View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16813_low_3 (Length: 521)

Name: NF16813_low_3
Description: NF16813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16813_low_3
NF16813_low_3
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (45-508)||(3701183-3701648)
chr8 (46-508)||(3707951-3708416)
chr8 (23-347)||(3777610-3777934)
chr8 (46-446)||(3769842-3770244)
chr8 (45-508)||(3719459-3719924)
chr8 (20-348)||(33004851-33005182)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 508
Target Start/End: Original strand, 3701183 - 3701648
Alignment:
Q  45 cttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattagacacttgagagtcttgtgttcggagtgccagtgataacttggccattgttttccgaaca 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||  ||| ||    
T  3701183 cttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattcgacacttgagagtatcgtgttaggagtgccaatgataacatggccattatttggcgagca 3701282  T
Q  145 aagaatgaatgctattttgct---agagggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagaatggcatagctgaaagagatgaaattgctaaggtg 241  Q
    ||||||||||||| ||||| |   ||||||||||  ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||    
T  3701283 aagaatgaatgctgttttgttgacagagggactcaaagtgggtttgaagatcaaatttaatgagaatggcattgcagaaagagtggaaattgctaaggtg 3701382  T
Q  242 attagagatctaatgatgggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcct 341  Q
     ||| |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3701383 gttaaagatctaatgctcggagaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcct 3701482  T
Q  342 ctacaagagctctttttgaattcggtactcgagtggaaaacttttcgttgtaaatggaaatttcaattatcgtcgttttattgggtaagctatgcaaaga 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3701483 ctacaagagctctttttgaattcggtactcgagtggaaaacttttcgttgtaaatggaaatttcaattatcgtcgttttattgggtaagctatgcaaaga 3701582  T
Q  442 agaaaagaatagagggaatatatatttgtcaaatagaaatcgtgtgaaagttttagtgtctataatg 508  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  3701583 agaaaagaatagagggaatatgtatttgtcaaatagaaatc-tgtgaaagttttggtgtctataatg 3701648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 46 - 508
Target Start/End: Original strand, 3707951 - 3708416
Alignment:
Q  46 ttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattagacacttgagagtcttgtgttcggagtgccagtgataacttggccattgttttccgaacaa 145  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||   || |||    
T  3707951 ttcaacaggtggatttttaacacattgtggttggaattcgacgcttgagagtattgtgtccggagtgccaatgataacttggccattgtttggtgatcaa 3708050  T
Q  146 agaatgaatgctattttgctag---agggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagaatggcatagctgaaagagatgaaattgctaaggtga 242  Q
    | |||||||||||||||  |||   |||||||   ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||     
T  3708051 ataatgaatgctattttaatagtagagggacttaaagtgggtttgaagataaaatttaatgagaatggcattgcagaaagagaggaaattgctaaggtgg 3708150  T
Q  243 ttagagatctaatgatgggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcctc 342  Q
    ||||| |||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3708151 ttagacatctaatgctcggagaagaacggagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcctc 3708250  T
Q  343 tacaagagctctttttgaattcggtactcgagtggaaaacttttcgttgtaaatggaaatttcaattatcgtcgttttattgggtaagctatgcaaagaa 442  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  3708251 tacaagagcactttgtgaattcggtactcgagtagcaaacttttcgttataaatggaaatttcaattatcaacgttttatagggaaagctgtgcaaagaa 3708350  T
Q  443 gaaaagaatagagggaatatatatttgtcaaatagaaatcgtgtgaaagttttagtgtctataatg 508  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  3708351 gaaaagaatcgagggaatatgtatttgtcgaatagaaatcatgtgagagttttggtgtctataatg 3708416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 23 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 3777934 - 3777610
Alignment:
Q  23 cagactcaaatcgtaagccacgcttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattagacacttgagagtcttgtgttcggagtgccagtgataa 122  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3777934 cagactcaaatcctaagccacatttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattcgacactggagagtcttgtgttcggagtgccaatgataa 3777835  T
Q  123 cttggccattgttttccgaacaaagaatgaatgctattttgctagagggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagaatggcatagctgaaag 222  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3777834 cttggccattgttttcagagcaaagaatgaatgctatgttgttagagggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagattggcatagctgaaag 3777735  T
Q  223 agatgaaattgctaaggtgattagagatctaatgatgggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||    
T  3777734 agatgaaattgctaaggtgattagagatctaatgataggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagatcttaaagatgttgctgctggtgca 3777635  T
Q  323 ttagcagaagatgggtcctctacaa 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  3777634 ttagcagaagatgggtcctctacaa 3777610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 46 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 3770244 - 3769842
Alignment:
Q  46 ttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattagacacttgagagtcttgtgttcggagtgccagtgataacttggccattgttttccgaacaa 145  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||   || |||    
T  3770244 ttcaacaggtggatttttaacacattgtggttggaattcaacacttgagagtattgtgtcgggagtgccaatggtaacttggccattgtttggtgatcaa 3770145  T
Q  146 agaatgaatgctattttgctag---agggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagaatggcatagctgaaagagatgaaattgctaaggtga 242  Q
    |||||||||||||||||  |||   |||||||   ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||     
T  3770144 agaatgaatgctattttaatagtagagggacttaaagtgggtttgaagataaaatttaatgagaatgacattgcagaaagagaggaaattgctaaggtgg 3770045  T
Q  243 ttagagatctaatgatgggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcctc 342  Q
    ||| |||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  3770044 ttaaagatctaatgctcggagaagaacggagtgagattcgacaaagaattgaagagctaaaagatgaagcagcttgtgcattagcaggagatgggtcctt 3769945  T
Q  343 tacaagagctctttttgaattcggtactcgagtggaaaacttttcgttgtaaatggaaatttcaattatcgtcgttttattgggtaagctatgcaaagaa 442  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||   |||||||  ||| |||||||||||||||    
T  3769944 tacaagagcactttttgaatttggtactcgtgtggaaaacttttccttataattggaaatttcatttatttacgtttta-cgggaaagctatgcaaagaa 3769846  T
Q  443 gaaa 446  Q
    ||||    
T  3769845 gaaa 3769842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 45 - 508
Target Start/End: Original strand, 3719459 - 3719924
Alignment:
Q  45 cttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattagacacttgagagtcttgtgttcggagtgccagtgataacttggccattgttttccgaaca 144  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||   || ||    
T  3719459 cttcaacaggtggatttttaacacattgtggttggaattcgacgcttgagagtattgtgtccggagtgccaatgataacttggccattgtttggtgatca 3719558  T
Q  145 aagaatgaatgctattttgctag---agggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagaatggcatagctgaaagagatgaaattgctaaggtg 241  Q
    ||||||||||||||||||  |||   |||||||   ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  3719559 aagaatgaatgctattttaatagtagagggacttaaagtgggtttgaagataaaatttaatgagaatggaattgcagaaagagaggaaattgctaaggtg 3719658  T
Q  242 attagagatctaatgatgggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcct 341  Q
     |||  ||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3719659 gttaaggatctaatgctcggagaaaaacggagtgagattcgacaaagaatggaagagcttaaaaatgatgcagcttgtgcattagcagaagatgggtcct 3719758  T
Q  342 ctacaagagctctttttgaattcggtactcgagtggaaaacttttcgttgtaaatggaaatttcaattatcgtc-gttttattgggtaagctatgcaaag 440  Q
    ||||||| ||  ||| |||||| || |||| | | | |||||| | ||| |||| |||||||| | |||| | |  |||||  ||  ||||||||||  |    
T  3719759 ctacaagggcattttctgaatttggaactcaaataggaaacttgttgttataaaaggaaatttaatttattgacatttttacaggaaaagctatgcagtg 3719858  T
Q  441 aagaaaagaatagagggaatatatatttgtcaaatagaaatcgtgtgaaagttttagtgtctataatg 508  Q
    |||||| |||||| |||||| | || ||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  3719859 aagaaatgaatagtgggaatgtgtaattgtcgaatagaaat--tgtgagagttttagtgtctataatg 3719924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 33005182 - 33004851
Alignment:
Q  20 ccacagactcaaatcgtaagccacgcttcaaccggtggatttttaacacattgtggttggaattagacacttgagagtcttgtgttcggagtgccagtga 119  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||| ||  ||||||||| |||    
T  33005182 ccacagactcaaatcctaagccacacttcaactggtggatttttaacacattgtggttggaattcaacactcgagagcattgcgtcgggagtgccaatga 33005083  T
Q  120 taacttggccattgttttccgaacaaagaatgaatgctattttg---ctagagggactcggagttggtttgaaggtaagatttaatgagaatggcatagc 216  Q
    |||||||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||||    |||||||||||   || ||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||    
T  33005082 taacttggccgttgtttggcgagcaaagattgaatgctattttgttaatagagggactcaaggtgggtttgaaggtaa-aattaatgagagtggcattgc 33004984  T
Q  217 tgaaaga-gatgaaattgctaaggtgattagagatctaatgatgggtgaagaacgaagtgagattcgacaaagaattgaagagcttaaagatgatgcagc 315  Q
     |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||||| |||  |||||||||||||||||||||| ||| | |  |    
T  33004983 agaaagaggaggaaattgctaaggtgattagagatttaatgcttggtgaagaaaggagtgaaattgaacaaagaattgaagagcttaaatatgcttctac 33004884  T
Q  316 ttgtgcattagcagaagatgggtcctctacaag 348  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  33004883 ttgtgcattagcagaagatgggtcttccacaag 33004851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University