View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16796_low_4 (Length: 698)

Name: NF16796_low_4
Description: NF16796
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16796_low_4
NF16796_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-683)||(35627007-35627665)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 563; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 35627665 - 35627007
Alignment:
Q  16 tgtgaaattatttagtggtcctgnnnnnnnntatattaatctcaaacatacaagggaggtttctcaggctataaatcaacaccagatatagtttccttta 115  Q
    |||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35627665 tgtgaaattatttagtggtcctgaaaataaatatattaatctcaaacatacaagggaggtttctcaggctataaatcaacaccagatatagtttccttta 35627566  T
Q  116 ccatgcaccaattattttgagagtgaaagagcatcatgggatcagaaacagtctctcagataatccctgtcgttgacttgtccgaccaaaacatgaaacc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35627565 ccatgcaccaattattttgagagtgaaagagcatcatgggatcagaaacagtctctcagataatccctgtcgttgacttgtccgaccaaaacatgaaacc 35627466  T
Q  216 tggtactgacacatgggtctcagcttgcaatgttgtgaaaacttcactagaagactatggttgtttcgtggcacactatgataaaattggcaaagaactt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35627465 tggtactgacacatgggtctcagcttgcaatgttgtgaaaacttcactagaagactatggttgtttcgtggcacactatgataaaattggcaaagaactt 35627366  T
Q  316 tgtgacaatgttatctttggaattgaagaattcttcaagctccctttggaaacaaaagcgcaaaagataagtgatagacctttccatggctactcaggac 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35627365 tgtgacaatgttatctttggaattgaagaattcttcaagctccctttggaaacaaaagcgcaaaagataagtgatagacctttccatggctactcaggac 35627266  T
Q  416 aactcttaacacttcccttatatgaatctttggatatccaagatccattaactatgcttggatgtcaaatattcacccaaatcatatggcctcaaggaaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35627265 aactcttaacacttcccttatatgaatctttggatatccaagatccattaactatgcttggatgtcaaatattcacccaaatcatatggccacaaggaaa 35627166  T
Q  516 tgatcgtttctggttggtatacatactcttttcacagatataaaagtttccatttttagtaataacttcnnnnnnnncggtatcgttaaccaaaccagtg 615  Q
    | ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||         |||||||||     ||||||||    
T  35627165 taatcgtttctggttggt----atactcttttcacagatataaaagtttccatttttaataataacttctttttttttggtatcgtt-----aaccagtg 35627075  T
Q  616 ccccggggggcacaccttaatcaaaatatagattctcttatcttgaaattccatcagaatatatattt 683  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35627074 ccccggggggcacaccttaatcaaaatatagattctcttatcttgaaattccatcaaaatatatattt 35627007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University