View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16805_low_3 (Length: 475)

Name: NF16805_low_3
Description: NF16805
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16805_low_3
NF16805_low_3
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (16-439)||(33692808-33693231)
chr6 (22-439)||(33674394-33674808)
chr6 (22-439)||(33663791-33664208)
chr6 (22-439)||(33685581-33685998)
[»] scaffold0016 (2 HSPs)
scaffold0016 (22-438)||(86553-86969)
scaffold0016 (22-438)||(103222-103638)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 33693231 - 33692808
Alignment:
Q  16 ataaaaaatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagcc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33693231 ataaaaaatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacattgcc 33693132  T
Q  116 aaaagcaaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33693131 aaaagcaaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgt 33693032  T
Q  216 ccgcctcctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcggtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33693031 ccgcctcctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcgttcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcg 33692932  T
Q  316 ccaccgcaacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacattttct 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33692931 ccaccgcaacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacatttcct 33692832  T
Q  416 ggatttggaaaaagtcccattggg 439  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  33692831 ggatttggaaaaactcccattggg 33692808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 22 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 33674808 - 33674394
Alignment:
Q  22 aatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 121  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33674808 aatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 33674709  T
Q  122 aaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgtccgcct 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  33674708 aaaatggtagcacaatttaatctcttgctaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagctatagccaacactctcactctccgccaccactcgtcttcct 33674609  T
Q  222 cctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcggtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcgccaccg 321  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||     
T  33674608 ccttcgtctcaccccacgactacgagttcagctgcagcaacaaccctgccgtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccgccatagctgccacca 33674509  T
Q  322 caacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacattttctggattt 421  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  33674508 caacgatgtttccaccatgcaaaaggttctagaaatcctcaatgatgttgatgctact---ttttcttctccttctcctttagtggcatttcctggattt 33674412  T
Q  422 ggaaaaagtcccattggg 439  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  33674411 ggaaagagtcccattggg 33674394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 22 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 33664208 - 33663791
Alignment:
Q  22 aatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 121  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33664208 aatggaaattgaaacaaaccaaacaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttcttcatgtttacaaaaaacattgccaaaagc 33664109  T
Q  122 aaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgtccgcct 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||    
T  33664108 aaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgactgcct 33664009  T
Q  222 cctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcggtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcgccaccg 321  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||  || |||||||     
T  33664008 ccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaacagccccgccgccattaaattccacaacaaaaataataactatcaccgcggccgccacca 33663909  T
Q  322 caacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacattttctggattt 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33663908 caacgatgtttccaccattcaaaaggttctagaaattcttaatgatgttgattcttcttctttttcttctccttctcctttagtgacatttcctggattt 33663809  T
Q  422 ggaaaaagtcccattggg 439  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33663808 ggaaaaagtcccattggg 33663791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 22 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 33685998 - 33685581
Alignment:
Q  22 aatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 121  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33685998 aatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 33685899  T
Q  122 aaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgtccgcct 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||    
T  33685898 aaaatggtagcacaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgactgcct 33685799  T
Q  222 cctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcggtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcgccaccg 321  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||  || |||||||     
T  33685798 ccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaacagccccactgccattaaattccacagcaaaaataataactatcaccgcggccgccacca 33685699  T
Q  322 caacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacattttctggattt 421  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  33685698 caacgatgtttcaaccattcaaaaggttctagaaatcctcaatgatattgatgtttcttctttttcttctccttctcctttagtggcatttcctggtttt 33685599  T
Q  422 ggaaaaagtcccattggg 439  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33685598 ggaaaaagtcccattggg 33685581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 22 - 438
Target Start/End: Original strand, 86553 - 86969
Alignment:
Q  22 aatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 121  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  86553 aatggaaattgaaacaaaccaactaattatagtaacaaagaaagtatggaacacactgcgtataattttgttcatgttaacaaaaaacatagctaaaagc 86652  T
Q  122 aaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgtccgcct 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  86653 aaaatggtagcagaattaaatctcttgctaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgtccgcct 86752  T
Q  222 cctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcggtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcgccaccg 321  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||     
T  86753 ccttcgtctctcccaacgactacgagttcagctgcagcaacagccccgccgtcattaaattccataacaaaaataaaaaccaccatcatggccgccacca 86852  T
Q  322 caacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacattttctggattt 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  86853 caacgatgtttccaccattcaaaaggttctagaaatccttaatgaagttgatgcttcttttttttcttctccttctcctttagtgacatttcctggattt 86952  T
Q  422 ggaaaaagtcccattgg 438  Q
    |||||||||||||||||    
T  86953 ggaaaaagtcccattgg 86969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 22 - 438
Target Start/End: Original strand, 103222 - 103638
Alignment:
Q  22 aatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacatagccaaaagc 121  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  103222 aatggaaattgaaacaacccaaccaatgatagtaacaaagaaagtatggaacacactacgtctaattttgttaatgttaaaaaaaaacatagccaaaagc 103321  T
Q  122 aaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgtccgcct 221  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  || |||||    
T  103322 aaaaaggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtagcaagctcgccgctatcaaagccatagccaaccctctcaccctccgccaccacctgttcgcct 103421  T
Q  222 cctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaacagccccgcggtcattaaattccacaacaaaaataaaaaccaccaccatggtcgccaccg 321  Q
    ||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  ||  ||||||     
T  103422 ccttcatctctcccaacgactacgagttcagctgcagcaacagccccgccgtcattaaattccttaacaaaaataaaaaccatcaccgcggctgccacca 103521  T
Q  322 caacgatgtttccaccattcaaaaggttcttgaaatcctcaatgatgttgatgcttcttcattttcttctccttctcctttagtgacattttctggattt 421  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  103522 cgatgatgtttccaccattcaaaaggttttagaaattctcaataaagttgatgcttcttctttctcttctccttctcctttagtgacatttcctgggttt 103621  T
Q  422 ggaaaaagtcccattgg 438  Q
    |||||||||||| ||||    
T  103622 ggaaaaagtcccgttgg 103638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University