View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16750_high_1 (Length: 454)

Name: NF16750_high_1
Description: NF16750
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16750_high_1
NF16750_high_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-454)||(11119381-11119817)
chr3 (21-374)||(12205970-12206311)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-453)||(32741098-32741521)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 11119817 - 11119381
Alignment:
Q  18 atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  11119817 atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacctcaagccattcagtaatgatactgatg 11119718  T
Q  118 caactacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgttgatgt 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  11119717 caactgcaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatggtataaatgttgctgattt 11119618  T
Q  218 tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119617 tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaacgatgatggagatgttagtagtgatgatggt 11119518  T
Q  318 gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatggatttaataatgtcatttcagaac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119517 gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatggatttaataatgtcatttcagaac 11119418  T
Q  418 cccaacttgaccctaacaatgagaatgaatatgatgt 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11119417 cccaacttgaccctaacaatgagaatgaagatgatgt 11119381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 21 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12206311 - 12205970
Alignment:
Q  21 gatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatgcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  12206311 gatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacgtcaagccaatcaggaatgatactgatgcaa 12206212  T
Q  121 ctacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgttgatgttat 220  Q
    |   ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12206211 ccttaatgtctgattatgctcgtgataagaactgtgatgttgaa------------cctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgctgatgttat 12206124  T
Q  221 cggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggtgat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12206123 cggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggattaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacagtgatgatgaagatgttagtagtgatgatggtgat 12206024  T
Q  321 tcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggtt 374  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12206023 tcaattaaaggcgcacactttaatgatagtgaagaagagaggatggctggggtt 12205970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 32741521 - 32741098
Alignment:
Q  18 atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatg 117  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32741521 atggatgatacttttgatgaatagttagtaaagctatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacctcaagccattcaggaatgatactgatg 32741422  T
Q  118 caactacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgttgatgt 217  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  32741421 caactgcaatgtctgattatgctcgtgataacaagtgcgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataattgttgctgatgt 32741322  T
Q  218 tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggt 317  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32741321 tattggggaacaaaagggaaagggtgtagtggcggatgaaattgaaggcgatgttggtgaagtagacatcgatggtggagatgttagtagtgatgatggt 32741222  T
Q  318 gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatggatttaataatgtcatttcagaac 417  Q
    |||| ||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||            ||||||||||||||||||    
T  32741221 gatttaattaaaggcacacgctttgatgatagtgaagaagagaagatggctgcggttgatgatgggtttg------------ataatgtcatttcagaac 32741134  T
Q  418 cccaacttgaccctaacaatgagaatgaatatgatg 453  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  32741133 cccaacttgaccctaacaatgctaatgaagatgatg 32741098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University