View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16773_low_15 (Length: 209)

Name: NF16773_low_15
Description: NF16773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16773_low_15
NF16773_low_15
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (11-204)||(37307433-37307626)
chr2 (15-192)||(13186680-13186858)
chr2 (15-192)||(7305311-7305488)
chr2 (90-185)||(40190655-40190750)
chr2 (12-81)||(40196727-40196797)
chr2 (95-175)||(26381517-26381597)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (15-181)||(34080978-34081145)
chr5 (15-192)||(18259368-18259545)
chr5 (114-181)||(4560554-4560621)
chr5 (95-185)||(32216661-32216751)
chr5 (114-192)||(18883272-18883350)
chr5 (143-192)||(18933974-18934023)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (15-192)||(54346527-54346705)
chr3 (15-192)||(27156396-27156573)
chr3 (30-192)||(46428363-46428526)
chr3 (30-192)||(42794293-42794456)
chr3 (30-192)||(54812477-54812640)
chr3 (112-192)||(34265159-34265239)
chr3 (104-192)||(43912481-43912569)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (15-192)||(23949490-23949668)
chr1 (15-192)||(23085139-23085318)
chr1 (15-192)||(5308434-5308612)
chr1 (15-192)||(50952796-50952975)
chr1 (30-194)||(22065428-22065593)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (15-194)||(26616951-26617131)
chr8 (15-192)||(1635790-1635968)
chr8 (15-192)||(456584-456762)
chr8 (30-192)||(44145512-44145675)
chr8 (137-192)||(38560847-38560902)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (15-192)||(8019973-8020151)
chr7 (15-192)||(48618726-48618904)
chr7 (18-180)||(29213969-29214132)
chr7 (15-116)||(25713258-25713360)
chr7 (114-192)||(24473340-24473418)
chr7 (113-192)||(29760073-29760152)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (18-192)||(34390034-34390209)
chr4 (19-192)||(36894645-36894820)
chr4 (12-192)||(47597819-47598000)
chr4 (112-192)||(43271019-43271099)
chr4 (129-161)||(28561506-28561538)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (30-192)||(1223191-1223354)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 37307626 - 37307433
Alignment:
Q  11 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37307626 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatacgagggttattgctggatgtggcg 37307527  T
Q  111 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttattcgacat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37307526 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttgatcgacat 37307433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 13186680 - 13186858
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  13186680 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggtttgatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 13186779  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13186780 tttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 13186858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 7305488 - 7305311
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |    
T  7305488 atcatctatata-gttggtagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcc 7305390  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7305389 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 7305311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 90 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 40190750 - 40190655
Alignment:
Q  90 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 185  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40190750 gggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 40196797 - 40196727
Alignment:
Q  12 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac-atgatggtgcttgcaa 81  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40196797 gacatcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctcaacaatggtggtgcttgcaa 40196727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 26381597 - 26381517
Alignment:
Q  95 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 175  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  26381597 attgctggatgtgcgaatctctttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgat 26381517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 34081145 - 34080978
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34081145 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtc 34081046  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081045 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 34080978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 18259545 - 18259368
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||  |    
T  18259545 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatagtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcc 18259447  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18259446 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18259368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560554
Alignment:
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 181  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 4560554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 185
Target Start/End: Original strand, 32216661 - 32216751
Alignment:
Q  95 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 185  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  32216661 attgttggatgtgggggtctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatg 32216751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 192
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883350
Alignment:
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgagat 18883350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 192
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934023
Alignment:
Q  143 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18934023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 54346527 - 54346705
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  54346527 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 54346626  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54346627 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 54346705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 27156573 - 27156396
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  27156573 atcatctatataggttggaagcggcctcgaaaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcc 27156475  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27156474 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgatgccttacatgctgagat 27156396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 192
Target Start/End: Original strand, 46428363 - 46428526
Alignment:
Q  30 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 128  Q
    ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  46428363 tggaaacgacctcaggaaggttgaatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 46428462  T
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46428463 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgagat 46428526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 192
Target Start/End: Original strand, 42794293 - 42794456
Alignment:
Q  30 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 128  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||| ||| |||    
T  42794293 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgcgatgcag 42794392  T
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  42794393 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgagat 42794456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 54812640 - 54812477
Alignment:
Q  30 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 128  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||   || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  54812640 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacggcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 54812541  T
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54812540 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgagat 54812477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 112 - 192
Target Start/End: Original strand, 34265159 - 34265239
Alignment:
Q  112 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  34265159 tcttattcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgagat 34265239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 43912569 - 43912481
Alignment:
Q  104 tgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  43912569 tgtggtgatatttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgagat 43912481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 23949490 - 23949668
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  23949490 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 23949589  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23949590 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23949668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 23085318 - 23085139
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgaggg-ttattgctggatgtggcgat 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  23085318 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggc 23085219  T
Q  113 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23085218 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23085139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 5308434 - 5308612
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  5308434 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcc 5308533  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5308534 tttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 5308612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 50952975 - 50952796
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  50952975 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 50952876  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggc-tacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  50952875 tttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 50952796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 30 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22065593 - 22065428
Alignment:
Q  30 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 128  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |   ||||   || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  22065593 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagtgacggtgcctgcaaggatatgggtcatattttcggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 22065494  T
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 194  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  22065493 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 22065428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 1e-64; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 26617131 - 26616951
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  26617131 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcc 26617032  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26617031 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 26616951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 1635790 - 1635968
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  1635790 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcc 1635889  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1635890 tttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1635968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 456762 - 456584
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  456762 atcatctatataggttggaagcggcctcgagagggttggatcaggcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 456663  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  456662 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgatgtcttatatgctgagat 456584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 192
Target Start/End: Original strand, 44145512 - 44145675
Alignment:
Q  30 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 128  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  44145512 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 44145611  T
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44145612 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 44145675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 38560902 - 38560847
Alignment:
Q  137 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  38560902 tggattaaaggctacactgagaatatcggagtttgtgatgccttacatgttgagat 38560847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8020151 - 8019973
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  |    
T  8020151 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcc 8020052  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8020051 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 8019973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 48618726 - 48618904
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  48618726 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggcc 48618825  T
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  48618826 ttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 48618904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 29214132 - 29213969
Alignment:
Q  18 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 116  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  ||||| || |||||  |||||||||||  ||||    
T  29214132 atctatataggttggaagcggtctcatgaaggttggatcaagctcaatagtgatggtgcttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggccttt 29214033  T
Q  117 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctt 180  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29214032 ttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgatgcctt 29213969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 116
Target Start/End: Original strand, 25713258 - 25713360
Alignment:
Q  15 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  25713258 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagctcaacagtgatgatgcttgcaaggacatgggggttattgttggatgtggcggtc 25713357  T
Q  114 ttt 116  Q
    |||    
T  25713358 ttt 25713360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 192
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473418
Alignment:
Q  114 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 24473418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 113 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29760152 - 29760073
Alignment:
Q  113 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  29760152 cttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgagat 29760073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 3e-59; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34390209 - 34390034
Alignment:
Q  18 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  34390209 atctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggccttt 34390110  T
Q  117 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34390109 ttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 34390034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36894820 - 36894645
Alignment:
Q  19 tctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac--atgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  36894820 tctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctttaataatgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggctttt 36894721  T
Q  117 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36894720 ttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 36894645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 47598000 - 47597819
Alignment:
Q  12 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 110  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| |    
T  47598000 gacattatctacataggatggaaacgacctcaagaaggttggatcaaactcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtg 47597901  T
Q  111 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
     | ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  47597900 gtatttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 47597819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 43271099 - 43271019
Alignment:
Q  112 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  43271099 tctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgagat 43271019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 28561538 - 28561506
Alignment:
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaaga 161  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28561538 acggtagatggattaaaggctacactaagaaga 28561506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 1223354 - 1223191
Alignment:
Q  30 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 128  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | |  ||||| | | ||||||||||  ||     
T  1223354 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccgattgtggtggtatttttcgtgacgcat 1223255  T
Q  129 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 192  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1223254 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1223191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University