View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16804_low_1 (Length: 1171)
Name: NF16804_low_1
Description: NF16804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16804_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 895; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 895; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1082
Target Start/End: Complemental strand, 15449989 - 15448923
Alignment:
| Q |
14 |
catcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcctcgttaccatacttagcagcatcaatggtaaa |
113 |
Q |
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| T |
15449989 |
catcatcatcgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgccacgttaccatacttagcagcatcaatggtaaa |
15449890 |
T |
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| Q |
114 |
cctaccactatcacatcgatcatcaatgacctctttaccgcctgaagcttctaagggttgatatgaactcatctccttactatcaaccatatatgaatcc |
213 |
Q |
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| T |
15449889 |
cctaccactatcacatcgatcatcaatgaactatttaccgcctgaaacttctaagggttgatatgaactcatctccttactatcaaccatatatgaatcc |
15449790 |
T |
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| Q |
214 |
tcttcccatgaactatagaccttgtgaatataattgccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatct |
313 |
Q |
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| T |
15449789 |
tcttcccatgaactatagaccttgtgaatataatttccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatct |
15449690 |
T |
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| Q |
314 |
cacctaaatactcacaaataaaatttccagaaggaattgcattctctgatctcacaccccatcctttcgccttagtcttgaaaatttgaagcttaaattt |
413 |
Q |
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| T |
15449689 |
cacctaaatactcacaaataaaatttccagaaggaattgcattctcagatctcacaccccatcctttcgccttagtcttgaaaatttgaagcttaaattt |
15449590 |
T |
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| Q |
414 |
aatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacattgagcagcacatttacgcccaaca |
513 |
Q |
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| T |
15449589 |
aatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacattgagtagcacattaacgcccaaca |
15449490 |
T |
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| Q |
514 |
gaggaatctttgaaaagccattcaggataaatgttacgagtaatgtattgnnnnnnntggaagcttgccagaatctattcgattaaccacacatatagga |
613 |
Q |
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| T |
15449489 |
gaggaatctttgaaaagccattcaggacaaatgttatgagtaatgtattg-aaaaaatggaagctttccagaatctattcgattaaccacacatatagga |
15449391 |
T |
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| Q |
614 |
acagcttcttttccactggaaatatctttaacaaaaaatttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttcccnnnnnnnncccaaa |
713 |
Q |
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| T |
15449390 |
acagcttc-tttccattggaaatatctttaaaaaaaaatttctgatcaggcaatcttaccaaacaaaatttaaaatctaatttcccttttttttcccaaa |
15449292 |
T |
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| Q |
714 |
tagattcatcttcataaagaccatagtaacaatacacctcaccacgtgcacaaccaccaccgttctttgaattaaactttataataactctaataggatt |
813 |
Q |
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| T |
15449291 |
tagattcaacttcttaaagaccatagtaacaatacacctcaccacgtgcaccaccaccaccgttctttgaatgaaactttataataactctaatatgatt |
15449192 |
T |
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| Q |
814 |
cttaacatgataactattcatcagtgcaagagtccctttatcacattctccagaattaatgacattacctccttcccctgtataaatgaacacgtttgta |
913 |
Q |
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| T |
15449191 |
cttaaaatgataactattcatcagtgcaacagttcctttatcacattctccagaattaatgacattacctccttcccctgtataaaagaacacgtttgta |
15449092 |
T |
|
| Q |
914 |
tcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctgacgatgaagac |
1013 |
Q |
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| T |
15449091 |
tcatccatatcatcaaaatgataagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacatagattctgacgatgaagac |
15448992 |
T |
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| Q |
1014 |
caacaacattgagttcttgccaataaagaaacttgtcacctacttcaattccagggacttttccaataa |
1082 |
Q |
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| T |
15448991 |
caacaacattgagttcttgcgaataaagaaacttgtcacctacttcaattccagagacttttccaataa |
15448923 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 852; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1082
Target Start/End: Complemental strand, 15488867 - 15487790
Alignment:
| Q |
13 |
acatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcctcgttaccatacttagcagcatcaatggtaa |
112 |
Q |
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| T |
15488867 |
acatcatcatcgtaaagaacatttcgaacaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgccacgttaccatacttagcagcatcaatggtaa |
15488768 |
T |
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| Q |
113 |
acctaccactatcacatcgatcatcaatgacctctttaccgcctgaagcttctaagggttgatatgaactcatctccttactatcaaccatatatgaatc |
212 |
Q |
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| T |
15488767 |
acctaccactatcacatcgatcatcaacgccctctttaccgcccgaagcttctaagggttgatatgaactcatctccttactatcaaccacatatgaatc |
15488668 |
T |
|
| Q |
213 |
ctcttcccatgaactatagaccttgtgaatataattgccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatc |
312 |
Q |
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| T |
15488667 |
ctcttcccatgaactatagaccttgtgaatataattgccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatc |
15488568 |
T |
|
| Q |
313 |
tcacctaaatactcacaa---ataaaatttccagaaggaattgcattctctgatctcacaccccatcctttcgccttagtcttgaaaatttgaagcttaa |
409 |
Q |
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| T |
15488567 |
tcacctaaatactcacaaataataaaatttccagaaggaattgcattctctgatctcacaccccatcctttcgcctttgtcttgaaaatttgaagcttaa |
15488468 |
T |
|
| Q |
410 |
atttaatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacattgagcagcacatttacgccc |
509 |
Q |
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| T |
15488467 |
atttaatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacaatgatcaacacatgtacgccc |
15488368 |
T |
|
| Q |
510 |
aacagaggaatctttgaaaagccattcaggataaatgttacgagtaatgtattgnnnnnnntggaagcttgccagaatctattcgattaaccacacatat |
609 |
Q |
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| T |
15488367 |
aacagaggaatcattgaaaagccattcaggataaatgttacgagtaatgtattg-aaaatatggaaccttgccagaatctatatgattaaccacacatat |
15488269 |
T |
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| Q |
610 |
aggaacagcttcttttccactggaaatatctttaacaaaaaatttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttcccnnnnnnnncc |
709 |
Q |
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| T |
15488268 |
aggaacagcttcttttccattggaaatatctttaacaaagattttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttacctttttttttc |
15488169 |
T |
|
| Q |
710 |
caaatagattcatcttcataaagaccatagtaacaatacacct------caccacgtgcacaaccaccaccgttctttgaattaaactttataataactc |
803 |
Q |
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| T |
15488168 |
caaattgattcaactttataaagaccatagtaacaatacacctcacctccaccacgtgcaccaccaccacagttctttgaattaaactttataataactc |
15488069 |
T |
|
| Q |
804 |
taataggattcttaacatgataactattcatcagtgcaagagtccctttatcacattctccagaattaatgacattacctccttcccctgtataaatgaa |
903 |
Q |
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| T |
15488068 |
taataggattcttaacatgataactattcataagagcaagagtctcttcatcacattttccagaattaatgacattacctccttcccctgtatatacgaa |
15487969 |
T |
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| Q |
904 |
cacgtttgtatcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctga |
1003 |
Q |
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| T |
15487968 |
cacgtttgtatcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctga |
15487869 |
T |
|
| Q |
1004 |
cgatgaagaccaacaacattgagttcttgccaataaagaaacttgtcacctacttcaattccagggacttttccaataa |
1082 |
Q |
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| T |
15487868 |
cgatgaagaccaacaacattgagttcttgccaataaagaaacttgtcacctacttcaattccagagacctttccaataa |
15487790 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1082
Target Start/End: Complemental strand, 15430472 - 15429395
Alignment:
| Q |
13 |
acatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcctcgttaccatacttagcagcatcaatggtaa |
112 |
Q |
| |
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| T |
15430472 |
acatcatcatcgtaaagaacatttcgaacaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgccacgttaccatacttagcagcatcaatggtaa |
15430373 |
T |
|
| Q |
113 |
acctaccactatcacatcgatcatcaatgacctctttaccgcctgaagcttctaagggttgatatgaactcatctccttactatcaaccatatatgaatc |
212 |
Q |
| |
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| T |
15430372 |
acctaccactatcacatcgatcatcaacgccctctttaccgcccgaagcttctaagggttgatatgaattcatctccttactatcaaccacatatgaatc |
15430273 |
T |
|
| Q |
213 |
ctcttcccatgaactatagaccttgtgaatataattgccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatc |
312 |
Q |
| |
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|
| T |
15430272 |
ctcttcccatgaactatagaccttgtgaatataattgccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatc |
15430173 |
T |
|
| Q |
313 |
tcacctaaatactcacaa---ataaaatttccagaaggaattgcattctctgatctcacaccccatcctttcgccttagtcttgaaaatttgaagcttaa |
409 |
Q |
| |
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| T |
15430172 |
tcacctaaatactcacaaataataaaatttccagaaggaattgcattctctgatctcacaccccatcctttcgcctttgtcttgaaaatttgaagcttaa |
15430073 |
T |
|
| Q |
410 |
atttaatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacattgagcagcacatttacgccc |
509 |
Q |
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| T |
15430072 |
atttaatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacaatgatcaacacatgtacgccc |
15429973 |
T |
|
| Q |
510 |
aacagaggaatctttgaaaagccattcaggataaatgttacgagtaatgtattgnnnnnnntggaagcttgccagaatctattcgattaaccacacatat |
609 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15429972 |
aacagaggaatcattgaaaagccattcaggataaatgttacgagtaatgtattg-aaaatatggaaccttgccagaatctatatgattaaccacacatat |
15429874 |
T |
|
| Q |
610 |
aggaacagcttcttttccactggaaatatctttaacaaaaaatttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttcccnnnnnnnncc |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |
|
|
| T |
15429873 |
aggaacagcttcttttccattggaaatatctttaacaaagattttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttacctttttttttc |
15429774 |
T |
|
| Q |
710 |
caaatagattcatcttcataaagaccatagtaacaatacacct------caccacgtgcacaaccaccaccgttctttgaattaaactttataataactc |
803 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15429773 |
caaattgattcaactttataaagaccatagtaacaatacacctcacctccaccacgtgcaccaccaccacagttctttgaattaaactttataataactc |
15429674 |
T |
|
| Q |
804 |
taataggattcttaacatgataactattcatcagtgcaagagtccctttatcacattctccagaattaatgacattacctccttcccctgtataaatgaa |
903 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15429673 |
taataggattcttaacatgataactattcataagagcaagagtctcttcatcacattttccagaattaatgacattacctccttcccctgtatatacgaa |
15429574 |
T |
|
| Q |
904 |
cacgtttgtatcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctga |
1003 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15429573 |
cacgtttgtatcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctga |
15429474 |
T |
|
| Q |
1004 |
cgatgaagaccaacaacattgagttcttgccaataaagaaacttgtcacctacttcaattccagggacttttccaataa |
1082 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15429473 |
cgatgaagaccaacaacattgagttcttgccaataaataaacttgtcacctacttcaattccagagacctttccaataa |
15429395 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1116
Target Start/End: Complemental strand, 16943561 - 16942480
Alignment:
| Q |
13 |
acatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcctcgttaccatacttagcagcatcaatggtaa |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||| |
|
|
| T |
16943561 |
acatcatcatcgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagagcaactatggttgataaaccttcccacgttaccatacttagcggcatcaatgttaa |
16943462 |
T |
|
| Q |
113 |
acctaccactatcacatcgatcatcaatgacctctttaccgcctgaagcttctaagggttgatatgaactcatctccttactatcaaccatatatgaatc |
212 |
Q |
| |
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|
|
| T |
16943461 |
acctaccactatcacatcgatcatcaatgacctctttactgcctgaagcttctacgggttgatatgaactcatctccttactatcaaccatatatgaatc |
16943362 |
T |
|
| Q |
213 |
ctcttcccatgaactatagaccttgtgaatataattgccaatattaaataaatactcatcattatcaacctttttcaaagcttcctcatcttcaataatc |
312 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16943361 |
ctcttcccttgaactatagaccttgtgaatataatcgacaatattaaataattactcatcatcatcaactatcttcaaagcttcctcatcttcaataatc |
16943262 |
T |
|
| Q |
313 |
tcacctaaatactcacaaataaaatttccagaaggaattgcattctctgatctcacaccccatcctttcgccttagtcttgaaaatttgaagcttaaatt |
412 |
Q |
| |
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| T |
16943261 |
tcacctatatactcacaaataaaatttccagaaggaattgcattctctgaccttacaccccatcctttcgccttagttttgaaaatttgaagcttaaatt |
16943162 |
T |
|
| Q |
413 |
taatctcatttttctttacgctcggaattttccctccactcttaagagcacaggaacatttcattgaatcagaacattgagcagcacatttacgcccaac |
512 |
Q |
| |
|
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|
| T |
16943161 |
taatctcatttttctttactctagtaattttacctccactcttaagagcacaggaacatttcaatgaatcagaacattgatcagcacatttatgcccaac |
16943062 |
T |
|
| Q |
513 |
agaggaatctttgaaaagccattcaggataaatgttacgagtaatgtattgnnnnnnntggaagcttgccagaatctattcgattaaccacacatatagg |
612 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
16943061 |
agaggaatcattgaaaacacattcagggtaaatgttacgagtaatgtattg-aaaatatggaaccttgccggaatctatatgattaaccacacatatagg |
16942963 |
T |
|
| Q |
613 |
aacagcttcttttccactggaaatatctttaacaaaaaatttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttccc---nnnnnnnncc |
709 |
Q |
| |
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|
| T |
16942962 |
aatagcttcttttccattggaaatatctttaacaaaagatttctgatccggcaatctaagcaaacaaaatttaaaatctaatttcccttttttttttttc |
16942863 |
T |
|
| Q |
710 |
caaatagattcatcttcataaagaccatagtaacaatacacctcaccacgtgcacaaccaccaccgttctttgaattaaactttataataactctaatag |
809 |
Q |
| |
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| T |
16942862 |
caaattgattcaactttataaagaccatagtaacaatacacctcacc---------atcaccaccgttctttgaattaaaatttataataactctaatgg |
16942772 |
T |
|
| Q |
810 |
gattcttaacatgataactattcatcagtgcaagagtccctttatcacattctccagaattaatgacattacctccttcccctgtataaatgaacacgtt |
909 |
Q |
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| T |
16942771 |
gattcttaacatgataactattcatcagagcaag---------------tttcccaaaattactaactttacttccttcccctgtataaacgaacacgtt |
16942687 |
T |
|
| Q |
910 |
tgtatcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattcccatcctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctgacgatga |
1009 |
Q |
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| T |
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tgtatcatccatatcatcaaaatgacaagaaacaacgctagttgcaatcaaattctgattctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctgacgatga |
16942587 |
T |
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| Q |
1010 |
agaccaacaacattgagttcttgccaataaagaaacttgtcacctacttcaattccagggacttttccaataannnnnnnnccatcgtaaatgaacttgc |
1109 |
Q |
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| T |
16942586 |
agaccaacaacattgagttcttgccaataaagaaacttgtcacccacttcaattccagagacttttccgataattttttttccatcgtgaatgaatttgc |
16942487 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 342 - 1116
Target Start/End: Complemental strand, 15540843 - 15540069
Alignment:
| Q |
342 |
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Q |
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T |
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541 |
Q |
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15540644 |
T |
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542 |
aaatgttacgagtaatgtattgnnnnnnntggaagcttgccagaatctattcgattaaccacacatataggaacagcttcttttccactggaaatatctt |
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Q |
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| T |
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T |
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taacaaaaaatttctgatcaggcaatctaaccaaacaaaatttaaaatctaatttccc-nnnnnnnncccaaatagattcatcttcataaagaccatagt |
740 |
Q |
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15540544 |
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15540445 |
T |
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Q |
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| T |
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T |
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cagtgcaagagtccctttatcacattctccagaattaatgacattacctccttcccctgtataaatgaacacgtttgtatcatccatatcatcaaaatga |
934 |
Q |
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| T |
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aagagcaagagtctctttatcacattttccagaattaatgacattacctccttcccct------acgaacacgtttgtatcatccatatcatcaaaataa |
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T |
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| Q |
935 |
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Q |
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| T |
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caagaaacaacgctagatgcaatcaaattctgattctttaacacgtgatcaatgagacttaaattctgacgatgaagaccaacaacattgagttcttgcc |
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T |
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Q |
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| T |
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15540069 |
T |
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