttagcaagtccaaagtcagtaattttaggactcaaattatcat 9377901  T
Q  217 ctagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaacc 271  Q
    |||  || ||||| || |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  9377900 ctattaacacattgtgtggattgatatcaaagtgaagtattctatgatcacaacc 9377846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 271
Target Start/End: Original strand, 9236137 - 9236387
Alignment:
Q  21 ccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagccta 120  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| || || || |    
T  9236137 ccaaccatctcaagcaacaacataccgtagctataaatatcagacttataagaaacatttccgaagtttctcgagaaaacttcaggtgcaatgtatccca 9236236  T
Q  121 acgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctag 220  Q
    | |||||  | || |||||||| || ||  | ||||| ||||| | |||||  ||||| |  ||||| || || ||||| ||| | ||||| |||||||     
T  9236237 aggttcctctcgctgcagtcatagacactgtgctttggtttttcggacacaatttagcaagtccaaagtcggttattttgggactcaaattatcatctat 9236336  T
Q  221 caagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaacc 271  Q
     || ||||| || |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  9236337 taacacattgtgtggattgatatcaaagtgaagtattctatgatcacaacc 9236387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 9437495 - 9437811
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    |||||||||||||| | || |||||| || ||||||||||| ||||  ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |    
T  9437495 cctccaaccatttcaagcagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcaggtgcaatgtaac 9437594  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| || ||  | || ||||| |  || ||  | ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || |||||||||   || ||||||||    
T  9437595 ctaaagtccctcttgcggcagttactgacactttgctttgatttttagaacacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaacaaacttgtcatc 9437694  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    ||  |  || ||||| ||||| || || ||||| ||||||   ||||||||||    ||| ||||||||||| || || |||||||| |||| |||||||    
T  9437695 taatagcacgttatggggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgt 9437794  T
Q  318 tgcaacttatcccatcc 334  Q
    || | ||| ||||||||    
T  9437795 tgtagcttctcccatcc 9437811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Original strand, 8978931 - 8979156
Alignment:
Q  22 caaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagcctaa 121  Q
    |||||||||| | ||| ||||| || || ||||| |||||||| |||  ||| ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || ||    
T  8978931 caaccatttctagcaacaacattccatagctataaatatcagatttaagagacacattaccaaaatttcttgacagaacttcaggtgccatatatcccaa 8979030  T
Q  122 cgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctagc 221  Q
     || ||| ||||||| |||||||| || | |||   |||  ||||||| |  || || | |||||||||||  ||||||||||| ||  ||||||| |||    
T  8979031 ggtacccctagccgctgtcatggacactacactacaattcatggaacataatttggcgagaccaaaatctgaaatttttggagttaatgtgtcatcgagc 8979130  T
Q  222 aagacattatgaggattgatgtcaaa 247  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||    
T  8979131 aaaacattgtgagggttgatgtcaaa 8979156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 250
Target Start/End: Original strand, 9085936 - 9086165
Alignment:
Q  21 ccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagccta 120  Q
    |||||||| || | ||| ||||| || |||||||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| || |    
T  9085936 ccaaccatctctagcaacaacatcccataactataaatatcagacttaagagaaacattcccaaaatttcgtgacaaaacttcaggcgccatatatccca 9086035  T
Q  121 acgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctag 220  Q
    | |||||| |||| || |||||||| || | |||   ||| |||||||| |  || || |  ||||| ||||  ||||||||||||||  | ||||||||    
T  9086036 aggttcccctagcagctgtcatggacactacactaatattcttggaacataatttggcgagtccaaagtctgaaatttttggagtgaaggtttcatctag 9086135  T
Q  221 caagacattatgaggattgatgtcaaagtg 250  Q
    ||| ||||| ||||| || |||||||||||    
T  9086136 caaaacattgtgagggttaatgtcaaagtg 9086165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Original strand, 8861527 - 8861759
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| || |    
T  8861527 cctccaaccatttctagcaacaacattccgtaactgtaaatatctgacttaagagacacattcccaaaatttcttgatagaacttcaggcgccatgtatc 8861626  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    | || ||||||||||| || |||||||| || |  ||  |||| |||||||| |  || || | ||||||||| |  |||||||| || ||    |||||    
T  8861627 ccaaggttcccttagcagctgtcatggacacaacgctaagattcttggaacataatttggcgagaccaaaatccgaaatttttggcgtaaaggattcatc 8861726  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtg 250  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  8861727 tagcaaaacattgtgagggttgatgtcgaagtg 8861759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 9420412 - 9420728
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    |||||||||||||| |  | |||||| || ||||||||||| ||||  ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |    
T  9420412 cctccaaccatttcaagaagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcaggtgcaatgtaac 9420511  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| |  ||  | || ||||| |  || ||  | ||||||||||| || ||||  || |||||||||||||| || |||||||||   || ||||||||    
T  9420512 ctaaagcccctcttgcagcagttactgacactttgctttgatttttagagcacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaacaaacttgtcatc 9420611  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    ||  || || ||||  ||||| || || ||||| ||||||   ||||||||||    ||| ||||||||||| || || |||||||| |||| |||||||    
T  9420612 taataacacgttatagggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgt 9420711  T
Q  318 tgcaacttatcccatcc 334  Q
    || | ||| ||||||||    
T  9420712 tgtagcttctcccatcc 9420728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 9069637 - 9069773
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||  || |  ||||| ||||||||||| |    
T  9069637 cctccaaccatttctagcaacaacattccataactgtatatatcagacttaagagaaacatttccaaaatttcgagacactacttcgggtgccatatatc 9069736  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatact 154  Q
    | || |||||| |||| || |||||||| || |||||    
T  9069737 ccaaggttcccctagcagctgtcatggacactatact 9069773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 49 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 9495628 - 9495346
Alignment:
Q  49 aactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagcctaacgttcccttagccgcagtcatggatac 148  Q
    ||||||| | ||||||||| || || |||||||||||||| || || |||||||| ||||| || || || |  || ||| ||||||| |||||||| ||    
T  9495628 aactataaacatcagacttgtacgacacatttccaaagttcctagagaaaacttctggtgctatgtaaccaatagtccccctagccgcggtcatggaaac 9495529  T
Q  149 gatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctagcaagacattatgaggattgatgtcaaag 248  Q
       ||||||||  || ||||| | |||||||| ||||||||| |  || || |||||||| || |  || || |||| ||||||||| || || ||||||    
T  9495528 cgcactttgatcctttgaacaaagcttagccagaccaaaatcagatatcttgggagtgaagttattgtcaagtaagatattatgaggttttatatcaaag 9495429  T
Q  249 tgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgttgcaacttatccca 331  Q
    || || || || || ||||| ||||| || ||||||||||| || || ||||| || || | ||||| ||| ||||| |||||    
T  9495428 tgaagtatcctctggtcacatccttgatgaagatactcaattcctttcgctattccaagcgcaatttcttgtaacttctccca 9495346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 426 - 475
Target Start/End: Original strand, 9070045 - 9070094
Alignment:
Q  426 tctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  9070045 tctgcgcaaaagccaagcaaacgaaccacattgatatggtgaattttgcc 9070094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 257
Target Start/End: Original strand, 9106353 - 9106430
Alignment:
Q  180 aaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaatt 257  Q
    |||||||||||||  | |||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  9106353 aaaccaaaatctgaaacttttggcgtgaatttgtcatcttgcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaatt 9106430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 475
Target Start/End: Original strand, 8861932 - 8861984
Alignment:
Q  423 ccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| ||||||||    
T  8861932 ccatctgcgcagaagccaagcaaacgaaccacgttgatgtggtggattttgcc 8861984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 1987 - 1530
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1987 cctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagc 1888  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1887 ctaatgttcccttagctgtagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatc 1788  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  1787 tagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgt 1688  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgac 417  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||       |||||| |||||||||||||    
T  1687 tgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcaggtgagatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgac 1588  T
Q  418 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1587 gaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtggattttgcc 1530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Original strand, 15910119 - 15910576
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  15910119 cctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagc 15910218  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15910219 ctaatgttcccttagctacagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatc 15910318  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  15910319 tagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaatttgt 15910418  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaagcacgac 417  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||       |||||| ||||||||||||     
T  15910419 tgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttttgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaactaaagcacgat 15910518  T
Q  418 gaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15910519 gaaaaccatctgagcaaaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtggattttgcc 15910576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 183; Significance: 9e-99; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9171884 - 9171421
Alignment:
Q  18 cctccaaccatttccaacaataacataccgtaactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagc 117  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |    
T  9171884 cctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagagacattcccaaaatttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatc 9171785  T
Q  118 ctaacgttcccttagccgcagtcatggatacgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatc 217  Q
    |||| |||||  | || |||||||| ||||   ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  9171784 ctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatc 9171685  T
Q  218 tagcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaatttgt 317  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  9171684 tagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgt 9171585  T
Q  318 tgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgt-----tgttc-gggggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgnnnnnnngtcatagactaaag 411  Q
    |||||||| ||||||| |||||||  ||||||||     | ||| |     ||||||||||||||||| ||||||||||        |||||||||| ||    
T  9171584 tgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagag 9171485  T
Q  412 cacgacgaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcc 475  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||    
T  9171484 cacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcc 9171421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 27696384 - 27696119
Alignment:
Q  48 taactatatatatcagacttataagagacatttccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatatagcctaacgttcccttagccgcagtcatggata 147  Q
    |||||||| | ||| |||||||| || ||| | ||||||||||| ||||| || || || || || ||||| || |||||| ||||||  ||||| || |    
T  27696384 taactataaacatctgacttataggatacaatgccaaagtttctagaaaatacctctggcgcaatgtagcccaaagttcccctagccgtggtcattgaca 27696285  T
Q  148 cgatactttgatttttggaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgatttttggagtgaaattgtcatctagcaagacattatgaggattgatgtcaaa 247  Q
    | ||||||   | ||||||||| |  || |||||||||||||| |  ||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  27696284 caatacttctttctttggaacaaagttttgccaaaccaaaatcagaaattttgggtgtgaaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatcaaa 27696185  T
Q  248 gtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccatttgctatgcctagagaaat 313  Q
     || ||||||| || |||||||||||| || ||||||||||| || || ||||| || ||||||||    
T  27696184 atggagaattcgtttatcacaaccttgatgaagatactcaattcccttcgctataccaagagaaat 27696119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University