View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16803_low_10 (Length: 496)

Name: NF16803_low_10
Description: NF16803
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16803_low_10
NF16803_low_10
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-473)||(3800693-3801163)
chr4 (1-452)||(4001399-4001860)
chr4 (5-452)||(3956056-3956489)
chr4 (1-452)||(4009115-4009552)
chr4 (1-473)||(4217733-4218217)
chr4 (5-444)||(3986106-3986543)
chr4 (5-482)||(3809124-3809599)
chr4 (112-450)||(3816815-3817150)
chr4 (118-469)||(4024454-4024805)
chr4 (1-469)||(3920295-3920753)
chr4 (1-473)||(3933515-3933974)
chr4 (197-438)||(4018018-4018259)
chr4 (118-452)||(3963835-3964166)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (70-473)||(13397122-13397524)
chr5 (5-50)||(13397071-13397116)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Original strand, 3800693 - 3801163
Alignment:
Q  1 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800693 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaacgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatct 3800792  T
Q  101 gaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800793 gaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattc 3800892  T
Q  201 ttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttct 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||   | |||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  3800893 ttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacat--tatcgagaaatagttataagagctttatcttttaacctttct 3800990  T
Q  301 aacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatcta 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3800991 aacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatcta 3801090  T
Q  401 aaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 473  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  3801091 aaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattgg 3801163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 452
Target Start/End: Original strand, 4001399 - 4001860
Alignment:
Q  1 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaa-tcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgtta-- 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       
T  4001399 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccatatttttaaccaaaatgacatatgtttct 4001498  T
Q  98 --------tctgaaatagccaa-atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtc 188  Q
            ||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||   |||||||||||||||  |||| | ||| ||||||||    
T  4001499 aaaaagtttctaaaaacgccattatattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtc 4001598  T
Q  189 ttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatct 288  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  4001599 ttcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatct 4001698  T
Q  289 tgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaac 388  Q
    | ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  4001699 ttcaacctttctaaaccaacaaccactgaattgtcactttcag--tctcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaac 4001796  T
Q  389 atgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4001797 atgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattac 4001860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 3956489 - 3956056
Alignment:
Q  5 tatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||           | |||   |||||||| |||| ||  ||| ||||||||| |||    
T  3956489 tatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atatttttcaccagaaagacaaatgttatctaaaa 3956404  T
Q  105 tagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttga 204  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  3956403 ttgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgg 3956304  T
Q  205 cgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaaca 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||      
T  3956303 cgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaac 3956204  T
Q  305 caacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaa 404  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3956203 caacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaa 3956104  T
Q  405 atacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  3956103 atacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac 3956056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 452
Target Start/End: Original strand, 4009115 - 4009552
Alignment:
Q  1 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatct 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||           | |||   ||| |||| |||||||| ||| |||||||||    
T  4009115 cacgtatgcttctaataacatcagtgccctgccattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atactttttaccaaaatgacaaatgttatct 4009200  T
Q  101 gaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattc 200  Q
     |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  4009201 aaaattgccaaatatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcattttataggatcttcactagattc 4009300  T
Q  201 ttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttct 300  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  4009301 ttaacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttct 4009400  T
Q  301 aacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatcta 400  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4009401 aacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatcta 4009500  T
Q  401 aaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4009501 aaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac 4009552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Original strand, 4217733 - 4218217
Alignment:
Q  1 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaa-tcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgtta-- 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||       
T  4217733 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccaaatttgtaaccaaaatgacatatgtttct 4217832  T
Q  98 --------tctgaaatagccaa-atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtc 188  Q
            ||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||   |||||||||||||||  ||||   ||| ||||||||    
T  4217833 aaaaagtttctaaaaacgccattatattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtc 4217932  T
Q  189 ttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatct 288  Q
    || | || ||||| | |||||||||||||| ||||| | |||   || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  4217933 tttaatagattctaggcgaacaacctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatct 4218032  T
Q  289 tgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaac 388  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4218033 ttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaac 4218132  T
Q  389 atgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4218133 atgcaatatctaaaaaatacttttgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattgg 4218217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 5 - 444
Target Start/End: Original strand, 3986106 - 3986543
Alignment:
Q  5 tatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||| | | |||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||     
T  3986106 tatgcttctaatagcatcagtaccctgtcatgaatggaaaagaaaattctaaatcattgaaagacacattttaaaccaaaataacaaatgttatgtaaag 3986205  T
Q  105 tagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttga 204  Q
      || |  |||||| ||||||||||||||| || |||||  | ||   |||| ||||||||||  |||||| |||  | |||| ||||||| |||||||     
T  3986206 atgcta--tattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttgg 3986303  T
Q  205 cgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaaca 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  3986304 cgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcc 3986403  T
Q  305 caacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaa 404  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3986404 caacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaa 3986503  T
Q  405 atacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagt 444  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3986504 atactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagt 3986543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 5 - 482
Target Start/End: Original strand, 3809124 - 3809599
Alignment:
Q  5 tatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaa-atttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaa 103  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||  ||| || |||||| |||| |||  |||| ||||||| ||  |||||||| || || ||| ||||||||| ||    
T  3809124 tatgcttcttatagaatcagtaccctgtcatgaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacctttttaac-aacatgacaaatgttatctaaa 3809222  T
Q  104 atagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttg 203  Q
    |  | ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||  |||||| ||||  ||||| ||| ||| |||||||    
T  3809223 aatgaca--tactttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttg 3809320  T
Q  204 acgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaac 303  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  3809321 gcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaac 3809420  T
Q  304 acaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaa 403  Q
     || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  3809421 ccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaa 3809520  T
Q  404 aatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttct 482  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  3809521 aatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttct 3809599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 112 - 450
Target Start/End: Original strand, 3816815 - 3817150
Alignment:
Q  112 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||  |||||| ||||| | ||||   |||| ||||||| |||||||    
T  3816815 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggtc---actagattcttgccgaacaa 3816911  T
Q  212 cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc 311  Q
     |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| || ||||    
T  3816912 tctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagc 3817011  T
Q  312 cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 411  Q
    |||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3817012 cacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3817111  T
Q  412 tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcatt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3817112 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcatt 3817150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 118 - 469
Target Start/End: Original strand, 4024454 - 4024805
Alignment:
Q  118 tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||   |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4024454 tttaccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctccc 4024553  T
Q  218 ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga 317  Q
    | ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||    
T  4024554 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactga 4024653  T
Q  318 attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 417  Q
    |||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4024654 attatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 4024753  T
Q  418 aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 469  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || ||||| |||||    
T  4024754 aaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaa 4024805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 3920753 - 3920295
Alignment:
Q  1 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||       |||   |||   ||| |||| |||||||| ||   ||||||||    
T  3920753 cacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaa-------tca---aaatatatactttttaccaaaatgactattgttatct 3920664  T
Q  101 gaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattc 200  Q
    ||||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||  |||||||||  |||||| ||||  ||||| ||| ||| ||||    
T  3920663 gaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattc 3920564  T
Q  201 ttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttct 300  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  3920563 ttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaagctttct 3920464  T
Q  301 aacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatcta 400  Q
    ||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3920463 aacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatcta 3920364  T
Q  401 aaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 469  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| | || ||||| |||||    
T  3920363 aaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaa 3920295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 3933974 - 3933515
Alignment:
Q  1 cacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||       |||   |||   ||| |||| |||||||| ||   ||||||||    
T  3933974 cacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaa-------tca---aaatatatactttttaccaaaatgactattgttatct 3933885  T
Q  101 gaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattc 200  Q
    ||||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||  |||||||||  |||||||||||| | ||||   |||| ||||    
T  3933884 gaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaaggtc---actagattc 3933788  T
Q  201 ttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttct 300  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  3933787 ttgccgaacaacctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttct 3933688  T
Q  301 aacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatcta 400  Q
    ||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3933687 aacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatcta 3933588  T
Q  401 aaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| | || ||||| | |||||||    
T  3933587 aaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattgg 3933515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 197 - 438
Target Start/End: Original strand, 4018018 - 4018259
Alignment:
Q  197 attcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacct 296  Q
    ||||||| |||||||  ||||  ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  4018018 attcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacct 4018117  T
Q  297 ttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaata 396  Q
    ||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  4018118 ttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaaga 4018217  T
Q  397 tctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataa 438  Q
    ||| |||||  ||||| ||||   ||||| ||||||||||||    
T  4018218 tctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataa 4018259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 118 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963835
Alignment:
Q  118 tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||   ||| |||  |||||||||  |||| |   ||| ||||||| ||||  ||||||| ||||||| |||||    
T  3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
Q  218 ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga 317  Q
      ||||| ||||| | |||  ||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || |||||    
T  3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
Q  318 attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 417  Q
    ||||||||| ||||||||| || | ||  |||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct 3963870  T
Q  418 aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 452  Q
       ||||| |||||||||||| | | |||||||||    
T  3963869 tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattac 3963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 70 - 473
Target Start/End: Original strand, 13397122 - 13397524
Alignment:
Q  70 atatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaat 169  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||      
T  13397122 atattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaat-ttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatc 13397220  T
Q  170 gactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaat 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13397221 gactgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaat 13397320  T
Q  270 agttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaa 369  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  13397321 agttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaa 13397420  T
Q  370 ttcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 469  Q
     |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||| |||||    
T  13397421 ctcatcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaa 13397520  T
Q  470 ttgg 473  Q
    ||||    
T  13397521 ttgg 13397524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 50
Target Start/End: Original strand, 13397071 - 13397116
Alignment:
Q  5 tatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaa 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||    
T  13397071 tatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattattataaaagaaaa 13397116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University