View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16796_low_1 (Length: 856)

Name: NF16796_low_1
Description: NF16796
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16796_low_1
NF16796_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (13-838)||(38608658-38609483)
chr8 (13-838)||(38793441-38794266)
chr8 (95-838)||(38120719-38121465)
chr8 (140-250)||(34592844-34592957)
chr8 (13-72)||(34592970-34593029)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (95-835)||(28730296-28731036)
chr4 (12-208)||(33078483-33078658)
[»] scaffold0082 (1 HSPs)
scaffold0082 (735-835)||(33897-33997)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (416-479)||(18224363-18224426)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 766; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 766; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 38609483 - 38608658
Alignment:
Q  13 agcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609483 agcacaaagccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 38609384  T
Q  113 aaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 212  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609383 aaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 38609284  T
Q  213 accattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 312  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609283 accattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 38609184  T
Q  313 tcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609183 tcgcctgacctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 38609084  T
Q  413 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609083 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 38608984  T
Q  513 attggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagat 612  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608983 atcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagat 38608884  T
Q  613 cagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaat 712  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608883 cggcgatcgacaagtaataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaat 38608784  T
Q  713 agtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608783 agtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgt 38608684  T
Q  813 agcatgaggcgcattatagcagggag 838  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  38608683 agcatgaggcgcattatagcagggag 38608658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 766; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 38794266 - 38793441
Alignment:
Q  13 agcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794266 agcacaaagccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 38794167  T
Q  113 aaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 212  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794166 aaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 38794067  T
Q  213 accattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 312  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794066 accattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 38793967  T
Q  313 tcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793966 tcgcctgacctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 38793867  T
Q  413 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793866 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 38793767  T
Q  513 attggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagat 612  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793766 atcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagat 38793667  T
Q  613 cagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaat 712  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793666 cggcgatcgacaagtaataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaat 38793567  T
Q  713 agtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793566 agtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgt 38793467  T
Q  813 agcatgaggcgcattatagcagggag 838  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  38793466 agcatgaggcgcattatagcagggag 38793441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 838
Target Start/End: Original strand, 38120719 - 38121465
Alignment:
Q  95 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcat---catcatcgaagcatcgcactcacagg 191  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  38120719 tgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcatcgaagcatcgcactcacagg 38120818  T
Q  192 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaa 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  38120819 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagtagtgacatcagcagcacaaccaccacgtccatcag 38120918  T
Q  292 gagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaa 391  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||| |||||  | || |||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38120919 gagcagagcaggtttcttccgtggcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccgatgctccttcacctcctaa 38121018  T
Q  392 tatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 491  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121019 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 38121118  T
Q  492 actctcacatagttaatcctcattggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 591  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121119 actctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 38121218  T
Q  592 caactggaagcttctcaagatcagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatataga 691  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38121219 caaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatataga 38121318  T
Q  692 aagatcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacgg 791  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121319 aagatcatcaacagcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatagcaagggagaggatgctgaaaccgttattacgg 38121418  T
Q  792 agcctgagcattgcatctcgtagcatgaggcgcattatagcagggag 838  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38121419 agccttaccattgcatctcgtagcatgaggcgcataatagcagggag 38121465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 140 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 34592957 - 34592844
Alignment:
Q  140 agaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatg 236  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| |    
T  34592957 agaaagaagtaaaccgcaatcttcatcatcatcattgaagcatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcctgacccgaggcacg 34592858  T
Q  237 ggagacacacctgc 250  Q
    ||||||||||||||    
T  34592857 ggagacacacctgc 34592844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 34593029 - 34592970
Alignment:
Q  13 agcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcacttt 72  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34593029 agcacaaagccacaaactaaacaacaatgcaagttaactacaaattcagagtttcacttt 34592970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 835
Target Start/End: Original strand, 28730296 - 28731036
Alignment:
Q  95 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggcca 194  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| || |||| |||||||||||||    
T  28730296 tgtaaacttattaactacaaatttcatatagttttacttcagcagagaaagaagtaaatcgcaatcttcgtcatgatcaaaccatcacactcacaggcca 28730395  T
Q  195 tggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagag 294  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28730396 tggtgatcttcaatctcaaacattggcctgacctgaggcatgggagacacacctgttgcagcagtgacatcagcagcacagccaccacgcccatcaagag 28730495  T
Q  295 cagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatat 394  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| |||||  | || |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  28730496 cagagcaggtttcttcagtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacctgctccttccgatgctccttcacctcctaagat 28730595  T
Q  395 agtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaact 494  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||     
T  28730596 agtatcataagcatccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactatgcacaactatcttcacattacggatgacgtcagcaaccttcacc 28730695  T
Q  495 ctcacatagttaatcctcattggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 594  Q
    || ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730696 ctaacatagttaatcctcatcggtgctaatgtcactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 28730795  T
Q  595 ctggaagcttctcaagatcagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaag 694  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730796 ctggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaacgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaag 28730895  T
Q  695 atcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagc 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730896 atcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctcttcgtattttaccttcattgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagc 28730995  T
Q  795 ctgagcattgcatctcgtagcatgaggcgcattatagcagg 835  Q
    |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28730996 ctgagcgttgtgtctcgtagcatgaggcgcataatagcagg 28731036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 33078658 - 33078483
Alignment:
Q  12 gagcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaacta 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      ||||||||||||||||    
T  33078658 gagcacaaagccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcacttttgtacatgaacaacagt------gtaaacttattaacta 33078565  T
Q  112 caaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaat 208  Q
    |||||||                  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33078564 caaattt------------------cagagaaagaagtaaaccgcgatcttcatcatcatcattgaagcatcgcagtcacagcccatggtgatcttcaat 33078483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0082
Description:

Target: scaffold0082; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 735 - 835
Target Start/End: Original strand, 33897 - 33997
Alignment:
Q  735 agctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgtagcatgaggcgcattatagcag 834  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || ||||  ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  33897 agctcggcgtacttcaccttcatagcgagggctaggatgctgaagccattgttacggagccggagcatggcatctctgagcatcaggcgcattatagcag 33996  T
Q  835 g 835  Q
    |    
T  33997 g 33997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 416 - 479
Target Start/End: Original strand, 18224363 - 18224426
Alignment:
Q  416 aggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacg 479  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||    
T  18224363 aggattaatatgtggaaatggcaagtacacactgtgcacgacgatcttgacgttgcggatgacg 18224426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University