View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16751_low_22 (Length: 477)

Name: NF16751_low_22
Description: NF16751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16751_low_22
NF16751_low_22
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (11-459)||(26128810-26129258)
chr7 (11-459)||(26155446-26155879)
chr7 (22-459)||(26088036-26088473)
chr7 (22-459)||(26111824-26112261)
chr7 (14-459)||(26186488-26186939)
chr7 (14-459)||(19103003-19103448)
chr7 (25-459)||(26191522-26191956)
chr7 (14-443)||(26179329-26179758)
chr7 (17-459)||(26251094-26251539)
chr7 (17-459)||(26242646-26243091)
chr7 (25-459)||(26302059-26302500)
chr7 (17-336)||(26297694-26298016)
chr7 (201-459)||(26260305-26260563)
chr7 (14-459)||(26204140-26204576)
chr7 (14-459)||(26223778-26224213)
chr7 (239-458)||(26278170-26278386)
chr7 (275-455)||(26207918-26208098)
chr7 (280-443)||(26227484-26227647)
chr7 (21-132)||(26227249-26227360)
chr7 (379-458)||(26298059-26298138)
chr7 (106-154)||(26260237-26260285)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-459)||(44903500-44903944)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 459
Target Start/End: Original strand, 26128810 - 26129258
Alignment:
Q  11 cacagaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggag 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26128810 cacagaaaagaagttatggaacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacatttgtaacactaccttggggatcaaatcttggag 26128909  T
Q  111 tgtaggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26128910 tgtaggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaaggggaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattgg 26129009  T
Q  211 cttaactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26129010 cttaactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaa 26129109  T
Q  311 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaa 410  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26129110 attcaggtcataattttatatgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacaatttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagaaa 26129209  T
Q  411 aaagggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26129210 aaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 26129258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 459
Target Start/End: Original strand, 26155446 - 26155879
Alignment:
Q  11 cacagaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggag 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26155446 cacagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttagtaacactaccatggggatcaaaacttggag 26155545  T
Q  111 tgtaggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |               |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  26155546 tgtaggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaagaagggcaatacg---------------cttggaaaagaggccgagtggttaaattgg 26155630  T
Q  211 cttaactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaa 310  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26155631 cttaacacaaagcaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaa 26155730  T
Q  311 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155731 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaa 26155830  T
Q  411 aaagggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  26155831 aaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggat 26155879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 22 - 459
Target Start/End: Original strand, 26088036 - 26088473
Alignment:
Q  22 agttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtaggaccag 121  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  26088036 agttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttggaagcactacaatggggatcaaatcttggagtgtagggccag 26088135  T
Q  122 tttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggcttaactcaaa 221  Q
    ||||| | ||| | |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26088136 tttcagcttggaccaacaagaatgatgaaaaaaaggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaa 26088235  T
Q  222 gcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcaggtcat 321  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26088236 ggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcat 26088335  T
Q  322 aattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggcttta 421  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26088336 aattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctata 26088435  T
Q  422 ttatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    | |||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  26088436 tcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggat 26088473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 22 - 459
Target Start/End: Original strand, 26111824 - 26112261
Alignment:
Q  22 agttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtaggaccag 121  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  26111824 agttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttggaagcactacaatggggatcaaatcttggagtgtagggccag 26111923  T
Q  122 tttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggcttaactcaaa 221  Q
    ||||| | ||| | |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26111924 tttcagcttggaccaacaagaatgatgaaaaaaaggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaa 26112023  T
Q  222 gcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcaggtcat 321  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26112024 ggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcat 26112123  T
Q  322 aattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggcttta 421  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26112124 aattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctata 26112223  T
Q  422 ttatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    | |||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  26112224 tcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggat 26112261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Original strand, 26186488 - 26186939
Alignment:
Q  14 agaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgt 113  Q
    |||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  26186488 agaaaaaaagttacggaacactatacaatagttttcatgaactggagagtgattataaaaaacttagtaacactatcttggggatcaaatcatggagtgt 26186587  T
Q  114 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggctt 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| ||| |||||||||||    
T  26186588 aggaccagtttcatcattggctaacaaggatgatgaaaagaagggtaataggggacacatggaggagcttgcagaagaggaagagtggctaaattggctt 26186687  T
Q  214 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaatt 313  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  26186688 aactcaaagcaaattgagtccgtactgtatttaagttttggaagtgtaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaatt 26186787  T
Q  314 caggtcataattttatctgggttg-------taaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaa 406  Q
    ||| ||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26186788 cagatcataattttatctgggttgtaacttataaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttga-gaaagaatgaaagaaa 26186886  T
Q  407 gcaaaaagggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  26186887 gcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggat 26186939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 19103448 - 19103003
Alignment:
Q  14 agaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgt 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  19103448 agaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgtaaaacttggtaagactacattggggatcaaatcttggtgtgt 19103349  T
Q  114 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggctt 213  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||| |||||||| | |||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  19103348 aggaccagtttcagctagggctaacaaggatgatgaaaaaaaggccagtagggggcacgtagaggagatcggaaaagaggaagagtggctaaattggctt 19103249  T
Q  214 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaatt 313  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  19103248 aactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgaaaatgatcagattgtagaaatcgcacacggtcttgaaaatt 19103149  T
Q  314 caggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaa 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19103148 caggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgagagagatgagagtgaaaacagttttctacaagattttgaggcaaggatgaaagaaagcaaaaa 19103049  T
Q  414 gggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||| || || || |||||||||    
T  19103048 gggatatatcatatggaattgggcaccgcaacttctgatattggat 19103003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 25 - 459
Target Start/End: Original strand, 26191522 - 26191956
Alignment:
Q  25 tatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtaggaccagttt 124  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26191522 tatggcacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgaatatgagaaactttgtaatactacaagggggatcaaatcttggagtgtaggaccagttt 26191621  T
Q  125 catcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggcttaactcaaagca 224  Q
    || | |||||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  26191622 cagcttgggctaaaaaggatgatgaaaagaagggtgataaggggcacatagaggagaatggaaaagtggcagagtggctaaattggcttaactcaaagca 26191721  T
Q  225 aaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcaggtcataat 324  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||   | |||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||    
T  26191722 aaatgagtctgtactttatgtaagctttggaagtttaactaggctaactcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaattcaggtcataat 26191821  T
Q  325 tttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctttatta 424  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  26191822 tttatctgggttgtaaggaaaaatgatatggatgagagtgaaaacagtttcctacaagattttgagggaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatca 26191921  T
Q  425 tatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  26191922 tatggaattgggcaccacagcttcagatattggat 26191956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 443
Target Start/End: Original strand, 26179329 - 26179758
Alignment:
Q  14 agaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgt 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26179329 agaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgaaaaattaagtaacactacaatggggatcaaaacttggagtgt 26179428  T
Q  114 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggctt 213  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  26179429 aggaccagtttcagcttggactaacaaggatggtgaaaaaaaggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggctaaattggctt 26179528  T
Q  214 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaatt 313  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||   |||| ||    |||||||| |||||||||||||  |||| || ||||| |    
T  26179529 aactcaaagcaaaatgagtctgtattatatgtaagttttggtagccttgttaggtttccgcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaact 26179628  T
Q  314 caggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaa 413  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  ||| | || |  |||||   || | |   |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26179629 caggtcaaaattttatctgggttataaaaaaatatgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaa 26179728  T
Q  414 gggctttattatatggaattgggcaccaca 443  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  26179729 gggctatatcatatggaattgggcatcaca 26179758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 459
Target Start/End: Original strand, 26251094 - 26251539
Alignment:
Q  17 aaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtagg 116  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||| | |||  | || |||||| | |||||||| ||    
T  26251094 aaagaagctatgggtcactatacaacagttttcatgaacttgaaaatgattacgagaagctttgtaaaagtacaattggaatcaaatcatggagtgtcgg 26251193  T
Q  117 accagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagagga--gctt-ggaaaagaggcagactggttaaattggctt 213  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||| |  |||| |||||| || |||| | | | |||||||||    
T  26251194 accagtttctgcctgggctaacaaggatgatgaaagaaaggcgaataggggacacatggagaaaagcttaggaaaacagacagaattgcttaattggctt 26251293  T
Q  214 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaatt 313  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || || |||||||||  | |||||||| |||||||||||||| | || || |||||||    
T  26251294 aactcgaagcaaaatgagtcagtattgtatgtaagttttggcagccttactaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaatt 26251393  T
Q  314 caggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| | || |  ||||||  || | |   |||  | ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26251394 caggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagatgaggatggagaaggttttttgcaaaaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaa 26251493  T
Q  414 gggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  26251494 gggctatatcatctggaattgggcaccacaacttctgatattggat 26251539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 459
Target Start/End: Original strand, 26242646 - 26243091
Alignment:
Q  17 aaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtagg 116  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| |||||  | || |||||| | |||||||| ||    
T  26242646 aaagaagctatgggtcactatacaacagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaatcttagtaaaactacaatcggaatcaaatcatggagtgtcgg 26242745  T
Q  117 accagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagagga--gctt-ggaaaagaggcagactggttaaattggctt 213  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| |||  ||||  |||||||||||||  ||| |  || | |||||| || |||| | | |||||||||||    
T  26242746 accagtttcagcctgggctaacaaggatgataaaagaaaggcgaataggggacacacggagaaaagcataggaaaacagacagaattgctaaattggctt 26242845  T
Q  214 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaatt 313  Q
    |||   |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |  |||||| ||  | |||||||| |||||||||||||  |||| || |||||||    
T  26242846 aacctgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccagactaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgctcacgggcttgaaaatt 26242945  T
Q  314 caggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| | || |  | ||||  || | |   |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26242946 caggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagttgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaa 26243045  T
Q  414 gggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    ||||| ||| |||||| | |||||||| || || || |||||||||    
T  26243046 gggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattggat 26243091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 459
Target Start/End: Original strand, 26302059 - 26302500
Alignment:
Q  25 tatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtaggaccagttt 124  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||| || | || ||  |||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  26302059 tatggaacactatacaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgtgaaacttagtcaaacaacaatgggaatcaaatcttggaatgtaggaccagttt 26302158  T
Q  125 catcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacat------agaggagctt-ggaaaagaggcagactggttaaattggcttaact 217  Q
    |    |||||||||||| | ||||||| ||||    |||||||||||        ||| || ||| ||||||||  |||| | | |||||||||||||||    
T  26302159 ctgtttgggctaacaagaaggatgaaagcaagactcataggggacacgcgcgcggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaact 26302258  T
Q  218 caaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcagg 317  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||   | ||| |  | |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||    
T  26302259 caaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcagg 26302358  T
Q  318 tcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggc 417  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| | ||| | || ||  |||||  |||| |   |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26302359 tcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagaaatgaggatgaagaaggtttcctgcaagtatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaaaggc 26302458  T
Q  418 tttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  26302459 tatatcatatggaattgggcaccgcagcttctaatattggat 26302500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Original strand, 26297694 - 26298016
Alignment:
Q  17 aaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtagg 116  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||  | || |||||  | |||||||| ||    
T  26297694 aaagaagctatgggtcactatacaacagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaaactttttaaaactacaatcggaatcaagtcatggagtgtcgg 26297793  T
Q  117 accagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacat--agaggagctt-ggaaaagaggcagactggttaaattggctt 213  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||  |||  ||||| |||||| |  |||| | | |||||||||||    
T  26297794 accagtttcagcctgggctaacaaggatgatgaaagaaaggctaataggggacacattgagaaaagcttaggaaaacatacagaattgctaaattggctt 26297893  T
Q  214 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaatt 313  Q
    || || ||| ||||||| || ||| |||||||||||||||| ||  | |||||||||  | |||||||| ||||||||||||   | || || |||||||    
T  26297894 aattcgaaggaaaatgaatctgtattgtatgtaagttttggcagctttactaggcttccttatgctcagcttgtagaaattgttcatgggcttgaaaatt 26297993  T
Q  314 caggtcataattttatctgggtt 336  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26297994 caggtcataattttatctgggtt 26298016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 201 - 459
Target Start/End: Original strand, 26260305 - 26260563
Alignment:
Q  201 gttaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatac 300  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| || ||  |||||||||||||||||||  | |||||||||  | |||||||| |||| ||||| ||  |     
T  26260305 gttaaattggcttaactctaaccctaatgattctgtgttgtatgtaagttttggaagcttgactaggctttcttatgctcaggttgttgaaatagctcat 26260404  T
Q  301 ggtctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaa-acactttccttcaagattttgaggaaaggatg 399  Q
    || || |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||  | |  || ||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  26260405 ggacttgaaaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagacggaggcga-agtcaaagacagttttcttcatgattttgagcaaaggatg 26260503  T
Q  400 aaagaaagcaaaaagggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26260504 aaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 26260563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Original strand, 26204140 - 26204576
Alignment:
Q  14 agaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgt 113  Q
    |||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| |||||  | ||||||||| |||||||| |    
T  26204140 agaaaagaagctttggaacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgattatgagaaacttggtaaaactacaatagggatcaaatcttggagtat 26204239  T
Q  114 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagc-ttggaaaagaggcagactggttaaattggct 212  Q
    |||||| |||||| |||||  |||||| || ||||| ||          |||  ||||  | | || | ||||||||||   ||| | | ||||||||||    
T  26204240 aggaccggtttcagcatggattaacaaagacgatgataa----------aggatacacggaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattggct 26204329  T
Q  213 taactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaat 312  Q
    ||| || ||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||  | |||  |||||||  ||||| ||  | ||||| ||||||    
T  26204330 taattctaaggaaaacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaaaat 26204429  T
Q  313 tcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaa 412  Q
    || ||||||||||| || |||||||| ||  ||||||| |  |||||  ||||| |   ||| ||   |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26204430 tctggtcataatttcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttttctgatagattttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaa 26204529  T
Q  413 agggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  26204530 agggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggat 26204576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Original strand, 26223778 - 26224213
Alignment:
Q  14 agaaaagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgt 113  Q
    |||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| |||||  | ||||||||| |||||||| |    
T  26223778 agaaaagaagctttggaacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgattatgagaaacttggtaaaactacaatagggatcaaatcttggagtat 26223877  T
Q  114 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagc-ttggaaaagaggcagactggttaaattggct 212  Q
    |||||| |||||| |||||  |||||| || ||||| ||          |||  ||||| | | || | ||||||||||   ||| | | ||||||||||    
T  26223878 aggaccggtttcagcatggattaacaaagacgatgataa----------aggatacacagaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattggct 26223967  T
Q  213 taactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaat 312  Q
    ||| || ||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||  | |||  |||||||  ||||| ||  | ||||| ||||||    
T  26223968 taattctaaggaaaacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaaaat 26224067  T
Q  313 tcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaa 412  Q
    || ||||||||||| || |||||||| ||  ||||||| |  |||||  ||||| |   ||| ||   ||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26224068 tctggtcataatttcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttttctgataga-tttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaa 26224166  T
Q  413 agggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  26224167 agggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggat 26224213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 458
Target Start/End: Original strand, 26278170 - 26278386
Alignment:
Q  239 tgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgt 338  Q
    |||||||||| ||||| || || | |||||||  | |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26278170 tgtatgtaagctttggcagccttattaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttat 26278269  T
Q  339 aaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctttattatatggaattgggca 438  Q
    |   |||||  | |  ||||||  || | |   |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| ||||||||    
T  26278270 a---aaaaataataaagatgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgagaaaaggatgaaagaaagcaacaagggctacatcatatgggattgggca 26278366  T
Q  439 ccacagctccttatattgga 458  Q
    ||||| || || ||||||||    
T  26278367 ccacaactgctgatattgga 26278386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 275 - 455
Target Start/End: Original strand, 26207918 - 26208098
Alignment:
Q  275 atgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacacttt 374  Q
    ||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||  | || |   ||||| |   |||    
T  26207918 atgctcagattgtagaaatagctcatggtctggaaaattccggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagatggagaaggaggtgaagatggttt 26208017  T
Q  375 ccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatatt 455  Q
     ||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  26208018 tcttgaagattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctcatatt 26208098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 280 - 443
Target Start/End: Original strand, 26227484 - 26227647
Alignment:
Q  280 cagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagt-gaaaacactttcctt 378  Q
    |||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||  | || | |||  ||| ||   || |||    
T  26227484 cagattgtagaaatagctcatggtcttgaaaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagatggagaag-gagacgaagacgggtttctt 26227582  T
Q  379 caagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctttattatatggaattgggcaccaca 443  Q
     | |||||| || ||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  26227583 gatgattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccaca 26227647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 132
Target Start/End: Original strand, 26227249 - 26227360
Alignment:
Q  21 aagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtaggacca 120  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| || ||||  || |  ||  ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26227249 aagttatggaactttatgcaatagctttcacgaacttgaaggtgattatgagaatctttacaagagcacaatggggatcaaagcatggagtgtaggacca 26227348  T
Q  121 gtttcatcatgg 132  Q
    |||||| |||||    
T  26227349 gtttcagcatgg 26227360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 379 - 458
Target Start/End: Original strand, 26298059 - 26298138
Alignment:
Q  379 caagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattgga 458  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| |||||| | |||||||| || || || ||||||||    
T  26298059 caagaatttgaggaaaggattaaagaaagcagcaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattgga 26298138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 106 - 154
Target Start/End: Original strand, 26260237 - 26260285
Alignment:
Q  106 tggagtgtaggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaaca 154  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||    
T  26260237 tggagtgtgggaccagtttcaacatggattaacaaggatgatggaaaca 26260285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 459
Target Start/End: Original strand, 44903500 - 44903944
Alignment:
Q  18 aagaagttatggtacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacctttgtaacactaccttggggatcaaaacttggagtgtagga 117  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  || |||| |||||  ||||||| ||  ||||||||||||||    
T  44903500 aagaagttatgggacaatatgcaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaaagttagtaaaactacaatggggattaagtcttggagtgtagga 44903599  T
Q  118 ccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaagggcaataggggacacatagaggagc---ttggaaaagaggcagactggttaaattggctta 214  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||| | ||| ||    ||| |||||||  ||| | | ||||||||||||    
T  44903600 ccagtttcaacttgggctaacaagggtgatgaacggaagggcaataggggacacgtggagaagaacgttgaaaaagagagagaattgctaaattggctta 44903699  T
Q  215 actcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcatacggtctcgaaaattc 314  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||| ||||  | |||||||| |||||||||||||| | || || ||||| ||    
T  44903700 actcaaagcaaaatgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaagctttttcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaagtc 44903799  T
Q  315 aggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagtgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaag 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||  ||  |   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  44903800 aggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatagagacgagaacgaggaaggtttcctgcaagattttgaggaaagggtgaaagaaagcaacaag 44903899  T
Q  415 ggctttattatatggaattgggcaccacagctccttatattggat 459  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  44903900 ggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctcatattggat 44903944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University