View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16771_low_4 (Length: 452)

Name: NF16771_low_4
Description: NF16771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16771_low_4
NF16771_low_4
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (11-437)||(9241840-9242266)
chr1 (11-437)||(9364778-9365203)
chr1 (11-437)||(9337919-9338342)
chr1 (150-437)||(9466173-9466460)
chr1 (104-387)||(9300525-9300811)
chr1 (181-437)||(8927332-8927591)
chr1 (85-155)||(9338690-9338760)
chr1 (181-411)||(8939784-8940014)
chr1 (305-409)||(8962713-8962817)
chr1 (273-387)||(9257067-9257181)
[»] scaffold0690 (2 HSPs)
scaffold0690 (29-437)||(1987-2392)
scaffold0690 (91-437)||(4986-5334)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-437)||(15909714-15910119)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (139-409)||(9171912-9172182)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Original strand, 9241840 - 9242266
Alignment:
Q  11 cacagatataacactttgttaaaaagtaacaaagtcattgacaatgaacaattattcaataagtatgtataaccaatatgtatctattctagttcttcaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9241840 cacagatataacactttgttaaaaagtaacaaagtcattgacaatgaacaattattcaataagtatgtataactaatatgtatctattctagttcttcaa 9241939  T
Q  111 tcacctccagctctaaattcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9241940 tcacctccagctctaaattcatgcgttctggaacaatattagcatttgtataagttgtagttgttggcccgaaaggattagttggtacttttaacatgtc 9242039  T
Q  211 cccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttgga 310  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9242040 cccctctccttgaagtatttgtatcacaaatttcattgccggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttgga 9242139  T
Q  311 attctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcac 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9242140 attctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaatttgtatattttcttcac 9242239  T
Q  411 caactgttgtttttgtattctttcttc 437  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  9242240 cacctgttgtttttgtattctttcttc 9242266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9365203 - 9364778
Alignment:
Q  11 cacagatataacactttgttaaaaagtaacaaagtcattgacaatgaacaattattcaataagtatgtataaccaatatgtatctattctagttcttcaa 110  Q
    |||| |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  9365203 cacaaatataatactttattaacaagtaacaa-gtcattgacaatgaacaattattcaatacatatgtataattaatatatatttattctaattcttcaa 9365105  T
Q  111 tcacctccagctctaaattcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtc 210  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||    
T  9365104 tcacctccagctccaaattcatacgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaacggattagtaggcacttttaacttgtc 9365005  T
Q  211 cccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttgga 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9365004 cccctctccttgaagcatttgtatcacatatttcattgtcggacggtgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttgga 9364905  T
Q  311 attctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcac 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9364904 attctaaaatctccctcttcatcaatagggatatgtatatctcctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgc 9364805  T
Q  411 caactgttgtttttgtattctttcttc 437  Q
    ||    |||||||||||||||||||||    
T  9364804 cactaattgtttttgtattctttcttc 9364778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9338342 - 9337919
Alignment:
Q  11 cacagatataacactttgttaaaaagtaacaaagtcattgacaatgaacaattattcaataagtatgtataaccaatatgtatctattctagttcttcaa 110  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  9338342 cacaaatacaacactttgttaaaaactaacaaagtcattgacaatgaacaattatttaataaatatgtataaccactatatatctattctaattcttcaa 9338243  T
Q  111 tcacctccagctctaaattcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtc 210  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||| ||||    
T  9338242 tcacctccagctccaaattcatacgttctgcaacaatattaacatttttattagttgtagttgttggtccaaacggattagtaggcacttttaacttgtc 9338143  T
Q  211 cccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttgga 310  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9338142 cccctctccttggagcatttgcatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttgga 9338043  T
Q  311 attctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcac 410  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9338042 attctaaaatctccgtcttcatcaatagggatttgtatctctc---cttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgc 9337946  T
Q  411 caactgttgtttttgtattctttcttc 437  Q
    ||    |||||||||||||||||||||    
T  9337945 cactaattgtttttgtattctttcttc 9337919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 150 - 437
Target Start/End: Original strand, 9466173 - 9466460
Alignment:
Q  150 tagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgt 249  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||| || || ||||||||  | || ||||||||| |||| || || ||||| |||||||||||||||| |||||| |     
T  9466173 tagcagttgaattagttgaagttgtaggcccaaaaggattgctggggacttttaacttgtctccatcaccttgtagcatttgtatcacagttttcatgga 9466272  T
Q  250 cggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtata 349  Q
     |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||  ||||| ||| | ||||  ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  9466273 tggacgatgcataggttgccactggatgcaccgaagtccaacaatcgccattttttttggaatcctgaaatctccctcttcgtcaatagggatttgtatg 9466372  T
Q  350 tctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttc 437  Q
    |||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||    
T  9466373 tctcccccttcaagcaaatcgtggatccaatctggatatagaacttgtaaattttcttcacctgtggttgtgtttgtattctttcttc 9466460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 104 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 9300811 - 9300525
Alignment:
Q  104 tcttcaatcacctccagctctaaattcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtactttta 203  Q
    |||| |||||| |||||||| ||| ||||  ||| || ||| ||| ||||| ||||||| || | ||| | ||| || ||||||||   ||| |||||||    
T  9300811 tctttaatcacttccagctccaaactcataggttttgaaacgatactagcagttgtattggtggaagtcgatggcccaaaaggattgcgtggaactttta 9300712  T
Q  204 acatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaactt 303  Q
     | |||| ||||||||||| | |||||| | ||||| |||||| | ||||||||||| ||| ||||| || || ||||||| ||||||| ||||||  ||    
T  9300711 gcttgtctccctctccttgtaacatttgcaacacagttttcatggacggacgatgcataggttgccactgaatgcaccataatcccacaattgccatttt 9300612  T
Q  304 ttttggaattctaaaatctccc---tcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggata 387  Q
    ||||| |||||| |||||  ||   |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||||||    
T  9300611 ttttgcaattctgaaatcatcctgttcttcatctatagggatttgtatgtctcctccttcaactaaactgtggatccaatctggata 9300525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 181 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 8927591 - 8927332
Alignment:
Q  181 gaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacac 280  Q
    ||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || | ||||| |||||| | ||| |||||||  | |||||| || || |||    
T  8927591 gaaaggattggtgggaacttttaatttgtctccctctccttgaagcatctgcaccacagttttcatggacggccgatgcacggagtgccactgaatgcac 8927492  T
Q  281 catagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagt 380  Q
    || ||||| ||| |||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||  |||||  ||||||| |||   |||||||| |    
T  8927491 caaagtccgacaattgctagtttttttgcaattctacaatctccctcttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaagtaaaccatggatccaat 8927392  T
Q  381 ctggatactcaacttgtatattttctt---caccaactgttgtttttgtattctttcttc 437  Q
    ||||||||  |||||| | ||||||||   |||||   |||||||| |||||||||||||    
T  8927391 ctggatacagaacttggaaattttcttcgccaccagtagttgttttagtattctttcttc 8927332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 85 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 9338760 - 9338690
Alignment:
Q  85 aatatgtatctattctagttcttcaatcacctccagctctaaattcatgcgttctgcaacaatattagcat 155  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9338760 aatatatatctattctaattcttcaatcacctccagctccaaattcatacgttctgcaacaatattagcat 9338690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 181 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 8940014 - 8939784
Alignment:
Q  181 gaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacac 280  Q
    ||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | ||| |||||||  | |||||| || || |||    
T  8940014 gaaaggattggtgggaacttttaatttgtctccctctccttgaagcatctgaaccacagatttcatggacggtcgatgcacggagtgccactgaatgcac 8939915  T
Q  281 catagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagt 380  Q
    || ||||| ||| | || |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||  |||||  ||||||  |||   |||||||| |    
T  8939914 caaagtccgacaatcgctagtttctttgcaattctaaaatctccctcttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaaataaaccatggatccaat 8939815  T
Q  381 ctggatactcaacttgtatattttcttcacc 411  Q
    ||||||||   ||||| | ||||||||||||    
T  8939814 ctggatacaatacttgaaaattttcttcacc 8939784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 305 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 8962817 - 8962713
Alignment:
Q  305 tttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatatttt 404  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||  ||||||||| |||||||||  |||||| | |||||    
T  8962817 tttgcaattctataatctccatcttcatcaatagggatatgtatatctcccccttcaaacaaaccgtggatccaatctggatacaaaacttgaaaatttt 8962718  T
Q  405 cttca 409  Q
    |||||    
T  8962717 cttca 8962713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 273 - 387
Target Start/End: Original strand, 9257067 - 9257181
Alignment:
Q  273 ggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtg 372  Q
    |||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || ||| |||||||  |||    
T  9257067 ggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcttcatctatagcgatatgtatttcttctcctttaagcaaaccgtg 9257166  T
Q  373 gatccagtctggata 387  Q
    |||||| ||||||||    
T  9257167 gatccaatctggata 9257181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 29 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 2392 - 1987
Alignment:
Q  29 ttaaaaagtaacaaagtcattgacaatgaacaattattcaataagtatgtataaccaatatgtatctattctagttcttcaatcacctccagctctaaat 128  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  2392 ttaaaaagtaacaaagtcgttgacaatgagcaattattcaataaatatgtataactaatatatatctattctatttcttcaatcacctccagttccaaat 2293  T
Q  129 tcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcat 228  Q
    |||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  2292 tcatacgttctgcaacaatattggaatttgtcttagttttagttgttggtccgaaaggatttgttggtacttttaacttgtccgcctctgcttgaagcat 2193  T
Q  229 ttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctct 328  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  2192 ttttatcacagatttcattgtcggtcgatgtaaagggtgccattggatacaccacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctctctct 2093  T
Q  329 tcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtat 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  2092 tcatcaatagggatttgtatatctc---cttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgttttcgtat 1996  T
Q  429 tctttcttc 437  Q
    |||||||||    
T  1995 tctttcttc 1987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 91 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 5334 - 4986
Alignment:
Q  91 tatctattctagttcttcaatcacctccagctctaaattcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggatta 190  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||  | |||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||    
T  5334 tatctattataattcttcaatcacctccagctccgagttcataggttctgcagcaatattagcatttgtattggttgtagttgttggttcgaacagatta 5235  T
Q  191 gttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtccca 290  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | | |||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  5234 gttggtacttttaatttgtccccctctccgtgaagcatttgtatcagagatttcatcgccagacgattcatagggtgccataggatacaacatagtctca 5135  T
Q  291 cagttgccaact-----tttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctgga 385  Q
    |||||||||| |     ||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5134 cagttgccaaattttaatttttggatatctaaaatccccgtcttcatcaatagggattattatctctc---cttcaagcaaattgtggatccagtctgga 5038  T
Q  386 tactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttc 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  5037 tactcaacttgtatattttcttcaccaccgtttgtttttgtattctttcttc 4986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 29 - 437
Target Start/End: Original strand, 15909714 - 15910119
Alignment:
Q  29 ttaaaaagtaacaaagtcattgacaatgaacaattattcaataagtatgtataaccaatatgtatctattctagttcttcaatcacctccagctctaaat 128  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  15909714 ttaaaaagtaacaaagtcgttgacaatgagcaattattcaataaatatgtataactaatatatatctattctatttcttcaatcacctccagttccaaat 15909813  T
Q  129 tcatgcgttctgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcat 228  Q
    | || ||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  15909814 ttatacgttctgcaacaatattggaatttgtcttagttttagttgttggtccgaaaggatttgttggtacttttaacttgtccgcctctgcttgaagcat 15909913  T
Q  229 ttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctct 328  Q
    || |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15909914 ttttatcacagatttcattgttggtcgatgtaaagggtgccattggatacaccacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctccctct 15910013  T
Q  329 tcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtat 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  15910014 tcatcaatagggatttgtatatctc---cttcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgtttttgtat 15910110  T
Q  429 tctttcttc 437  Q
    |||||||||    
T  15910111 tctttcttc 15910119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 139 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 9172182 - 9171912
Alignment:
Q  139 tgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcaca 238  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| || |||||| |||||  |||| || |  || |||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  9172182 tgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcaca 9172083  T
Q  239 gatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatag 338  Q
    | |||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| || |    
T  9172082 gttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatctattg 9171983  T
Q  339 ggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttca 409  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||    
T  9171982 ggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttca 9171912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University