View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16807_low_1 (Length: 691)

Name: NF16807_low_1
Description: NF16807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16807_low_1
NF16807_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-675)||(6349429-6350086)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 675
Target Start/End: Original strand, 6349429 - 6350086
Alignment:
Q  18 ccattttctcttggaattgtacttctagctgtattgtgcatccacaaattagtcatgacattgtcacattgacttatggttttccagtcctctaataata 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6349429 ccattttctcttggaattgtacttctagctgtattgtgcatccacaaattagtcatgacattgtcacattgacttatggctttccagtcctctaataata 6349528  T
Q  118 ctcttaactttggtggcatatttgttgagtttctttgacttccccttttgggaaatgtcaattggtttgctaaccaatctttggtcatcaacccgtgttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6349529 ctcttaactttggtggcatatttgttgtgtttctttgacttccccttttgggaaatgtcaattggtttgctaaccaatctttggtcatcaacccgtgttg 6349628  T
Q  218 gtttgttatagttcattctataatgtctaacatattcatcacaatgaggccgcaacaagtttcattttggagtcgacggaaaacatgagattttgtggtg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6349629 gtttgttatagttcattctataatgtctaacatattcatcacaatgaggccgcaacaagtttcattttggagtcgacggaaaacatgagattttgtggtg 6349728  T
Q  318 gcaagttttgttgcagaaaaattaacatattaataggtaaagtataaagaccatgaacatgagaaatcccttgttcaaaggggttctgtgtttacattca 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6349729 gcaagttttgttgcagaaagattaacatattaataggtaaagtataaagaccatgaacatgagaaatcccttgttcaaaggggttctgtgtttacattca 6349828  T
Q  418 taccttactttggtttgttagaaaattttaatcttccttccatcaaatatatttgaattaaattcttgaaacgcgcacatttattagtgacatagcaaaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6349829 taccttactttggtttgttagaaaattttaatcttccttccatcaaatatatttgaattaaattcttgaaacgcgcacatttattagtgacatagcaaaa 6349928  T
Q  518 catgctgtgaaatttacaatatttgctggcttgtctatcttcatgctttatgattttatgatcttcagacaattttaactatttatatgtcaaatatctt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6349929 catgctgtgaaatttacaatatttgctggcttgtctatcttcatgctttatgattttatgatcttcagacaattttaactatttatatgtcaaatatctt 6350028  T
Q  618 atcaaccttagttatgtcaaatatatagattttggtgttaatgtgatttaatttctct 675  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6350029 atcaaccttagttatgtcaaatatatagattttggtgttaatgtgatttaatttctct 6350086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University