View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16769_high_2 (Length: 660)

Name: NF16769_high_2
Description: NF16769
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16769_high_2
NF16769_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-643)||(34768120-34768748)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 643
Target Start/End: Original strand, 34768120 - 34768748
Alignment:
Q  15 caaaggagagaaagatgaaacccaatccaaaccaactttaatcgtatttagttattgactacaggaatttatttaaaataatttatttatttgtaattat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34768120 caaaggagagaaagatgaaacccagtccaaaccaactttaatcgtatttagttattgactacaggaatttatttaaaataatttatttatttgttattat 34768219  T
Q  115 tctcatatttaacctagcccagttttatgacatgtttctttatttctaaatttgtcttctttatataacttttttacgcaatatcagagttttactatat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34768220 tctcatatttaacctagcccagttttatgacatgtttctttatttctaaatttgtcttctttatacaacttttttacgcaatatcaaagttttactatat 34768319  T
Q  215 ttattgactcagtgaaaatttcaatatatgttgaatacttagcttactcgagaatatatattgagtccaagttaaagatatggacattgttttccactaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34768320 ttattgactcagtgaaaatttcaatatatgttgaatacttagcttactcgagaatatatattgagtccaagttaaagatatggacattgtttcccactaa 34768419  T
Q  315 aaaatgctatagatgatgagacaagagcacttgaaaaaagaatgaaacttggagatttttgagaggctaggggcattaaaacctattagttgagtggatc 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34768420 aaaatgctatagatgatgagacaagagcacttgaaaaaagaatggaacttggagatttttgagaggctaggggcattaaaacctattagttgagtggatc 34768519  T
Q  415 tacacattcaaagtcaataagatgtcattcttgatcgatacaatgtaaggttagtggcgaaggaatacacttagaacttataaggaaaaaattcttctat 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34768520 tacacattcaaagtcaataagatgtcattcttgatcgatacaatgtaaggttagtggcgaaggaatacacttagaacttataaggaaaaaattcttctat 34768619  T
Q  515 tgctaagatgagcatggacaaattgaggatcactttatatgagctaaaatagtttccctagacatagttgggtacatttacaaaagcaatagtgtacttg 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34768620 tgctaagatgagcatggacaaattgaggatcacttcatatgagctaaaatagtttccctaaacatagttgggtacatttacaaaagcaatagtgtacttg 34768719  T
Q  615 ggctacaatcaaaaccaaggatatatttt 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34768720 ggctacaatcaaaaccaaggatatatttt 34768748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University