View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16776_high_4 (Length: 450)

Name: NF16776_high_4
Description: NF16776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16776_high_4
NF16776_high_4
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-439)||(18369276-18369698)
chr6 (18-439)||(18363964-18364385)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-439)||(3020131-3020553)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 18369698 - 18369276
Alignment:
Q  18 agaattcaagtacgaatactggctggattaatcattggccaaagtttacttactttttgggcggactccaaactatcatggctctcttgtccgaggaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18369698 agaattcaagtacgaatactggctggattaatcattggccaaagtttacttactttttgggcggactccaaactatcatggctctcttgtccgaggaaag 18369599  T
Q  118 gagagttaaagacaaaaataagaaaagagagtgagagattacatattactaatggcaagcagagttagagaacacaaattctatgaacaaattaacttga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18369598 gagagttaaagacaaaaataagaaaagagagtgagagattacatattactaatggcatgcagagttagtgaacacaaattctatgaacaaattaacttga 18369499  T
Q  218 tatgttataagacactcctcttcccatgattccatcttcttgatccagaactaggcatcttaggatacaaaatattgtgatcaatttttgcaaggccgcg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18369498 tatgttataagacactcctcttcccatgattccatcttcttgatccagaactaggcatcttaggatacaaaatattgtgatcaatttttgcaaggccgcg 18369399  T
Q  318 actattcttaagctttggatctttgtttctttgc-aaaacccttatctgaatctccttaagttcttctttgaactcagcaaatcagttgagaacaatttc 416  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18369398 cctattcttaagctttggatctttgtttctttgcaaaaacccttatctgaatctccttaagttcttctttgaactcagcaaatctgttgagaacaatttc 18369299  T
Q  417 attgtctatccaaccatgtgatg 439  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  18369298 attgtctatccaaccatgtgatg 18369276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 18364385 - 18363964
Alignment:
Q  18 agaattcaagtacgaatactggctggattaatcattggccaaagtttacttactttttgggcggactccaaactatcatggctctcttgtccgaggaaag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18364385 agaattcaagtacgaatactggcttgattaatcattgaccaaagtttacttactttttgggcggactccaaattatcatggctctcttgtccgaggaaag 18364286  T
Q  118 gagagttaaagacaaaaataagaaaagagagtgagagattacatattactaatggcaagcagagttagagaacacaaattctatgaacaaattaacttga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18364285 gagagttaaagacaaaaataagaaaagagagtgagagattacatattactaatggcatgcagagttagggaacacaaattctatgaacaaattaacttga 18364186  T
Q  218 tatgttataagacactcctcttcccatgattccatcttcttgatccagaactaggcatcttaggatacaaaatattgtgatcaatttttgcaaggccgcg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18364185 tatgttataagacactcctcttcccatgattccatcttcttgatccagaactaggcatcttaggatacaaaatattgtgatcaatttttgcaaggccgcg 18364086  T
Q  318 actattcttaagctttggatctttgtttctttgcaaaacccttatctgaatctccttaagttcttctttgaactcagcaaatcagttgagaacaatttca 417  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18364085 cctattcttaagctttggatctttgtttctttgcaaaacccttgtctgaatctccttaagttcttctttgaactcagcaaatctgttgagaacaatttca 18363986  T
Q  418 ttgtctatccaaccatgtgatg 439  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18363985 ttgtctatccaaccatgtgatg 18363964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 3020553 - 3020131
Alignment:
Q  18 agaattcaagtacgaatactggctggattaatcattggccaaagtttacttactttttgggcggactccaaactatcatggctctcttgtccgaggaaag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3020553 agaattcaagtacgaatactggcttgattaatcattgaccaaagtttacttactttttgggcggactccaaattatcatggctctcttgtccgaggaaag 3020454  T
Q  118 gagagttaaagacaaaaataagaaaagagagtgagagattacatattactaatggcaagcagagttagagaacacaaattctatgaacaaattaacttga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3020453 gagagttaaagacaaaaataagaaaagagagtgagagattacatattactaatggcatgcagagttagggaacacaaattctatgaacaaattaacttga 3020354  T
Q  218 tatgttataagacactcctcttcccatgattccatcttcttgatccagaactaggcatcttaggatacaaaatattgtgatcaatttttgcaaggccgcg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3020353 tatgttataagacactcctcttcccatgattccatcttcttgatccagaactaggcatcttaggatacaaaatattgtgatcaatttttgcaaggccgcg 3020254  T
Q  318 actattcttaagctttggatctttgtttc-tttgcaaaacccttatctgaatctccttaagttcttctttgaactcagcaaatcagttgagaacaatttc 416  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3020253 cctattcttaagctttggatctttgtttcttttgcaaaacccttgtctgaatctccttaagttcttctttgaactcagcaaatctgttgagaacaatttc 3020154  T
Q  417 attgtctatccaaccatgtgatg 439  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3020153 attgtctatccaaccatgtgatg 3020131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University