View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16743_low_8 (Length: 376)
Name: NF16743_low_8
Description: NF16743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16743_low_8 |
 | |
|
| [»] scaffold0017 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0061 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 34821732 - 34821447
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcacac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
34821732 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatgggtttcattgaatgaatagagattacaagagaacctttatttatagtgtatcataagatagtgcacac |
34821633 |
T |
|
| Q |
118 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttg |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34821632 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctagttgtaactaactttgcaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttg |
34821533 |
T |
|
| Q |
218 |
ttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34821532 |
ttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
34821447 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 34826530 - 34826245
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcacac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
34826530 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatgggtttcattgaatgaatagagattacaagagaacctttatttatagtgtatcataagatagtgcacac |
34826431 |
T |
|
| Q |
118 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttg |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34826430 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctagttgtaactaactttgcaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttg |
34826331 |
T |
|
| Q |
218 |
ttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34826330 |
ttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
34826245 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 33457574 - 33457287
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaaga--aactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcac |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33457574 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagagaaactatgattttcattgaattaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcac |
33457475 |
T |
|
| Q |
116 |
actaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaact |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33457474 |
actaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaact |
33457375 |
T |
|
| Q |
216 |
tgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33457374 |
tattgcacaagttactattgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
33457287 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 33462375 - 33462088
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaaga--aactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcac |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
33462375 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagagaaactatgattttcattgaattaatagagattacaagaaaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgtac |
33462276 |
T |
|
| Q |
116 |
actaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaact |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33462275 |
actaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaact |
33462176 |
T |
|
| Q |
216 |
tgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33462175 |
tgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgattccatatgatctgtgttattcttcaata |
33462088 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 37190011 - 37189724
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcacac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
37190011 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatgggtttcattgaatgaatagagattacaagagaacctttatttatagtgtatcataagatagtgcacac |
37189912 |
T |
|
| Q |
118 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaac-tt |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
37189911 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctagttgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttt |
37189812 |
T |
|
| Q |
217 |
gttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaataa |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37189811 |
gttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaataa |
37189724 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 37194811 - 37194525
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcacac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
37194811 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatgggtttcattgaatgaatagagattacaagagaacctttatttatagtgtatcataagatagtgcacac |
37194712 |
T |
|
| Q |
118 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaac-tt |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
37194711 |
taagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctagttgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttt |
37194612 |
T |
|
| Q |
217 |
gttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37194611 |
gttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
37194525 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 44054919 - 44055210
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaaga--aactatggttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcac |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44054919 |
aacagaaagagaaagatggaaaagagaaactatgattttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtctatcataaggtagtgcac |
44055018 |
T |
|
| Q |
116 |
actaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaact |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44055019 |
actaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagtacaataaaactagctaagagtttagttaact |
44055118 |
T |
|
| Q |
216 |
tgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaataacct |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44055119 |
tgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttctttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaataacct |
44055210 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 2999237 - 2998951
Alignment:
| Q |
18 |
aacagaaagagaaaaatggaaaagaaactatggtttt-cattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcaca |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
2999237 |
aacagaaagagaaaaatagaaaagaaactatgatttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgtaca |
2999138 |
T |
|
| Q |
117 |
ctaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaactt |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2999137 |
ctaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgaaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaactt |
2999038 |
T |
|
| Q |
217 |
gttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2999037 |
gttgcacaagttattggtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
2998951 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 21 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 2994434 - 2994151
Alignment:
| Q |
21 |
agaaagagaaaaatggaaaagaaactatggtttt-cattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgcacacta |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
2994434 |
agaaagagaaaaatagaaaagaaactatgatttttcattgaatgaatagagattacaagagaaccattatttatagtgtatcataaggtagtgtacacta |
2994335 |
T |
|
| Q |
120 |
agctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttgtt |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2994334 |
agctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgaaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagttaacttgtt |
2994235 |
T |
|
| Q |
220 |
gcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2994234 |
gcacaagttattggtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
2994151 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0017 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:
Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 112 - 300
Target Start/End: Original strand, 36947 - 37135
Alignment:
| Q |
112 |
gcacactaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaacaataaaactagctaagagtttagtt |
211 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
36947 |
gcacattaagctaatatgagcattacatatgtgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaaccataaaactagctaagagttcagtt |
37046 |
T |
|
| Q |
212 |
aacttgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttca |
300 |
Q |
| |
|
| ||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |
|
|
| T |
37047 |
agcttgtggtgcaagtcactagtgtgtagtgtgttcctcctccttatctttgatcatttgtgtttccaaatcttttgtgttattcttca |
37135 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:
Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 87 - 282
Target Start/End: Original strand, 69734 - 69929
Alignment:
| Q |
87 |
tatttatagtgtatcataaggtagtgcacactaagctaatatgaatcttacatatatgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaac |
186 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| || | | ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
69734 |
tatttatagagtatcacaatatggagcacactaagctaatatgagcatttaatatgtgattgtaactctaattgtaactaactttgtaggttgttagaac |
69833 |
T |
|
| Q |
187 |
aataaaactagctaagagtttagttaacttgttgcacaagttactagtgtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatat |
282 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||| ||| ||||||| | | ||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
69834 |
cctaaaactagctaagagttcagttagcttgtggtgcaagtcactggtgtgtaatgtattcctcctccttatatttgattatttgtgtttccatat |
69929 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 303
Target Start/End: Original strand, 21654530 - 21654598
Alignment:
| Q |
235 |
gtgtagtatgttccttctctttatctttgatcatttgtgtttccatatgatctgtgttattcttcaata |
303 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21654530 |
gtgtagtgtgttccttctccttatctttgatcatttgtgtttccatatcttttgtgttattcttcaata |
21654598 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University