View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16758_low_45 (Length: 270)

Name: NF16758_low_45
Description: NF16758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16758_low_45
NF16758_low_45
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-247)||(30992589-30992835)
chr6 (1-247)||(30961107-30961353)
chr6 (1-247)||(31224612-31224858)
chr6 (1-251)||(31145229-31145479)
chr6 (1-251)||(31171542-31171792)
chr6 (1-247)||(31189291-31189537)
chr6 (1-247)||(31201098-31201344)
chr6 (1-169)||(31229892-31230060)
chr6 (1-178)||(31214343-31214520)
chr6 (6-100)||(30945107-30945201)
chr6 (6-97)||(30955367-30955458)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (45-109)||(44035822-44035886)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (30-97)||(49215559-49215626)
chr1 (29-97)||(49683286-49683354)
chr1 (52-97)||(9495608-9495653)
chr1 (60-97)||(49714567-49714604)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (36-76)||(31585462-31585502)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 30992589 - 30992835
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30992589 tggggtatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 30992688  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30992689 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 30992788  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgac 247  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30992789 gatggggtaatggatacggaagaagatgagattgcaaagaggatgac 30992835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 30961107 - 30961353
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961107 tggggtatgtagctcctgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 30961206  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30961207 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagtgatttgagacct 30961306  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgac 247  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  30961307 gatggggtaactgatacagaagaaaatgagattgcaaagagaatgac 30961353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 31224612 - 31224858
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||    
T  31224612 tggggtatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatattgctggaaatggttgg 31224711  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
     ||  ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||| ||||||    
T  31224712 agggaggaaaaacattaatgctgatgcaagtcgcacaagtgagatatattttcctcattgggtatacaaaaggcttgagcttgctagtgattttagacct 31224811  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgac 247  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  31224812 gatggaataatggatacagaagaagataagattgcaaggagaatgac 31224858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 31145479 - 31145229
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  31145479 tgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31145380  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
     ||  ||||||| || | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | | || ||||||||    
T  31145379 agggaggaaaaacatcattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaatctgagacct 31145280  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgactatt 251  Q
    |||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31145279 gatggggttatggatacagaagaagatgagattgcaaggagaatgactatt 31145229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 31171792 - 31171542
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  31171792 tgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31171693  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
     ||  ||||||| || | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | | || ||||||||    
T  31171692 agggaggaaaaacatcattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaatctgagacct 31171593  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgactatt 251  Q
    |||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31171592 gatggggttatggatacagaagaagatgagattgcaaggagaatgactatt 31171542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 31189537 - 31189291
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  31189537 tgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctggaaatggttgg 31189438  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
    |||  ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | | || ||||||||    
T  31189437 tgggaggaaaaacattattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaatctgagacct 31189338  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgac 247  Q
    |||||| | || |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  31189337 gatggggttatggatacagaagaagacgagattgcaaggagaatgac 31189291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 31201344 - 31201098
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  31201344 tgggatatgtagctccagaaatgtggaatagacattttggaggagtttcatacaagtccgatgtttatagttatggaatgatgttgctggaaatggttgg 31201245  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 200  Q
     ||  ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  31201244 agggaggaaaaacattaatgctgatgcaagtctcacaagtgagatatactttcctcactgggtatacaataggcttgagcttggtagtaatttgagacct 31201145  T
Q  201 gatgggataattgatacagaagaagatgagattgcaaagaggatgac 247  Q
    |||||  | || ||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||    
T  31201144 gatggagttatggatacagaagaagacaagattgcaaggagaatgac 31201098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 31229892 - 31230060
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||||||||||||||| ||  | ||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  31229892 tggggtatgtagctcctgagttatggaatataaattttggatgagtttcgcacaagtctgacgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31229991  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaa 169  Q
    |||  ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31229992 tgggaggaaaaacattaacgccgatgcaagtcaaacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaa 31230060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 31214343 - 31214520
Alignment:
Q  1 tggggtatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| ||  ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||    
T  31214343 tgggatatgtagctcctgagttgtggaatagaaactttggaggcgtttcgtacaagtctgatgtttatagttacggaatgatgttgttggaaataatcgg 31214442  T
Q  101 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttga 178  Q
     ||| ||||||| |||| |||  |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  31214443 aggaaggaaaaacattagtgccaatgcaagtcatacaagtgagaaatactttcctgattgggtatacaaaaggtttga 31214520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 100
Target Start/End: Original strand, 30945107 - 30945201
Alignment:
Q  6 tatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  30945107 tatgtagctccagaagtatggaatagacaatttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgcttttagagatggtggg 30945201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 97
Target Start/End: Original strand, 30955367 - 30955458
Alignment:
Q  6 tatgtagctcccgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggt 97  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  30955367 tatgtagctccagaagtatggaatagacaatttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgcttttagagatggt 30955458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 109
Target Start/End: Original strand, 44035822 - 44035886
Alignment:
Q  45 gtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtgggtggacggaa 109  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  44035822 gtttcacataagtctgatgtctatagttacggaatgatgttgctagaaatggttggtgggcggaa 44035886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 97
Target Start/End: Original strand, 49215559 - 49215626
Alignment:
Q  30 agacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggt 97  Q
    ||||||||||| || || ||||| || || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  49215559 agacattttggtggggtgtcacataaatcagatgtttatagttatggaatgatggttttagaaatggt 49215626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 97
Target Start/End: Original strand, 49683286 - 49683354
Alignment:
Q  29 tagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggt 97  Q
    |||||||||||| || || |||||||| || ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  49683286 tagacattttggtggggtgtcacacaaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggt 49683354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 97
Target Start/End: Original strand, 9495608 - 9495653
Alignment:
Q  52 acaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggt 97  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||    
T  9495608 acaagtctgatgtttatagttttggaatgttgttgctagagatggt 9495653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 97
Target Start/End: Original strand, 49714567 - 49714604
Alignment:
Q  60 gatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  49714567 gatgtttatagttatggaatgatggttttagaaatggt 49714604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 31585502 - 31585462
Alignment:
Q  36 tttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatgg 76  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  31585502 tttggtggagtttctcacaagtctgatgtgtatagttatgg 31585462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University