View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16749_low_2 (Length: 690)

Name: NF16749_low_2
Description: NF16749
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16749_low_2
NF16749_low_2
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-676)||(4159645-4160320)
chr7 (3-666)||(4171692-4172355)
chr7 (1-664)||(4177317-4177965)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (392-562)||(34343525-34343695)
chr1 (445-545)||(34330971-34331071)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 676
Target Start/End: Original strand, 4159645 - 4160320
Alignment:
Q  1 aatattatccacaatcatggcaaaccaattactctttccaacttagtttcaattcttcaaattccatcaaccaaagtcgataacgtgcagcgtctcatgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4159645 aatattatccacaatcatggcaaaccaattactctttcaaacttagtttcaattcttcaaattccatcaaccaaagtcgataacgtgcagcgtctcatgc 4159744  T
Q  101 gttacctcgcacacaatggattctttgagataattacaaatcaagaattagaaaatgaagaagaagcttatgctctcactgttgcttcagagcttcttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4159745 gttacctcgcacacaatggattctttgagataattacaaatcaagaattagaaaatgaagaagaagcttatgctctcactgttgcttcagagcttcttgt 4159844  T
Q  201 taaaggaactgaactttgtttagctccaatggttgagtgtgttcttgatccaacactttcagcttcatttcataagttaaagaaatgggtttatgaggaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4159845 taaaggaactgaactttgtttagctccaatggttgagtgtgttcttgatccaacactttcaacttcatttcataacttaaagaaatgggtttatgaggaa 4159944  T
Q  301 gatctcactctatttactgtcaatttaggttgtgatttatgggagtttcttaacaaaaaccctgagtataatacattatacaatgatgctttggctagtg 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4159945 gatctcactctatttgctgtcaatttaggttgtgatttatgggagtttcttaacaaaaaccctgagtataatacattatacaatgatgctttggctagtg 4160044  T
Q  401 attcaaaaatgattaatttggcaatgaaagattgtaatttggtgtttgaggggttggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaacaactggtaa 500  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4160045 attccaaaatgattaatttggcaatgaaagattgcaatttggtgtttgaggggttggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaacaactggtaa 4160144  T
Q  501 gattatttgtgagacattttctaagttgaaatgtgttgtttttgatcgtccaaaggttgtagagaatttatgtggaaataacaatttgacatatgttggt 600  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4160145 gattatttgtgagacatttcctaagttgacttgtgttgtttttgatcgtccaaaggttgtagagaatttatgtggaagtaacaatttgacatatgttggt 4160244  T
Q  601 ggggacatgttcatatctgttcctaaagctgatgctgttttgcttaaggtatgcttttctaaactaagatattttt 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4160245 ggggacatgttcatatctgttcctaaagctgatgctgttttgcttaaggtatgcttttctaaactaagatattttt 4160320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 4172355 - 4171692
Alignment:
Q  3 tattatccacaatcatggcaaaccaattactctttccaacttagtttcaattcttcaaattccatcaaccaaagtcgataacgtgcagcgtctcatgcgt 102  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4172355 tattatctacaatcatggcaaaccaattactctttcaaacttagtttcaattcttcaaattccatcaaccaaagtcgataacgtgcagcgtctcatgcgt 4172256  T
Q  103 tacctcgcacacaatggattctttgagataattacaaatcaagaattagaaaatgaagaagaagcttatgctctcactgttgcttcagagcttcttgtta 202  Q
      ||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  4172255 ctccttgcacacaatggattctttgagatagtaacgaatcaagaattggaaaatgaagaagaagcttatgctctcacagttacttcagagcttcttgtta 4172156  T
Q  203 aaggaactgaactttgtttagctccaatggttgagtgtgttcttgatccaacactttcagcttcatttcataagttaaagaaatgggtttatgaggaaga 302  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||   | |||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||    
T  4172155 aagggactgaactttgtttagctccaatggttgagtgtgttcttgatcctaaatttaatgtttcatttcataatttcaagaagtggatttatgaggaaga 4172056  T
Q  303 tctcactctatttactgtcaatttaggttgtgatttatgggagtttcttaacaaaaaccctgagtataatacattatacaatgatgctttggctagtgat 402  Q
    |||||| || ||| ||  |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||    
T  4172055 tctcaccctctttgctacctctttaggatgtgatttatgggagtttcttaacaaaaatcctgaatataatagattgttcaatgatgctatggctagtgat 4171956  T
Q  403 tcaaaaatgattaatttggcaatgaaagattgtaatttggtgtttgaggggttggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaacaactggtaaga 502  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4171955 tccaaaatgattaatttggcattgaaagattgcaattttgtgtttgaggggttggattcaattgtggatgttggtggtggaaatggaacaactggtaaga 4171856  T
Q  503 ttatttgtgagacattttctaagttgaaatgtgttgtttttgatcgtccaaaggttgtagagaatttatgtggaaataacaatttgacatatgttggtgg 602  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4171855 ttatttgtgagacatatcctaagttgagatgtgttgtttttgatcgtccaaaggttgtagagaatttatgtggaagtaacaatttgacatatgtcggtgg 4171756  T
Q  603 ggacatgttcatatctgttcctaaagctgatgctgttttgcttaaggtatgcttttctaaacta 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4171755 ggacatgttcatatctgttcctaaagctgatgcagttctgcttaaggtatgcttttctaaacta 4171692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 4177965 - 4177317
Alignment:
Q  1 aatattatccacaatcatggcaaaccaattactctttccaacttagtttcaattcttcaaattccatcaaccaaagtcgataacgtgcagcgtctcatgc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| |||||||  | ||| | | |||||||| |||||||||||    
T  4177965 aatattattcacaatcatggcaaaccaatttcactttcaaatttagtttcaattcttcaagttccatcgtcgaaaataggtaacgtgcggcgtctcatgc 4177866  T
Q  101 gttacctcgcacacaatggattctttgagataattacaaatcaagaattagaaaatgaagaagaagcttatgctctcactgttgcttcagagcttcttgt 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||                ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4177865 gttacctcgcgcacaacggattctttgagataattacaaaa---------------gaagaagagtcttatgctctcactgttgcttcagagcttcttgt 4177781  T
Q  201 taaaggaactgaactttgtttagctccaatggttgagtgtgttcttgatccaacactttcagcttcatttcataagttaaagaaatgggtttatgaggaa 300  Q
    || ||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| | |||| || | ||||||||| |||||||||||    
T  4177780 tagaggtagtgatctttgtttagcaccaatggttgagtgtgttcttgatccaactctttcgggttcgtatcatgagctgaagaaatggatttatgaggaa 4177681  T
Q  301 gatctcactctatttactgtcaatttaggttgtgatttatgggagtttcttaacaaaaaccctgagtataatacattatacaatgatgctttggctagtg 400  Q
    ||||| || || |||  ||| | |||||| | || ||| ||||| |||||| | ||||| ||||| ||||||| || ||  ||||||||  |||||||||    
T  4177680 gatcttacactctttggtgttactttagggtctggtttttgggattttcttgataaaaatcctgaatataatagatcatttaatgatgcaatggctagtg 4177581  T
Q  401 attcaaaaatgattaatttggcaatgaaagattgtaatttggtgtttgaggggttggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaacaactggtaa 500  Q
    |||| ||| |||| || |||||| ||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4177580 attctaaattgataaacttggcattgagagattgtgattttgtgtttgatggattggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaaccactggtaa 4177481  T
Q  501 gattatttgtgagacattttctaagttgaaatgtgttgtttttgatcgtccaaaggttgtagagaatttatgtggaaataacaatttgacatatgttggt 600  Q
     |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||| | ||| | ||||||||||| |||| |||||  || |||||||| |||||||||    
T  4177480 aattatttgtgagacttttcctaagttgaaatgtattgtgtttgataggccacaagttgtagagaacttatctggaagcaataatttgacttatgttggt 4177381  T
Q  601 ggggacatgttcatatctgttcctaaagctgatgctgttttgcttaaggtatgcttttctaaac 664  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4177380 ggggacatgttcacatctattcctaatgctgatgcagttttgcttaaggtatgcttttcaaaac 4177317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 392 - 562
Target Start/End: Original strand, 34343525 - 34343695
Alignment:
Q  392 tggctagtgattcaaaaatgattaatttggcaatgaaagattgtaatttggtgtttgaggggttggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaac 491  Q
    |||||||||||||  ||||| | ||||||||  ||||| |||||| |  ||||||||| ||| | || || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34343525 tggctagtgattctcaaatggtgaatttggctttgaaaaattgtagtaaggtgtttgaagggattgattctattgtggatgttggtggtggaactggaac 34343624  T
Q  492 aactggtaagattatttgtgagacattttctaagttgaaatgtgttgtttttgatcgtccaaaggttgtag 562  Q
     || | ||  ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  34343625 cacagctagaattatatgtgaggcttttcctaagttgaaatgtgttgtttatgatcttccacaggttgtag 34343695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 445 - 545
Target Start/End: Original strand, 34330971 - 34331071
Alignment:
Q  445 tttgaggggttggaatcaattgtggatgttggtggtggaaatggaacaactggtaagattatttgtgagacattttctaagttgaaatgtgttgtttttg 544  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| |||||| | ||| ||||| | |||||| |||||||||    
T  34330971 tttgaggggatagaatctattgtggatgttggtggtggaaatggaacgacggctaaaattatatgtgaggcttttcctaaggtcaaatgtcttgtttttg 34331070  T
Q  545 a 545  Q
    |    
T  34331071 a 34331071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University