View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16803_low_36 (Length: 313)

Name: NF16803_low_36
Description: NF16803
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16803_low_36
NF16803_low_36
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (19-282)||(4711945-4712208)
chr7 (19-282)||(4845885-4846148)
chr7 (27-265)||(4666917-4667155)
chr7 (28-245)||(4662990-4663207)
chr7 (45-288)||(4653476-4653719)
chr7 (29-200)||(4630971-4631142)
chr7 (45-242)||(4636859-4637056)
chr7 (45-242)||(4697086-4697283)
chr7 (45-303)||(4783731-4783989)
chr7 (45-281)||(4816160-4816396)
chr7 (45-239)||(4863927-4864121)
chr7 (149-299)||(4647471-4647619)
chr7 (130-242)||(4643673-4643785)
chr7 (127-245)||(4672675-4672793)
chr7 (37-110)||(4672837-4672910)
chr7 (29-103)||(4643848-4643922)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (37-282)||(18925630-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Original strand, 4711945 - 4712208
Alignment:
Q  19 tatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711945 tatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtga 4712044  T
Q  119 cagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712045 cagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataa 4712144  T
Q  219 aggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712145 aggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Original strand, 4845885 - 4846148
Alignment:
Q  19 tatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtga 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  4845885 tatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtga 4845984  T
Q  119 cagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4845985 cagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataa 4846084  T
Q  219 aggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4846085 aggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 27 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 4667155 - 4666917
Alignment:
Q  27 tgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggat 126  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||    
T  4667155 tgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaat 4667056  T
Q  127 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 226  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  4667055 tataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgata 4666956  T
Q  227 gagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 265  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||    
T  4666955 gagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 28 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 4663207 - 4662990
Alignment:
Q  28 gatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggatt 127  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  4663207 gatcatctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggatt 4663108  T
Q  128 ataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatag 227  Q
    |||||||||||||||||||  | |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||    
T  4663107 ataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatag 4663008  T
Q  228 agtttttcagatatttat 245  Q
    | | |||||||| |||||    
T  4663007 aatgtttcagatttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4653719 - 4653476
Alignment:
Q  45 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 144  Q
    ||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4653719 aaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaat 4653620  T
Q  145 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 244  Q
    ||| ||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4653619 ttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatattta 4653520  T
Q  245 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg 288  Q
    |  ||||| | |||||||||| | | |||||||||||| |||||    
T  4653519 tacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 29 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 4631142 - 4630971
Alignment:
Q  29 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggatta 128  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  4631142 atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggatta 4631043  T
Q  129 taatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 200  Q
     |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4631042 caatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4637056 - 4636859
Alignment:
Q  45 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 144  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||     
T  4637056 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaac 4636957  T
Q  145 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 242  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636956 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 242
Target Start/End: Original strand, 4697086 - 4697283
Alignment:
Q  45 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 144  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  4697086 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaat 4697185  T
Q  145 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 242  Q
    ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  4697186 ttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 45 - 303
Target Start/End: Original strand, 4783731 - 4783989
Alignment:
Q  45 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 144  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4783830  T
Q  145 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 244  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4783831 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4783930  T
Q  245 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttg 303  Q
    |  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||||||||||    
T  4783931 tagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 281
Target Start/End: Original strand, 4816160 - 4816396
Alignment:
Q  45 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 144  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4816160 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4816259  T
Q  145 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 244  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4816260 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4816359  T
Q  245 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgat 281  Q
    |  |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    
T  4816360 tagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4864121 - 4863927
Alignment:
Q  45 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 144  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||    
T  4864121 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaat 4864022  T
Q  145 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagat 239  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4864021 tttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 149 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
Q  149 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 248  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  249 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 299  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 130 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
Q  130 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 229  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  230 tttttcagatatt 242  Q
    | |||||||||||    
T  4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 127 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
Q  127 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 226  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  227 gagtttttcagatatttat 245  Q
    |||  |||||||| |||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 4672910 - 4672837
Alignment:
Q  37 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 110  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4672910 aactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 4643922 - 4643848
Alignment:
Q  29 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 103  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  4643922 atcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 37 - 282
Target Start/End: Original strand, 18925630 - 18925875
Alignment:
Q  37 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaa 136  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  18925630 aactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaa 18925729  T
Q  137 cttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttca 236  Q
    ||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  18925730 cttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttca 18925829  T
Q  237 gatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 282  Q
    ||| |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  18925830 gatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University