View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16803_low_55 (Length: 251)

Name: NF16803_low_55
Description: NF16803
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16803_low_55
NF16803_low_55
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-251)||(3801154-3801404)
chr4 (1-238)||(3920050-3920287)
chr4 (2-248)||(3933275-3933521)
chr4 (1-201)||(4218261-4218461)
chr4 (16-218)||(3955809-3956011)
chr4 (1-218)||(4009597-4009814)
chr4 (1-227)||(3817188-3817414)
chr4 (16-238)||(4024813-4025035)
chr4 (1-238)||(3986576-3986813)
chr4 (19-218)||(4001905-4002104)
chr4 (1-227)||(3809605-3809834)
chr4 (57-227)||(4018309-4018479)
chr4 (57-227)||(3963629-3963799)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-250)||(13397516-13397768)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (95-170)||(7031024-7031099)
chr8 (64-128)||(7075196-7075263)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 3801404 - 3801154
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    |||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
3801404 taatgaagtgtatgacgatgatctatatgaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcct 3801305  T
101 gaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacata 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||    
3801304 gaaatggagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaatgta 3801205  T
201 aggaagaatgggaaagtcgactagacagactgaaaagaataccaattcaag 251  Q
    | |||| |||||||||||  ||||||| ||| |||||| | ||||||||||    
3801204 aagaagtatgggaaagtctgctagacaaacttaaaagactgccaattcaag 3801154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 3920050 - 3920287
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
3920050 taatgaagttgatcatgatggtctatatgaggttagggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcct 3920149  T
101 gaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacata 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |    
3920150 gaaatggagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaaaaca 3920249  T
201 aggaagaatgggaaagtcgactagacagactgaaaaga 238  Q
    | |||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||    
3920250 aagaagtatgggaaagtcagctagacaaacttaaaaga 3920287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 248
Target Start/End: Original strand, 3933275 - 3933521
Alignment:
2 aatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 101  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3933275 aatgaagttgataatgatgatctatgtgaggttagggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 3933374  T
102 aaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacataa 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||    
3933375 aaatggagtactatgagctatcagagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaatgtaa 3933474  T
202 ggaagaatgggaaagtcgactagacagactgaaaagaataccaattc 248  Q
     |||| ||||||||||   ||||||| ||| |||||| | |||||||    
3933475 agaagtatgggaaagtaagctagacaaacttaaaagactgccaattc 3933521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 4218461 - 4218261
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
4218461 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgatgcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaagaaagtcatctt 4218362  T
101 gaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacata 200  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||    
4218361 gaaattaagtactacgatctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttaaagttttgggtcatatgtttcgtggaaaacata 4218262  T
201 a 201  Q
    |    
4218261 a 4218261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Original strand, 3955809 - 3956011
Alignment:
16 tgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatgaagtactat 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
3955809 tgatgatatatatgaagttggggtactgaattatagcgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaatcaaagtcatcttgaaatggagtactat 3955908  T
116 gagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacataaggaagaatgggaaa 215  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||    
3955909 gagctttcaaagaaggtgatcgattatgccaaaggaattccattagttcttaaagttttggctcatctgcttcgtggaaaagacaaggaagaatgggaaa 3956008  T
216 gtc 218  Q
    |||    
3956009 gtc 3956011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4009814 - 4009597
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4009814 taatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 4009715  T
101 gaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacata 200  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||| | | |    
4009714 gaaatggagtactatgatctatcaaagaaagtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca 4009615  T
201 aggaagaatgggaaagtc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
4009614 aggaagaatgggaaagtc 4009597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3817414 - 3817188
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
3817414 taatgaagttgaagatgatgatatatatgaggttggggtattggattctagtgaagcacttgtgcttttcaattcgaatgcctttaaacaaagtcatctt 3817315  T
101 gaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacata 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | | |    
3817314 gaaatggagtactatgagctatcaaagagtgtggtcaattatgccaaagggattccgttagttcttaaggttttagctcatatgcttcgtggaaaaaaga 3817215  T
201 aggaagaatgggaaagtcgactagaca 227  Q
    | |||| |||||||||||  |||||||    
3817214 aagaagtatgggaaagtcagctagaca 3817188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4025035 - 4024813
Alignment:
16 tgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatgaagtactat 115  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| |  ||||| |    
4025035 tgatcatgtatatgaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaacttgaatgcatttaaacaacgtcatcttgaaacggtgtacttt 4024936  T
116 gagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacataaggaagaatgggaaa 215  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||    
4024935 gagctatcaaagaaggtgatcgattatgccaaaggaattccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaaaataaagaagtatgggaaa 4024836  T
216 gtcgactagacagactgaaaaga 238  Q
    |||  ||||||| ||| ||||||    
4024835 gtcagctagacaaacttaaaaga 4024813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3986813 - 3986576
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3986813 taatgaagttgacgatgatgatcgatatgaggttggggtattggattctagtgatgcacttgcacttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 3986714  T
101 gaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacata 200  Q
    ||||   |||   ||||  |||||||||||||| || | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |    
3986713 gaaactgagtttgatgaaatatcaaagagggtggtcaattatgccaaaggaaatccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaaaaca 3986614  T
201 aggaagaatgggaaagtcgactagacagactgaaaaga 238  Q
    | |||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||    
3986613 aagaagtatgggaaagtcagctagacaaacttaaaaga 3986576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4002104 - 4001905
Alignment:
19 tgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatgaagtactatgag 118  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||  |||| || ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
4002104 tgatatatatgaagttggggtgttgaaacctagtgaggcacttgagctttttcatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgag 4002005  T
119 ctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacataaggaagaatgggaaagtc 218  Q
    ||||||||||||||| | |  ||||| |||||| ||||||||| | |||||||||| |||||| | |||||||||| |  |||||||| |||||||||||    
4002004 ctatcaaagagggtggttgcgtatgcaaaaggaattccattaggtgttaaagttttggctcatttacttcgtggaaaagttaaggaagtatgggaaagtc 4001905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3809834 - 3809605
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatctt 100  Q
    ||||||||||||| | |||||| | | ||| ||||||||||||  | |||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
3809834 taatgaagttgataaagatgatctgtttgaggttggggtattgggtcctactgaagaacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtgatctt 3809735  T
101 gaaat-ga--agtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagac 197  Q
    ||| | ||  |||  | |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |     
3809734 gaagttgatcagttttgtgatgtatcaaagagggtgaccgaatatgccaaaggaattccattagttcttaaagttttggctaatatgcttcgtggaaaaa 3809635  T
198 ataaggaagaatgggaaagtcgactagaca 227  Q
    |||| |||| |||||||||||  |||||||    
3809634 ataaagaagtatgggaaagtcagctagaca 3809605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 57 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 4018479 - 4018309
Alignment:
57 cacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttcc 156  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||   |   | ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||  ||||    
4018479 cacttgagcttttcaatttgaatgctttcaaagttaaggaacttgaaattgagtactatgagctaacaaagagggtggtcaattatgccaaaggcattcc 4018380  T
157 attagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacataaggaagaatgggaaagtcgactagaca 227  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| | |||||  || ||||||||||| ||||||||    
4018379 attagttcttaaagttttggctcatcttcttcgcggaaaagataagctagtatgggaaagtcaactagaca 4018309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 227
Target Start/End: Original strand, 3963629 - 3963799
Alignment:
57 cacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttcc 156  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||   |   | ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |  | |||||||||||  ||||    
3963629 cacttgagcttttcaatttgaatgctttcaaaggtaaggaacttgaaattgagtacaatgagctatcaaagagggtggtgaattatgccaaaggcattcc 3963728  T
157 attagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagacataaggaagaatgggaaagtcgactagaca 227  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |  | || |||| | |||||  || ||||||||||| ||||||||    
3963729 attagttcttaaagttttggcgcatcttgtccgcggaaaagataagctagtatgggaaagtcaactagaca 3963799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13397768 - 13397516
Alignment:
1 taatgaagttgatgatgatgatg---tatatgaagttggggtattgaattctagcgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcat 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13397768 taatgaagttgttgatgatgatgctttatatgaggttagggtattggattctagtgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcat 13397669  T
98 cttgaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaagtttttgctcatatgcttcgtggaagac 197  Q
    |||||||   |||  |||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       
13397668 cttgaaaacgagttttatgatgtatcaaagagggtggtcgattatgccaaaggaatcccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaga 13397569  T
198 ataaggaagaatgggaaagtcgactagacagactgaaaagaataccaattcaa 250  Q
    |||| |||  |||||||||||  ||||||| ||| |||||| | |||||||||    
13397568 ataaagaactatgggaaagtcagctagacaaacttaaaagactgccaattcaa 13397516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 95 - 170
Target Start/End: Original strand, 7031024 - 7031099
Alignment:
95 catcttgaaatgaagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaag 170  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | || |||| ||| ||  ||| |||||| ||||||||||||    
7031024 catctcgaaatggagtactatgagctatcaaagaagatggtcgattataccgcaggtgttccactagttcttaaag 7031099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 64 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 7075263 - 7075196
Alignment:
64 gcttttcaatttgaatgcctttaa---acaaagtcatcttgaaatgaagtactatgagctatcaaaga 128  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||   |||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
7075263 gcttttcaacttgcatgcctttaataaacaaaagcatcttgaaatggagtactataagctatcaaaga 7075196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University