View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16803_low_18 (Length: 413)

Name: NF16803_low_18
Description: NF16803
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16803_low_18
NF16803_low_18
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (17-394)||(41337543-41337920)
chr5 (17-369)||(41316787-41317139)
chr5 (17-390)||(41328807-41329180)
chr5 (17-390)||(31187760-31188133)
chr5 (17-390)||(41324830-41325203)
chr5 (17-390)||(31177697-31178070)
chr5 (17-390)||(41332740-41333113)
chr5 (17-390)||(41310967-41311344)
chr5 (17-390)||(31225645-31226018)
chr5 (17-390)||(41366919-41367292)
chr5 (17-390)||(41286933-41287305)
chr5 (17-225)||(41305243-41305451)
chr5 (259-366)||(41432005-41432112)
chr5 (314-383)||(14235893-14235962)
chr5 (62-150)||(7141639-7141727)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-390)||(17248580-17248950)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 41337920 - 41337543
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41337920 cacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 41337821  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41337820 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctctact 41337721  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41337720 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 41337621  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctccgac 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41337620 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctccgac 41337543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 41317139 - 41316787
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317139 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 41317040  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  |||||| | |||||    
T  41317039 caacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctact 41316940  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    |||||||||||| ||||| ||  ||  |||||  | ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || | |||||||||||| || |||    
T  41316939 ttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccaca 41316840  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattac 369  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  41316839 tatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattac 41316787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 41329180 - 41328807
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41329180 cacatccttcttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 41329081  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | |||||    
T  41329080 caacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctact 41328981  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||   ||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||| || |||||||||||||| || |||    
T  41328980 ttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccaca 41328881  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  41328880 tactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttgggttcttcaccatctc 41328807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Original strand, 31187760 - 31188133
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31187760 cacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 31187859  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    |  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  31187860 ctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctact 31187959  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||||| |||| || ||||||||||| || || |||    
T  31187960 ttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgaca 31188059  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||  |||||||   |||||||||||| ||||||    
T  31188060 tacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctc 31188133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 41325203 - 41324830
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  41325203 cacatccttcttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcat 41325104  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | |||||    
T  41325103 caacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctact 41325004  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    |||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| ||| | ||||||||| |||| || |||||||||||||| || |||    
T  41325003 ttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccaca 41324904  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
     |||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||| ||||||| ||||||    
T  41324903 aaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttggattctttaccatctc 41324830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Original strand, 31177697 - 31178070
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||  | ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31177697 cacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagctt 31177796  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    |  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  31177797 ctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctact 31177896  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||| |||||||||||||| | | ||||||||||| |||| || ||||||||||| || || |||    
T  31177897 ttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgaca 31177996  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||   |||||||||||||||||||    
T  31177997 tgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttatcatctc 31178070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 41333113 - 41332740
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333113 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 41333014  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||  |    ||||    
T  41333013 caacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatact 41332914  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    |||||||||||  ||||| ||| ||   ||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| || |||||||||| ||| || |||    
T  41332913 ttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccaca 41332814  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||    
T  41332813 tacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttgggttctttaccatctc 41332740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 41311344 - 41310967
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41311344 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagctt 41311245  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || | | | | || |||||||||  ||||||||||| || ||| ||||  |||||| | |||||    
T  41311244 caacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctccctact 41311145  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtc---- 312  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||   ||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||  |||| ||        
T  41311144 ttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatccaca 41311045  T
Q  313 tacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  41311044 tatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttgggttctttaccatctc 41310967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 31226018 - 31225645
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31226018 cacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 31225919  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    |  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  31225918 ctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctact 31225819  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  || ||||||||| | || | | ||||||||||| | || || ||||||||||| || || |||    
T  31225818 ttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgaca 31225719  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    |  ||||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||| |||||||   |||||||||||| ||||||    
T  31225718 tgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccattatctttgggttctttaccatctc 31225645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 41367292 - 41366919
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| ||||||||||  || |    
T  41367292 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcat 41367193  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||   |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||  |||  |    ||||    
T  41367192 caacccaatacctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtact 41367093  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    ||||||||||| ||| || |||| || |||||| | ||| | |||||||||||||||  | ||||||||| |||| || |||||||||||||| |  |||    
T  41367092 ttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcaca 41366993  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||    
T  41366992 tatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctc 41366919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 41287305 - 41286933
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  41287305 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagctt 41287206  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||  |||  |    ||||    
T  41287205 cgacccaatatcttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatact 41287106  T
Q  217 ttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctaca 316  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || |||||| | ||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || ||||||||||||||  | |||    
T  41287105 ttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccaca 41287006  T
Q  317 tacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||  |||| ||||||| ||||||    
T  41287005 tacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgctt-ttccatcacctttggattctttaccatctc 41286933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 41305451 - 41305243
Alignment:
Q  17 cacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41305451 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagctt 41305352  T
Q  117 caacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctact 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||  || ||| | |||||    
T  41305351 caacccaatactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctact 41305252  T
Q  217 ttctcttgg 225  Q
    |||||||||    
T  41305251 ttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 259 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432005
Alignment:
Q  259 tgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgct 358  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||| |||| |  |||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  359 tcttccat 366  Q
    ||||||||    
T  41432012 tcttccat 41432005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235893
Alignment:
Q  314 acatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttcttta 383  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcaccctagggttcttta 14235893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 62 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 7141727 - 7141639
Alignment:
Q  62 cctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgccca 150  Q
    ||||||||||||||  | |||| | |||||||||| ||  |||| |||||||| |||  |||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  7141727 cctttgaaatcaatcaaactatcatcaaacctctctggaataaacctctcagcatcattccaatatttaggatctcttcctattgccca 7141639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 390
Target Start/End: Original strand, 17248580 - 17248950
Alignment:
Q  20 atccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaa 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||| || |   |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  17248580 atcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaa 17248679  T
Q  120 cccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctccctctactttc 219  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  |||| |  | |||||||     
T  17248680 cccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttccctactttg 17248779  T
Q  220 tcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacatac 319  Q
    ||| |||| |||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||| | || || | |||||| || || |||||||||    
T  17248780 tctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacatac 17248879  T
Q  320 ccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctc 390  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||| ||||| |||||    
T  17248880 ccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttgggttttttattatctc 17248950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University