View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16793_low_6 (Length: 519)

Name: NF16793_low_6
Description: NF16793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16793_low_6
NF16793_low_6
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (6-507)||(9816867-9817368)
chr7 (6-507)||(10718792-10719293)
chr7 (176-497)||(20483938-20484260)
chr7 (409-519)||(21115739-21115849)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-518)||(15229566-15230066)
chr1 (348-519)||(10505009-10505182)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (92-507)||(23062014-23062430)
chr4 (96-507)||(32880707-32881120)
chr4 (104-189)||(43992238-43992323)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (4-507)||(28592621-28593124)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (92-507)||(21279016-21279432)
chr8 (268-300)||(16819948-16819980)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (92-507)||(25907016-25907432)
chr6 (259-507)||(13108784-13109023)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (174-507)||(30302013-30302346)
chr5 (397-505)||(14859701-14859809)
chr5 (424-497)||(20585039-20585112)
chr5 (427-495)||(14493235-14493303)
[»] scaffold0985 (1 HSPs)
scaffold0985 (108-191)||(457-540)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (409-479)||(17784144-17784214)
chr3 (409-479)||(19085663-19085733)
chr3 (409-479)||(19092771-19092841)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 6 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 9817368 - 9816867
Alignment:
Q  6 ttgaaaattgtcgacgtgaattgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagtggccgatccaaacacattgaaaaatttgcaaaagcgtatgacgcacttgat 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||| | |||||||||||| ||||||||    
T  9817368 ttgaaaattgtcgacgtgatttgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagcggctgatccaaacacattgacagattttcgaaagcgtatgacacacttgat 9817269  T
Q  106 gattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgcttaagcaacgtctaga 205  Q
    |||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||  ||| |||||||||    
T  9817268 gattaaataggacaagtattgatggcatcgagctaagactcactggtatcgtgatggtgaccttaacactaaaaattttcatgctgcagccacgtctaga 9817169  T
Q  206 aaaa-ggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgaaactt 304  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  9817168 aaaaaggtaaaccgtattaattttttggaaaatgatgtgggggtcagagtttcagatgagcaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgagacat 9817069  T
Q  305 tatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccccttttcagtc 404  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| |    
T  9817068 tatttttggagagtaatatcactcgtgcaccggttgtagacattatagaaaaagttgtttctgatgatgataatgctttaccgaccgccccttttcaggc 9816969  T
Q  405 tcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtctgtttgt 504  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9816968 tcacgagttcaaggatgctatgttttctatgcatccagataagtgtcctggcccggatggtttcaatccgtgtttctttc-acaattttggtctgtttgt 9816870  T
Q  505 aat 507  Q
    |||    
T  9816869 aat 9816867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 6 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 10719293 - 10718792
Alignment:
Q  6 ttgaaaattgtcgacgtgaattgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagtggccgatccaaacacattgaaaaatttgcaaaagcgtatgacgcacttgat 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||| | |||||||||||| ||||||||    
T  10719293 ttgaaaattgtcgacgtgatttgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagcggctgatccaaacacattgacagattttcgaaagcgtatgacacacttgat 10719194  T
Q  106 gattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgcttaagcaacgtctaga 205  Q
    |||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||  ||| |||||||||    
T  10719193 gattaaataggacaagtattgatggcatcgagctaagactcactggtatcgtgatggtgaccttaacactaaaaattttcatgctgcagccacgtctaga 10719094  T
Q  206 aaaa-ggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgaaactt 304  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  10719093 aaaaaggtaaaccgtattaattttttggaaaatgatgtgggggtcagagtttcagatgagcaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgagacat 10718994  T
Q  305 tatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccccttttcagtc 404  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| |    
T  10718993 tatttttggagagtaatatcactcgtgcaccggttgtagacattatagaaaaagttgtttctgatgatgataatgctttaccgaccgccccttttcaggc 10718894  T
Q  405 tcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtctgtttgt 504  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  10718893 tcacgagttcaaggatgctatgttttctatgcatccagataagtgtcctggcccggatggtttcaatccgtgtttctttc-acaattttggtctgtttgt 10718795  T
Q  505 aat 507  Q
    |||    
T  10718794 aat 10718792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 176 - 497
Target Start/End: Original strand, 20483938 - 20484260
Alignment:
Q  176 aaattttttcatgcttaagcaacgtctagaaaaa-ggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgt 274  Q
    ||||||||||||||||  || |||| |||||||| |||||||||||| |  |  |||||||||||||||||| |     |||| |||||||| || ||||    
T  20483938 aaattttttcatgcttctgccacgtttagaaaaaaggtaaaccgtatcacctccctggaaaatgatgtggggatttgtatttctgatgaacatggaatgt 20484037  T
Q  275 gtcaggttgcaaaagggtattttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatga 374  Q
    ||||||| || ||||  |||||||  | |||||||||||||| ||| | ||   ||||||| || ||  | ||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  20484038 gtcaggtagcgaaagattattttgcgaatttatttttggagaataatagcatccgtgcaccagtggttgaaattatagaaaaatgtgtctttgatgatga 20484137  T
Q  375 taatgttttactaaccaccccttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccg 474  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| || | |||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| | |   |||||| || ||||||    
T  20484138 taatgttttactaaccttccctttttaggcacatgaacttaaggacgctatgttttcaatgcatccaaataaatgtcctagtctggatggctttaatccg 20484237  T
Q  475 ggtttctttcaacatttttggtc 497  Q
    |  || ||||| |||||||||||    
T  20484238 gtcttttttcagcatttttggtc 20484260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 519
Target Start/End: Original strand, 21115739 - 21115849
Alignment:
Q  409 gagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtctgtttgtaatc 508  Q
    |||||||| || ||||||| | | ||||| |||||||| ||| ||||  | |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||     
T  21115739 gagttcaaagatgctatgtatgctatgcacccagataaatgttatggacctgatggttttaatccaggattttttcagcatttttggtctgtctgtaata 21115838  T
Q  509 ttgatattttt 519  Q
     ||||||||||    
T  21115839 atgatattttt 21115849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 17 - 518
Target Start/End: Original strand, 15229566 - 15230066
Alignment:
Q  17 cgacgtgaattgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagtggccgatccaaacacattgaaaaatttgcaaaagcgtatgacgcacttgatgattcaagagg 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15229566 cgacatgaattgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagcggctgatccaaacaaattgaccaatttacgaaagcgtatgacgcacttgattattcaagagg 15229665  T
Q  117 acaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgcttaagcaacgtctag-aaaaaggtaaa 215  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    || |||||| ||| || ||| | |||||||||||    
T  15229666 ataagtattggcggcagcgtgctaagactcattggtaccg-tatggtgaccttaatactaaaaaaattgatgcttcagccacatcttgaaaaaaggtaaa 15229764  T
Q  216 ccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgaaactttatttttggag 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15229765 ccgtattaattttttggaaaatgatgtgggagtccgagtttcagatgaacaaggtatgcgctaggttgctaaagggtattttgaaacattatttttggag 15229864  T
Q  316 agtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccccttttcagtctcatgagttca 415  Q
    ||||||| |||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  15229865 agtaacagcactcgtacatcggttgtagacattatagaaaaagttctttctgttgatgataatgttttactaaccgccccttttcaggcccatgagttca 15229964  T
Q  416 aggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtctgtttgtaatcttgatat 515  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||   ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  15229965 agggcgctatgttttccatgcaaccagataagtatcctggcctagatggtttcaatcagggttt-tttcaacatttttggtctgtttgtaatgctgatat 15230063  T
Q  516 ttt 518  Q
    |||    
T  15230064 ttt 15230066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 10505182 - 10505009
Alignment:
Q  348 tatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccccttttca-gtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataa 446  Q
    |||||| || |||||||  ||||| |||||| |||| |||||||  | |||||| |||| ||||||||||||| || ||||| || |||| |||| ||||    
T  10505182 tatagataaggttgtttcagatgaagataatattttcctaaccaatcattttcaagtct-atgagttcaaggaagccatgttctcaatgcgtccatataa 10505084  T
Q  447 gtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttcttt--caacatttttggtctgtttgtaatcttgatattttt 519  Q
     || | | |  |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||| || |||| |  ||||||||||    
T  10505083 atgccctagtccggatggttttaatccgggtttttttttcaacatttttggtcggtgtgtagttctgatattttt 10505009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 7e-81; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 92 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 23062430 - 23062014
Alignment:
Q  92 atgacgcacttgatgattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgctt 191  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  23062430 atgacacatttgatgattcaagaggataagtattggcgacagcgagcaaagacacactggtatcgtgatggtgacttgaataccaaattttttcatgctt 23062331  T
Q  192 aagcaacgtctagaaa-aaggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagg 290  Q
     ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||  ||||| | | || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||     
T  23062330 cagccacgtcaagaaagaaggtaaaccgcattaattttttggataatgatgaaggggtacgaattgctgatgaacaaggcatgagtcaggttgcaaaaga 23062231  T
Q  291 gtattttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaacc 390  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| | || |||||||||| || | ||||||    
T  23062230 atattttgagactttatttttagagagcaatagtactcgtgcaccggttgttaatataatagaaaaagttgtgtctggtgatgataatattatgctaacc 23062131  T
Q  391 accccttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatt 490  Q
     | || |||||| || | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  23062130 gctccctttcaggctgaagaatttaaggacgctatgttttcaatgcatccagataagtgtcctggtccggatggttttaatccgggattttttcaacaat 23062031  T
Q  491 tttggtctgtttgtaat 507  Q
    | |||| ||| ||||||    
T  23062030 tatggtatgtctgtaat 23062014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 96 - 507
Target Start/End: Original strand, 32880707 - 32881120
Alignment:
Q  96 cgcacttgatgattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgcttaagc 195  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||| || ||||| | | |||||||| | ||||| |||| ||||||||||| | |    
T  32880707 cgcatttgatgattcaagaggataagtatgggtgacagcgagcaaagacacactggtatcatgatggtgacttgaataccaaatattttcatgcttcaac 32880806  T
Q  196 aacgtctagaaa-aaggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtat 294  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||| || |||| ||| |||  ||||| | | || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||    
T  32880807 cacgtcaagaaagaaggtaaaccgcattaatgttttggataataatgaaggggtacgaattgctgatgaacaaggcatgcgtcaggttgcaaaagaatat 32880906  T
Q  295 tttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccc 394  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||||||| || | |||||  | |    
T  32880907 tttgagactttatttttagagagcaatagtactcgtgcaccggttgttaatataatagaaaaagttgtgtctgatgatgataatattatgctaactgctc 32881006  T
Q  395 cttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccggg-tttctttcaacattttt 493  Q
    | ||| ||  | | || || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||  | |||||||| |||| ||| ||| |||||||| |||     
T  32881007 cctttgaggttgaagaatttaaggacgctacgttttctatgcatccagataagtgtcctggtccagatggttttaatctgggatttttttcaacaatttc 32881106  T
Q  494 ggtctgtttgtaat 507  Q
    ||||||| ||||||    
T  32881107 ggtctgtctgtaat 32881120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 43992323 - 43992238
Alignment:
Q  104 atgattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgc 189  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | ||  |||| || ||||||||||| ||| |||||||  | ||||| || |||||||||||    
T  43992323 atgattcaagaggataagtattggagacaaagagcaaaaactcattggtatcgtgatggtgatttaaatacaaatttttttcatgc 43992238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 4 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 28593124 - 28592621
Alignment:
Q  4 aattgaaaattgtcgacgtgaattgaatcgttgtcgtaaccaaggggcagtggccgatccaaacacattgaaaaatttgcaaaagcgtatgacgcacttg 103  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |  |||||||| | ||| ||||| |     |||| ||| ||||  || || ||||| || |||    
T  28593124 aattgaaaattgtcgtcgtgacttgaaccgttgtcggagtcaaggggctgcggctgatcctagtttgttgacaaacttgcgcaaacgcatgacacatttg 28593025  T
Q  104 atgattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgcttaagcaacgtcta 203  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  28593024 at-attcaagaggataagtattggcgacaacgagcaaagacacactggtatcgtgatggtgacttgaataccaaattttttcatgcttcagccacgtcaa 28592926  T
Q  204 gaaa-aaggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgaaac 302  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||  ||||| | | || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||| ||    
T  28592925 gaaagaagataaaccgcattaattttttggataatgatgaaggggtacgaattgctgatgaacaaggcatgagtcaggttgcaaaagaatattttgagac 28592826  T
Q  303 tttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccccttttcag 402  Q
    ||||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||||||| || |  ||||| | || ||||||    
T  28592825 tttatttttagagagcaatagtactcgtgcaccggttgttaatataatagaaaaagttgtgtctgatgatgataatattatgttaaccgctccctttcag 28592726  T
Q  403 tctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtctgttt 502  Q
     || | || || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  28592725 gctgaagaatttaatgacgctatgttttctatgcatccagataagtgtcctggtccggatggttttaatccgggattttttcaacaattttggtctgttt 28592626  T
Q  503 gtaat 507  Q
    |||||    
T  28592625 gtaat 28592621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 92 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 21279432 - 21279016
Alignment:
Q  92 atgacgcacttgatgattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgctt 191  Q
    |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||| | ||||| |||   |||||||| |    
T  21279432 atgacgcaattgatgattcaagaagataactattggcggcaacgagctaagacacattggtatcgtgatggtgacgtgaatacaaaaaaatttcatgcat 21279333  T
Q  192 aagcaacgtctagaaa-aaggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagg 290  Q
     ||| || || ||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||   |||| | |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  21279332 cagccacatcaagaaagaaggtaaaccacattaattttctggataatgatgaacgggtacgagttgctgatgaacaaggcatgtgtcaggttgcaaaaga 21279233  T
Q  291 gtattttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaacc 390  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||  ||||||||||||| | || ||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  21279232 atattttgacactttatttttagagagtaatagtactcctgcaccggttgtagatataatagaaaaatttgtgtttgatgatgataatgttatgctaacc 21279133  T
Q  391 accccttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatt 490  Q
     | || |||||| || | || ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  | ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  21279132 gctccctttcaggctaaagaatttgaagacgctatgttttctatgcatccagataagtgtcctggtccagatggatttaatccgggtttttttcaacatt 21279033  T
Q  491 tttggtctgtttgtaat 507  Q
    |||||| ||| ||||||    
T  21279032 tttggtatgtctgtaat 21279016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 268 - 300
Target Start/End: Original strand, 16819948 - 16819980
Alignment:
Q  268 ggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgaa 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16819948 ggtatgtgtcaggttgcaaaggggtattttgaa 16819980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 92 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 25907432 - 25907016
Alignment:
Q  92 atgacgcacttgatgattcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgctt 191  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || | ||| ||| |||||||| | ||||| |||||| |||||||||    
T  25907432 atgacacatttgatgattcaagaggataagtattggcgacagcgagcaaagacacacttgtatcgtgatggtgacttgaataccaaatttcttcatgctt 25907333  T
Q  192 aagcaacgtctagaaa-aaggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagg 290  Q
     ||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||  ||||| | | || | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||     
T  25907332 cagccatgtcaagaaagaaggtaaaccgcattaattttttggataatgatgaaggggtacgaattgctgatgaacaaggcatgagtcaggtggcaaaaga 25907233  T
Q  291 gtattttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatgataatgttttactaacc 390  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||||||| || |  |||||    
T  25907232 atattttgagactttatttttagagagcaatagtactcgtgcaccggttgttaatataatagaaaaagttgtgtctgatgatgataatattatgataacc 25907133  T
Q  391 accccttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatt 490  Q
     | || |||||| || | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||| || |||||| | |    
T  25907132 gctccctttcaggctgaagaatttaaggacgctatgttttctatgcatccagataagtgtcctggtccggatggttttaatccgggattttttcaataat 25907033  T
Q  491 tttggtctgtttgtaat 507  Q
    |||||||||| ||||||    
T  25907032 tttggtctgtatgtaat 25907016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 259 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 13109023 - 13108784
Alignment:
Q  259 gatgaacaaggtatgtgtcaggttgcaaaagggtattttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaag 358  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| |        ||||| |||||| ||||  |||||||||    
T  13109023 gatgaacaaggcatgcgtcagattgcaaa-gaatattttgaaactttatttttagagagtaata--------gcaccagttgtagacatagtagaaaaag 13108933  T
Q  359 ttgtttttgatgatgataatgttttactaaccaccccttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctc 458  Q
    || | | |||||||||||||||| | |||| | | |||||||||  | | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |  |    
T  13108932 ttttgtctgatgatgataatgttatgctaatcgctccttttcaggatgaagagtttaaggacgctatgttttctatgcatccagataagtgttctagtcc 13108833  T
Q  459 ggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtctgtttgtaat 507  Q
     |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13108832 tgatggttttaatccgtgcttctttcaacaattttggtctgtttgtaat 13108784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 174 - 507
Target Start/End: Original strand, 30302013 - 30302346
Alignment:
Q  174 ctaaattttttcatgcttaagcaacgtctagaaaaaggtaaaccgtattaattttctggaaaatgatgtgggggtccaagtttcagatgaacaaggtatg 273  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||  ||||| | | || | ||||||||||| |||    
T  30302013 ctaaattttttcatgcttcagccacgtcaagaaagaggtaaaccgcattaattttttggataatgatgaaggggtacgaattgctgatgaacaaggcatg 30302112  T
Q  274 tgtcaggttgcaaaagggtattttgaaactttatttttggagagtaacatcacttgtgcaccggttgtaaacattatagaaaaagttgtttttgatgatg 373  Q
     |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||  || || |||||||||||||| | ||||||||    
T  30302113 agtcaggttgcaaaagaatattttgagactttatttttagagagcaatagtactcgtgcaccggttggtaatataatagaaaaagttgtgtctgatgatg 30302212  T
Q  374 ataatgttttactaaccaccccttttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatcc 473  Q
    ||||| || | |||||| | || |||||| || | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||    
T  30302213 ataatattatgctaaccgctccctttcaggctgaagaatttaaggacgctatgttttctatgcatccagataagtgtcctggtccggatggttttaatcc 30302312  T
Q  474 gggtttctttcaacatttttggtctgtttgtaat 507  Q
    ||| || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30302313 gggattttttcaacaattttggtctgtctgtaat 30302346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 397 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 14859809 - 14859701
Alignment:
Q  397 tttcagtctcatgagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggt 496  Q
    |||||| |||| || |||||||| | |||||| || |||||||||||||| |||| |||  ||||||| ||  |||| |  || ||||||||||||||||    
T  14859809 tttcagcctcaagaattcaaggatgttatgttctcaatgcatccagataaatgtcctggtccggatggatttgatcctgaattttttcaacatttttggt 14859710  T
Q  497 ctgtttgta 505  Q
    || ||||||    
T  14859709 ctatttgta 14859701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 424 - 497
Target Start/End: Original strand, 20585039 - 20585112
Alignment:
Q  424 atgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttggtc 497  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |  || ||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||||    
T  20585039 atgttttccatgcaaccagacaagtgcccgggttcggatggttttaatcctgttttctatcaacacttttggtc 20585112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 427 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 14493303 - 14493235
Alignment:
Q  427 ttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggtttctttcaacatttttgg 495  Q
    |||||||||||  || ||||||||| ||   ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  14493303 ttttccatgcaagcatataagtgtcctgatccggatggattcaacccgggtttctatcaacatttttgg 14493235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0985 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0985
Description:

Target: scaffold0985; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 540 - 457
Alignment:
Q  108 ttcaagaggacaagtattggcggcagcgagctaagactcattggtaccgttatggtgaccttaatactaaattttttcatgctt 191  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  540 ttcaagaagacatgtattggaggcagagagctaagacacactggtaccgtgatggagaccttaataccaaattctttcatgctt 457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 479
Target Start/End: Original strand, 17784144 - 17784214
Alignment:
Q  409 gagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggttt 479  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||   ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  17784144 gagttcaaggatgctattttctctatgcatccagataagtgttcaggcccagatggcttcaatccgggttt 17784214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 479
Target Start/End: Original strand, 19085663 - 19085733
Alignment:
Q  409 gagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggttt 479  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||   ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  19085663 gagttcaaggatgctattttctctatgcatccagataagtgttcaggcccagatggcttcaatccgggttt 19085733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 479
Target Start/End: Original strand, 19092771 - 19092841
Alignment:
Q  409 gagttcaaggacgctatgttttccatgcatccagataagtgtcatggctcggatggtttcaatccgggttt 479  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||   ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  19092771 gagttcaaggatgctattttctctatgcatccagataagtgttcaggcccagatggcttcaatccgggttt 19092841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University