View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16751_low_5 (Length: 684)

Name: NF16751_low_5
Description: NF16751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16751_low_5
NF16751_low_5
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (18-672)||(51295021-51295670)
chr4 (266-392)||(5653162-5653288)
chr4 (208-378)||(24807482-24807651)
chr4 (209-378)||(52545107-52545273)
chr4 (265-389)||(42665048-42665171)
chr4 (223-383)||(23985848-23986006)
chr4 (263-387)||(18395638-18395761)
chr4 (230-277)||(6732665-6732712)
chr4 (209-367)||(3529164-3529319)
chr4 (213-274)||(8005856-8005917)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (209-378)||(34844111-34844281)
chr7 (209-391)||(37405440-37405622)
chr7 (266-367)||(21631244-21631345)
chr7 (266-384)||(21632958-21633076)
chr7 (267-384)||(21630993-21631114)
chr7 (269-367)||(21633205-21633303)
chr7 (266-384)||(29597970-29598088)
chr7 (265-367)||(3233015-3233117)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (209-392)||(902136-902318)
chr1 (209-391)||(3284561-3284743)
chr1 (209-391)||(3282860-3283042)
chr1 (209-392)||(9312088-9312271)
chr1 (265-391)||(9310527-9310653)
chr1 (209-274)||(33773149-33773214)
chr1 (202-391)||(5924777-5924963)
chr1 (306-391)||(33072895-33072980)
chr1 (304-389)||(41892242-41892327)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (263-392)||(33869359-33869488)
chr6 (209-391)||(15868451-15868633)
chr6 (209-391)||(33866158-33866340)
chr6 (265-391)||(15866695-15866821)
chr6 (209-383)||(14611143-14611315)
chr6 (209-383)||(14618983-14619155)
chr6 (265-391)||(24544733-24544859)
chr6 (199-259)||(14620550-14620610)
chr6 (233-384)||(32080021-32080169)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (209-378)||(6285-6454)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (209-390)||(39787050-39787231)
chr5 (265-327)||(33689981-33690043)
chr5 (195-242)||(8080952-8080999)
chr5 (298-384)||(21637131-21637217)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (195-274)||(35244099-35244178)
chr3 (195-274)||(35243935-35244014)
chr3 (209-272)||(41874458-41874521)
chr3 (289-391)||(9032695-9032797)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (266-384)||(20957729-20957847)
chr2 (195-274)||(25302744-25302823)
chr2 (195-274)||(25306739-25306818)
chr2 (195-274)||(41602384-41602463)
chr2 (266-326)||(20957557-20957617)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (211-366)||(39206-39359)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (289-391)||(58923-59025)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (237-391)||(14939603-14939754)
chr8 (236-391)||(19473618-19473771)
chr8 (236-391)||(19544543-19544696)
chr8 (236-391)||(19588000-19588153)
chr8 (347-392)||(950081-950126)
[»] scaffold0060 (1 HSPs)
scaffold0060 (266-367)||(8972-9073)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 672
Target Start/End: Original strand, 51295021 - 51295670
Alignment:
Q  18 agatcatttggtgtctaccttataacgttctacttttctagtgcgaatctgtaactttggtatacctacagaaaaagcactggattccctttcctttgtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51295021 agatcatttggtgtctaccttataacgttctacttttctagtgcgaatctgtaactttggtatacctacagaaaaagcactggattccctttcctttgtg 51295120  T
Q  118 tcaatatttcagctttagggacaacagtaaccctcattgttctcgtatttatccgattattagattatagttagttagagaagcttggttaagag----- 212  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||         
T  51295121 tcaatatttcagcttttgggacaacagtaaccctcattgttctcgtatttatccgattattagactatagttagttagagaagcttggttaagagttagt 51295220  T
Q  213 -----ttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatg 307  Q
         ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51295221 tagagttagttacacaactaaacattatatataggaacactaatgcatcatttctactaccttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatg 51295320  T
Q  308 gatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaacaccgattacttgttatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  51295321 gatatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttaggattccataattactaacaccggttacctgttatg 51295420  T
Q  408 aagcactacacaacaaagggaaagaaaaattaacgatctcttttatctaaagtaggtatcaacacaccaaacgaaaatcttaaagagatgccataagtat 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51295421 gagcactacacaacaaagggaaagaaaagttaacgatctcttttatctaaagtaggtatcaacacaccaaacgaaaatcttaaagagatgccataagtat 51295520  T
Q  508 atgggtttttctcatttcaccctttcatgccaaacattattgagtttgatcatgtgtcacttattgtgagatagaggggtgaacttctatatttggtctt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||    
T  51295521 atgggtttttctcatttcaccctttcacgccaaacattattgagtttgatcatgtgtcac---------------ggggtgaacttctatatttggtctt 51295605  T
Q  608 acttgtcataattgattattctatatcatattaatttttcatattagaattgatgtgtggatatt 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51295606 acttgtcataattgattattctatatcatattaattttttatattagaattgatgtgtggatatt 51295670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 266 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 5653288 - 5653162
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5653288 atcttttatcaaatctagtttactctcctatgagtcactgtgggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatcttta 5653189  T
Q  366 tctttaggattccatgattactaacac 392  Q
    || || | |||||||||||||||||||    
T  5653188 tccttggcattccatgattactaacac 5653162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 208 - 378
Target Start/End: Original strand, 24807482 - 24807651
Alignment:
Q  208 aagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatg 307  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || | |||  |||||||| |||||    
T  24807482 aagagttagttacacaactaaaatctatatataggaacactcatgtatcatttcaatcatcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctatg 24807580  T
Q  308 gatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattcc 378  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||| ||  |||||||||||||| || |||||||    
T  24807581 gatatctcccacatgaatactactatgctctctctctagctaatatctatgatctttatccttgggattcc 24807651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 209 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 52545273 - 52545107
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatgg 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||| || | ||||| ||||||  |||||     
T  52545273 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcattt-tattatcttttatc-aatcta-ttcattctataatgagtttctatga 52545177  T
Q  309 atatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattcc 378  Q
     |||||||||||||| ||| | |||| || |||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  52545176 gtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggattcc 52545107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 265 - 389
Target Start/End: Original strand, 42665048 - 42665171
Alignment:
Q  265 tatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 364  Q
    |||||||||||||||||| || | |||| |||||||  |||||| ||||||||| || ||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  42665048 tatcttttatcaaatcta-ttcattctactatgagtttctatgggtatctcccagataaatactcttatgctctctttctagccgatcactatgaccttt 42665146  T
Q  365 atctttaggattccatgattactaa 389  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||||    
T  42665147 atccttagaatttcatgattactaa 42665171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 223 - 383
Target Start/End: Original strand, 23985848 - 23986006
Alignment:
Q  223 aactaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacat 321  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||   || ||||||||||||||||| || | |||  |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  23985848 aactaatctctatatataggaacactattgtactcattc--accatcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctatggttatctcccacat 23985944  T
Q  322 gaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgat 383  Q
    |||||   ||||| ||||| | ||||||||  |||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  23985945 gaatattactatgctctctctctagctgatgtctatgatctttatccttgggattccttgat 23986006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 263 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 18395761 - 18395638
Alignment:
Q  263 actatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatct 362  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||| || ||||||||  ||||  |||||||||||||||||| | |||| ||||||| | ||| |||||||||| ||    
T  18395761 actatcttttatcatatcta-ttcactatactatgagtctatatgagtatctcccacatgaatactcttatgctctctttcttgctaatcactatgacct 18395663  T
Q  363 ttatctttaggattccatgattact 387  Q
    |||||  | ||||| ||||||||||    
T  18395662 ttatccgtgggatttcatgattact 18395638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 230 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 6732712 - 6732665
Alignment:
Q  230 ctctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6732712 ctctatatataggaacactcatgtatcttttctactatcttttatcaa 6732665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 209 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 3529319 - 3529164
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||  |  |||||||||||||||||| || | |||  |||||||| ||||    
T  3529319 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcat--tatcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctat 3529223  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatc 367  Q
    || ||| | ||||||||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  3529222 ggttattttccacatgaatactactatgctctctct--agctgatcactatgacctttatc 3529164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 274
Target Start/End: Original strand, 8005856 - 8005917
Alignment:
Q  213 ttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  8005856 ttagttacttaactaatctctatatataggaacactcatgtatcatttcaatcatcttttat 8005917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 8e-63; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 209 - 378
Target Start/End: Original strand, 34844111 - 34844281
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttcta-ctatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34844111 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcaatccatcttttatcaaatctagtttactctactatgagtcactatg 34844210  T
Q  308 gatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattcc 378  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  34844211 ggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagttgatcactatgatctttatccttgggattcc 34844281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 209 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37405622 - 37405440
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||   |||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  37405622 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattc--actatcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactat 37405525  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  37405524 gggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggattccttgattactaaca 37405440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 266 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 21631345 - 21631244
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  21631345 atcttttatcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacattaatacacctatgctctctttctagctgatcaatatgatcttta 21631246  T
Q  366 tc 367  Q
    ||    
T  21631245 tc 21631244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 266 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 21633076 - 21632958
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 365  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21633076 atcttttatcaaatatagattattctactatgagtcactatgtgtatctcccacatgaatacacctatgctctcttttcagctgatcactgtgatcttta 21632977  T
Q  366 tctttaggattccatgatt 384  Q
    ||  | |||||||||||||    
T  21632976 tccatgggattccatgatt 21632958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 267 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 21631114 - 21630993
Alignment:
Q  267 tcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagct----gatcactatgatct 362  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||    ||||||||||||||    
T  21631114 tcttttatctaatctagtttactctactatgagtcactatgtgtatctcccacattaatagacctatgctctctttctagctgatcgatcactatgatct 21631015  T
Q  363 ttatctttaggattccatgatt 384  Q
    |||||  |||||||||||||||    
T  21631014 ttatccctaggattccatgatt 21630993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 269 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 21633303 - 21633205
Alignment:
Q  269 ttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatc 367  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21633303 ttttatgaaatctaatttactctactatgggtcactatgagtatctcccacatgaatacatctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatc 21633205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 266 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 29598088 - 29597970
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 365  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  29598088 atcttttatcaaatctagttcattctactatgagtctctatgggtatctcccacatgaatactcttatgctctctttcttgctgatcactatgaccttta 29597989  T
Q  366 tctttaggattccatgatt 384  Q
    ||  | |||||||||||||    
T  29597988 tccctgggattccatgatt 29597970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 367
Target Start/End: Original strand, 3233015 - 3233117
Alignment:
Q  265 tatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 364  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||| ||| | ||  |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||||| ||| ||||    
T  3233015 tatcttttattaaatctagttcattctactataaatctgtatggatatctcccacatgaatactcttatgctctctttcttgctgatcactgtgaccttt 3233114  T
Q  365 atc 367  Q
    |||    
T  3233115 atc 3233117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 209 - 392
Target Start/End: Original strand, 902136 - 902318
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatgg 308  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  902136 agagttagttacacaattaaactctctatataggaacactcatgtatcatttc-attatcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactatgg 902234  T
Q  309 atatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaacac 392  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  902235 gtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctaactgatcattatgatctttatccttggaatttcttgattactaacac 902318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 209 - 391
Target Start/End: Original strand, 3284561 - 3284743
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||   |||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  3284561 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattc--actatcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactat 3284658  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  3284659 gggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggattccttgattactaaca 3284743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 209 - 391
Target Start/End: Original strand, 3282860 - 3283042
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||   |||||||||| | ||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  3282860 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattc--actatcttttgttaaatctagtttactctcctataagtcactat 3282957  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  3282958 gggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagttgatcactatgatctttatccttgggattccttgattactaaca 3283042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 209 - 392
Target Start/End: Original strand, 9312088 - 9312271
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||  |  |||||||| | ||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  9312088 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcat--tatcttttgttaaatctagtttactctcccatgagtcactat 9312185  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaacac 392  Q
    |  |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  9312186 gagtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggattccttgattactaacac 9312271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Original strand, 9310527 - 9310653
Alignment:
Q  265 tatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 364  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9310527 tatcttttgttaaatctaatttactctcctatgagtcactatgggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatcttt 9310626  T
Q  365 atctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    ||| ||  |||||| ||||||||||||    
T  9310627 atccttgagattccttgattactaaca 9310653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 274
Target Start/End: Original strand, 33773149 - 33773214
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  33773149 agagttagttacacgactaaactctatatataagaacactcatgtatcatttccatcatcttttat 33773214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 5924963 - 5924777
Alignment:
Q  202 ttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtc 301  Q
    |||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||  | |||||||||||| |||| || | ||||| ||||||     
T  5924963 ttggttagaagttagttaaacagttaaactctatatataagaacactcgtgtattatttcatc-atcttttatcaa-tcta-ttcattctataatgagtt 5924867  T
Q  302 actatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
     |||||  ||||||| | |||||||| | |||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||| |||||    
T  5924866 tctatgagtatctcctatatgaatactcttatgcttgcttttttactgatcactatgatctttatccatcggatttcatgattagtaaca 5924777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 391
Target Start/End: Original strand, 33072895 - 33072980
Alignment:
Q  306 tggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||| ||||| |||||||  |  ||||||||||| |||||||    
T  33072895 tggatatctcccacatgaatactcttatgatctctttcttgctgatcattatgacctttatccctgagattccatgatgactaaca 33072980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 304 - 389
Target Start/End: Original strand, 41892242 - 41892327
Alignment:
Q  304 tatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaa 389  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||   ||||||  |||||| ||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41892242 tatgggtatcttccacatgaatactattatgtttgcttttttgctaaacattatgatctttatccttaggattccatgattactaa 41892327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 98; Significance: 6e-48; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 263 - 392
Target Start/End: Original strand, 33869359 - 33869488
Alignment:
Q  263 actatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatct 362  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33869359 actatcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatct 33869458  T
Q  363 ttatctttaggattccatgattactaacac 392  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  33869459 ttatctttgggattccttgattactaacac 33869488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 209 - 391
Target Start/End: Original strand, 15868451 - 15868633
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||  |  |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  15868451 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcat--tatcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactat 15868548  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  15868549 gggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggattccttgattactaaca 15868633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 209 - 391
Target Start/End: Original strand, 33866158 - 33866340
Alignment:
Q  209 agagttagttacaca-actaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||   |||||||||| | ||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  33866158 agagttagttactcagactaatctctatatataggaacactattgtactcattc--actatcttttgttaaatctagtttactctcctatgggtcactat 33866255  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||    
T  33866256 gggtatctcccacatgaatacacctatgctctctttctagctgatcactatgatcttaatccttgggattccttgattactaaca 33866340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Original strand, 15866695 - 15866821
Alignment:
Q  265 tatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 364  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15866695 tatcttttgttaaatctagtttactctcctatgagtcactatgggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatcttt 15866794  T
Q  365 atctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||||    
T  15866795 atccttgggattccttgattactaaca 15866821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 209 - 383
Target Start/End: Original strand, 14611143 - 14611315
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatgg 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| || || | | |  |||||||| ||||||    
T  14611143 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcgtgtatcatttc-attatcttttatcaaatata-ttgattatcctatgagtctctatgg 14611240  T
Q  309 atatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgat 383  Q
     ||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||||||  |||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  14611241 ttatctcccacatgaatactactatgctctctctctagctgatatctatgatctttatctttcagattccttgat 14611315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 209 - 383
Target Start/End: Original strand, 14618983 - 14619155
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatgg 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||  |||||||| ||||||    
T  14618983 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttc-attatcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctatgg 14619080  T
Q  309 atatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgat 383  Q
     ||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||| ||||  |||| || |||||| || ||||||| ||||    
T  14619081 ttatctcccacatgaatactactatgctctctctctagttgatatctatcatttttatccttgggattccttgat 14619155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Original strand, 24544733 - 24544859
Alignment:
Q  265 tatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttt 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||  |||||||| ||||| ||| | |||| |  |||| | ||| |||||||||||||||    
T  24544733 tatcttttatcaaatctagtttactctactatgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgcttatcactatgatcttt 24544832  T
Q  365 atctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||    
T  24544833 atccttgggattccatgattactaaca 24544859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 199 - 259
Target Start/End: Original strand, 14620550 - 14620610
Alignment:
Q  199 agcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatt 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  14620550 agcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaaaactcatgtatcatt 14620610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 384
Target Start/End: Original strand, 32080021 - 32080169
Alignment:
Q  233 tatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacaccta 332  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||||| || | |||  |||||||| || | | |||||| |||||||||||  |||    
T  32080021 tatatataggaacactcgtgtatcatttcaatcatcttttatcaaatcta-ttgattctcctatgagtctctgtagttatctctcacatgaatactacta 32080119  T
Q  333 tgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgatt 384  Q
    ||  |||| | ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  32080120 tg--ctctctctagctgatcactatgatctttatccatgggattccatgatt 32080169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 209 - 378
Target Start/End: Original strand, 6285 - 6454
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||   |||||||||| | ||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  6285 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattc--actatcttttgttaaatcaagtttactctcctatgagtcactat 6382  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattcc 378  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  6383 gggtatctcccacatgaatacatctatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgggattcc 6454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 5e-33; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 209 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 39787231 - 39787050
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacattcatgta-tcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactat 306  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |  | || |||||   ||| |||||| | ||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  39787231 agagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattttactcattc--actgtcttttgttaaatctagtttactctcctataagtcactat 39787134  T
Q  307 ggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaac 390  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||    
T  39787133 gggtatctcccacatgaatacacatatgctctctttctagctgatcactatgatctttatccttgagattccttgattactaac 39787050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 327
Target Start/End: Original strand, 33689981 - 33690043
Alignment:
Q  265 tatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatac 327  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  33689981 tatcttttatcaaatctaattcactctattatgagtctctatgggtatctcccacatgaatac 33690043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 242
Target Start/End: Original strand, 8080952 - 8080999
Alignment:
Q  195 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatatagg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8080952 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctctatatagg 8080999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 298 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 21637217 - 21637131
Alignment:
Q  298 agtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgatt 384  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||    
T  21637217 agtctctatgggtatcttccacatgaatactcttatgttctctttcttactgatcattatgatctttatccatgggattccatgatt 21637131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 195 - 274
Target Start/End: Original strand, 35244099 - 35244178
Alignment:
Q  195 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  35244099 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcaatcatcttttat 35244178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 195 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 35244014 - 35243935
Alignment:
Q  195 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  35244014 gagaagcttggttaagagttaattacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttcaatcatcttttat 35243935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 209 - 272
Target Start/End: Original strand, 41874458 - 41874521
Alignment:
Q  209 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatctttt 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||    
T  41874458 agagttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtaccatttcaattatctttt 41874521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 9032797 - 9032695
Alignment:
Q  289 tctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattacta 388  Q
    |||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||  | ||||| |||||| ||||    
T  9032797 tctactatgagtttctatgggtatctcccacatgaatattcgtatgttctcttttttgctgatcattatgtactttatccctgggatttcatgataacta 9032698  T
Q  389 aca 391  Q
    |||    
T  9032697 aca 9032695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 266 - 384
Target Start/End: Original strand, 20957729 - 20957847
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 365  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||  | |||||||||| ||| |||||    
T  20957729 atcttttgtcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacatgaatactcttatgcactcttccttgctgatcactgtgaccttta 20957828  T
Q  366 tctttaggattccatgatt 384  Q
    ||  | |||||||||||||    
T  20957829 tccctgggattccatgatt 20957847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 274
Target Start/End: Original strand, 25302744 - 25302823
Alignment:
Q  195 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  |||||||||    
T  25302744 gagaagtttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggatcactcatgtatcatttcaatcatcttttat 25302823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 195 - 274
Target Start/End: Original strand, 25306739 - 25306818
Alignment:
Q  195 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |  |||||||||    
T  25306739 gagaagtttggttaagagttagttacacagctaaactctatatataggaacactcatgtaacatttcaatcatcttttat 25306818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 195 - 274
Target Start/End: Original strand, 41602384 - 41602463
Alignment:
Q  195 gagaagcttggttaagagttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttat 274  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||    
T  41602384 gagaagtttggttaagagttagttacataactaaattctatatataggaacactcatgtatcatttcaaccaccttttat 41602463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 266 - 326
Target Start/End: Original strand, 20957557 - 20957617
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaata 326  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20957557 atcttttgtcaaatctagtttactctactatgagtcactatgggtatctcccacatgaata 20957617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 366
Target Start/End: Original strand, 39206 - 39359
Alignment:
Q  211 agttagttacacaactaaactctatatataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||| |||||| |    ||||| ||||||   ||||  |    
T  39206 agttagttacacaactaaactctatatataggaacactcatgtatcatttc-atcatcttttatc-aatctattcatttctataatgagtttttatgagt 39303  T
Q  311 atctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttat 366  Q
    ||||||||||||| ||| | ||  ||  |||| | |||||||||||||||||||||    
T  39304 atctcccacatgagtactcttaattttgctttcttgctgatcactatgatctttat 39359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 289 - 391
Target Start/End: Original strand, 58923 - 59025
Alignment:
Q  289 tctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattacta 388  Q
    ||||| ||||||  |||||  |||||||||||||| ||| | |||| |  |||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  58923 tctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggattccatgattacta 59022  T
Q  389 aca 391  Q
    |||    
T  59023 aca 59025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 237 - 391
Target Start/End: Original strand, 14939603 - 14939754
Alignment:
Q  237 tataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgtt 336  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| |||| || | ||||| ||||||  ||| |  ||||| | |||||| ||| | |||| |    
T  14939603 tataggaacactcatgtatcatttcatc-atcttttatcaa-tcta-ttcattctataatgagtttctacgagtatcttctacatgagtactcatatgct 14939699  T
Q  337 ctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
      |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14939700 tgctttcttgctgatcactatgatctttatccttaggattccatgattactaaca 14939754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 391
Target Start/End: Original strand, 19473618 - 19473771
Alignment:
Q  236 atataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgt 335  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||  || |||| |||||| |||| || | ||||| ||||||  |||||  |||||||||||||| ||| | |||      
T  19473618 atatagggacactcatgtattatttcatctttcttctatcaa-tcta-ttcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattc 19473715  T
Q  336 tctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    |  |||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19473716 ttgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggattccatgattactaaca 19473771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 391
Target Start/End: Original strand, 19544543 - 19544696
Alignment:
Q  236 atataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgt 335  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||  || |||| |||||| |||| || | ||||| ||||||  |||||  |||||||||||||| ||| | |||      
T  19544543 atatagggacactcatgtattatttcatctttcttctatcaa-tcta-ttcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattc 19544640  T
Q  336 tctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    |  |||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19544641 ttgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggattccatgattactaaca 19544696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 19588153 - 19588000
Alignment:
Q  236 atataggaacattcatgtatcatttctactatcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgt 335  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||  || |||| |||||| |||| || | ||||| ||||||  |||||  |||||||||||||| ||| | |||      
T  19588153 atatagggacactcatgtattatttcatctttcttctatcaa-tcta-ttcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattc 19588056  T
Q  336 tctctttttagctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaaca 391  Q
    |  |||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19588055 ttgctttcttgctgatcactatgatctttatccttgggattccatgattactaaca 19588000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 347 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 950126 - 950081
Alignment:
Q  347 ctgatcactatgatctttatctttaggattccatgattactaacac 392  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  950126 ctgatcactatgatctctatctctgggaatccatgattactaacac 950081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:

Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 9073 - 8972
Alignment:
Q  266 atcttttatcaaatctagtttactctattatgagtcactatggatatctcccacatgaatacacctatgttctctttttagctgatcactatgatcttta 365  Q
    ||||||||||||||  |||| | |||| ||||||||  ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||    
T  9073 atcttttatcaaataaagttcattctactatgagtccttatgggtatcttccacatgaatactcttatgttctctttcttgctgatcattataatcttta 8974  T
Q  366 tc 367  Q
    ||    
T  8973 tc 8972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University