View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16813_low_1 (Length: 732)

Name: NF16813_low_1
Description: NF16813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16813_low_1
NF16813_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-716)||(18926222-18926937)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-649)||(4665853-4666501)
chr7 (5-642)||(4642626-4643263)
chr7 (1-630)||(4629827-4630456)
chr7 (5-641)||(4671562-4672198)
chr7 (1-644)||(4660719-4661365)
chr7 (1-653)||(4652438-4653090)
chr7 (1-665)||(4635775-4636439)
chr7 (1-641)||(4697748-4698388)
chr7 (1-632)||(4784402-4785033)
chr7 (8-642)||(4862814-4863448)
chr7 (1-632)||(4816831-4817462)
chr7 (65-641)||(4846579-4847155)
chr7 (60-189)||(4713076-4713205)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 18926937 - 18926222
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926937 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 18926838  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926837 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccacccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 18926738  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926737 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 18926638  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  18926637 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgttgcagtacccgacg 18926538  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  18926537 agggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattg 18926438  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926437 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 18926338  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcactctttgtttctgacgagttatcttccatagaatcctcatcacga 700  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926337 ctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcactctttgtttctgacgagttatcttccatagaatcctcatcacga 18926238  T
Q  701 tatcgccattgccaat 716  Q
    ||||||||||||||||    
T  18926237 tatcgccattgccaat 18926222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 649
Target Start/End: Original strand, 4665853 - 4666501
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||    
T  4665853 aagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattcgggatccaaatatccgaggctccccttcaccatcgtg 4665952  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4665953 ctgacatgggtagttgatatccctgtcggtcccaccttggataacccaaagtcggaaacctttgccatccatttttcatccaacaatatgttggtgctct 4666052  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||   |||    
T  4666053 tcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatctcaagcctctgcttccatgatag 4666152  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||  |||| || || ||     
T  4666153 gggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccaca 4666252  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  |||||||  |    
T  4666253 agggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatgg 4666352  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    ||||  ||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||    
T  4666353 caacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctctgat 4666452  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaac 649  Q
    || ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4666453 ctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggggcggcaaagatgacaac 4666501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 5 - 642
Target Start/End: Original strand, 4642626 - 4643263
Alignment:
Q  5 accacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  4642626 accacaccgaacgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtgctga 4642725  T
Q  105 catgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcac 204  Q
      |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4642726 tgtgggtagtcgatatccctgtaggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttttcatccaacaatatgttggtgctcttcac 4642825  T
Q  205 atcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggt 304  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| ||||| |||| ||     
T  4642826 gtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcctctgcctccaaggtagtggc 4642925  T
Q  305 tggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgaggg 404  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| || |||||||||| |||  ||| |||| || || |||||||    
T  4642926 tcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgaggg 4643025  T
Q  405 ataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaac 504  Q
    | ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |  || || |  |||||    
T  4643026 acaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaac 4643125  T
Q  505 gggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatcttt 604  Q
      ||||||||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| |    
T  4643126 aagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtagctgctttgatctct 4643225  T
Q  605 gcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 642  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  4643226 gcgattgtaaaggagcggcacagatggggcggcaaaga 4643263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 630
Target Start/End: Original strand, 4629827 - 4630456
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  4629827 aagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagttagcctttggagcatatagtattcgggatccaaatatccaaggctccccttcaccatcgtg 4629926  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||| |    
T  4629927 ctgacatgggtagtcgttattcctgtaggtcccaccttggataacccgaaatcagaaaccttagctacccatttctcatccaacagtatgttggtgctct 4630026  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    | || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||| ||||||||  ||||    
T  4630027 ttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcctctgcttccatggtag 4630126  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||| || || ||     
T  4630127 gggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcattgcaatatcctaca 4630226  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  |||||||  |    
T  4630227 agggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcg 4630326  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    |||| |||||||||  |||||   ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||| ||    
T  4630327 caacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttgtggctgctttgat 4630426  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatg 630  Q
    ||  || |||||||||||||| ||||||||    
T  4630427 ctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 5 - 641
Target Start/End: Original strand, 4671562 - 4672198
Alignment:
Q  5 accacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctga 104  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  4671562 accacaccgaatgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtgctga 4671661  T
Q  105 catgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcac 204  Q
    | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4671662 cgtgggtagttgttatccccgtgggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcac 4671761  T
Q  205 atcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggt 304  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| ||     
T  4671762 gtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctcaagcctctgcctccaaggtagtggc 4671861  T
Q  305 tggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgaggg 404  Q
    | |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| ||||| |||| || |||||||| | |||  |||  ||| || || |||||||    
T  4671862 tcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatctatgtgtcatcgtcgcaatatccaacgaggg 4671961  T
Q  405 ataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaac 504  Q
    ||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |  |||||||  |||||    
T  4671962 ataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccgatttgagccgttttatggcaac 4672061  T
Q  505 gggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatcttt 604  Q
      ||||||||  |||||   ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |    
T  4672062 aagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctct 4672161  T
Q  605 gcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 641  Q
    || ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||    
T  4672162 gcgattgtaaaggaacggcacaagtggggcggcaaag 4672198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 644
Target Start/End: Original strand, 4660719 - 4661365
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4660719 aagcaccacaccgaacgagtacacttcagattttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaatacccaaggctccccttcaccattgtg 4660818  T
Q  101 ctgac---atgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgc 197  Q
    |||||   ||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||| |||||||||||||    
T  4660819 ctgacgtgatgagtagtcgatatccctgtcggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctacccatttgtgatccaacaatatgttggtgc 4660918  T
Q  198 ttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaag 297  Q
    | || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||| ||||| |    
T  4660919 tctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagcctttgcctccaagg 4661018  T
Q  298 taggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccg 397  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||  | || || ||     
T  4661019 taggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgtgttgtcattacaatatccc 4661118  T
Q  398 acgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgtttta 497  Q
    | |||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||| |  ||||| |    
T  4661119 atgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttgaggcgtttaa 4661218  T
Q  498 atgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttt 597  Q
      |||||  |||| |||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  4661219 tcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgtggctgctct 4661318  T
Q  598 tatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatg 644  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4661319 gatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggcaaagatg 4661365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 653
Target Start/End: Original strand, 4652438 - 4653090
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||    
T  4652438 aagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtg 4652537  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    || |||||||| || || ||||  || |||||||| || ||||| || || || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4652538 ctaacatgggttgtagacatccttgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctct 4652637  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| | ||||||  |||     
T  4652638 tcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaa 4652737  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
    ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| || |||||| ||| |||  ||  |||| || || |||    
T  4652738 gggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacg 4652837  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |  |||||||  |    
T  4652838 agggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatttgaggcgttttatcg 4652937  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    |||| ||  |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  4652938 caacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttatttgtggctgctttgat 4653037  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaaccctt 653  Q
    || ||| ||||| ||| |||| |||||||| || || ||||||| | ||||||    
T  4653038 ctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatgtggtggcaaagatgacgaccctt 4653090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 665
Target Start/End: Original strand, 4635775 - 4636439
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||||    
T  4635775 aagcaccacaccgaatgagtacacgtctgatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccccaagcttcccttaacaattgtg 4635874  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4635875 ctgacgtgggtagtcgatatacctgtcggtcccacctttgataacccaaaatcagaaaccttagctatccatttctcatccaacaatatgttggtgctct 4635974  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||| ||||||||  ||||    
T  4635975 ttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaagaatttcaagcctctgcttccatggtag 4636074  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||| |||| || || ||     
T  4636075 gggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatctctgtcttgtcgttgcaatatcccaca 4636174  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |   | |  |||||||  |    
T  4636175 agggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccgacctgaggcgttttatcg 4636274  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||    |||||||| ||||| |||||||||||| | ||    
T  4636275 caacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagttttttgtggctgctctgat 4636374  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcactctttgttt 665  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || | | |||||| |||||||||    
T  4636375 ctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgacgaaccttcattctttgttt 4636439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 4698388 - 4697748
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| | ||||||  | |  ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||    
T  4698388 aagcacaacaccaaaagagtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatacccgagactacccttcaccttagtg 4698289  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    ||||| |||||  | || || || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| || |    
T  4698288 ctgacgtgggtcatcgacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactct 4698189  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| ||| |  | |||||||||||||  || |||||||| || ||||||| |||||| || || | |||||||   ||    
T  4698188 tcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctcttcttccaagtaag 4698089  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
     |||| |||||  |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||      ||| |||| || || | |    
T  4698088 aggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatg 4697989  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    || || ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| |||||||||| ||    
T  4697988 agagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgttttattg 4697889  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    | || |||||   || ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| || ||| ||||    
T  4697888 ctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttat 4697789  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 641  Q
    ||  || |||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  4697788 ctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 4697748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 4785033 - 4784402
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||||  |||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||    
T  4785033 aagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtg 4784934  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    |||||||||||  | || ||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || |    
T  4784933 ctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactct 4784834  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    |||| ||||| ||||| || ||||| ||| |  | ||||| ||||||| || ||| |  |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    ||    
T  4784833 tcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaag 4784734  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
     |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||      ||  |||| || || |      
T  4784733 aggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaata 4784634  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    || || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||||||| |||||||| | ||||||||  |    
T  4784633 agtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcg 4784534  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    |||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  4784533 caactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttat 4784434  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 632  Q
     |  || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4784433 ttccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 4784402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 642
Target Start/End: Original strand, 4862814 - 4863448
Alignment:
Q  8 acaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacat 107  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| || | ||||||  | |  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||| |    
T  4862814 acaccgaaagaatacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattctggatctaaatatccaagactacccttcaccacggtgctgacgt 4862913  T
Q  108 gggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcacatc 207  Q
    | ||  | || || || ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||    
T  4862914 gagtgatagacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagacaccttagccacccatttttcatccaacaatatgttggtactcttcacgtc 4863013  T
Q  208 acgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttgg 307  Q
    ||| ||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| || ||||| | ||||||||| || | |||||||   || ||||      
T  4863014 acggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctcttcttccaagtaagaggttca 4863113  T
Q  308 ttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggata 407  Q
    ||||  |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |     ||| |||| || || | ||| || |    
T  4863114 ttatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaa 4863213  T
Q  408 ccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacggg 507  Q
    |||  ||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| | ||||||||  ||||| ||    
T  4863214 ccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaacagg 4863313  T
Q  508 tgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgca 607  Q
    | ||  |  ||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||| ||||| || ||| |||||| ||      
T  4863314 tatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcagctcttatctctgtt 4863413  T
Q  608 attgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 642  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4863414 attgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaaga 4863448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 4817462 - 4816831
Alignment:
Q  1 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || |  |||||  |||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||    
T  4817462 aagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtg 4817363  T
Q  101 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 200  Q
    |||||||||||  | || ||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || |    
T  4817362 ctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactct 4817263  T
Q  201 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtag 300  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| ||| |  | ||||| | ||||| || ||| |  |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    ||    
T  4817262 tcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaag 4817163  T
Q  301 gggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacg 400  Q
     |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||      ||  |||| || || |      
T  4817162 aggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaata 4817063  T
Q  401 agggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatg 500  Q
    || || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||||||| || ||||| | ||||||||  |    
T  4817062 agtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcg 4816963  T
Q  501 caacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttat 600  Q
    |||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  4816962 caactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttat 4816863  T
Q  601 ctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 632  Q
     |  || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4816862 ttccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 4816831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 65 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 4847155 - 4846579
Alignment:
Q  65 ggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttag 164  Q
    ||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  4847155 ggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgcttacatgagtcattgatatcccggttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttag 4847056  T
Q  165 ccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggc 264  Q
    ||| |||||| |||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| || ||||| ||| |  |  ||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  4847055 ccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgc 4846956  T
Q  265 acccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatc 364  Q
    ||| |||| |||||| || ||||| |||||    || ||||  ||||  |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||||||| |||||||      
T  4846955 acctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaact 4846856  T
Q  365 agaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttgg 464  Q
    ||||||||||||   |  ||| |||| || || | |||||| ||||  ||||| || ||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| || ||      
T  4846855 agaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcattta 4846756  T
Q  465 ccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgat 564  Q
      |||| | |||| || |||||   ||||||||  ||||| ||||||  |  || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  4846755 gaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgat 4846656  T
Q  565 taaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 641  Q
     |||  ||| || ||||| ||||| ||| || ||||||  || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4846655 aaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaag 4846579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4713205 - 4713076
Alignment:
Q  60 actcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaac 159  Q
    |||| ||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  4713205 actctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaac 4713106  T
Q  160 cttagccatccatttctcatccaataatat 189  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  4713105 cttagccacccatttttcatccaacaatat 4713076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University