View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16806_high_2 (Length: 481)

Name: NF16806_high_2
Description: NF16806
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16806_high_2
NF16806_high_2
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (18-472)||(7190788-7191242)
chr5 (18-471)||(10654171-10654624)
chr5 (20-472)||(10662056-10662508)
chr5 (42-454)||(19607858-19608270)
chr5 (252-385)||(10719101-10719234)
chr5 (262-382)||(11050085-11050205)
chr5 (198-454)||(9838477-9838733)
chr5 (335-432)||(10598915-10599012)
chr5 (266-385)||(10749232-10749351)
chr5 (216-438)||(10578827-10579049)
chr5 (335-400)||(10590713-10590778)
chr5 (200-385)||(10765266-10765451)
chr5 (43-379)||(10556799-10557135)
chr5 (335-434)||(10602577-10602676)
chr5 (335-385)||(10742988-10743038)
chr5 (119-363)||(10593654-10593898)
chr5 (355-405)||(10664925-10664975)
chr5 (217-385)||(10562900-10563068)
chr5 (273-454)||(10609514-10609695)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (257-460)||(31469367-31469564)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (266-382)||(12897441-12897557)
chr6 (266-382)||(12905062-12905178)
chr6 (266-385)||(12930149-12930268)
chr6 (266-386)||(12946513-12946633)
chr6 (266-382)||(12955954-12956070)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (266-382)||(17925623-17925739)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 7191242 - 7190788
Alignment:
Q  18 aaattgttttttgaaatctccaacacttgaagcttttgaagagagcttattccaattggtattttaccaataagatgatttccagtcaagtataagaatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191242 aaattgttttttgaaatctccaacacttgaagcttttgaagagagcttattccaattggtattttaccaataagatgatttccagtcaagtataagaatt 7191143  T
Q  118 caagattagagcaactcgtcaagtttgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191142 caagattagagcaactcgtcaagtttgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctg 7191043  T
Q  218 tgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatcct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191042 tgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatcct 7190943  T
Q  318 tccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7190942 tccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccat 7190843  T
Q  418 atgggtcattagatattgattctttgaacttgagcaacgccaagttatcggtctc 472  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7190842 atggatcattagatattgattctttgaacttgagcaacgccaagttatcggtctc 7190788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 471
Target Start/End: Original strand, 10654171 - 10654624
Alignment:
Q  18 aaattgttttttgaaatctccaacacttgaagcttttgaagagagcttattccaattggtattttaccaataagatgatttccagtcaagtataagaatt 117  Q
    |||||||| |||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||    
T  10654171 aaattgttatttgtaagctccaacaactgaagcttatgaagagagctaattcgaattggtattttaccaatcagatgatttccagataagaataagtatt 10654270  T
Q  118 caagattagagcaactcgtcaagtttgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctg 217  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    ||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||  ||    
T  10654271 caagatcagagcaacttgtcaagtttgtaggaatctcccctgtcattgagttattggagagaacgagttgctgcaatcgtgacaactgaccgagttcatg 10654370  T
Q  218 tgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatcct 317  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||  | | ||||     
T  10654371 agggatatttccaaagaaactattttttgcaaggatgaggtttgtcaaaaaagagagattgcctacatggggagatatgactccatgcaaattaaatcca 10654470  T
Q  318 tccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccat 417  Q
    || |||| || ||| | ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| || ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10654471 tctaagtctagctctgtaactctttgatgcatgggattacatgtaattccatgccaattacagtagtgatttgaagtattccaagaggccaagattccat 10654570  T
Q  418 atgggtcattagatattgattctttgaacttgagcaacgccaagttatcggtct 471  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||    
T  10654571 atgggtcattagaaattgattctttgaatttgagtaacgctaagtaatctgtct 10654624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 472
Target Start/End: Original strand, 10662056 - 10662508
Alignment:
Q  20 attgttttttgaaatctccaacacttgaagcttttgaagagagcttattccaattggtattttaccaataagatgatttc-cagtcaagtataagaattc 118  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||  | |||||||| | || |||||||||| |||    
T  10662056 attgttgtttgaaatccccaacatttgtagtttatgaagagagctgatgccaattggtattttaccaaccaaatgatttctctgt-aagtataagacttc 10662154  T
Q  119 aagattagagcaactcgtcaagtttgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctgt 218  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | |  | ||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||    
T  10662155 aagatcagagcaacttgacaagtttgtaggaatctcccctgtcatggagttgttattaatcaagagttcctgcaatcggaacaatcgaccgagttcatgt 10662254  T
Q  219 gggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatcctt 318  Q
    |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| |    
T  10662255 gggattttaccaaagaaactattgtttgcaaggttgagacttatcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatgaatccatgcaagttatatccat 10662354  T
Q  319 ccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccata 418  Q
    | |||| ||||||   ||||||||| |||||| |||| || |  || || | ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||  ||||    
T  10662355 ctaagtctaactctataactctttgttgcatgagactacacgcaatcccgtgccagttgcagtagtgagttgaagtattccaagagctcaagatctcata 10662454  T
Q  419 tgggtcattagatattgattctttgaacttgagcaacgccaagttatcggtctc 472  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  10662455 cgggtcattagatattgattctttgaatttgagcaacgctaagtaatccgtctc 10662508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 42 - 454
Target Start/End: Original strand, 19607858 - 19608270
Alignment:
Q  42 acttgaagcttttgaagagagcttattccaattggtattttaccaataagatgatttccagtcaagtataagaattcaagattagagcaactcgtcaagt 141  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||| | ||  || ||  |||||||||||  ||||||||  || ||    |||||||    
T  19607858 acttgaagcttttgaagagaggtgatttcaattgggatttttccaatcaaattgttccctctcaagtataagccttcaagatcggaacagtgggtcaagt 19607957  T
Q  142 ttgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctgtgggatttttccgaagaaactatt 241  Q
    || |||||||||||||||  | || |||||   |||| | |||||  |||||| | ||||||   || ||||  | |||||| ||||| |||||| ||||    
T  19607958 ttataggaatctcccctgagagggtgttattggtgagaaggagttgttgcaattgtaacaaccttccaagttcatttgggatgtttccaaagaaattatt 19608057  T
Q  242 gtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctt 341  Q
     | ||||||||| | |||||| | |||||||||||| |||| ||| | ||||||  |||||||||  | ||||||||  | ||| || ||   |||||||    
T  19608058 ctttgcaaggtttaagtttctgagaaaagagagattaccaatatgagtagatattgatccatgcaattcatatccttgtaggttcaattctataactctt 19608157  T
Q  342 tgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccatatgggtcattagatattgattctt 441  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||| ||||| ||||||| | |||||||| ||||    
T  19608158 tgatgcatggggctgcatgtgattccatgccaattgcaaaagtgtgttgaactattccaagaatctaagactccatttgggtcaattgatattgaatctt 19608257  T
Q  442 tgaacttgagcaa 454  Q
    |||| | ||||||    
T  19608258 tgaattggagcaa 19608270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 252 - 385
Target Start/End: Original strand, 10719101 - 10719234
Alignment:
Q  252 ttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgg 351  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||| | | |||||||| | | ||| ||||| | |||||||| ||||||||    
T  10719101 ttgaggtttatcaaaaaggagagattgccaacatggggagataaagatccatgtaacagatatcctcctaggttcaactctgtaactctttcatgcatgg 10719200  T
Q  352 gactgcatgtgattccataccacttgcagaagtg 385  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10719201 ggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtg 10719234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 262 - 382
Target Start/End: Original strand, 11050085 - 11050205
Alignment:
Q  262 tcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgt 361  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||||| | ||| ||||  | |||||||||||||||| | ||||||||    
T  11050085 tcaaaaaagtgagattgccaacatagggtgatattgatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgaggctgcatgt 11050184  T
Q  362 gattccataccacttgcagaa 382  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  11050185 gattccatgccacttgcagaa 11050205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 198 - 454
Target Start/End: Original strand, 9838477 - 9838733
Alignment:
Q  198 aacaactgaccgagtttctgtgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatca 297  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||| |  |||||||| |||||| | |  ||||||||||||||  |  || || ||      
T  9838477 aacaaccgaccgagttcctgtggaatttttccaaagaaggtattgtttttaaggttgatgtttcttatacgagagagattgccaatgtaaggtgacatgg 9838576  T
Q  298 atccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactatt 397  Q
    ||||||||| ||  |||||||  ||||| || |  | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||  | |||  |||    
T  9838577 atccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaatt 9838676  T
Q  398 ccaagaggccaagattccatatgggtcattagatattgattctttgaacttgagcaa 454  Q
    ||||||  | |||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||    
T  9838677 ccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaa 9838733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 335 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10599012 - 10598915
Alignment:
Q  335 aactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccatatgggtcattagata 432  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||| ||||||    
T  10599012 aactctttgatgcttgggattgcatatgattccatgccaattgcaaaagtgagttgaactattccaagaatctaagataccatatgggtcactagata 10598915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 266 - 385
Target Start/End: Original strand, 10749232 - 10749351
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||   ||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||  | |||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  10749232 aaaagtgagattgccaacatggggtgataaagatccatgtaaatgatatccttctaagttcaactttgtaactctttcatgcatgggtttgcatgtgatt 10749331  T
Q  366 ccataccacttgcagaagtg 385  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  10749332 ccatgccacttgcagaagtg 10749351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 216 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10579049 - 10578827
Alignment:
Q  216 tgtgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatc 315  Q
    ||||| || |||||| |||| | ||||| | |||||||||||  |||||||  ||| |||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||  ||||    
T  10579049 tgtggaatgtttccgtagaagccattgtttccaaggttgaggaatctcaaacgagaaagattgccaacatatggagatatggatccatgcaacttttatc 10578950  T
Q  316 cttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattcc 415  Q
    ||  ||  ||||||| || || |||||||||| |||||||||||  |||||||  ||| ||||| ||||| ||||||  |||||||||  | |  || ||    
T  10578949 ctggcagctttaacttggtaaatctttgatgcttgggactgcatacgattccaggccatttgcaaaagtgggttgaagcattccaagaatctagaatacc 10578850  T
Q  416 atatgggtcattagatattgatt 438  Q
    |||||| ||| ||||||||||||    
T  10578849 atatggatcactagatattgatt 10578827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 335 - 400
Target Start/End: Original strand, 10590713 - 10590778
Alignment:
Q  335 aactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattcca 400  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10590713 aactctttgatgcttgggactgcatatgattccattccagttgcaaaagtgagttgaactattcca 10590778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 200 - 385
Target Start/End: Original strand, 10765266 - 10765451
Alignment:
Q  200 caactgaccgagtttctgtgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaat 299  Q
    |||||||||||  | |||||| |||| |||  | |||||||||| |  ||||||||| ||| ||| ||||| |||||| |||| || ||||||||   ||    
T  10765266 caactgaccgaactcctgtggaatttctccagaaaaactattgttttgaaggttgagatttatcagaaaagtgagattaccaagatagggagataaagat 10765365  T
Q  300 ccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtg 385  Q
    ||||| | |||||||||| | | ||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10765366 ccatgtaactgatatcctgctaggttcaactctgtaaccctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccactttcaaaagtg 10765451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 10557135 - 10556799
Alignment:
Q  43 cttgaagcttttgaagagagcttattccaattggtattttaccaataagatgatttccagtcaagtataagaattcaagattagagcaactcgtcaagtt 142  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || || | || ||| ||| ||||| ||||| ||| ||| ||  | ||| | ||||||||    
T  10557135 cttgaagcttttgaagagagcctatttcaattggtatttttccgatcaaattattcccactcaaggataagtatttaaggttgaaacaatttgtcaagtt 10557036  T
Q  143 tgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctgtgggatttttccgaagaaactattg 242  Q
    ||||||||| || || |  || |||||||    |||   ||||||||| ||| | ||||||||||| |  |  || |||||||||||  ||||  | |||    
T  10557035 tgtaggaatttctccagagaatgagttattggagagatagagttcctgtaattgtaacaactgacccaactcttgggggatttttccagagaatttgttg 10556936  T
Q  243 tgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactcttt 342  Q
    | ||||||||||| || ||| | |||||  |||||| || |||| | |||||   ||||||||| || ||||||    || || ||||| | ||||||||    
T  10556935 tctgcaaggttgacgtgtctgagaaaagtaagattggcagcatgagaagataaggatccatgcaacttatatccaggtaacttcaactcagtaactcttt 10556836  T
Q  343 gatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgca 379  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  10556835 gatgcatggtgttgcatgtgattccataccagttgca 10556799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 335 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 10602676 - 10602577
Alignment:
Q  335 aactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccatatgggtcattagatatt 434  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  | | ||| |||||||| ||| ||||||||    
T  10602676 aactctttgatgcttgggaccgcatatgattccattccatttgcaaaagtgggttgaactattccaagaatctaggataccatatggatcactagatatt 10602577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 335 - 385
Target Start/End: Original strand, 10742988 - 10743038
Alignment:
Q  335 aactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtg 385  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10742988 aactctttgatgcatggggttgcatgtgattccataccacttgcagaagtg 10743038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 10593898 - 10593654
Alignment:
Q  119 aagattagagcaactcgtcaagtttgtaggaatctcccctgtcaaggagttatcaatgagtacgagttcctgcaatcgaaacaactgaccgagtttctgt 218  Q
    |||||| |||||| | |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||| | |||| |  ||| |||||||| | ||||| || || | || ||||    
T  10593898 aagattggagcaatttgtcaagttcgtagggatttctcctgtaaacgagttattactgagaaaaagtccctgcaattgtaacaattgccccaattcctgt 10593799  T
Q  219 gggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatcctt 318  Q
    || |||||||| ||||||| ||||  | ||||||| |||||||| | | ||| ||||||||||| ||  ||||||||  ||||||||| ||  |||||||    
T  10593798 ggaatttttccaaagaaaccattgctttcaaggttaaggtttcttatacaagtgagattgccaatataaggagatatatatccatgcaacttgtatcctt 10593699  T
Q  319 ccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtga 363  Q
      ||  |||| |  | ||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  10593698 gtaacattaattttgtaactctttgatgcttggaattgcatgtga 10593654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 405
Target Start/End: Original strand, 10664925 - 10664975
Alignment:
Q  355 tgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagagg 405  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  10664925 tgcatgtgattccatgccaattgcagaagtgtgttaaactattccaagagg 10664975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 217 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 10563068 - 10562900
Alignment:
Q  217 gtgggatttttccgaagaaactattgtgtgcaaggttgaggtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatcc 316  Q
    ||||||||| |||  | |||||||||| | |||||| ||| ||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||   ||||||| |  |||| | |    
T  10563068 gtgggatttctccagaaaaactattgtttccaaggtcgagatttatcaaaaaggtgagattgccaacatagggagataaagatccatgtaagtgat-tac 10562970  T
Q  317 ttccaagttt-aactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtg 385  Q
    |||  || || |||||   ||||||||||||||||||  |||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  10562969 ttcttaggttcaactctataactctttgatgcatggggttgcaagtgattccctgccacttgcagaagtg 10562900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 273 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 10609695 - 10609514
Alignment:
Q  273 agattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccatacc 372  Q
    |||||||| ||||  || |||||  ||||||||| |||||||||||| | ||| |||||   ||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||  ||    
T  10609695 agattgcctacatatggtgatatggatccatgcaactgatatccttcaaggttcaactctataactctttgttgcatagagctgcatgtgactccacgcc 10609596  T
Q  373 acttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccatatgggtcattagatattgattctttgaacttgagcaa 454  Q
    |||| || || ||  | |||  |||||||||  | |||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  10609595 acttacataaatggatggaaaaattccaagaatctaagactccatttggatcattggatattgattctttgaatttaagcaa 10609514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 257 - 460
Target Start/End: Original strand, 31469367 - 31469564
Alignment:
Q  257 gtttctcaaaaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactg 356  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||  || |||||  ||||||||| || ||||||||| |  || || || | ||||||||||| ||||          
T  31469367 gtttgtcaaaaaagagagattaccaacataaggtgatatagatccatgcaacttatatccttctagtttcaattctgtaactctttgattcatg------ 31469460  T
Q  357 catgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccatatgggtcattagatattgattctttgaacttgagcaacg 456  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || || || || |||||||||||| | ||||||| || || ||| || ||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  31469461 catgtgattccatgccacttgcaaaattgtgtagagctattccaagagtctaagattctatttgagtctttggatattgattccttgaatttgagcaatg 31469560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 266 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 12897557 - 12897441
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||| | |||||||| ||  | | | ||||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  12897557 aaaagtgagattgcaaacatggggagataaagatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgatt 12897458  T
Q  366 ccataccacttgcagaa 382  Q
    |||| ||||||||||||    
T  12897457 ccatgccacttgcagaa 12897441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 266 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 12905178 - 12905062
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||   ||||||| | |||||||| ||| | | | ||||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  12905178 aaaagtgagattggaaacatggggagataaagatccatgtaactgatatctttctaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgatt 12905079  T
Q  366 ccataccacttgcagaa 382  Q
    |||| ||||||||||||    
T  12905078 ccatgccacttgcagaa 12905062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 12930268 - 12930149
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||| | |||||||| ||  | | | ||||| | ||||| || ||||||||| || |||||||||    
T  12930268 aaaagtgagattgcaaacatggggagataaagatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctacatgtgatt 12930169  T
Q  366 ccataccacttgcagaagtg 385  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  12930168 ccatgccacttgcagaagtg 12930149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 266 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 12946633 - 12946513
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |   | ||||  | ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  12946633 aaaagtgagattggaaacatggggagataaagatccatgtaactgatatctttctagagtcaactgtgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgatt 12946534  T
Q  366 ccataccacttgcagaagtga 386  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  12946533 ccatgccacttgcagaagtga 12946513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 266 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 12956070 - 12955954
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||| | |||||||| ||  | | | ||||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  12956070 aaaagtgagattgcaaacatggggagataaagatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgatt 12955971  T
Q  366 ccataccacttgcagaa 382  Q
    || | ||||||||||||    
T  12955970 ccttgccacttgcagaa 12955954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 266 - 382
Target Start/End: Original strand, 17925623 - 17925739
Alignment:
Q  266 aaaagagagattgccaacatggggagatatcaatccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgatt 365  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||| | |||||||| ||  | | | ||||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  17925623 aaaagtgagattgcaaacatggggagataaagatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgatt 17925722  T
Q  366 ccataccacttgcagaa 382  Q
    |||| ||||||||||||    
T  17925723 ccatgccacttgcagaa 17925739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University