View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16808_low_1 (Length: 882)

Name: NF16808_low_1
Description: NF16808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16808_low_1
NF16808_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-877)||(39791945-39792813)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 877
Target Start/End: Original strand, 39791945 - 39792813
Alignment:
Q  18 aatattaaagcacaattttggatacatt----------tgcgactattggttagacattcaagcatgaaaatgactatttatcctttgatttttaaatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39791945 aatattaaagcacaattttggatacattgaagcacaattgtgactattggttacacattcaagcatgaaaatgactatttatcctttgatttttaaatca 39792044  T
Q  108 gtgattatagttttgcactttgtccacaaaaatgcatttcttaaatccatcaatatggtcttgattggagaggtaaaaatggaatatttttgaacttcaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792045 gtgattatagttttgcactttgtccacaaaaatgcatttcttaaatccatcaatatggtcttgattggagaggtaaaaatggaatatttttgaacttcaa 39792144  T
Q  208 atcagtttcaaaaccaatttgcactgtaataacacaggaaaactagattattaatctgcaataaaagacaaacagtttgcactataataagacaaacaac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792145 atcagtttcaaaaccaatttgcactgtaataacacaggaaaactagattattaatctgcaataaaagacaaacagtttgcactataataagacaaacaac 39792244  T
Q  308 atttctaattgcctgcataatgtgtgataagcataaataattcaataaaaatggtgcttatgtacaatacaacagggtatatttgtaatttaaaaataac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792245 atttctaattgcctgcataatgtgtgataagcataaataattcaataaaaatggtgcttatgtacaatacaacagggtatatttgtaatttaaaaataac 39792344  T
Q  408 tttaagctactaagaattttcttacaattacattctttaggtttgactgagtttgagtgaacactatgtctggtgaattccttcaagaaaattccattgt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  39792345 tttaagctactaagaattttcttacaattacattctttaggtttgactgagtttgagtgaacactatgtctggtgaatcccttcaagaaaatttcattgt 39792444  T
Q  508 ggtaagttctctctttgattcaatcactcccttttcatctttgaagcttaaaaaagtaacctttattgtgtttgtgcaggtggggtgtggagcagtgggc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792445 ggtaagttctctctttgattcaatcactcccttttcatctttgaagcttaaaaaagtaacctttattgtgtttgtgcaggtggggtgtggagcagtgggc 39792544  T
Q  608 ttggatttattggccactgttgctgcttttcccaagccagatcaaaaaatcagaagcacttccttcaaggtgcttcttcttcttttcaattatattcatc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  39792545 ttggatttattggccactgttgctgcttttcccaagccagatcaaaaaatcagaagcacttccttcaaggtgcttcttcttcttttc-attgtattcatc 39792643  T
Q  708 attgtttctttttccatcagaagtactcacaaattagaatcttttttaggtccctgaagtaaaaattgttataattggagtatgaagttgtaaataattt 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39792644 attgtttctttttccatcagaagtactcacaaattagaatcttttttaggtccctgaagtaaaaatagttataattggagtatgaagttgtaaataattt 39792743  T
Q  808 ggacttaagtccattgactaaacagtttttaattggatgcttcaacttttaaataatttgtgatgatgtc 877  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39792744 gtacttaagtccattgagtaaacagtttttaattggatgcttcaacttttaaataatttgtaatgatgtc 39792813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University