View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16809_low_24 (Length: 319)

Name: NF16809_low_24
Description: NF16809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16809_low_24
NF16809_low_24
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (20-300)||(28163698-28163978)
chr1 (20-298)||(28127000-28127278)
chr1 (20-291)||(267672-267943)
[»] chr6 (50 HSPs)
chr6 (28-297)||(25492645-25492914)
chr6 (20-291)||(26656544-26656815)
chr6 (20-291)||(26762515-26762786)
chr6 (86-290)||(27530634-27530838)
chr6 (84-291)||(27604036-27604243)
chr6 (84-294)||(27610449-27610659)
chr6 (84-294)||(27717828-27718038)
chr6 (20-294)||(27215031-27215305)
chr6 (20-291)||(28786817-28787088)
chr6 (53-291)||(27337427-27337665)
chr6 (53-291)||(27398167-27398405)
chr6 (20-291)||(26647058-26647329)
chr6 (20-291)||(26753026-26753297)
chr6 (20-291)||(28792938-28793209)
chr6 (20-269)||(25580301-25580550)
chr6 (20-292)||(26143447-26143719)
chr6 (20-291)||(28781680-28781951)
chr6 (20-292)||(25539122-25539394)
chr6 (41-291)||(26623871-26624121)
chr6 (41-291)||(26729848-26730098)
chr6 (91-295)||(26862230-26862434)
chr6 (91-292)||(25483709-25483910)
chr6 (41-269)||(26884670-26884898)
chr6 (84-291)||(27705736-27705943)
chr6 (20-291)||(26803025-26803296)
chr6 (20-269)||(27697940-27698189)
chr6 (84-291)||(26824462-26824669)
chr6 (84-291)||(27426944-27427151)
chr6 (21-295)||(26056502-26056776)
chr6 (21-295)||(26076472-26076746)
chr6 (47-291)||(31285165-31285409)
chr6 (84-291)||(27676952-27677159)
chr6 (86-291)||(27592353-27592558)
chr6 (84-291)||(27679593-27679800)
chr6 (189-295)||(25511640-25511746)
chr6 (201-269)||(28140295-28140363)
chr6 (202-269)||(26937790-26937857)
chr6 (182-269)||(29843341-29843428)
chr6 (209-294)||(28243563-28243648)
chr6 (209-269)||(28235333-28235393)
chr6 (209-255)||(28097811-28097857)
chr6 (21-143)||(25511518-25511640)
chr6 (209-269)||(28326246-28326306)
chr6 (209-269)||(28503882-28503942)
chr6 (214-269)||(28181890-28181945)
chr6 (190-255)||(26849461-26849526)
chr6 (184-269)||(28297094-28297179)
chr6 (184-269)||(28514894-28514979)
chr6 (192-292)||(26724319-26724419)
chr6 (209-269)||(28227720-28227780)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (20-291)||(8066-8337)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (20-291)||(13007-13278)
scaffold0277 (84-291)||(4044-4251)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (84-291)||(2871-3078)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (84-291)||(29273170-29273377)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (84-291)||(18698728-18698935)
chr4 (84-291)||(18678888-18679095)
chr4 (84-291)||(18074404-18074611)
chr4 (84-291)||(18723413-18723620)
chr4 (84-291)||(18730832-18731039)
chr4 (120-291)||(18654805-18654976)
chr4 (158-294)||(5090282-5090418)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (84-291)||(60212-60419)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (202-291)||(16691628-16691717)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (200-291)||(3280418-3280509)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (209-294)||(43725-43810)
scaffold0038 (209-269)||(35495-35555)
scaffold0038 (209-269)||(28218-28278)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 20 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 28163978 - 28163698
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||    
T  28163978 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaaggcacctccgacaggatcaatcgtgtttttttacatgttgcaaaatatcctgttggattacaatctca 28163879  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28163878 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatgatactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 28163779  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaactccatcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28163778 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaactccatcc 28163698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 20 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28127278 - 28127000
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  28127278 atgaatacaagtttattcagaagataatcaaagacatatccgacaggatcaatcgtgttttcttacatgttgccaaatatcctgttggattacaggacca 28127179  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28127178 agtacaacaagtgaatttgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatggtattggaggcttgggtaaatcaacacttgca 28127079  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaactccat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28127078 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagatttcaactccat 28127000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 267943 - 267672
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||| ||| ||||| |||||       |||||||||||| || ||| ||||||||  ||| ||    
T  267943 atgaatacaagtttattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtgagcccttacatgttgccaattaccctgttggattatggtctca 267844  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||  |||||| ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  267843 agtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcaacccttgca 267744  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||| ||||||    
T  267743 agagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttttcttcatgatgtgagagaaaattca 267672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 50)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 28 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 25492914 - 25492645
Alignment:
Q  28 aagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaac 127  Q
    ||||||||| || | ||| || |||||||||| || |||||||||||||       ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  25492914 aagtttattgagaatatagtcgaagacatctcggataggatcaatcgtgtttcattacatgttgccaaataccctgttggattacaatcccgagtacaac 25492815  T
Q  128 aagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaat 227  Q
    | |||||||||||||| ||| ||| || ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  25492814 acgtgaaattgcttctagatgaggtatctgaggatgagttccacatggtaggactttatggtactggaggcttaggtaaatcaacacttgcaaaatcaat 25492715  T
Q  228 ttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaactcca 297  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25492714 ctataacttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctaggagatgtgagagagaattcaactcca 25492645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 26656544 - 26656815
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |     
T  26656544 atgaatacaagtttattgagaatatagtcaaagacatctccgacaagatcaatcgtgtttttttacatgttgccaaataccctgttggattagagtctcg 26656643  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  26656644 agtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcc 26656743  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| ||||||||||||    
T  26656744 aaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattca 26656815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 26762515 - 26762786
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |     
T  26762515 atgaatacaagtttattgagaatatagtcaaagacatctccgacaagatcaatcgtgtttttttacatgttgccaaataccctgttggattagagtctcg 26762614  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  26762615 agtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcc 26762714  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| ||||||||||||    
T  26762715 aaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattca 26762786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 86 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 27530838 - 27530634
Alignment:
Q  86 atgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggacttta 185  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||  || ||| ||| |   || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27530838 atgttgccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaagggcatcttgatgaaaaatctgatgatgaggtccacatggtaggacttta 27530739  T
Q  186 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagag 285  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  27530738 tggtactggaggcataggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttttctagaaaatgtgagagtg 27530639  T
Q  286 aattc 290  Q
    |||||    
T  27530638 aattc 27530634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27604243 - 27604036
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||| |  ||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  27604243 acatgttgccaattatcctattggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactt 27604144  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  27604143 tatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 27604044  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  27604043 agaattca 27604036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 84 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 27610659 - 27610449
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||| |  ||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  27610659 acatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactt 27610560  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  27610559 tatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 27610460  T
Q  284 agaattcaact 294  Q
    |||||||||||    
T  27610459 agaattcaact 27610449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 84 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 27718038 - 27717828
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  27718038 acatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactt 27717939  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  27717938 tatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 27717839  T
Q  284 agaattcaact 294  Q
    |||||||||||    
T  27717838 agaattcaact 27717828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 294
Target Start/End: Original strand, 27215031 - 27215305
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||||  ||| ||  |||||||       ||||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||    
T  27215031 atgaatacaagtttattgagaagatagttgaagacatctcaaacaagacgaatcgtgattttttacatgttgccaaacaccctgttggattacataccca 27215130  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    | |||||||||| ||||||||||| || ||||||| | | ||  |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27215131 aatacaacaagtaaaattgcttcttgacaagggatctaaggaagaggtccacatggtaggacttcatggagctggaggcatgggtaaatcaacacttgca 27215230  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaact 294  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27215231 aaagcaatttttaatttcattgctgatcagtttgaaggttcatattttctagaagatgtgaaagagaattcaact 27215305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 28786817 - 28787088
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||   || ||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||        |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |     
T  28786817 atgaatacaagtttattggagatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcg 28786916  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| | |||| |||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28786917 agtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgga 28787016  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  28787017 aaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 28787088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 53 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27337665 - 27337427
Alignment:
Q  53 acatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataaggg 152  Q
    |||| ||||| |||||||||||||       ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||     
T  27337665 acatttccgataggatcaatcgtgtttttctacacgttgccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgagga 27337566  T
Q  153 atatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaattt 252  Q
    || ||||||   |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27337565 atctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtactagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaattt 27337466  T
Q  253 gaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||  |||| |||||  |  |||| ||||||||||||    
T  27337465 gaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattca 27337427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 53 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27398405 - 27398167
Alignment:
Q  53 acatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataaggg 152  Q
    |||| ||||| |||||||||||||       ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||     
T  27398405 acatttccgataggatcaatcgtgtttttctacacgttgccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgagga 27398306  T
Q  153 atatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaattt 252  Q
    || ||||||   |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27398305 atctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtactagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaattt 27398206  T
Q  253 gaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||  |||| |||||  |  |||| ||||||||||||    
T  27398205 gaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattca 27398167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 26647058 - 26647329
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||       |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||     
T  26647058 atgaatacaagtttattgggaagatagtcgaagacatctccaacaagatcaatcgtgtcattttacatgtagccaaataccctgttggattagagtcccg 26647157  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26647158 attagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtactggaggtttgggtaaatcaacacttgcc 26647257  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||  |  |||| ||||||||||||    
T  26647258 aaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattca 26647329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 26753026 - 26753297
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||       |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||     
T  26753026 atgaatacaagtttattgggaagatagtcgaagacatctccaacaagatcaatcgtgtcattttacatgtagccaaataccctgttggattagagtcccg 26753125  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26753126 attagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtactggaggtttgggtaaatcaacacttgcc 26753225  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||  |  |||| ||||||||||||    
T  26753226 aaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattca 26753297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 28792938 - 28793209
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||   || ||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||        |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |     
T  28792938 atgaatacaagtttattggagatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcg 28793037  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| | |||| |||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28793038 agtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgga 28793137  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  28793138 aaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagagttca 28793209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 269
Target Start/End: Original strand, 25580301 - 25580550
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||  ||||||| ||       | | || |||||||| ||| |||||||||||||||     
T  25580301 atgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatcatgtttttttaaacgtagccaaataccctgttggattacagtcccg 25580400  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    | || ||||||||||||||||||| || | ||| | ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25580401 aatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgtggtccacatggtaggactttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgca 25580500  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25580501 aaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttct 25580550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 292
Target Start/End: Original strand, 26143447 - 26143719
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||  ||||||| ||       | |||| |||||||| ||| |||||||||||||||     
T  26143447 atgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatcatgtttttttaaatgtagccaaataccctgttggattacagtcccg 26143546  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    | || || |||||||||||||||| || | ||| | ||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26143547 aatagaagaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgca 26143646  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaa 292  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| |||||||||||||    
T  26143647 aaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaa 26143719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 28781680 - 28781951
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||   || ||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||        |||||||||||| || ||| |||||||||||||||     
T  28781680 atgaatacaagtttattggcgatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcacttacatgttgccaattaccctgttggattacagtcccg 28781779  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||||| ||   |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28781780 agtacaacaagtgaaatcgcttcttggtgaaggatatgataatggagtcaggatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgta 28781879  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  28781880 aaagcagtttataacttaattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 28781951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 292
Target Start/End: Original strand, 25539122 - 25539394
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||  ||||||| ||       | |||| |||||||| ||| |||||||||||||||     
T  25539122 atgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatcatgtttttttatatgtggccaaataccctgttggattacagtcccc 25539221  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||   ||| | ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25539222 aatagaacaagtgaaattgcttcttgacttgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgca 25539321  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaa 292  Q
    |||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||  |  |||| |||||||||||||    
T  25539322 aaagcagtttttaattttgttgctgatcaatttgaagttgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaa 25539394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 291
Target Start/End: Original strand, 26623871 - 26624121
Alignment:
Q  41 agataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgct 140  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||       ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||    
T  26623871 agatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcact 26623970  T
Q  141 tctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcatt 240  Q
    ||| ||||| |||| |||||||  |||||| ||||| ||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||    
T  26623971 tcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattggaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgtt 26624070  T
Q  241 gctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  26624071 gctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 26624121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 291
Target Start/End: Original strand, 26729848 - 26730098
Alignment:
Q  41 agataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgct 140  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||       ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||    
T  26729848 agatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcact 26729947  T
Q  141 tctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcatt 240  Q
    ||| ||||| |||| |||||||  |||||| ||||| ||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||    
T  26729948 tcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattggaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgtt 26730047  T
Q  241 gctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  26730048 gctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 26730098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 91 - 295
Target Start/End: Original strand, 26862230 - 26862434
Alignment:
Q  91 gccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggta 190  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| || || ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||    
T  26862230 gccaaataccctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttgatatggaatctgatgaaggggtacacatggtaggactttatggta 26862329  T
Q  191 ctggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattc 290  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||  |  | || |||||||||||    
T  26862330 ctggaggcatggggaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttgttgccgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataaagttagagagaattc 26862429  T
Q  291 aactc 295  Q
    |||||    
T  26862430 aactc 26862434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 91 - 292
Target Start/End: Original strand, 25483709 - 25483910
Alignment:
Q  91 gccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggta 190  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| || | ||| | ||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  25483709 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggta 25483808  T
Q  191 ctggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattc 290  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| |||||||||||    
T  25483809 ctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttcttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 25483908  T
Q  291 aa 292  Q
    ||    
T  25483909 aa 25483910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 41 - 269
Target Start/End: Original strand, 26884670 - 26884898
Alignment:
Q  41 agataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgct 140  Q
    ||||| || |||| ||||||||||  ||||||||||       |||||| |||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  26884670 agatagtcgaagatatctccgacaaaatcaatcgtgttgttttacatgtagccaaataccctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgct 26884769  T
Q  141 tctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcatt 240  Q
    ||| ||||||| || | | ||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||    
T  26884770 tcttgataaggaatctaacgaaggggtacacatggtaggaatttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattatgtt 26884869  T
Q  241 gctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  26884870 gctgatcaatttgaatgtgtatgttttct 26884898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27705943 - 27705736
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||  |||||||  |||||| ||||| ||| ||    
T  27705943 acatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatt 27705844  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  27705843 tttggcattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagag 27705744  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  27705743 agaattca 27705736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 26803025 - 26803296
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||| |||   |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||        ||||||||| || || ||| ||||||| || || |     
T  26803025 atgaatacaagttgattggagagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtcagcccttacatgttgctaattaccctgttggattgcactctcg 26803124  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||  |||||||  |||||| ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26803125 agtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcagcacttgca 26803224  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    | |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  26803225 agagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 26803296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 27698189 - 27697940
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||        |||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||    
T  27698189 atgaatacaagtttattgaagagatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctca 27698090  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    |||||||  ||||||||   |||| ||||| |||| |||||||  |||||| ||||| ||| ||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  27698089 agtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttttgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgca 27697990  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    | |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27697989 agagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 27697940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Original strand, 26824462 - 26824669
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| | || |||||||  |||||| ||||||||||||    
T  26824462 acatgttgccaaatacccggttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttgataacgaatctgatgatgtggtccatatggtaggactt 26824561  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    || |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||  | |||||||    
T  26824562 tacggtattggaggtttaggtaaatcaacacttgcaaaagcaacttttaattctattgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtgagag 26824661  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  26824662 agaattca 26824669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27427151 - 27426944
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||  |||||||  |||||| ||||| ||| ||    
T  27427151 acatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatt 27427052  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||    
T  27427051 tatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagag 27426952  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  27426951 agaattca 27426944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 295
Target Start/End: Original strand, 26056502 - 26056776
Alignment:
Q  21 tgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaa 120  Q
    ||||| |||||||||| || ||||| || ||| ||||||| ||| |||||||| ||       | | || |||||||| ||| ||||||| ||||||| |    
T  26056502 tgaatgcaagtttattgagaagatagtcgaaggcatctccaacaagatcaatcatgtttttttaaacgtagccaaataccctgttggattgcagtcccga 26056601  T
Q  121 gtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaa 220  Q
     || ||||||||||||||||||| || | ||| | |||  || |||||| |||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26056602 atagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtaccggaggcatgggtaaatcaacacttgcaa 26056701  T
Q  221 aagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaactc 295  Q
    ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||    
T  26056702 aagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaactc 26056776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 295
Target Start/End: Original strand, 26076472 - 26076746
Alignment:
Q  21 tgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaa 120  Q
    ||||| |||||||||| || ||||| || ||| ||||||| ||| |||||||| ||       | | || |||||||| ||| ||||||| ||||||| |    
T  26076472 tgaatgcaagtttattgagaagatagtcgaaggcatctccaacaagatcaatcatgtttttttaaacgtagccaaataccctgttggattgcagtcccga 26076571  T
Q  121 gtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaa 220  Q
     || ||||||||||||||||||| || | ||| | |||  || |||||| |||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26076572 atagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtaccggaggcatgggtaaatcaacacttgcaa 26076671  T
Q  221 aagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaactc 295  Q
    ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||    
T  26076672 aagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaactc 26076746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 47 - 291
Target Start/End: Original strand, 31285165 - 31285409
Alignment:
Q  47 tcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcga 146  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||       |||||||||||| || ||| |||||||  |||  | | |||||||||||||||||||||| ||    
T  31285165 tcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttga 31285264  T
Q  147 taagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgat 246  Q
    ||||| |  | || |   ||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||    
T  31285265 taaggaaactaataaaggggtacacatggtaggactttatgggataggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgat 31285364  T
Q  247 caatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||||| || |||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  31285365 caatttgacggattatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 31285409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27677159 - 27676952
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| ||||| | |||||||||| |||||| |||||| ||| | |||| |||| ||  |||||| ||||| ||| ||    
T  27677159 acatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatt 27677060  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||| ||    
T  27677059 tatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaag 27676960  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||| ||||    
T  27676959 agagttca 27676952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 86 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27592558 - 27592353
Alignment:
Q  86 atgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggacttta 185  Q
    |||||||||  || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| | |||| |||| ||  |||||| ||||| ||| ||||    
T  27592558 atgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaattta 27592459  T
Q  186 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagag 285  Q
    ||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||| ||||    
T  27592458 tgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagag 27592359  T
Q  286 aattca 291  Q
    | ||||    
T  27592358 agttca 27592353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Original strand, 27679593 - 27679800
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||||  |||||| ||||| ||| ||    
T  27679593 acatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatggggtccatatggttggaatt 27679692  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||| ||||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||  | ||||||||||    
T  27679693 tatggcattggaggtttggggaaatcaacacttgcaagacaaatctataattttgttgcagatcaattcgaaggttcatgttttcttcatgatgtgagag 27679792  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  27679793 agaattca 27679800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 295
Target Start/End: Original strand, 25511640 - 25511746
Alignment:
Q  189 tactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaat 288  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||  |  |||| |||||||||    
T  25511640 tactagaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 25511739  T
Q  289 tcaactc 295  Q
    |||||||    
T  25511740 tcaactc 25511746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 201 - 269
Target Start/End: Original strand, 28140295 - 28140363
Alignment:
Q  201 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  28140295 gggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttct 28140363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 202 - 269
Target Start/End: Original strand, 26937790 - 26937857
Alignment:
Q  202 ggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  26937790 ggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaaagtttgtgttttct 26937857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 29843428 - 29843341
Alignment:
Q  182 tttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||    
T  29843428 tttatggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgttttct 29843341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 294
Target Start/End: Original strand, 28243563 - 28243648
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaact 294  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||  | ||||| || || |||||||||    
T  28243563 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatgtaagggaaaattcaact 28243648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Original strand, 28235333 - 28235393
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28235333 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttct 28235393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 28097857 - 28097811
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaa 255  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28097857 caacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaa 28097811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 143
Target Start/End: Original strand, 25511518 - 25511640
Alignment:
Q  21 tgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaa 120  Q
    |||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| |||||||| ||         | || |||||||| ||| ||||||| ||||||| |    
T  25511518 tgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaagatcaatcatgtttttttgaacgtagccaaataccctgttggattgcagtcccga 25511617  T
Q  121 gtacaacaagtgaaattgcttct 143  Q
     || |||||||||||||||||||    
T  25511618 atagaacaagtgaaattgcttct 25511640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Original strand, 28326246 - 28326306
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28326246 caacacttgcaagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttct 28326306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Original strand, 28503882 - 28503942
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28503882 caacacttgcaagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttct 28503942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 214 - 269
Target Start/End: Original strand, 28181890 - 28181945
Alignment:
Q  214 cttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28181890 cttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttct 28181945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 255
Target Start/End: Original strand, 26849461 - 26849526
Alignment:
Q  190 actggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaa 255  Q
    ||||||||  |||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26849461 actggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaa 26849526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 28297179 - 28297094
Alignment:
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||| ||||||||  |||| ||  |||||||||| | |||| ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28297179 tatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttct 28297094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 269
Target Start/End: Original strand, 28514894 - 28514979
Alignment:
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||| ||||||||  |||| ||  |||||||||| | |||| ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28514894 tatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttct 28514979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 292
Target Start/End: Original strand, 26724319 - 26724419
Alignment:
Q  192 tggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||| ||||||||| | |||||| |   |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||  |  |||||||||| ||||||    
T  26724319 tggaggattgggtaaaacgacacttactcgagcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattca 26724418  T
Q  292 a 292  Q
    |    
T  26724419 a 26724419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Original strand, 28227720 - 28227780
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28227720 caacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttct 28227780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Original strand, 8066 - 8337
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||   || ||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||        |||||||||||| || ||| ||||||||||||| |     
T  8066 atgaatacaagtttattggcgatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcg 8165  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||| | |||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8166 agtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgga 8265  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8266 aaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 8337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 13278 - 13007
Alignment:
Q  20 atgaatacaagtttattcaggagataatcaaagacatctccgacaggatcaatcgtgnnnnnnnacatgttgccaaatatcctattggattacagtccca 119  Q
    |||||||||||||||||   || ||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||        |||||||||||| || ||| ||||||||||||| |     
T  13278 atgaatacaagtttattggcgatatagtcaaatacatctccaacaagatcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcg 13179  T
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||| | |||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13178 agtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgga 13079  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  13078 aaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 13007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 4251 - 4044
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||| ||| | |||| |||| ||   | ||||||||||||||||    
T  4251 acatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggagcccacatggtaggactt 4152  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  4151 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 4052  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  4051 agaattca 4044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 3078 - 2871
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| || ||| ||||| |  |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  3078 acatgttgccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactt 2979  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  2978 tatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 2879  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  2878 agaattca 2871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 29273377 - 29273170
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||| |||||||  | |||| ||||| ||| ||    
T  29273377 acatgttgccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatgggatccatatggttggaatt 29273278  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||    
T  29273277 tatgggattggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatgtgagag 29273178  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  29273177 agaattca 29273170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18698935 - 18698728
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||||||   |||| |||| ||||||||    
T  18698935 acatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatggagtccgcatgttaggactt 18698836  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  18698835 tatggcattggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 18698736  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  18698735 agaattca 18698728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18679095 - 18678888
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||| | |||||   |||| |||||||||||||    
T  18679095 acatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaatgatcttatgatggagtccgcatggtaggactt 18678996  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  18678995 tatggcattggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 18678896  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  18678895 agaattca 18678888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Original strand, 18074404 - 18074611
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||  |||||||  |||||| ||||| ||| ||    
T  18074404 acatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatt 18074503  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||    
T  18074504 tatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagag 18074603  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  18074604 agaattca 18074611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18723620 - 18723413
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| |||| || ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||| |   |||| |||| ||||||||    
T  18723620 acatgttgccacttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctaatggtggagtccgcatgataggactt 18723521  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| | |||||||    
T  18723520 tatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaacgtgagag 18723421  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  18723420 agaattca 18723413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18731039 - 18730832
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| |||| || ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||| |   |||| |||| ||||||||    
T  18731039 acatgttgccatttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatcttatggtggagtccgcatgataggactt 18730940  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  18730939 tatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 18730840  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  18730839 agaattca 18730832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 120 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18654976 - 18654805
Alignment:
Q  120 agtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgca 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| |   |||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  18654976 agtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctgatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgca 18654877  T
Q  220 aaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    ||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  18654876 aaatcaattaataattgtattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagaaaattca 18654805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 158 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 5090418 - 5090282
Alignment:
Q  158 atgataaggtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagg 257  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||  | ||||| ||||||||  |||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  5090418 atgataaagtccaaatgctagggatctatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatg 5090319  T
Q  258 tttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaact 294  Q
    | | ||||||||     |||||||||| |||||||||    
T  5090318 tctttgttttcttcccaatgtgagagaaaattcaact 5090282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Original strand, 60212 - 60419
Alignment:
Q  84 acatgttgccaaatatcctattggattacagtcccaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgataaggtccacatggtaggactt 183  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||  |||||||  |||||| ||||| ||| ||    
T  60212 acatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatt 60311  T
Q  184 tatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagag 283  Q
    ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||    
T  60312 tatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagag 60411  T
Q  284 agaattca 291  Q
    ||||||||    
T  60412 agaattca 60419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 202 - 291
Target Start/End: Original strand, 16691628 - 16691717
Alignment:
Q  202 ggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||  | || |||||||| ||||||    
T  16691628 ggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatgacgtgagagaaaattca 16691717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 291
Target Start/End: Original strand, 3280418 - 3280509
Alignment:
Q  200 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 291  Q
    |||||||  |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  |  |||||||||| ||||||    
T  3280418 tgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 3280509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 294
Target Start/End: Original strand, 43725 - 43810
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaact 294  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||  | ||||| || || |||||||||    
T  43725 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatgtaagggaaaattcaact 43810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Original strand, 35495 - 35555
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35495 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttct 35555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Original strand, 28218 - 28278
Alignment:
Q  209 caacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 269  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28218 caacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttct 28278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University