View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16793_high_1 (Length: 768)

Name: NF16793_high_1
Description: NF16793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16793_high_1
NF16793_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-751)||(44085246-44085991)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 44085991 - 44085246
Alignment:
Q  6 gtccaagaatataacaaggtttcaagattttttgctggaactcaagaaaaatgtgttggttgcaagaaaacagtgtacccaattgaaaaggtatgttaaa 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  44085991 gtccaagcatataacaaggtttcaagattttttgctggaactcaagaaaaatgtgttggttgcaagaaaacagtgtacccaattgaaaaggtatattata 44085892  T
Q  106 taacttaactttattctttagtaaactttactgattgggaaatgtccctttaaaagtaattttgcctctaaaatgagtaaggttgaatctatccttaaat 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44085891 taacttaactatattctttagtaaactttactgattgggaaatgtccctttaaaagtaattttgcctctaaaatgagtaaggttgaatctatccttaaat 44085792  T
Q  206 gttaacatcatggtacactttaaatgatattaatggtgaatatattcttatttctcactttaaagaacctcttatccttgacatctttattgttaaatta 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44085791 gttaacatcatggtacactttaaatgatattaatggtgaatatattcttatttctcactttaaagaacctcttatccttgacatctttattgttaaatta 44085692  T
Q  306 aatccatcttttttgtttctgacatactatttagattaagattaaaccacaactgagagaatctctcttatccatgtattctttacttaatattttagac 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44085691 aatccatcttttttgtttctgacatactatttagattaagattaaaccacaactgagagaatctctcttatccatgtattctttacttaatattttagac 44085592  T
Q  406 ctttattatacatgtaaagatacactatgattcatttattacattaacgttactaaacatagaaacagaactataaattgaaatatacataaaatgagct 505  Q
    ||   |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44085591 ct---ttatacatgtgaagataaactatgattcatttattacattaatgttactaaacatagaaacagaactataaattgaaatatacataaaatgagct 44085495  T
Q  506 ggaaacagtgattaagctagatttgccattaggcaccagcaaatatttgaagttagtatttaattaaccaagggagtaaatnnnnnnnttgaaatccttc 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  44085494 ggaaacagtgattaagctagatttgccattaggcaccagcaaatttttgaagttagtatttaattaaccaagggagtaaataaaaaaattgaaatccttc 44085395  T
Q  606 tgagatatgataggaacattaaaat----tatatatcctagatcttaccatatatattcattggggttgttc-ttttttcaggtagctgttgatggagaa 700  Q
    ||||||||||||||||||| | |||    ||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44085394 tgagatatgataggaacataacaattaaatatatatccaagatctaacc--atatattcattggggttgttctttttttcaggtagctgttgatggagaa 44085297  T
Q  701 tcttaccataagacttgcttcaagtgcacacatggaggttgtataatcagt 751  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44085296 tcttaccataagaattgcttcaggtgcacacatggaggttgtataatcagt 44085246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University