View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16758_low_1 (Length: 718)

Name: NF16758_low_1
Description: NF16758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16758_low_1
NF16758_low_1
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (9-702)||(1547953-1548647)
chr4 (29-328)||(1552668-1552973)
chr4 (117-472)||(546897-547255)
chr4 (126-233)||(1524485-1524592)
chr4 (117-228)||(8187095-8187206)
chr4 (117-465)||(570335-570680)
chr4 (81-373)||(3438422-3438716)
chr4 (129-390)||(55908567-55908831)
chr4 (126-287)||(553472-553633)
chr4 (126-228)||(1513411-1513513)
chr4 (161-358)||(1600447-1600647)
chr4 (126-228)||(12121461-12121563)
chr4 (128-228)||(8184034-8184134)
chr4 (130-245)||(532186-532301)
chr4 (128-227)||(558493-558592)
chr4 (64-309)||(53761692-53761937)
chr4 (147-228)||(1519146-1519227)
chr4 (126-214)||(1508021-1508109)
chr4 (126-242)||(1537757-1537873)
chr4 (117-238)||(640899-641020)
chr4 (148-223)||(659726-659799)
chr4 (117-228)||(7307844-7307955)
chr4 (119-245)||(55505095-55505221)
chr4 (188-287)||(644885-644984)
chr4 (188-436)||(21834174-21834422)
chr4 (159-205)||(12116602-12116648)
chr4 (28-177)||(566084-566233)
chr4 (81-228)||(1489365-1489512)
chr4 (126-228)||(7225887-7225989)
chr4 (258-443)||(8186877-8187065)
chr4 (162-228)||(1545802-1545868)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (126-436)||(18315066-18315379)
chr8 (126-383)||(32151294-32151551)
chr8 (29-228)||(27922404-27922603)
chr8 (126-358)||(34936034-34936269)
chr8 (121-364)||(17636262-17636512)
chr8 (126-287)||(28246240-28246399)
chr8 (117-233)||(21235542-21235658)
chr8 (336-467)||(17627821-17627952)
chr8 (81-228)||(17628018-17628165)
chr8 (567-696)||(17635918-17636047)
chr8 (128-168)||(44736530-44736570)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (16-472)||(51113541-51113997)
chr3 (81-397)||(13470567-13470883)
chr3 (121-289)||(51120836-51121004)
chr3 (81-397)||(51764275-51764591)
chr3 (334-463)||(514494-514623)
chr3 (145-213)||(27005791-27005859)
chr3 (126-228)||(1657244-1657346)
chr3 (169-226)||(33714861-33714918)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (126-310)||(6432154-6432341)
chr6 (128-310)||(6402855-6403040)
chr6 (37-310)||(6394768-6395044)
chr6 (128-363)||(7119152-7119387)
chr6 (128-363)||(7131630-7131865)
chr6 (126-248)||(6409999-6410121)
chr6 (126-310)||(6415959-6416146)
chr6 (117-406)||(6426495-6426784)
chr6 (81-310)||(6585156-6585388)
chr6 (126-287)||(11936220-11936381)
chr6 (126-287)||(11948200-11948361)
chr6 (81-305)||(19632387-19632611)
chr6 (126-246)||(6423210-6423330)
chr6 (147-290)||(6589265-6589408)
chr6 (117-397)||(9411339-9411619)
chr6 (129-310)||(6594525-6594709)
chr6 (39-310)||(7994101-7994375)
chr6 (141-248)||(12102274-12102381)
chr6 (139-216)||(28935055-28935132)
chr6 (140-244)||(6596916-6597020)
chr6 (128-228)||(6603206-6603306)
chr6 (128-226)||(14802331-14802429)
chr6 (37-205)||(14818287-14818454)
chr6 (128-218)||(10579750-10579840)
chr6 (37-310)||(14820597-14820873)
chr6 (335-436)||(6432363-6432464)
chr6 (563-639)||(9411788-9411864)
chr6 (182-245)||(9410751-9410814)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (39-357)||(32267381-32267699)
chr5 (81-392)||(41889391-41889705)
chr5 (26-225)||(41901542-41901741)
chr5 (126-225)||(37937880-37937979)
chr5 (126-289)||(20478025-20478188)
chr5 (128-226)||(38267562-38267660)
chr5 (260-369)||(41901398-41901510)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (128-467)||(32785537-32785876)
chr2 (129-390)||(1037503-1037767)
chr2 (126-226)||(45245091-45245191)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (126-362)||(10614586-10614822)
chr7 (126-436)||(15091947-15092257)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (47-436)||(19468295-19468684)
chr1 (38-199)||(7554393-7554554)
chr1 (134-228)||(52082582-52082676)
chr1 (126-447)||(9586632-9586953)
chr1 (132-311)||(52092776-52092955)
chr1 (338-472)||(9581276-9581410)
chr1 (117-205)||(43634891-43634979)
chr1 (81-199)||(29718956-29719074)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (132-320)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (125-241)||(39176-39285)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (116-218)||(88822-88924)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (140-305)||(1388-1559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 1548647 - 1547953
Alignment:
Q  9 acatcatcatgcaattgaaaacaaccttccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttac 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548647 acatcatcatgcaattgaaaacaaccttccaaattaatttctctcagttgcgagcagttttcttctatatgtttcactcccttctctgtgatatttttac 1548548  T
Q  109 aacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccag 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548547 aacgtttttgtaacaagtgcaaaagcccacaacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccag 1548448  T
Q  209 tttgggaatttcaaagttcagtccaa-gtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaatacc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548447 tttgggaatttcaaagttcagtccaaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaatacc 1548348  T
Q  308 ttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548347 ttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattg 1548248  T
Q  408 tgagtcaaacagagtgactttaattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaagtctcaaaactatttccaaagttgtattccattctgatct 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1548247 tgagtcaaacagagtgactttaattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaagtctcaaaactattttcaaagttgtattccattctgatct 1548148  T
Q  508 cactaagtgaaggactgttcttaacgaggtcaaacaacattgaacattctcggggttcaaaataattggtaaaggataaagaccttaatgttagtgcctc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548147 cactaagtgaaggactgttcttaacgaggtcaaacaacatcgaacattcttggggttcaaaataattggtaaaggataaagaccttaatgttagtgcctc 1548048  T
Q  608 accgagagcagaagcaataccaacgttggttacttcaggacaccgaaatatgatggcttcttcaagacacttacaactcttgaacaagtgaaaaa 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  1548047 accgagagcagaagcaataccaacgttggttacttcaggacaccgaaatatgatggcttcttcaagacacttacaactgttaaacaagtgaaaaa 1547953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 29 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 1552973 - 1552668
Alignment:
Q  29 acaaccttccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttt---tacaacgttttagtaacaag 125  Q
    |||||||| |||||| || ||||| |||||| || | |||||| | | ||| |||||||||||||| |||| ||  |   ||||  ||| ||||||||      
T  1552973 acaacctttcaaattgatctctcttagttgcaagcaattttctccgacatgcttcactcccttctcggtgacataataattacattgttctagtaacagc 1552874  T
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1552873 tgcaaaagcccacgacaattctttgatatcacattgagtgtttcatcattaatatttgtatgtgacaaattcaacacttccagtttgggaatttcaaagt 1552774  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcactt---ttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 322  Q
    ||||||||||||||||| |||   | |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1552773 tcagtccaagtagcttcccttctataaaactatgggctaagttcaaatgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 1552674  T
Q  323 actgca 328  Q
    | ||||    
T  1552673 agtgca 1552668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 117 - 472
Target Start/End: Original strand, 546897 - 547255
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | | ||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  546897 agtaacaattccaaaagcccacaacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcattgacaattgtacgtgacaagttcaccacctccaatttaggaa 546996  T
Q  217 tttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtc 313  Q
     ||||||||||| ||||| ||| ||||||  ||||| |   | ||||||||| || || ||||||||||||   |||||||| ||||||||||  || ||    
T  546997 cttcaaagttcattccaaataggttcactactaaacaattggataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttc 547096  T
Q  314 tgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtc 413  Q
     ||||||  ||  |||| | | |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||| |||||||||||| || |||||| | || |    
T  547097 agatatgttacgacaataacttaaatcaagcagttgcaaattggggaacatggaaggaaacattttgatgctttcatctcttatgcatgaatttttagcc 547196  T
Q  414 aaacagagtgactttaattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaagtctc 472  Q
    |||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  547197 aaatggagagacttcaattgagggcttacaacaaaatccttgaaagaattagaattctc 547255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 126 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1524592 - 1524485
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  1524592 tgcaaaagcccacgacaactctgtgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacttgtacgtgacaaattcaacacctccaaattgggaacttcaaagt 1524493  T
Q  226 tcagtcca 233  Q
    ||| ||||    
T  1524492 tcattcca 1524485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 117 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8187206 - 8187095
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||  |||  ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8187206 agtaacaactgcaaaagcccacaacaactctttgaaattgcataaagtgttttatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggaaa 8187107  T
Q  217 tttcaaagttca 228  Q
    ||||||||||||    
T  8187106 tttcaaagttca 8187095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 117 - 465
Target Start/End: Original strand, 570335 - 570680
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||  ||| | |||||  | ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  570335 agtaacagttgcaaaagcccgcgacaactctttgaaatcagatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctcgagtttgagaa 570434  T
Q  217 tttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaataccttcgtctga 316  Q
     ||||||||||| |||| | || ||||||||| | |   ||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||   ||    
T  570435 cttcaaagttcaatccacgcagtttcacttttgagcagtgagctaagttcaaatgcctaagtttacaacatcttaaaacttgacaaatactatcg---ga 570531  T
Q  317 tatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaa 416  Q
    |||   | |||||| | | |||||||| |  ||||||||||||||||| |||| ||| |||   ||| ||||||| ||||| | || |||| |||||||     
T  570532 tatctgattgcaataacttaaatcaagtatctgcaaattggggaaaatagaagcaaacattaaaatgttttcatcacttaaccatgtattgcgagtcaag 570631  T
Q  417 cagagtgactttaattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattag 465  Q
     | || ||||| |||||| |  |||||||||  |||||  |||||||||    
T  570632 aatagagacttcaattgatggtttacaacaaattccattgaagaattag 570680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 81 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 3438716 - 3438422
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    |||||||||||| |||||| |  |||||||  ||  |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||  |    
T  3438716 ttcactcccttcactgtgacacctttacaaaattccagtaacagttgcaaaagcccacaacaactctttgagattacatggagtattt-atcatcaactc 3438618  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatctt 280  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| ||| | ||  |||||||||| | ||   |  ||||||  ||||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  3438617 ttgtatgtgacaagctcaatacctccaattttgaaacatcaaagttcattgcacacaaattcactcctaaacaaccagctaagttcaaatgtctaatctt 3438518  T
Q  281 acaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaa 373  Q
    |||||||   |||||||||| |  || ||||||||| ||||||     ||| |   ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  3438517 acaacatctccttaaaacttgaataacaccttcgtcagatatgtagtcgcattctctcacatcaagcagctgcaaattggggaaaatagaagaaaa 3438422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 129 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 55908831 - 55908567
Alignment:
Q  129 aaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| || |||||| |    
T  55908831 aaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagttta 55908732  T
Q  229 gtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccact 325  Q
     || |||||| |||||| || |||     ||||| ||||| ||||||| ||||||||||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||  |      
T  55908731 ttctaagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatg 55908632  T
Q  326 gcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcat 390  Q
    |||     |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| | | ||||| ||||||    
T  55908631 gcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 55908567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 126 - 287
Target Start/End: Original strand, 553472 - 553633
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  553472 tgcaaaagcccagaacaactctttgaaatcacattaagtgcttcatcatcaactcttgtaaatgacaagttcaacacctccagtttgagaactttaaagt 553571  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat 287  Q
    ||| |  | ||| ||||||| || |||  || | ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  553572 tcaatgtacgtaacttcactcttgaacagcgggttaagttcaaatgtctaatgttacaacat 553633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 126 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1513513 - 1513411
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  1513513 tgcaaaagcccacgacaacactttgagattacgtagagtgtttcatcatcaacatttgtaaatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagt 1513414  T
Q  226 tca 228  Q
    |||    
T  1513413 tca 1513411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 358
Target Start/End: Original strand, 1600447 - 1600647
Alignment:
Q  161 gagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagct 260  Q
    ||||| |||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||  | ||||||| | || |||   | |||    
T  1600447 gagtgcttcatcgtcaacccttgtatatgacaagttcaacacctccagtttaagaacttcaaagttcattcctcgcagcttcattattgaacactgggct 1600546  T
Q  261 aagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattgg 357  Q
    |||||||| |||||||| ||| || ||   |||||||||| |||||||||||| || ||||||  | ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  1600547 aagttcaaatgtctaattttagaaaatctccttaaaacttgacaaataccttcttcagatatgttaatgcaactgctcaaatcaagcagttgcaaattgg 1600646  T
Q  358 g 358  Q
    |    
T  1600647 g 1600647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 126 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 12121563 - 12121461
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| ||   ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  12121563 tgcaaaagcccacggcaacactttgagattacggagagtgtttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagt 12121464  T
Q  226 tca 228  Q
    |||    
T  12121463 tca 12121461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8184134 - 8184034
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  8184134 caaaagcccacaacaactctttgagattgcatagagtgctatatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttcggaacttcaaagttc 8184035  T
Q  228 a 228  Q
    |    
T  8184034 a 8184034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 130 - 245
Target Start/End: Original strand, 532186 - 532301
Alignment:
Q  130 aaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcag 229  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||  |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||     
T  532186 aaagctcacgacaattctttgaggtcacataaagcttttcatcatcaatgtttgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaagttcat 532285  T
Q  230 tccaagtagcttcact 245  Q
    ||||||||| ||||||    
T  532286 tccaagtagattcact 532301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 128 - 227
Target Start/End: Original strand, 558493 - 558592
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||   |||||||||||||||| | || |||| || ||||||||||    
T  558493 caaaagcccacgacaactctttgagatcacatggagtgcttcatcatcaatatatgttaatgacaagttcaacacccctaggttggcaacttcaaagttc 558592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 53761937 - 53761692
Alignment:
Q  64 agttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgag 163  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||| || |||| ||| | |||| |||| ||||| |  |||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||    
T  53761937 agttttcttccacatgtttcactcccttgtccgtgacattatcacaatgtttcagtaatat-tgcaaaagcccacgacaattcttcgagatcaca--gag 53761841  T
Q  164 tgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaag 263  Q
    ||||| ||| | ||   | |||  ||||||||||||| |||| || ||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||| || |||     ||||||    
T  53761840 tgttttatcgttaactttcgtaaatgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttcattccaattagcttcactcttgaacactcggctaag 53761741  T
Q  264 ttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaatacctt 309  Q
    ||||| || ||||| |||||||||   |||||||||| |||||||||||    
T  53761740 ttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 53761692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1519227 - 1519146
Alignment:
Q  147 tttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  1519227 tttgagatcacatagagtgcttattcatcaacccttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaagttca 1519146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 1508109 - 1508021
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggg 214  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||   |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  1508109 tgcaaaagcccacgacaacactttgagattacacacagtgtttcatcatcaacattggtatgtgacaagttcaacacttctagtttggg 1508021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 1537873 - 1537757
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||   |||||||  |||| || | |||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  1537873 tgcaaaagcccacgacaacactttgagattacacacagtgttttgtcattaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagt 1537774  T
Q  226 tcagtccaagtagcttc 242  Q
    ||| |||| | ||||||    
T  1537773 tcattccatgcagcttc 1537757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 117 - 238
Target Start/End: Original strand, 640899 - 641020
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    |||||||  |||||||| ||||| ||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||| | | || |    
T  640899 agtaacagatgcaaaagaccacggcaattctttgaggtcacgtagagtgtttcatcatcaacgtttgtatctgacaagttcaacacctccaatattggta 640998  T
Q  217 tttcaaagttcagtccaagtag 238  Q
     |||||| |||| |||||||||    
T  640999 gttcaaatttcattccaagtag 641020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 148 - 223
Target Start/End: Original strand, 659726 - 659799
Alignment:
Q  148 ttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaa 223  Q
    ||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  659726 ttgagatcacat--agtgtttcattattaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaa 659799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 228
Target Start/End: Original strand, 7307844 - 7307955
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||    ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  7307844 agtaacaggtgcaaaagcctacaacaactctttgagatcatacgtagtgcttcatcatcaacttctgtatatgacaagttcaatacctccaatttgggaa 7307943  T
Q  217 tttcaaagttca 228  Q
     || ||||||||    
T  7307944 ctttaaagttca 7307955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 55505221 - 55505095
Alignment:
Q  119 taacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatt 218  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||  |||||| |||| ||||   |||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |    
T  55505221 taacaaatgcaaaagtccacgacaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacacctctagttgggggact 55505122  T
Q  219 tcaaagttcagtccaagtagcttcact 245  Q
      |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  55505121 ctaaagttcattccaattaggttcact 55505095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 287
Target Start/End: Original strand, 644885 - 644984
Alignment:
Q  188 tgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat 287  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| | || |||  |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  644885 tgacaagtctaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtaagtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 644984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 21834422 - 21834174
Alignment:
Q  188 tgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat 287  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||| |  | | |||||||||||||  ||| ||  | ||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  21834422 tgacaagtccaacacctccagcttgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 21834323  T
Q  288 ---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatgg 384  Q
       ||||||||||| |||||||||   ||||||||     || ||  | ||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| ||| ||||      
T  21834322 ttccttaaaacttcgcaaatacct---tctgatatctgtgtggaagaagtcaaatcaagcagctgtaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattc 21834226  T
Q  385 tttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattgagg 436  Q
    |||||||  |||| | ||||||| |   |||| |||| ||||||||||||||    
T  21834225 tttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaaaagagagactttaattgagg 21834174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 12116648 - 12116602
Alignment:
Q  159 ttgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctc 205  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12116648 ttgagtgattcatcatcaacacttgtatgtgacaagttcaacacctc 12116602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 177
Target Start/End: Original strand, 566084 - 566233
Alignment:
Q  28 aacaaccttccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtg 127  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||| | | |||||||  | |  || ||||||||||||||||| | ||||| |  |  ||  ||| |||  ||    
T  566084 aacaaccctccaacttgatttctctcagttgtgtgcagttttccaccaggtgtttcactcccttctctgtaacattttgattatattgcagtgacagctg 566183  T
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaa 177  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  566184 caaaagcccacgacagtactttgagatcacatagagtgtttcatcatcaa 566233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1489512 - 1489365
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    ||||||||||||||||||| |||   ||| | ||  ||||| |  |||||||||||||| |||| | ||||||| |||   |||||||| |  | || |     
T  1489512 ttcactcccttctctgtgacattaaaacacccttccagtaagagttgcaaaagcccacggcaacacattgagattacacacagtgtttcgttgttaacat 1489413  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  1489412 ttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttca 1489365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7225989 - 7225887
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||||   |||  ||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| || | ||| ||||||||    
T  7225989 tgcaaaagtccacaacaactctttgatatcacacgaagtcctttgtcatcaactcttgtatgtgacaagttcaagacctccaattcgagaacttcaaagt 7225890  T
Q  226 tca 228  Q
    |||    
T  7225889 tca 7225887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 8187065 - 8186877
Alignment:
Q  258 gctaagttcaactgtctaatcttacaacatctt---aaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaat 354  Q
    ||||||||||| |  ||||||| |||||||||    ||||||| |||||||||||| || |||||| ||  ||||| | ||||||||||||  |||||||    
T  8187065 gctaagttcaaatccctaatctcacaacatctcttcaaaacttgacaaataccttcttcagatatgtcatagcaatgactcaaatcaagcaactgcaaat 8186966  T
Q  355 tggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattgaggtcttaca 443  Q
    ||||||| |  ||||| || |||| || | ||||||  ||||| |   |||||| | |||||| ||| ||||| | |||||||||||||    
T  8186965 tggggaataaggaagataacatttcgaggttttcattacttaaccaacaattgtaaatcaaactgagagacttcagttgaggtcttaca 8186877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 228
Target Start/End: Original strand, 1545802 - 1545868
Alignment:
Q  162 agtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    ||||||||||||||||  ||||||    |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  1545802 agtgtttcatcatcaactcttgtaaacaacaagttcaacacctccagtttaggaactttaaagttca 1545868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 126 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 18315379 - 18315066
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  18315379 tgcaaaagcctacgacaactctttgagatcacatagagtgcttcatcatcaacttttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaactttaaagt 18315280  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatct---tacaacatcttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 322  Q
    ||| |||| ||||||||| | || ||  ||||||||||||||||||||||||||    ||||| || |||||||| |||||||||||| || | ||||      
T  18315279 tcattccacgtagcttcattcttgaatcacgagctaagttcaactgtctaatctcagaacaacttcgtaaaacttgacaaataccttcttcaggtatgtt 18315180  T
Q  323 actgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagt 422  Q
    |  ||| |   ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||  ||| |||| |||     
T  18315179 atcgcagtagctcaaatcaagcaactgcaaattggggaaaatggaagaaaatattttgatgctttcctctcttaaccatgaattgcaagtaaaacggaga 18315080  T
Q  423 gactttaattgagg 436  Q
    ||||||||||||||    
T  18315079 gactttaattgagg 18315066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 126 - 383
Target Start/End: Original strand, 32151294 - 32151551
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||||||| |||| || ||| ||||    
T  32151294 tgcaaaagcccactacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaaccttgtacatgacaagtttaacacctccagattggaaacttcgaagt 32151393  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccact 325  Q
    ||| |||| | |||||||| | |||||  |  |  || ||||| || ||||||| | | ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||  |      
T  32151394 tcattccacgcagcttcacatgtaaacagccggtgaaattcaaatgcctaatctcagagcatcttaaaacttgacaaattccttcttcagatatgttatg 32151493  T
Q  326 gcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatg 383  Q
    ||||    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  32151494 gcaacacctcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagcaaacattttgatg 32151551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 29 - 228
Target Start/End: Original strand, 27922404 - 27922603
Alignment:
Q  29 acaaccttccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgc 128  Q
    |||||| |||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| | | ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||  ||  ||| |||| | |    
T  27922404 acaaccatccaaactaatctttctcagttgagtgcagttttctaccacatggttcactcccttctttgtgaaatcattacaattttcaagtgacaatttc 27922503  T
Q  129 aaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  27922504 aaaagcccacaacaactctttgagatcatataaagtgcttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttca 27922603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 126 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 34936269 - 34936034
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||     
T  34936269 tgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaagtccaacacctctagttttggaacatcaaaga 34936170  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 322  Q
    ||| ||   | || ||||||||| ||| |   || |||| ||| |||||||| | |||||||   |||||||| | | |||||||||  |  ||||||||    
T  34936169 tcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgcc 34936070  T
Q  323 actgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggg 358  Q
    ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||    
T  34936069 actgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattggg 34936034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 121 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 17636512 - 17636262
Alignment:
Q  121 acaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttc 220  Q
    |||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  17636512 acaattgcaaaagtctaagacaactctttgagatcacatacaatgcttcatcgtcaactcctgtttgtgacaagttcaacacctccaatttgggaacttc 17636413  T
Q  221 aaagttca----gtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtc 313  Q
    ||||||||     || | |||| |||||| || |||  ||  |||||||||| || ||||| ||| |||||   |||||||||| |||||||||||  ||    
T  17636412 aaagttcattcgatcgatgtagtttcactcttgaacatcggcctaagttcaaatgcctaatattagaacatccccttaaaacttgacaaatacctttctc 17636313  T
Q  314 tgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaat 364  Q
    ||||||   | ||||||     ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17636312 tgatattttattgcaatctcgtaaatcaagcagctgcaaattggggaaaat 17636262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 126 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 28246399 - 28246240
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||  || ||||| || ||  ||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246399 tgcaaaagcccgctacaactctttgagatccaatagagtgatttat--tcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagt 28246302  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat 287  Q
    ||| |  | ||||||||| | || ||| ||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  28246301 tcaatgtatgtagcttcagtcttgaacaacgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 28246240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 117 - 233
Target Start/End: Original strand, 21235542 - 21235658
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| |||| || ||||  ||| | |||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21235542 agtaacagttgcaaaagcctgcgacagctctttgaaatcaaatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaa 21235641  T
Q  217 tttcaaagttcagtcca 233  Q
     ||||||||||| ||||    
T  21235642 cttcaaagttcactcca 21235658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 17627952 - 17627821
Alignment:
Q  336 aaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattgag 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||| | ||    |||||||  || |||| |||| || ||||||||||    
T  17627952 aaatcaagcagttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattttgatgttttcatcgcatagcaatgaattgaaagccaaatagagagattttaattgag 17627853  T
Q  436 gtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaa 467  Q
    | |||||||| |  ||||  ||||||||||||    
T  17627852 ggcttacaacgaaatccaccaaagaattagaa 17627821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 17628165 - 17628018
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    ||||||||||| ||||||| |  |||||||  || |||||| |  | ||| ||||||  |||| ||||||||||||||  ||||| || ||||||||  |    
T  17628165 ttcactcccttgtctgtgacacctttacaaaattctagtaatagtttcaagagcccaaaacaattctttgagatcacacggagtgctttatcatcaactc 17628066  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||    
T  17628065 tagtatgtgacaagttcaacacctccaatttagaaagtttaaagttca 17628018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 567 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 17636047 - 17635918
Alignment:
Q  567 aaataattggtaaaggataaagaccttaatgttagtgcctcaccgagagcagaagcaataccaacgttggttacttcaggacaccgaaatatgatggctt 666  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||  ||||   |||||||| ||||||||  | ||||||| ||   ||||    |||||||||||||    
T  17636047 aaataactggtaaatgataaagacctcaatgtttgtctctcaagaagagcagaggcaataccggcattggttatttgttgacaattcaatatgatggctt 17635948  T
Q  667 cttcaagacacttacaactcttgaacaagt 696  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  17635947 cttcaagaaacttccaattcttgaacaagt 17635918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 168
Target Start/End: Original strand, 44736530 - 44736570
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgttt 168  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44736530 caaaagcccacaacaactctttgagatcacaatgagtgttt 44736570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 51113997 - 51113541
Alignment:
Q  16 catgcaattgaaaacaaccttccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttt 115  Q
    |||||| || ||||||||| |  |||||||| ||||| ||||  | | | |||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||  | ||||  |||    
T  51113997 catgcactttaaaacaaccctttaaattaatctctcttagttttgtgcatttttctaccacatgcttcactcccttctctgtgacatggtaacaattttt 51113898  T
Q  116 tagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggga 215  Q
     |||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  51113897 cagtaacagttgcaaaagcccacaacaactcttcgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccattgtatttgacaagtctaacacctccagtttggga 51113798  T
Q  216 atttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatc---ttaaaacttcacaaataccttcgt 312  Q
      ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||    |||||| ||||| || ||||| ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||     
T  51113797 gcttcaaagttcattccaagtagcttcagttttgaacagtaagctaatttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaataccttcg- 51113699  T
Q  313 ctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagt 412  Q
      |||||  ||  ||||| | | |||||||| || |||| |||||||||||| |||| ||  ||| ||||| | ||||||||||| | || |||||||      
T  51113698 --gatatctcatagcaatgagttaaatcaagaagctgcagattggggaaaatggaagcaatcattatgatgctctcatctcttaaccatggattgtgatc 51113601  T
Q  413 caaacagagtgactttaattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaagtctc 472  Q
    |||   ||| ||||||||||| |||||||||||||   |||| |||||||||||| ||||    
T  51113600 caactggagagactttaattgcggtcttacaacaaaacccatcaaagaattagaattctc 51113541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 81 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 13470883 - 13470567
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    ||||||||||  ||||||| ||| | |||| |||  ||||| |  ||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||||| ||       
T  13470883 ttcactccctcttctgtgacattatgacaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgttttatcattaacct 13470784  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatctt 280  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||  || |   ||||||||||| || ||||||||    
T  13470783 ttgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaaagttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatctt 13470684  T
Q  281 acaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatatt 377  Q
    |||||||   |||||||||| ||||||||||   | ||||| |  | |||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||    
T  13470683 acaacatatccttaaaacttgacaaatacct---tttgataagagattgcaacaattcaaatcaagcagctgcaaattggggaaattggaagcaaacatt 13470587  T
Q  378 ttgatggtttcatctcttaa 397  Q
     |||||  |||||| |||||    
T  13470586 atgatgccttcatcacttaa 13470567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 121 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 51121004 - 51120836
Alignment:
Q  121 acaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttc 220  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  51121004 acaattgcaaaagcccacgacaactctttgagattacatatagtttttcatcatcaactcttgtatgcgacaagttcaacacctccaatttgagaacttc 51120905  T
Q  221 aaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct 289  Q
    |||||||| |||| | || |||||| || ||| ||  |  |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  51120904 aaagttcattccatgcagtttcactcttgaacaaccggtgaagttcaagtgtctaatgttacaacatct 51120836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 81 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 51764591 - 51764275
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| | |||| |||  ||||| |  ||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||       
T  51764591 ttcactcccttctccttgacattatcacaatgttccagtaatagttgcaaaagcccgcaacaattctttgagatcgcatagagtgttttatcatcaactt 51764492  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaac-tacgagctaagttcaactgtctaatct 279  Q
    |||||  ||||||||  ||||||||||| || |||| | ||||||||| |||||||||||||||| || ||| | || | || |||||| || |||||||    
T  51764491 ttgtaaatgacaagtctaacacctccagcttcggaactgcaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacattcg-gataggttcaaatgcctaatct 51764393  T
Q  280 tacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatat 376  Q
    || |||||   |||||||||||||| | ||||   |  ||||||| | |||||  | | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  51764392 tagaacatctccttaaaacttcacagacacct---ttagatatgcgattgcaagaattaaaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggaagcaaacat 51764296  T
Q  377 tttgatggtttcatctcttaa 397  Q
    | ||||| ||||||| |||||    
T  51764295 tatgatgctttcatcacttaa 51764275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 514623 - 514494
Alignment:
Q  334 tcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattg 433  Q
    |||||||||  || |||||||| |||||||| |||| ||| ||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||||||    
T  514623 tcaaatcaattagctgcaaattcgggaaaattgaagcaaacattataaggttttcatctcttaagcatgaattgtgagccaaatagagagattttaattg 514524  T
Q  434 aggtcttacaacaaggtccatgaaagaatt 463  Q
    |||  | ||||||| |||||  ||||||||    
T  514523 agggttcacaacaaagtccaacaaagaatt 514494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27005859 - 27005791
Alignment:
Q  145 tctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgg 213  Q
    |||||||||| ||||  ||||||  || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27005859 tctttgagattacataaagtgttgtattatcaattcttgtatgtgacaagttcaagacctccagtttgg 27005791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 228
Target Start/End: Original strand, 1657244 - 1657346
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||  || ||||| |  ||  ||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1657244 tgcaaaagcccgctgcaactctttgagatccaatagagtgatatattgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagt 1657343  T
Q  226 tca 228  Q
    |||    
T  1657344 tca 1657346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33714918 - 33714861
Alignment:
Q  169 catcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagtt 226  Q
    |||||||||| ||||  | ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  33714918 catcatcaattcttgagtttgacaagttcagcacctccagtttggaaacttcaaagtt 33714861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 126 - 310
Target Start/End: Original strand, 6432154 - 6432341
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||| |||||||| |||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  6432154 tgcagaagcccacaacaattctttaagatcacataaagtgtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagt 6432253  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| || |   ||||||||||| ||| |||  |||||||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  6432254 tcattccatgtagcttcacttttatacaataggctaagttcaaatgtttaagtttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 6432341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 128 - 310
Target Start/End: Original strand, 6402855 - 6403040
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||| || |||| ||||| | |||||||     
T  6402855 caaaagcccactacaattctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacttctagttggggaactgcaaagttt 6402954  T
Q  228 agtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
    | |||||||||||||||| || |||  | || ||||||||| || ||||| |||||||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  6402955 attccaagtagcttcactcttgaacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 6403040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 310
Target Start/End: Original strand, 6394768 - 6395044
Alignment:
Q  37 ccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagccc 136  Q
    |||||||||| ||||||| ||| | | |||||||| | | ||| | ||| ||||| ||||||| ||||||||||   |  |||   || |||||||||||    
T  6394768 ccaaattaatctctctcaattgtgtgcagttttctaccacatgttccacacccttttctgtgacatttttacaattatcaagttgtaattgcaaaagccc 6394867  T
Q  137 acgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagt 236  Q
    || |||| ||||||||||||||   || |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||| |||| ||    
T  6394868 acaacaattctttgagatcacagaaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgt 6394967  T
Q  237 agcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
    || ||||||||| |||    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||    ||||||||| ||||||||||||    
T  6394968 agtttcacttttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttctttaaaacttgacaaataccttc 6395044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 128 - 363
Target Start/End: Original strand, 7119152 - 7119387
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    ||||||||| | |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||| | | |||   ||||||||    
T  7119152 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggtgaacaacaaagttc 7119251  T
Q  228 agtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccac 324  Q
    | |||||||||||||||| || |||   | ||||||||||| ||| |||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||||  |     
T  7119252 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca---gatatgttat 7119348  T
Q  325 tgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaa 363  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7119349 tgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaa 7119387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 128 - 363
Target Start/End: Original strand, 7131630 - 7131865
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    ||||||||| | |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||| | | |||   ||||||||    
T  7131630 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggcgaacaacaaagttc 7131729  T
Q  228 agtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccac 324  Q
    | |||||||||||||||| || |||   | ||||||||||| ||| |||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||||  |     
T  7131730 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca---gatatgttat 7131826  T
Q  325 tgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaa 363  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7131827 tgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaa 7131865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 126 - 248
Target Start/End: Original strand, 6409999 - 6410121
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  6409999 tgcaaaagccgacaacaattctttgagatcacataaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgactagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagt 6410098  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcactttt 248  Q
    ||| |||| ||||||||||||||    
T  6410099 tcattccatgtagcttcactttt 6410121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 126 - 310
Target Start/End: Original strand, 6415959 - 6416146
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  6415959 tgcaaaagcccgctacaattctttgagatcacatagagagttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccaggttgggaactacaaagt 6416058  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
     || |||| ||||||||||||||  || |   ||||||||||| || | |||||||||||||    ||||||||| ||||||||||||    
T  6416059 ccattccatgtagcttcacttttttacaaaaggctaagttcaaatgcccaatcttacaacatatctttaaaacttgacaaataccttc 6416146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 117 - 406
Target Start/End: Original strand, 6426495 - 6426784
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    ||||| || ||||||| || || |||| ||||||||||| |||  |  |||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||    
T  6426495 agtaataattgcaaaatccgacaacaattctttgagatcgcataaaaagtttcatcatcaatgcttgtgtttgacaaattcaacacctccagctcgggaa 6426594  T
Q  217 tttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtc 313  Q
     | ||||||||| |||| |||| ||||| ||| |||    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||   ||    
T  6426595 ctgcaaagttcattccatgtagtttcacgtttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaacttcacaaatacct---tc 6426691  T
Q  314 tgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaatt 406  Q
     |||||  ||| ||||    |||||||||| || || |||||||||||||| |||| | | ||| ||||| ||||||| ||||| | ||||||    
T  6426692 agatatttcacggcaaaccttcaaatcaagtagctgtaaattggggaaaatggaagcatacattatgatgatttcatcacttaaccatgaatt 6426784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 6585388 - 6585156
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| |  | ||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       
T  6585388 ttcagtcccttctctgtgacattttcacaacctttcagtaatagttccaaaagcgcagaacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaacct 6585289  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatctt 280  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||  | || || |  |||||| | |||||||||||||||| || |||  | ||  |||||||| || ||||| ||    
T  6585288 ttgtatctgacaagttcaatacctccaactgggtaactaaaaagtttattccaagtagcttcactcttgaacacccagtaaagttcaaatgcctaatatt 6585189  T
Q  281 acaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
    | |||||   |||||||| | ||||||||||||    
T  6585188 aaaacatctccttaaaacatgacaaataccttc 6585156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 126 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 11936381 - 11936220
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| || ||| ||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936381 tgcaaaagcccactacaactctttgagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagt 11936282  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat 287  Q
    ||| |  | ||||||||| | || |||  |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  11936281 tcaatgtacgtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 11936220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 126 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 11948361 - 11948200
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| || ||| ||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948361 tgcaaaagcccactacaactctttgagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagt 11948262  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat 287  Q
    ||| |  | ||||||||| | || |||  |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  11948261 tcaatgtacgtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 11948200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 81 - 305
Target Start/End: Original strand, 19632387 - 19632611
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||  ||| ||||| |  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||   |||   ||||||||||       
T  19632387 ttcactcccttctctgtgatattagcacaatttttcagtaagagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatcacaaaaagttgctcatcatcaacct 19632486  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatctt 280  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||| || ||||||| |  |||||| | ||||||||| || ||| || |||  |||| ||||||||| ||  | |||||    
T  19632487 ttgtatacgacaagtccaacacctctagcttgggaactagaaagtttattccaagtaggttaactattgaacatcgagttaagttcaaatgcgttatctt 19632586  T
Q  281 acaacatcttaaaacttcacaaata 305  Q
    ||||||||||||||||| |||||||    
T  19632587 acaacatcttaaaacttgacaaata 19632611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 126 - 246
Target Start/End: Original strand, 6423210 - 6423330
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||   ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  6423210 tgcaaaatcccacaacaactctttgagatcgcatagagtgttttatcgctaactcttgtatttgacaagttcaacacctccagcttgggaacttaaaagt 6423309  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcactt 246  Q
    ||| | || ||||||||||||    
T  6423310 tcattgcacgtagcttcactt 6423330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 6589408 - 6589265
Alignment:
Q  147 tttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcactt 246  Q
    |||||||||| ||  ||||||| ||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  6589408 tttgagatcagatatagtgttttatcattaacatttgtatttgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttcattccaagtagcttcactt 6589309  T
Q  247 ttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatctt 290  Q
    |   ||     ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6589308 tcttacagaaggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatctt 6589265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 117 - 397
Target Start/End: Original strand, 9411339 - 9411619
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||   || || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9411339 agtaacagttgcaaaagtccacgacaattctttgagatctcatagagtatttcatcgaaaacacctgtatatgacaagttcaacacctccagcttgggaa 9411438  T
Q  217 tttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtc 313  Q
      |||||||||| ||||   ||| ||||     || ||| ||||| |||||| |||||||| |||| ||||   |||||||| |   ||||||||||||     
T  9411439 cctcaaagttcaatccatcgagcgtcac---acaagtacaagctaggttcaaatgtctaatgttaccacatctccttaaaacctgcaaaataccttcgtt 9411535  T
Q  314 tgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaa 397  Q
     ||||||  ||  ||     ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||  |||||||| ||| |||||||||    
T  9411536 agatatgttacaacatccgctcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggaagcaaaccttttgatgtttttatctcttaa 9411619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 129 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 6594709 - 6594525
Alignment:
Q  129 aaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||| |    
T  6594709 aaaagcccacaacaattctttgagatcacacgtagtgtctcatcatcaacctctgtatttgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagttta 6594610  T
Q  229 gtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
     |||| ||||||||||| || |||  |  | ||||| ||| ||| |||||||| |||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  6594609 ttccatgtagcttcactcttgaacacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacatctccttaaaacttgacaaataccttc 6594525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 7994375 - 7994101
Alignment:
Q  39 aaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccac 138  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| | |||||||| | | ||| |||||||||| ||| || | ||  |||||| |||  ||||| |  |||||||| |||     
T  7994375 aaataaatctctttcagttgcgtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctcggtaacatcattacaaagttcaagtaatagttgcaaaagtccag 7994276  T
Q  139 gacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtag 238  Q
     |||| |||||||||||||||  |||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||| || || |||| | ||||||||| ||| |||||    
T  7994275 aacaattctttgagatcacatatagtgtttcgtcattaacccttgtatttgacatgttcaacacctctagcttcggaactacaaagttcattcctagtag 7994176  T
Q  239 cttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
    ||||||| ||  || |   |||| |||||| || || ||||||||||||   |||||||| | ||||||||||||    
T  7994175 cttcactcttgtacaatcggctatgttcaaatgcctgatcttacaacatttccttaaaacgtaacaaataccttc 7994101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 141 - 248
Target Start/End: Original strand, 12102274 - 12102381
Alignment:
Q  141 caactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagct 240  Q
    ||||||||||| |||| || ||||  ||| | |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | || |    
T  12102274 caactctttgaaatcagatagagttcttcgttatcaactcatgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatccatgcagtt 12102373  T
Q  241 tcactttt 248  Q
    ||||||||    
T  12102374 tcactttt 12102381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 139 - 216
Target Start/End: Original strand, 28935055 - 28935132
Alignment:
Q  139 gacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaa 216  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  28935055 gacaactctttgaaatcacactgagtgcttcatcgtcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctcgagttggggaa 28935132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 140 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 6597020 - 6596916
Alignment:
Q  140 acaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagc 239  Q
    |||| ||||||||||  | | ||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||| ||    
T  6597020 acaattctttgagatagcgtagagtgtttcatcatcaacatttgtacttgacaagttcaacacctccagctggggaatttcaaagtttatttcaagtcgc 6596921  T
Q  240 ttcac 244  Q
    |||||    
T  6596920 ttcac 6596916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 6603306 - 6603206
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||  || ||||||| | ||||||||    
T  6603306 caaaagcccaggacaactctttgagatcgcatagactgtttcatcatcaacacctgtatctgccaagtccaacacctgtagcttgggaagtacaaagttc 6603207  T
Q  228 a 228  Q
    |    
T  6603206 a 6603206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 226
Target Start/End: Original strand, 14802331 - 14802429
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagtt 226  Q
    |||||| |||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||   |||||| |||||| |||||||| ||||  ||||||| |||||||||    
T  14802331 caaaagaccacaacaattctttgaaatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatttgacaaattcaacacttccatcttgggaacttcaaagtt 14802429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 37 - 205
Target Start/End: Original strand, 14818287 - 14818454
Alignment:
Q  37 ccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagccc 136  Q
    ||||||||||| ||||||| || | | |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||  ||  ||||| ||  ||||||||||    
T  14818287 ccaaattaatt-ctctcagctgtgtgcagttttctactacatgtttcacacccttctctgtgacattattacaattttcaagtaataatcgcaaaagccc 14818385  T
Q  137 acgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctc 205  Q
    |  |||| |||| ||||||| ||  |||||||||| |||||   |||||| ||| ||||||||||||||    
T  14818386 agaacaattcttggagatcatataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctc 14818454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10579840 - 10579750
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatt 218  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||  || |||||||| ||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  10579840 caaaagccgacaacaattctttgagatcgaatagagtgttttatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaatt 10579750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 310
Target Start/End: Original strand, 14820597 - 14820873
Alignment:
Q  37 ccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagccc 136  Q
    |||||||||| |||||||| || | | |||||| | | | ||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||   ||  ||||| ||  ||||||||||    
T  14820597 ccaaattaatctctctcagctgtgtgcagttttttaccacatgtttcacacccttctctgtgacatcattacatttttcaagtaataatcgcaaaagccc 14820696  T
Q  137 acgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagt 236  Q
    || |||| |||| ||||||| ||  |||||||||| |||||   |||||| ||| |||||||||||||| |  ||||||| | ||||||| | |||| ||    
T  14820697 acaacaattcttggagatcatataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgggaactgcaaagttaattccatgt 14820796  T
Q  237 agcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 310  Q
    || ||||||  | ||| |    |||||||||| ||| ||| ||||||||||   |||||| ||| ||||||||||||    
T  14820797 agtttcactcctgaacaaaattctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaccttgacaaataccttc 14820873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 436
Target Start/End: Original strand, 6432363 - 6432464
Alignment:
Q  335 caaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattga 434  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||  ||||||  ||||| | ||||||||||  |||| |||| |||||||| |||    
T  6432363 caaatcaagatgttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatcctttcattccttaaccatgaattgtgacccaaatagagagactttaactga 6432462  T
Q  435 gg 436  Q
    ||    
T  6432463 gg 6432464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 563 - 639
Target Start/End: Original strand, 9411788 - 9411864
Alignment:
Q  563 ttcaaaataattggtaaaggataaagaccttaatgttagtgcctcaccgagagcagaagcaataccaacgttggtta 639  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| ||  ||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  9411788 ttcaaaataattagtaaaggacaaagacctcaaggttggtctctcacagagagcagaaacaatgccaactttggtta 9411864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 245
Target Start/End: Original strand, 9410751 - 9410814
Alignment:
Q  182 tgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcact 245  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||||||||||| ||||| || |||||||    
T  9410751 tgtatgtgacaaattcaacacctccaacttgggagcttcaaagttcaatccaattaacttcact 9410814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 32267381 - 32267699
Alignment:
Q  39 aaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccac 138  Q
    |||||||| | ||| ||||||| | |||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||| ||| |||| | |||||||||||    
T  32267381 aaattaatctttctaagttgcgtgcagttttctactacatgcttcactcccttctttgtgatatcattacaatttttaagtgacaatttcaaaagcccac 32267480  T
Q  139 gacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtag 238  Q
     ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||   |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| | |   |||    
T  32267481 aacaactctttgagatcatataaagtgcttcatcatcaactattgtttgtgacaagttcaatacctccaatttgggaacttcaaagttcatttc---tag 32267577  T
Q  239 cttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatc 335  Q
     |||||| || |||   | | ||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||| || |   |||||||| || ||||||| ||  |||||  ||    
T  32267578 tttcactgttgaacactgggataagttcaaatgtctaatgttacaacatatccttaaaaattgaacgataccttcttcagatatgcgacaacaattgctc 32267677  T
Q  336 aaatcaagcagttgcaaattgg 357  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  32267678 aaatcaagcagctgcaaattgg 32267699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 81 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41889705 - 41889391
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  | ||||  ||| |||||||| | | ||||||| | ||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||       
T  41889705 ttcactcccttctttgtgacatcataacaatttttaagtaacaatttcgaaagcccgcaacaactctttgagatcttataaagtgtttcatcatcaactt 41889606  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatctt 280  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| | |||||||||||||| || |||  |  | ||||||||| | |||||| ||    
T  41889605 ttgtatatgataagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcatttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatatctaatgtt 41889506  T
Q  281 acaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatatt 377  Q
    |||||||   |||||||||| |  ||||||||| ||  |||||| ||  |||||  |||||||||| || |||||||| |||||||| |||| ||| |||    
T  41889505 acaacatatccttaaaacttgagtaataccttcatcaaatatgcgacaacaattgctcaaatcaagtagctgcaaattagggaaaatggaagcaaacatt 41889406  T
Q  378 ttgatggtttcatct 392  Q
     |||||  |||||||    
T  41889405 atgatgtcttcatct 41889391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 41901741 - 41901542
Alignment:
Q  26 aaaacaaccttccaaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaag 125  Q
    ||||||||| | |||| |||| | ||||| |||||   |||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||| ||  ||||||  ||  ||| ||||     
T  41901741 aaaacaaccattcaaactaatctttctcaattgcgtacagttttctaccacatgcttcactcccttctttgtgacatcattacaatcttgaagtgacaat 41901642  T
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    | |||||| |||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41901641 ttcaaaagtccacaacaactctttgagatcatataaagtgcttcatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagt 41901542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 126 - 225
Target Start/End: Original strand, 37937880 - 37937979
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  37937880 tgcaaaagcccacgacacatctttgagattacatagagtgtttgatcatcaattcttgtatgtgtcaagtccaacacctcaaggttgggaacttcaaagt 37937979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 126 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 20478188 - 20478025
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||||   | |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||    
T  20478188 tgcaaaagcccacaacaattccttgagatcacagataatgtttcgtcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaacgt 20478089  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct 289  Q
    | | ||||||||||||| || ||  ||  | |||||||||||| || || | ||||||||||||    
T  20478088 ttattccaagtagcttcgctcttcgacatccagctaagttcaaatgccttaacttacaacatct 20478025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 128 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38267660 - 38267562
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagtt 226  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||| |||| |||||| ||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  38267660 caaaagcccacggcacgtctttgagattacatagagtgtgtcatcatcaactcttgtatgtgtcaagtccaacacctcaaggttgggaacttcaaagtt 38267562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 41901510 - 41901398
Alignment:
Q  260 taagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattg 356  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||    |||||||||| |  ||||||||| ||  |||||| ||  |||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  41901510 taagttcaaatgtctaatgttacaacacatccttaaaacttgaacaataccttcttcaaatatgcgacaacaattgctcaaatcaagcagctgcaaattg 41901411  T
Q  357 gggaaaatcgaag 369  Q
    |||||||| ||||    
T  41901410 gggaaaatggaag 41901398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 9e-35; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 128 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 32785876 - 32785537
Alignment:
Q  128 caaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttc 227  Q
    |||||||||| || ||||  ||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||    
T  32785876 caaaagcccatgaaaacttattgagatcacataaagtgcttcatcatcaattcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggagctttaaagttc 32785777  T
Q  228 agtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgc 327  Q
    | || | |  |||  | | || ||    |  | || ||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| || ||||||  |  ||    
T  32785776 attcgacggtgctcgattcttgaaaagtggtccaaattcaaatgtctaatcttagaacatcttaaaaattgacaaataccttcttcagatatgttatagc 32785677  T
Q  328 aattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactt 427  Q
    |||   |||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||||||| |   ||||| ||| ||||  |||  ||||    
T  32785676 aatagctcaaatcaagtagttgcaaattggaaaaaatagaagaaaacatcctgatgctttcatctcttaaccaataattgcgagccaaatggagaaactt 32785577  T
Q  428 taattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaa 467  Q
    |||||||||  |||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  32785576 taattgagggattacaacaaaatccatcaaagaattagaa 32785537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 129 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 1037767 - 1037503
Alignment:
Q  129 aaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| || |||||| |    
T  1037767 aaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagttta 1037668  T
Q  229 gtccaagtagcttcacttttaaactacga-gctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccac 324  Q
     || |||||| |||||| || || ||  | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||| || ||||||  |     
T  1037667 ttctaagtagtttcactcttgaa-tagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcacaaataccttcttcagatatgttat 1037569  T
Q  325 tgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcat 390  Q
     |||     |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| | | ||||| ||||||    
T  1037568 ggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 1037503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 126 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 45245191 - 45245091
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| | |||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  45245191 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccattgtctctgacaaattcaacacctcaagttttggaacttcaaagt 45245092  T
Q  226 t 226  Q
    |    
T  45245091 t 45245091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 126 - 362
Target Start/End: Original strand, 10614586 - 10614822
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||| |||  |||| |||||||||| |||||||| ||||| ||   | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||   ||| ||    
T  10614586 tgcaaaagcccactacagttcttcgagatcacatagagtgttttatcattaaccttcgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaacgt 10614685  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 322  Q
    ||| |||||||||||||||||||  || |   ||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||| |   ||| |      
T  10614686 tcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttcat---ataagag 10614782  T
Q  323 actgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaa 362  Q
    | |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10614783 attgcaacgattcaaatcaagcagttgcaaattggggaaa 10614822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 126 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 15092257 - 15091947
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||   |||| | |||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||    
T  15092257 tgcaaaagcccacaacaattctttgagatcgcatagagtgttttatcattaacctttgtttctgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagt 15092158  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 322  Q
    ||| |||| |||| |||||  ||||||  | || ||||||||| ||| ||| |||| |||||   |||||||||| | ||||||||   |  ||||||      
T  15092157 tcattccatgtagtttcacacttaaacatccagttaagttcaaatgtttaagcttataacatttccttaaaacttgagaaatacct---tgagatatgtt 15092061  T
Q  323 actgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagt 422  Q
    |  ||||| |  ||||||||| || |  || ||||||||||| |||| || |||| ||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||| |||| ||||     
T  15092060 atagcaatgacccaaatcaagtagctctaagttggggaaaatggaagcaagtattctgatgatttcatcacttaaccggtaattgtgagccaaatagaga 15091961  T
Q  423 gactttaattgagg 436  Q
    ||||||||||||||    
T  15091960 gactttaattgagg 15091947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 47 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19468684 - 19468295
Alignment:
Q  47 ttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactc 146  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||  | ||| |||||||| |||||||||| ||  |||||||  |  |  || || | |||||| |||| |||  ||    
T  19468684 ttctctcagttgtgagcaattttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaaccgtccacaaataattccaaaagtccacaacagttc 19468585  T
Q  147 tttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagtagcttcactt 246  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||     
T  19468584 tttgagatcacataaagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaacttcaacacctccagcttgggaactacaaagttcactccaagtagattcactc 19468485  T
Q  247 ttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaaca---tcttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaag 343  Q
    || |||   | |||||||| || || ||||| ||| ||||    |||||||||| |||||| |||   || ||||||    ||||     ||||||||||    
T  19468484 ttgaacagtgggctaagtttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgcct---tccgatatgtggttgcatgagttcaaatcaag 19468388  T
Q  344 cagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattgagg 436  Q
    ||| ||||||||||| ||||| |||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||| | |||||| | || |||  ||||  |||||||||||||    
T  19468387 cagctgcaaattgggaaaaatggaagcaaacattatgatgttttcatcgcttaaccatgaattctcagccaagtagagatactttaattgagg 19468295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 199
Target Start/End: Original strand, 7554393 - 7554554
Alignment:
Q  38 caaattaatttctctcagttgcgaggagttttcttctatatggttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagccca 137  Q
    ||||||||| ||| | ||| ||| | |||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||| ||| | ||| | ||| |||||||  || ||||| |||    
T  7554393 caaattaatctctttgagtagcgtgcagttttctaccacatgcttcactcccttttctgtgacattatcacatcctttcagtaacagttgtaaaagtcca 7554492  T
Q  138 cgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaa 199  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  7554493 ccacaactctttgagatcatatagagtgcttcatcatcaacacttgtatatgataagttcaa 7554554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 134 - 228
Target Start/End: Original strand, 52082582 - 52082676
Alignment:
Q  134 cccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 228  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  52082582 cccacaacaactctttgagatcacatacaatgtttcatcatcaatttttgtctttgacaagttcaacacctccaatttggaaacttgaaagttca 52082676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 126 - 447
Target Start/End: Original strand, 9586632 - 9586953
Alignment:
Q  126 tgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 225  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||| ||||||  ||||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||| || ||||| | |||||| |    
T  9586632 tgcaaaagtccacgacaattcattgaggtcacataaagtgtttcatcattaacatctgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaaat 9586731  T
Q  226 tcagtccaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgcc 322  Q
    | | | ||||||| || ||      |  || || || |||||| |||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||   |  ||||||      
T  9586732 taatttcaagtaggtttac---aggagaacaagatatgttcaaatgtctaatctgacaacatctttgtaaaacttgacaaatacctcttttagatatgtt 9586828  T
Q  323 actgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagt 422  Q
    || |||||    || ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||| ||| ||||||||| | |  |||| ||  ||||   ||     
T  9586829 acagcaatggcacagatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgatgtttttatctcttaaccattgattgcgacccaaatcaaga 9586928  T
Q  423 gactttaattgaggtcttacaacaa 447  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  9586929 gacttcaattgaggtcttacaacaa 9586953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 311
Target Start/End: Original strand, 52092776 - 52092955
Alignment:
Q  132 agcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtc 231  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||  |||| | || ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| |     
T  52092776 agcccacaaaaactctttgagatcacatacaatgtgtcatcatcaatttttgtctttgccaagttcaacacctccaatttggaaacttgaaagttcattg 52092875  T
Q  232 caagtagcttcacttttaaactacgagct-aagttcaactgtctaatcttacaacatcttaaaacttcacaaataccttcg 311  Q
     |||||| |||| | ||  || | || || |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  52092876 aaagtagattcaatgtt-gaccaagatctcaagttcaaatgagtaattttacaacatcttaaaacttcaacaataccttcg 52092955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 338 - 472
Target Start/End: Original strand, 9581276 - 9581410
Alignment:
Q  338 atcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattgaggt 437  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||| ||| ||||||||| | |  |||||||  ||||   || ||||||||||||||     
T  9581276 atcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgatgtttttatctcttaaacattgattgtgacccaaatcaagagactttaattgaggg 9581375  T
Q  438 cttacaacaaggtccatgaaagaattagaagtctc 472  Q
    |||||| |||  ||| ||||||| |||||| ||||    
T  9581376 cttacaccaatatccttgaaagacttagaattctc 9581410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 205
Target Start/End: Original strand, 43634891 - 43634979
Alignment:
Q  117 agtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctc 205  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||  |||||| |||| ||||   |||||| ||||||||||||| ||||    
T  43634891 agtaacaaattcaaaagtccacgacaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacgcctc 43634979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 81 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 29719074 - 29718956
Alignment:
Q  81 ttcactcccttctctgtgatatttttacaacgttttagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatac 180  Q
    |||||||| |||||||||| |||  |||||| ||  |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| || | || ||||| || ||||||||       
T  29719074 ttcactccattctctgtgacattcatacaactttccagtaacaattgcaaaaggccacaacaactcgttgatatgatatggagtgatttatcatcaacgt 29718975  T
Q  181 ttgtatgtgacaagttcaa 199  Q
    | |||| ||||||||||||    
T  29718974 tggtatatgacaagttcaa 29718956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 724 - 533
Alignment:
Q  132 agcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtc 231  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| || |||||| | ||    
T  724 agcccacaacaattcttcgagatcatatagagtgtttcatcatcgacacttgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattc 625  T
Q  232 caagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatg 320  Q
     |||||| |||||| || |||     ||||| ||||| ||||||  ||||||||||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  624 taagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctagccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatg 533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 125 - 241
Target Start/End: Original strand, 39176 - 39285
Alignment:
Q  125 gtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaag 224  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||   |||||  || ||||||||||||||| ||       |||||||||    
T  39176 gtgcaaaagcccactacaactctttgagatcacataaagtgtttcatcattaacctttgtaaatgtcaagttcaacacctcgag-------atttcaaag 39268  T
Q  225 ttcagtccaagtagctt 241  Q
    |||| ||||||||||||    
T  39269 ttcaatccaagtagctt 39285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 116 - 218
Target Start/End: Original strand, 88822 - 88924
Alignment:
Q  116 tagtaacaagtgcaaaagcccacgacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggga 215  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||| || ||  ||||   |||||||||||| |||||||||||| ||    
T  88822 tagttacaattgcaaaagcccatgacacctctttgagatcacatggagtgcttcatcgtctatgattgttcttgacaagttcaatacctccagtttgtga 88921  T
Q  216 att 218  Q
    |||    
T  88922 att 88924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 140 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 1559 - 1388
Alignment:
Q  140 acaactctttgagatcacattgagtgtttcatc---atcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaagt 236  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||   ||||| | |||||| |||||||| ||||||||| || || |||| | ||||||||| | ||| |    
T  1559 acaattctttgagatcacatagagtgtttcatcatcatcaacatttgtatttgacaagtccaacacctctagcttaggaactacaaagttcatttcaaat 1460  T
Q  237 agcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaata 305  Q
    || | |||   | |||  |  ||||||||||| |||||||||||| |||||   |||||||||| |||||||    
T  1459 aggtccacagatgaacaccaggctaagttcaaatgtctaatcttataacatctccttaaaacttgacaaata 1388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University