View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16758_high_4 (Length: 663)

Name: NF16758_high_4
Description: NF16758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16758_high_4
NF16758_high_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-660)||(38726487-38727140)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 660
Target Start/End: Original strand, 38726487 - 38727140
Alignment:
Q  15 aatttcttcactggagggtagtgattgatcctaaggactgagtcactatgaacgtctttgataactttgcttagtgaggacttgtcagggacccacaatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38726487 aatttcttcactggagggtagtgattgatcctaaggactgagtcactatgaacgtctttgataactttgcttagtgaggacttgtcagggacccacaatc 38726586  T
Q  115 cttctgctgctagctcaagaatctcacatgttaattctttaactgcttctatataatcagtgacgatgcaactgcaagaaaattggaaggctaaaaacgt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38726587 cttctgctgctagctcaagaatctcacatgctaattctttaactgcttctatataatcagtgacgatgcaactgcaagaaaattggaaggccaaaaacgt 38726686  T
Q  215 tacacatagtcacaactattaactaacactactatttttgta----tctttgtgaaaacaatgcgtcttttctattatcaacgttgccaaatattagccg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38726687 tacacatagtcacaactattaactaacactactatttttgtatattttttttttaaaacaatgcgtcttttctattatcaacgttgccaaatattagccg 38726786  T
Q  311 gcaaagacacgtggcgggtcaaatcatttatactcatttcactttttaattattgaaatgacgaagaaaataaaggtttttcctatattcttgatttgat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38726787 gcaaagacacgtggcgggtcaaatcatttat-ctcatttcactttttaattattgaaat---gaagaaaataaaggtttttcctatattcttgatttgat 38726882  T
Q  411 tgtgctaatgaatactactcctagtacactattgaattgattggaacacgagtgagacatgcaatgagttattgattggtttaatttctttggggtcaaa 510  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38726883 tgtgctaatgaatacta---ctagttcactattgaattgattggaacacgagcgagacacgcaatgagttattgattggtttaatttctttgtggtcaaa 38726979  T
Q  511 gtgaatggaagatctttataaaaatacata------------aataataagcaaaatgaag---atgttgtcccaacaaatatccatccatatgcaagat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||            ||||| ||||||||| |||   |||||||| ||||||||    |||||||||| ||||    
T  38726980 gtgaatggaagatctttataaaaataaatataaataaataataataacaagcaaaatcaagatcatgttgtcacaacaaat----atccatatgcgagat 38727075  T
Q  596 attatgccaaaaataacctagtttgctgtggattactttgctatatatgttttttcatctcactc 660  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  38727076 attatgccaaaaataacctagttcgctgtggattactttgccatatatgttttttcagctcactc 38727140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University