View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16798_low_12 (Length: 589)

Name: NF16798_low_12
Description: NF16798
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16798_low_12
NF16798_low_12
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (1-572)||(31560658-31561229)
chr6 (1-572)||(33273452-33274023)
chr6 (1-550)||(33642451-33643000)
chr6 (1-572)||(33389732-33390303)
chr6 (1-572)||(33402274-33402845)
chr6 (17-456)||(31566993-31567432)
chr6 (1-547)||(33411638-33412184)
chr6 (16-572)||(9168431-9168989)
chr6 (1-572)||(33306146-33306717)
chr6 (3-540)||(33059255-33059792)
chr6 (4-540)||(33287234-33287770)
chr6 (1-572)||(33264309-33264880)
chr6 (16-395)||(33359916-33360295)
chr6 (109-182)||(13609093-13609166)
chr6 (453-521)||(13609434-13609502)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-547)||(17438677-17439223)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (1-572)||(8420-8991)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (16-544)||(31496791-31497319)
chr4 (40-537)||(31476862-31477359)
chr4 (44-544)||(31501988-31502491)
chr4 (382-540)||(31150031-31150189)
chr4 (36-547)||(31158925-31159433)
chr4 (396-547)||(31489919-31490070)
chr4 (442-547)||(31019476-31019581)
chr4 (442-547)||(31029357-31029462)
chr4 (107-335)||(31019688-31019913)
chr4 (346-510)||(31033694-31033858)
chr4 (107-335)||(31029569-31029794)
chr4 (392-547)||(31161332-31161485)
chr4 (107-256)||(31489633-31489782)
chr4 (393-549)||(31245323-31245479)
chr4 (451-549)||(31528083-31528181)
chr4 (418-547)||(31483094-31483223)
chr4 (54-182)||(31150386-31150514)
chr4 (75-170)||(31161692-31161787)
chr4 (86-252)||(31245019-31245185)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (1-228)||(3-230)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 31560658 - 31561229
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560658 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattaattctcctatagaagcattacaaaat 31560757  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560758 catttgcttttggactcggatgatggtgttcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 31560857  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31560858 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttca 31560957  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560958 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 31561057  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561058 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 31561157  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561158 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 31561229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 33274023 - 33273452
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||| | |||| | ||||||||||    
T  33274023 aaagattgttcaaacgatcttgaatatattgaagtacaaatcttcatgtttttcaaaagatttagttgggatagattctcgtttagacggattacaaaat 33273924  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  ||||    
T  33273923 catttacttttggactcggttgacagtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatggctttatatgatcaaa 33273824  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33273823 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttatagatgatgtaagcaaaatttataaattacatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttca 33273724  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  33273723 aactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattacagcgtaactaatttgatacgaagtaggctatgtcgtgaaagggtccttctgattcttgat 33273624  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33273623 aatgtggatcaagttgcacagttggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaattataatcatttctagagatgagcatatat 33273524  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | | || ||||||| ||||||||    
T  33273523 tgaaatactatggagtggatgcagtttacaaagttccacttttgaattggacagattctcacaagttatttt 33273452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 33642451 - 33643000
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  | |||||| ||||||||  ||| ||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  33642451 aaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaat 33642550  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||| |||||    
T  33642551 catttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaa 33642650  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  33642651 tatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttca 33642750  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| | |||  |||||| ||||||| |||   |  ||| ||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  33642751 aactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgtaacatggcaactgatttgatacgacgtaggctacgtcgtgagaaggcccttctgattcttgat 33642850  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33642851 aatgttgatcaagttgaacaatttgaaaaaataggtgtgcgtcgtgaatggttaggtgcaggtagtatagttattatcatttctagagatgagcatatat 33642950  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcag 550  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33642951 tgaaagtgtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcag 33643000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 33390303 - 33389732
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33390303 aaagattgttcaaaggataatgaatatattggagtgcaattcttcatgtgtttcgaaagatttagtagggattgattctcctatagaagcattacaaaat 33390204  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||    
T  33390203 catttgcttttggactcagttgatggtgttcatgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgccatgactttatatgaccaaa 33390104  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  33390103 tatctcatcgatttagtgcaaattgttttattgatgatgtaagcaaaatatatagattatgtgatggtcctttggatgcacaaaagcaaattctatttca 33390004  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||| |||   |  ||| ||| ||||| | ||||  |||||||||||    
T  33390003 aactctcgacataaaacaccatcaaatatgcaatcgttacattgcaactgatttgatacgacgtaggctaagtcgtgaaaagaccctagtgattcttgat 33389904  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33389903 aatgtggatcaaggtgaacaatcggaaaaaatagctgtgcatcgtgagtggttaggtgcaggtagtagaataattatcatttctagagatgagcatatat 33389804  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||    
T  33389803 tgaaagagtatggagtggacgtagtttacaaagttccacttttgaatcggaccgattctcacaagttatttt 33389732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 33402845 - 33402274
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  33402845 aaagattgttcaaaagataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcattaaaaaat 33402746  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  33402745 catttggttttggacttggttgatggtgttcgtgctataagaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaa 33402646  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||  | ||||||||||||||||| |||| |||    
T  33402645 tctctcatcgatttagtgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttatagattatatgatggcccaattgatgcacaaaagcaaatcctacatca 33402546  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||| | |   |  ||| ||| ||||| ||| ||||||||| |||||    
T  33402545 aactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaattgatttgatacaacgtaggctacgtcgtgaaaaggctcttctgatttttgat 33402446  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33402445 aatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggtgcgggtagtagaattattatcatttctagagatgaacatatat 33402346  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||  | |||| ||||| | ||||||||    
T  33402345 tgaaagagtatgaagtggacgtagtttacaaagttcaacttttgaattggaccgaatctcataagttatttt 33402274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 17 - 456
Target Start/End: Original strand, 31566993 - 31567432
Alignment:
Q  17 ataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggact 116  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31566993 ataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcgttacaaaatcatttgcttttggact 31567092  T
Q  117 cggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgatttag 216  Q
    ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31567093 cgattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatggggggaatagggaagacagcccttgctgagactttatatggccaaatatctcatcgatttag 31567192  T
Q  217 tgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaa 316  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  31567193 tgcatcttgttatattgatgatgtaagcaaaatttatagatcatatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaactgttggcatagat 31567292  T
Q  317 cacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttg 416  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31567293 caccaacaaatatgcaatcattacagcgccactaatttgatacgaagaaggctatgtcgtgaaagggcccttctgattcttgaaaatgtagatcaagttg 31567392  T
Q  417 gacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttagg 456  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31567393 aacaaatggaaaaaatagttgtgcgtcgtgaatggttagg 31567432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 33412184 - 33411638
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  |  ||||||||||||||| | |  ||||||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||| ||||||||||    
T  33412184 aaagattgttcaaaatataatgaatatattggattgtaaatcttcattcatttcaaaagatttagttgggataaattctcggatagaagtattacaaaat 33412085  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  33412084 catttacttttggactcggttgatggtgtttgtgctattggaatttgtggaatgggcggaataggaaagacaacccttgctatgactttatatggccaga 33411985  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  33411984 tatctcatcaatttagtgcatcttgttttatagacgatgtaagcaaaatttatagattatatgatggtcccctcgatgcacaaaggcaaatcctacttca 33411885  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||   |   || ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  33411884 aactgtcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaactgatttgatacgacgtaggttacgtcatgaaaaggcccttctgatttttgat 33411785  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  33411784 aatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagctgtgcatcgtgaatggttaggtgcgggtagtagaatcgttatcatttctagagatgagcatatat 33411685  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaat 547  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33411684 tgaaagagtacggagtggatgtagtttacaaagttccacttatgaat 33411638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 9168989 - 9168431
Alignment:
Q  16 gataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggac 115  Q
    ||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9168989 gataatgaacatatgga-gtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggac 9168891  T
Q  116 tcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgattta 215  Q
    ||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||  ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  9168890 tcaattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaactcttgcaatggttttatatgaccaaatatctcatcgattta 9168791  T
Q  216 gtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcataga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    |||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  9168790 gtgcatcctgttttattgatgatataagtaaaatttatagattgcatgatggcccactcgatgcacaaaagcaaatcttacttcaaactctcggcataga 9168691  T
Q  316 acacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagtt 415  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| || || ||||||||  ||   |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9168690 acaccatcaaatatgcaatcgctacagtgccacaaatttgatatgacgtatactatgtcgtgaaagggccctcctgattcttgataatgttgatcaagtt 9168591  T
Q  416 ggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggag 515  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9168590 gaacaattggaaaaaatagatgtgcatcgtgaatggttaggtgtgggtagtagaattattatcgtatcttgagatgagcatatattgaaagagtatggag 9168491  T
Q  516 ---tggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||  ||||||||    
T  9168490 tactggatgtagtttacaaagttccactcttgaatcagactgaatctcactagttatttt 9168431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 33306717 - 33306146
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  | |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  33306717 aaagattgttcaaaagataatgagtatattggagtgcaaatcttcatatatttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcattaaaaaat 33306618  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||    
T  33306617 catttgcttttggactcggttgattgtgtttgtgctataggaatttctggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatggctttatatgaccaaa 33306518  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  33306517 tatctcatcgatttagtgcatcctgctatattgatgatgtaaccaaaatttatagtttacatgatggtccactcaatgcacaaaagcaaatcctatttca 33306418  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| ||||||| ||||||| |||   |  ||| ||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  33306417 aactctaggcatagaacaccatctaataagcaatcgttacaacgcaactgatttgatacgacgtaggctacgtcgtgaaaaggtccttctgattcttgat 33306318  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    |||||  || |||||| ||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  33306317 aatgtcaatgaagttgaacaattggaaaaaattgcagtgcatcgcgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttgtcatttctagagatgagcatatat 33306218  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||| ||||||||    
T  33306217 tgaaggagtatggagtggatgtattttacaaagttccactcttgaatatggccgaatctcacaagttatttt 33306146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 3 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 33059792 - 33059255
Alignment:
Q  3 agattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatca 102  Q
    |||||||||  | |||||| ||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33059792 agattgttcaaaagataatcaatatattggaatgcaaatattcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatacaagcattacaaaatca 33059693  T
Q  103 tttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaata 202  Q
    |||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  33059692 tttgcttttgaactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaaaacaacccttgctacgactttatatggccaaata 33059593  T
Q  203 tctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaa 302  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |  ||||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||| ||||||    
T  33059592 tctcatcaatttagtgcatcttgttttattgacgatgtaaccaaaatttatggattacatgatgatccactcgatgtacaaaaacaaatcctatttcaaa 33059493  T
Q  303 ctgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataa 402  Q
    || |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||   ||||||| |||||| | ||  || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  33059492 ctctcggcatagaacaccaacaaatatgcaatcgttaccatgcaactactttgatacaaaggaagctatgtcatgaaagaacccttatgattcttgataa 33059393  T
Q  403 tgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattg 502  Q
    ||| || ||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33059392 tgtggaccaagttgaacaattggagaaaatagcggtgcatcgtgaatggttaggtccaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcatgtattg 33059293  T
Q  503 aaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccact 540  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33059292 aaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcact 33059255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 4 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 33287770 - 33287234
Alignment:
Q  4 gattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  33287770 gattgttcagacgataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgggtttcaaaagatttagttgcgattaattctcctatagaagccttacaaagtcat 33287671  T
Q  104 ttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatat 203  Q
    |||| |||||| |||| |||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||||  |||||||    
T  33287670 ttgcatttggattcggttgatggagttcgtgcaataggaatttgtggaatgggaggaatagggaaaacaaccctttctatggctttatatgatcaaatat 33287571  T
Q  204 ctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaac 303  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||   |||||  | ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  33287570 cccatcgatttagtggatcttgttttattgaagatgttgccaaaaaatttagattacatgatggtcccctcgatgcacaaaaggaaatcctacttcaaac 33287471  T
Q  304 tgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataat 403  Q
     ||||| |||||| || |||| |||||||||| | || | |||||||||||||| | ||  |  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33287470 cgtcggaatagaagaccatcatatatgcaatcgtcaccgtgcaactaatttgatacaaagtaggctacgtcgtgaaagggcccttcttattcttgataat 33287371  T
Q  404 gtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattga 503  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33287370 gtagatcgagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggcgtaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgg 33287271  T
Q  504 aagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccact 540  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33287270 aagagtatggagtggatgtagtctacaaagttccact 33287234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 33264880 - 33264309
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  | |||||||| || |||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||  |||||| | |||||||||||||||||    
T  33264880 aaagattgttcaaaagataatgagtacattggaatgcaaatcttcatgtgtttcaaaagacttagttgcgatagattctcgtttagaagcattacaaaat 33264781  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||| |||||||||  || |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  33264780 catttccttttggacatggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaa 33264681  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    | | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||  | ||||||||||||||||| |||| |||    
T  33264680 tctgtcatcgatttgatgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggtccaatagatgcacaaaagcaaatcctacatca 33264581  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||  |||  |  ||| ||| ||||| | ||||||| |||||||||    
T  33264580 aactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataagaaataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattcttgat 33264481  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||    
T  33264480 aatgtggatcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatat 33264381  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||  |||||| ||||||||    
T  33264380 tgaaagaatataaagtggatgtagtttacaaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttatttt 33264309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 33360295 - 33359916
Alignment:
Q  16 gataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggac 115  Q
    |||||| ||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33360295 gataatcaatatattggaatgcaaatattcatgtgtttcaaaagatttagttgagattgattctcctatacaagcattacaaaatcatttgcttttgaac 33360196  T
Q  116 tcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgattta 215  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||||    
T  33360195 tcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaattggaggaattgggaaaacaacccttgctacgactttatatggccaaatctctcaccaattta 33360096  T
Q  216 gtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcataga 315  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||  |||||||| |||  |  ||||  ||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || |||||||    
T  33360095 gtgcatctttttttattgatgatgtaactaaaatttacagactacatgataatccactcgatgcacaaaagaaaatcctatttcaaactctcagcataga 33359996  T
Q  316 acacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattc 395  Q
    ||||||| |||||||| ||  ||||   ||||||| |||||| | ||  |  |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  33359995 acacaataaaatatgcgattgttaccatgcaactactttgatacaaaggaggctatgtcatgaaagagcccttttgattc 33359916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 109 - 182
Target Start/End: Original strand, 13609093 - 13609166
Alignment:
Q  109 tttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgcta 182  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||    
T  13609093 tttggactcagatgatgatgttcgagttgtagggatttgtggaatgggcggaataggaaagacaactcttgcta 13609166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 453 - 521
Target Start/End: Original strand, 13609434 - 13609502
Alignment:
Q  453 taggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg 521  Q
    ||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||  ||||| |||| |||| ||||||| ||||    
T  13609434 taggttcagggagtagaattatcgtaatttctagagatggccatatcttgagagagcatggagtagatg 13609502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 547
Target Start/End: Original strand, 17438677 - 17439223
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||| | | |||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17438677 aaagattgttcaaaagataatgaatatattggaatgcaaatcttcatgtaattcaaaagatttagttgggataaattctcgtatagaagcattaaaaaat 17438776  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| ||||||||||    
T  17438777 catttacttttggactcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctttggatttatatggccaaa 17438876  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    | ||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| || || ||||||||||||||  || ||||    
T  17438877 tctctcatcgatttgatgcatcttgtttcattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccacttgaagcacaaaagcaaatcatatttca 17438976  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgc-gaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttga 399  Q
    |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||| | | ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17438977 aactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaacatatttgatacggcataga-ctatgtcatgaaagggcacttctgattcttga 17439075  T
Q  400 taatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatata 499  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17439076 taatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcttgaatggttaggtgcaggtagtagaatcattatcatttctagagatgagcatata 17439175  T
Q  500 ttgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaat 547  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17439176 ttgaaaaagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaat 17439223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 8991 - 8420
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  |||||  ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||| || ||    
T  8991 aaagattgttcaaacgatcttgaatatattgaagtgcaaatcttcattcgtttcaaaagatttagttgggataaattctcgtacagaagcattaaaacat 8892  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    || || |||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  8891 cagttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaa 8792  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttca 300  Q
    | | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||  | ||||||||||||||||| |||| |||    
T  8791 tctgtcatcgatttgatgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggtccaattgatgcacaaaagcaaatcctacatca 8692  T
Q  301 aactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgat 400  Q
    |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||   |  ||| ||| ||||| | ||||||| |||||||||    
T  8691 aactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataagacataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattcttgat 8592  T
Q  401 aatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatat 500  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||    
T  8591 aatgtggatcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatat 8492  T
Q  501 tgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttatttt 572  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  | |||||||||||| ||||||||    
T  8491 tgaaagaatataaagtggatgtagtttacaaagttccactgttggattggaccgagtctcacaagttatttt 8420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 544
Target Start/End: Original strand, 31496791 - 31497319
Alignment:
Q  16 gataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggac 115  Q
    ||||||| |||| ||| | | |||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||  | |||| |||  ||  |||| |||| | ||| |||||||||    
T  31496791 gataatggatattttggattgcaaatctatatgtgtttcaaatgatttagttgggatggactctcatatgcaaaaattagaaaagcttttacttttggac 31496890  T
Q  116 tcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgattta 215  Q
    |||| | ||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||||||   |||| ||| ||| ||||     
T  31496891 tcggttaatgatggtcgtgtcataggaatttgtgggatgggaggaatagggaagactacccttgctactgctttgtatgctaaaatctctaatcaatttg 31496990  T
Q  216 gtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcataga 315  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| || ||| |||  |||||||||||||||| ||||||| ||     |||    
T  31496991 atgcatgatgttttattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggaccactcaatgttcaaaagcaaattctacatcaaactctcaatgaaga 31497090  T
Q  316 acacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagtt 415  Q
    |||| |||| |||||||||| | ||| |||| |||| ||||| |||   |  ||||||  | ||||   |||| ||||| |||||||||| ||| |||||    
T  31497091 acaccatcatatatgcaatcttcacatcgcatctaacttgatacgacgcaggctatgttgtcaaagtatccttttgatttttgataatgttgataaagtt 31497190  T
Q  416 ggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggag 515  Q
    | |||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||  || |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  31497191 gaacaattagaaaaaatagttgttcgtcgtgattggttagatgtgggtagtaaaatcattatcatttctagagacgagcatatactgaaagagtatggag 31497290  T
Q  516 tggatgtagtttacaaagttccacttttg 544  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  31497291 tggatgaggtttacaaagttcctcttttg 31497319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 40 - 537
Target Start/End: Original strand, 31476862 - 31477359
Alignment:
Q  40 atcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttata 139  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||  ||||||||| | ||| |||| |||| | ||| ||||||||||| | ||||| || || |||| ||    
T  31476862 atcttcaagtgcttcaaacgatttagttgggatggattctcctagacaagaattagaaaagcttttacttttggactctgttgatgatgttcatgttgta 31476961  T
Q  140 ggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatg 239  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||  |||  | | ||||    ||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  31476962 ggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttggcatggttctatatgatagaatttctcatcaatttggtgcatgctgttttattgatgatg 31477061  T
Q  240 taagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcatta 339  Q
    |||||||||| | ||||| |  |||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||   | | |||||||| |||||||||| ||     
T  31477062 taagcaaaatgtttagattacatgatgggccactcgatgttcaaaagcaaattctacatcaaactctcggtgaaaatcacaatcagatatgcaatctttc 31477161  T
Q  340 cagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtg 439  Q
    ||  ||| |||| |||||  ||   |  ||||||| | |||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||     
T  31477162 cactgcatctaacttgattagacgtagactatgtcgtcaaagggtccttatgatttttgataatgttgataaagttgaacaactggaaaaaataggtgtt 31477261  T
Q  440 cgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttcc 537  Q
     ||||||||||| ||||||  || |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  31477262 tgtcgtgaatggctaggtgagggaagtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatgaagtttacaaagttcc 31477359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 44 - 544
Target Start/End: Original strand, 31501988 - 31502491
Alignment:
Q  44 tcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaa 143  Q
    |||||||||||||||||  ||||| | |||  ||||| |||| |||||||| |||| | ||| || |||||||| | ||||| || ||  | | ||||||    
T  31501988 tcatgtgtttcaaaagacatagttggaattgtttctcatatacaagcattagaaaaacttttactcttggactctgttgatgatgttcaagctgtaggaa 31502087  T
Q  144 tttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaag 243  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| || |  | | ||||    ||| ||||||| |||| ||||||  |||||||| |||||||||||    
T  31502088 tctgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttggtagggttctatatgatagaatttctcatcaatttggtgcatgttgttttatcgatgatgtaag 31502187  T
Q  244 caaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagc 343  Q
    |||||| | ||||| |  |||||| || || | ||  ||||||||||| |||  ||||||   |||   ||||||||||||||||||||||| ||  |      
T  31502188 caaaatgtttagattacatgatggaccacttggtgttcaaaagcaaatactatatcaaacacacggtgaagaacacaatcaaatatgcaatctttctact 31502287  T
Q  344 gcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtc 443  Q
    ||| |||| ||||| |||   |  ||||||| | |||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||| ||     
T  31502288 gcatctaacttgattcgacgcaggctatgtcgtcaaagggtccttttgatttttgataatgttgataaagttgaacaactggaaaaaataggtgtgtgtg 31502387  T
Q  444 ----gtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccac 539  Q
        |||||||||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  31502388 tgtggtgaatggttaggtgg-ggtagtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaaattttttggagtggatgaagtttacaaagttcctc 31502486  T
Q  540 ttttg 544  Q
    |||||    
T  31502487 ttttg 31502491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 382 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 31150189 - 31150031
Alignment:
Q  382 ggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatt 481  Q
    ||||||| | |||||||| ||||| |||||||||| |||| | || ||| |||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  31150189 ggcccttataattcttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgagaaattagccgtgaatcgtgaatggttaggtgcggggagtagaatcattataatt 31150090  T
Q  482 tctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccact 540  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31150089 tctagagacgagcatatcttgaaagagtatggagtggatgttgtttacaaagttccact 31150031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 36 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 31159433 - 31158925
Alignment:
Q  36 acaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgt 135  Q
    |||||| ||||||| || ||||||| |||||| | || |||| ||||||||||  | ||  |||||  || ||||||||||| | ||||| || ||| ||    
T  31159433 acaaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggt 31159334  T
Q  136 tataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgat 235  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||| |||   |||| | |||   ||| ||||||||||||  || |   ||||||||||||    
T  31159333 tgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactcttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgat 31159234  T
Q  236 gatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatc 335  Q
    ||| |||||| ||| |||||| ||  |||||||||  | | ||||||||||||||| ||||  |||||| | |||   ||||||  |||||||| |||||    
T  31159233 gatctaagcagaatatataga-ca--tgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatc 31159137  T
Q  336 attacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagc 435  Q
      ||   | ||||||||||||| | ||  |  ||| | |    | | || ||| | ||  |||||||||| ||| |||||| |||| | || ||| ||||    
T  31159136 tatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccgcctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagc 31159037  T
Q  436 tgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagtt 535  Q
    ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31159036 tgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgtagtttacaaagtt 31158937  T
Q  536 ccacttttgaat 547  Q
    ||||| ||||||    
T  31158936 ccactcttgaat 31158925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 396 - 547
Target Start/End: Original strand, 31489919 - 31490070
Alignment:
Q  396 ttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagca 495  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| | || ||| | | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||    
T  31489919 ttgataatgttgataaagttggacaacttgataaattgggtgtgaatcgtgaatggttaggtgcagggagtagaatcattataatttctggagatgaaca 31490018  T
Q  496 tatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaat 547  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  31490019 tatcttgaaagagtatggagttgatgtagtttacagagttccactcttgaat 31490070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 442 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 31019581 - 31019476
Alignment:
Q  442 tcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccactt 541  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||     
T  31019581 tcgtgaatgtttaggtgtagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccactc 31019482  T
Q  542 ttgaat 547  Q
    ||||||    
T  31019481 ttgaat 31019476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 442 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 31029462 - 31029357
Alignment:
Q  442 tcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccactt 541  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||     
T  31029462 tcgtgaatatttaggtgcagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccactc 31029363  T
Q  542 ttgaat 547  Q
    ||||||    
T  31029362 ttgaat 31029357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 107 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 31019913 - 31019688
Alignment:
Q  107 cttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctc 206  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||   |||| ||||| ||||| ||||    
T  31019913 cttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactctggctactgctttatatggtcaaatctctc 31019814  T
Q  207 atcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgt 306  Q
    ||| ||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||||   | | ||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  31019813 atcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatataga-ca--tgatggtcaagttggtgcacaaaagcaaattctacaccaaactct 31019717  T
Q  307 cggcatagaacacaatcaaatatgcaatc 335  Q
     ||||  ||||||  ||| ||||||||||    
T  31019716 tggcaaggaacactttcagatatgcaatc 31019688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 346 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 31033858 - 31033694
Alignment:
Q  346 aactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgt 445  Q
    |||||||||||| ||| | || ||| |||||  ||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||   ||| ||| |||||||| || ||    
T  31033858 aactaatttgatacgactcaagctaggtcatataagagcccttctagttcttgataatgttgatcaagttgaacagcaggagaaattagctgtgagtagt 31033759  T
Q  446 gaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagta 510  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  31033758 gaatgtttaggtgctgggagtagaattgttataacttctagagatgttcatatcttgaaagagta 31033694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 107 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 31029794 - 31029569
Alignment:
Q  107 cttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctc 206  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||  |||   |||| ||||| ||||| ||||    
T  31029794 cttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactctgactactgctttatatggtcaaatctctc 31029695  T
Q  207 atcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgt 306  Q
    ||| ||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||||   | | ||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  31029694 atcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatataga-ca--tgatggtcaagttggtgcacaaaagcaaattctacaccaaacttt 31029598  T
Q  307 cggcatagaacacaatcaaatatgcaatc 335  Q
     ||||  ||||||  ||| ||||||||||    
T  31029597 tggcaaggaacactttcagatatgcaatc 31029569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 392 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 31161485 - 31161332
Alignment:
Q  392 attcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatg 491  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||| | |||||| |||||| |  || |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| | || ||||||||    
T  31161485 attcttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgaaaaactagctgag--tcatgaatggttatgtgcggggagtagaatcattataacttttagagatg 31161388  T
Q  492 agcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaat 547  Q
    ||||||| ||||||| || ||  |||||||| || |||||||||||| | ||||||    
T  31161387 agcatatcttgaaagtgtttgttgtggatgttgtctacaaagttccattgttgaat 31161332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 107 - 256
Target Start/End: Original strand, 31489633 - 31489782
Alignment:
Q  107 cttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctc 206  Q
    |||||||||||   ||||| || ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||   |||| ||||| ||||| ||||    
T  31489633 cttttggactccattgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactctggctactgctttatatggtcaaatctctc 31489732  T
Q  207 atcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttataga 256  Q
    ||| ||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  31489733 atcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatataga 31489782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 393 - 549
Target Start/End: Original strand, 31245323 - 31245479
Alignment:
Q  393 ttcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatga 492  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||| | ||| ||   || |||||| ||||  ||||||||||||| || || |||||||||||||     
T  31245323 ttcttgataatgttgatcaagttgaacaactggataaattggctatgacacgagaatggctaggcacagggagtagaatcatcataatttctagagatgt 31245422  T
Q  493 gcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatca 549  Q
     ||||| |||| |||| ||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||| ||||    
T  31245423 tcatatcttgagagagcatggagtagatgaagtgtacaaagttcgactcttggatca 31245479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 31528181 - 31528083
Alignment:
Q  451 gttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatca 549  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||||   ||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  31528181 gttaggtgttgggagtagaatcattataatttcgagagatactcatatcttgaataggtatggagtggatgtagttttcaaagttccactcttgaatca 31528083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 418 - 547
Target Start/End: Original strand, 31483094 - 31483223
Alignment:
Q  418 acaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtg 517  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  |||| |||  |||| ||||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||    
T  31483094 acaattggagaaactagctgtgactcgtaaatcattagctgcagggagcagaatcattatagtttgtagagatgctcatatcttggaagagtatggagtg 31483193  T
Q  518 gatgtagtttacaaagttccacttttgaat 547  Q
    || | | |||||||||||||| | ||||||    
T  31483194 gacgcactttacaaagttccattcttgaat 31483223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 54 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 31150514 - 31150386
Alignment:
Q  54 caaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaat 153  Q
    ||||| |||||||  ||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||| ||  |||||| ||||||||||||| ||    
T  31150514 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 31150415  T
Q  154 gggaggaatagggaagacagcccttgcta 182  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  31150414 gggtggagtagggaagacaacccttgcta 31150386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 31161787 - 31161692
Alignment:
Q  75 attctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaaga 170  Q
    |||||| || ||||| |||| |||| ||||| |||||||| |||| ||||| ||  || ||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  31161787 attctcttacagaagaattagaaaaacatttacttttggattcggttgatgatgtgcgggttgtaggagtttgtgggatgggtggaatagggaaga 31161692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 252
Target Start/End: Original strand, 31245019 - 31245185
Alignment:
Q  86 gaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatga 185  Q
    |||| |||| |||| | |||| || ||||||| ||||||| || ||| ||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||       
T  31245019 gaagaattagaaaagcttttgattatggactcagatgatgatgttcgagtggtagggatttgtggaatgggtggaatagggaagactactcttgctactg 31245118  T
Q  186 ctttgtatggccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaattta 252  Q
    |||||||||    ||| ||| ||| ||||  ||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  31245119 ctttgtatgatagaatctctaatcaatttgatgcttgctgctttattgaggatgtaagtaaaattta 31245185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 230 - 3
Alignment:
Q  1 aaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttaggattaattctcctatagaagcattacaaaat 100  Q
    |||||||||||  |||||  ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||| || ||    
T  230 aaagattgttcaaacgatcttgaatatattgaagtgcaaatcttcattcgtttcaaaagatttagttgggataaattctcgtacagaagcattaaaacat 131  T
Q  101 catttgcttttggactcggatgatggtgctcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaa 200  Q
    || || |||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  130 cagttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaa 31  T
Q  201 tatctcatcgatttagtgcatcctgttt 228  Q
    | | ||||||||||  ||||||||||||    
T  30 tctgtcatcgatttgatgcatcctgttt 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University