View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16752_high_1 (Length: 875)

Name: NF16752_high_1
Description: NF16752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16752_high_1
NF16752_high_1
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (17-847)||(2885162-2885992)
chr6 (17-847)||(2865972-2866806)
chr6 (20-799)||(2860596-2861380)
chr6 (23-240)||(2910014-2910231)
chr6 (16-240)||(2842113-2842337)
chr6 (16-240)||(2833283-2833507)
chr6 (20-219)||(14577872-14578071)
chr6 (266-751)||(2910271-2910744)
chr6 (16-180)||(2828815-2828979)
chr6 (449-647)||(2833731-2833929)
chr6 (288-813)||(2841525-2842053)
chr6 (272-394)||(2833551-2833673)
chr6 (266-384)||(2828594-2828712)
chr6 (304-381)||(14577701-14577778)
chr6 (454-550)||(2828448-2828544)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-129)||(1800792-1800904)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (32-109)||(53395497-53395574)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (57-120)||(8043817-8043880)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 847
Target Start/End: Original strand, 2885162 - 2885992
Alignment:
Q  17 acatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885162 acatcgtagttcatgaaatttgcaatagccgatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccataaagtagataaccccgtttccaagcctttccaa 2885261  T
Q  117 ctttagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885262 ctttagcataatactctttccctttcttgaatttaacaagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagg 2885361  T
Q  217 gtgcgcaaaatttgtgtgactccatcctgagatccaccaacaaccgctattgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttcct 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885362 gtgtgcaaaatttgtgtgactccaccccgacatccaccaacaaccaccattgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttcct 2885461  T
Q  317 tggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggtgaagcatcttaccacatcgaaagatcttcctg 416  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885462 tgttccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggtgaagcatcttaccacatcgaaagatcttcctg 2885561  T
Q  417 aagatgcttttcttcttggagctttgctatttgcagaccaccaaactttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggac 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885562 aagatgcttttcttcttggagctttgctatttgcagaccaccaaactttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggac 2885661  T
Q  517 aagcggggattggctatcttccacaacttcggcttcaagtcgtttggctcgtttactcgagttcgcaccaagatatgtttggatgattgtgtaagtttcg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885662 aagcggggattggctatcttccacaacttcggcttcaagtcgtttggctcgtttactcgagttcgcaccaagatatgtttggatgattgtgtaagtttcg 2885761  T
Q  617 ctttgtttgagacgctcgcccgatgattcattgaaagttatttggatgtaaggggacataagatctgcaaatttgtgtttgtagttttcaacaaacttac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885762 ctttgtttgagacgctcgcccgatgattcattgaaagttatttggatgtaaggggacataagatctgtaaatttgtgtttgtagttttcaacaaacttac 2885861  T
Q  717 gaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaacaaacataaggctagccgcaattgagcctaattgtgacaatatttccccaattcccattgc 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885862 gaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaacaaacataaggctagccgcaattgagcctaattgtgacaatatttccccaattcccattgc 2885961  T
Q  817 catctctaatacttagaaacgattgtgccta 847  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2885962 catctctaatacttagaaacgattgtgccta 2885992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 847
Target Start/End: Original strand, 2865972 - 2866806
Alignment:
Q  17 acatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2865972 acatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccgcgtttccaagcctttccaa 2866071  T
Q  117 ctttagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2866072 ctttagcataatactctttccctttcttgaatttaacaagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagg 2866171  T
Q  217 gtgcgcaaaatttgtgtgactccatcctgagatccaccaacaaccgctattgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttcct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2866172 gtgcgcaaaatttgtgtgactccaccccgacatccaccaacaaccgctattgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataacagcctttcct 2866271  T
Q  317 tggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggtgaagcatcttaccacatcgaa---agatcttc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   || |||||    
T  2866272 tggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggttaagtatcttaccacatcgaaattaggtcttc 2866371  T
Q  414 ctgaagatgcttttcttcttggagctttgctatttgcagaccaccaaactttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaag 513  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  2866372 ctgaagatgcttttcttgttggagctttgctgtttgaagaccaccaaactttgactccattgaactcatcctcaatctcttctttgtcgtccatgctaag 2866471  T
Q  514 gacaagcggggattggctatcttccacaacttcggcttcaagtcgtttggctcgtttactcgagttcgcaccaagatatgtttggatgattgtgtaagtt 613  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2866472 gacaagcggtgattggctatcttccacaacttcggctttaagtctcttggctctttgactcgagttagcaccaagatatgtttggataattgtgtaagtt 2866571  T
Q  614 tcgctttgtttgagacgctcgcccgatgattcattgaaagttatttggatg-taaggggacataagatctgcaaatttgtgtttgtagttttcaacaaac 712  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||   |||  ||||||||||||    
T  2866572 tcgctttgtttgagacgctcgtccgatgattcataaaaagttatttggacgttaaggggacataaggtctgtaaatttgttcatgtgcttttcaacaaac 2866671  T
Q  713 ttacgaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaacaaacataaggctagccgcaattgagcctaattgtgacaatatttccccaattccca 812  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2866672 ttatgaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaagaaacattaggctagcggcaattgagcctaattgtgacaatatttccccaattccca 2866771  T
Q  813 ttgccatctctaatacttagaaacgattgtgccta 847  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2866772 ttgccatctctaatacttagaaactattgtgccta 2866806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 799
Target Start/End: Original strand, 2860596 - 2861380
Alignment:
Q  20 tcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860596 tcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaactt 2860695  T
Q  120 tagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagggtg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860696 tagcataatactctttccctttcttgaatttaacaagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagggtg 2860795  T
Q  220 cgcaaaatttgtgtgactccatcctgagatccaccaacaaccgctattgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttccttgg 319  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2860796 tgcaaaatttgtgtgactccaccctgacatccaccaacaaccgctattgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttccttgt 2860895  T
Q  320 tccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggtgaagcatcttaccacatcgaa---agatcttcctg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   || ||||||||    
T  2860896 tccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggttaagtatcttaccacatcgaaattaggtcttcctg 2860995  T
Q  417 aagatgcttttcttcttggagctttgctatttgcagaccaccaaactttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggac 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2860996 aagatgcttttcttgttggagctttgctgtttgaagaccaccaaactttgactccattgaactcatcctcaatctcttctttgtcgtccatgctaaggac 2861095  T
Q  517 aagcggggattggctatcttccacaacttcggcttcaagtcgtttggctcgtttactcgagttcgcaccaagatatgtttggatgattgtgtaagtttcg 616  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2861096 aagcggtgattggctatcttccacaacttcggctttaagtctcttggctctttgactcgagttagcaccaagatatgtttggataattgtgtaagtttcg 2861195  T
Q  617 ctttgtttgagacgctcgcccgatgattcattgaaagttatttggatgtaaggggacataagatctgcaaatttgtgtttgtagttttcaacaaacttac 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||   |||  |||||||||||||||     
T  2861196 ctttgtttgagacgctcgcccgatgattcataaaaagttatttcgacgtaaggggacataaggtctgtaaatttgttcatgtgcttttcaacaaacttat 2861295  T
Q  717 gaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaac--aaacataaggctagccgcaattgagcctaattgtgacaatatt 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2861296 gaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaacaaaaacattaggctagccgcaattgagcctaattgtgacaatatt 2861380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 240
Target Start/End: Original strand, 2910014 - 2910231
Alignment:
Q  23 tagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaactttag 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2910014 tagttcatgaaattcgcaatagcagatatcatggtagattttccggttcctggtggaccataaactagataaccacgtttccacgcctttccaactttag 2910113  T
Q  123 cataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagggtgcgc 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2910114 cataatactctttccctttcttgaatttaacaagatcgtttatgatctcttccttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagggtgctc 2910213  T
Q  223 aaaatttgtgtgactcca 240  Q
    |||| |||||||||||||    
T  2910214 aaaagttgtgtgactcca 2910231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2842337 - 2842113
Alignment:
Q  16 cacatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttcca 115  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2842337 cacatcatagttcatgaaattagcaatagccgatatcatggtagatttaccggttcctggaggaccaaaaagtagataaccacgtttccaagcttttcca 2842238  T
Q  116 actttagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  2842237 actttagcataatactctttccctttcttgaatttaacaagatcatttagaatctcttctttcttttttggttccaaagcaagtgtttcaaaacttgccg 2842138  T
Q  216 ggtgcgcaaaatttgtgtgactcca 240  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||    
T  2842137 ggtgctcaaaagttgtgtgactcca 2842113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 240
Target Start/End: Original strand, 2833283 - 2833507
Alignment:
Q  16 cacatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttcca 115  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2833283 cacatcatagttcatgtaatttgctatagctgatatcatagtagattttccagttcctggaggaccataaagtagataaccacgtttccaagcctttcca 2833382  T
Q  116 actttagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcag 215  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||| |||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||    
T  2833383 actttagcataatactctttacctttcttgaacttaagaagatcatttaaaatctcttgtttcttttctggttccatagctagggttccaaatcttgcag 2833482  T
Q  216 ggtgcgcaaaatttgtgtgactcca 240  Q
    | ||| ||||| |||||||| ||||    
T  2833483 gatgctcaaaagttgtgtgattcca 2833507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 14578071 - 14577872
Alignment:
Q  20 tcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaactt 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||  | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14578071 tcgtagttcataaaatttgcaatagccgatatcatggtagattttccggttcctggaggaccgaaaagtaaataaccgcgtttccaagcctttccaactt 14577972  T
Q  120 tagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttcttctccggttccatagcaagtgtttcaaaccttgcagggtg 219  Q
    ||||||| |||||||| |||  |||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14577971 tagcatagtactctttacctgccttgaacttaacaagatcgtctattatctcttctttcttctttgcatccatagcaagtgtttcgaaccttgcagggtg 14577872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 266 - 751
Target Start/End: Original strand, 2910271 - 2910744
Alignment:
Q  266 ttgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttccttggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgcc 365  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||| |||||   |  |||||  |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| | |||||    
T  2910271 ttgttagtgtaaagctttagctgcctcttcttctgtgcaataggttttccttgttctaacacatgttggatgtacgaggtagtgatgagatcaccatgcc 2910370  T
Q  366 ttttgtggaaagttagggtgaagcatcttaccacatc-gaa--agatcttcctgaagatgcttttcttcttggagctttgctatttgcagaccaccaaac 462  Q
    |||||| ||| |||||||| | | |||||| |||||| |||  || |||||||||| || ||| |    |||||  | |||| ||||||||||||||||     
T  2910371 ttttgtcgaaggttagggttaggtatcttatcacatccgaattaggtcttcctgaaaattcttgtgccgttggaattgtgctgtttgcagaccaccaaat 2910470  T
Q  463 tttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggacaagcggggattggctatcttccacaacttcggcttcaagtcgtttg 562  Q
    || |||||| || || |||||   |||||||||||||||||| |||| || || || ||| | |||||||||||| |||||||               ||    
T  2910471 ttcgactcctttaaaatcatcggtgatctcttcgttgtcgtctatgccaaagataaccggagtttggctatcttcgacaactt---------------tg 2910555  T
Q  563 gctcgtttactcgagttcgcaccaagatatgtttggatgattgtgtaagtttcgctttgtttgagacgctcgcccgatgattcattgaaagttatttgga 662  Q
    |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||  |||| || ||| | |||  |||| ||||||||     
T  2910556 gctctttcactcgagttagcaccaagatatgtttggatgactgtgtaagtttcactttgttcgaggggctctccagataactcaaagaaacttatttggc 2910655  T
Q  663 tgtaaggggacataagatctgcaaatttgtgtttgtagttttcaacaaacttacgaagatcagatgggcagaattgctcatacatggca 751  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||  | || |||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  2910656 tgtgaggggacataaggtctacaaatttgtgcgtttattttcgaacaaatctacgaagatcagaagggcagaattgctcatacaaggca 2910744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 2828979 - 2828815
Alignment:
Q  16 cacatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttcca 115  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  2828979 cacatcataattcatgaaattagcaatagctgatatcatcgtagattttccagttccaggaggaccaaaaagtagataaccacgtttccaagccttcccg 2828880  T
Q  116 actttagcataatactctttccctttcttgaatttaataagatcgtttatgatctcttctttctt 180  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||| | ||||| |||| |||||| ||||| || |||||||||||    
T  2828879 actttagtatagtactctttacctgttttgaacttaacaagatcatttataatttcttctttctt 2828815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 449 - 647
Target Start/End: Original strand, 2833731 - 2833929
Alignment:
Q  449 gcagaccaccaaactttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggacaagcggggattggctatcttccacaacttcgg 548  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| || || |||||||| |||||||| |||  |||||||||||  |||||||| |    
T  2833731 gcagtccaccaaactttgactccattgaactcatctatgatttcttcattatcatccatgcttaggacaagtgggttttggctatctttgacaacttcag 2833830  T
Q  549 cttcaagtcgtttggctcgtttactcgagttcgcaccaagatatgtttggatgattgtgtaagtttcgctttgtttgagacgctcgcccgatgattcat 647  Q
    ||| ||||| | | |||| ||     |||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || || ||| ||||||    
T  2833831 ctttaagtcttctagctctttgggatgagttatcactaagatatgtttggatgattttgtaagtttcactttgtttgagacgttcaccggataattcat 2833929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 288 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 2842053 - 2841525
Alignment:
Q  288 gcctattcttaaatataatagcctttccttggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttagggtgaa 387  Q
    |||||||||| | | | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  2842053 gcctattcttcattgttatagcctttccttgttccaaaacatgttgtatgtaagaggtagtgatgagttcacgatgccttttatggaaagttagggttaa 2841954  T
Q  388 gcatcttaccacatc-gaa--agatcttcctgaagatgcttttcttcttggagctttgctatttgcagaccaccaaactttgactccattgaactcatct 484  Q
    | |||||  | |||| |||  ||    |  |||| ||| || | ||||||  |   ||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2841953 gaatcttttctcatctgaactagggtatattgaaaatgattgtgttcttgaggtgatgtgatttgctgaccaccaaactttgacaccattgaactcatct 2841854  T
Q  485 tcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggacaagcggggattggctatcttccacaacttcggcttcaagtcgtttggctcgtttactcgagttcgcac 584  Q
      |||||||| |||||| |||||||| || ||||| ||   |||||||||||  | |||||| |||| ||||| | | |||| ||     ||||| ||||    
T  2841853 gtgatctcttggttgtcatccatgcttagaacaagtggattttggctatctttgataacttcagctttaagtcttctagctctttgtgaagagttagcac 2841754  T
Q  585 caagatatgtttggatgattgtgtaagtttcgctttgtttgagacgctcgcccgatgattcattgaaagttatttggatgtaaggggacataagatctgc 684  Q
     |||||||||||||||| ||||||| |||| | | |||||||||   || || |||   |||| ||| ||||||| |||||||||| |||| |  |  |     
T  2841753 taagatatgtttggatggttgtgtatgttttgttgtgtttgagattatctcctgatttctcatagaaggttattttgatgtaagggtacatgaagttggt 2841654  T
Q  685 aaatttgtgtttgtagttttcaacaaacttacgaagatcagatgggcagaattgctcatacatggcataaacaaacataaggctagccgcaattgagcct 784  Q
     ||||||||  |||| |||  || | |  |||||||  | | |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||   |||||||||    
T  2841653 gaatttgtgagtgtattttcgaagatatctacgaagtgctggtgggaagaatttctcatacatggcatatacaaacattatgctagccattattgagcct 2841554  T
Q  785 aattgtgacaatatttccccaattcccat 813  Q
    |  | |||| ||||||||| |||||||||    
T  2841553 aggtttgaccatatttccctaattcccat 2841525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 272 - 394
Target Start/End: Original strand, 2833551 - 2833673
Alignment:
Q  272 gtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttccttggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgt 371  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||    |||||||  |||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||  || |||||| |||| |    
T  2833551 gtgtaaagctttagttgcctattcttgctcataatagattttccttcatccaacacatgttgaatgtaagaggtagtgatgacttcacgatgctttttat 2833650  T
Q  372 ggaaagttagggtgaagcatctt 394  Q
    |||| |||||||| ||| |||||    
T  2833651 ggaaggttagggttaagaatctt 2833673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 2828712 - 2828594
Alignment:
Q  266 ttgttggtgtaaagctttagtcgcctattcttaaatataatagcctttccttggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgcc 365  Q
    |||||||| |||||||| ||   ||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||   |||||| || || ||||       
T  2828712 ttgttggtataaagcttaagcttcctattcttcaatgtaatagcctttccttgttctaacacatgttggatataagacctagtaataagctcacgatatt 2828613  T
Q  366 ttttgtggaaagttagggt 384  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  2828612 ttttgtggaaggttagggt 2828594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 304 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 14577778 - 14577701
Alignment:
Q  304 aatagcctttccttggtccaacacatgttgtatgtaagaggaagtaatgagatcgcgatgccttttgtggaaagttag 381  Q
    |||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| | || | |||||||||||| |||||    
T  14577778 aatagcttttccttcatccaacacatattgtatgtaagaggtagtgatgagaccacggtaccttttgtggaaggttag 14577701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 454 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 2828544 - 2828448
Alignment:
Q  454 ccaccaaactttgactccattgaactcatcttcgatctcttcgttgtcgtccatgctaaggacaagcggggattggctatcttccacaacttcggct 550  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||||||| || || || ||| |||||||||| || | ||| |||| ||| ||||||||||||    
T  2828544 ccaccaaattttgactccattgaatttatctatgatctcttcattatcatcaatggtaaggacaagtggagtttgactattttcgacaacttcggct 2828448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 1800904 - 1800792
Alignment:
Q  17 acatcgtagttcatgaaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaa 116  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| || |    
T  1800904 acatcatagttcatgaaattcgccatagcggctatcatagtagatttacctgttcctggaggaccataaagtaaataaccgcgtttccaagccttaccga 1800805  T
Q  117 ctttagcataata 129  Q
     ||| ||||||||    
T  1800804 tttttgcataata 1800792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 53395574 - 53395497
Alignment:
Q  32 aaatttgcaatagcagatatcatggtagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcc 109  Q
    ||||| || |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| | ||||||||||    
T  53395574 aaattagccatagcagcaatcatgctagattttccagttcctggaggaccataaagaagataacctcttttccaagcc 53395497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 8043880 - 8043817
Alignment:
Q  57 tagatttcccagttcctggtggaccatagagtagataaccccgtttccaagcctttccaacttt 120  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |  | |||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  8043880 tagatttcccagttcctggaggaccatacaacaaataaccacgtttccaagccctaccaacttt 8043817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University